ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52300

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N4 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.008, 0.076, 0.145, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.076 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.048, 0.230, 0.413, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.230 std_dev=0.182
O2' A 0, 0.169, 0.354, 0.540, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.354 std_dev=0.186
O4' A 0, 0.021, 0.208, 0.394, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.208 std_dev=0.186
C4' A 0, 0.083, 0.342, 0.601, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.342 std_dev=0.259
OP2 B 0, 0.264, 0.554, 0.845, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.554 std_dev=0.290
C3' A 0, 0.076, 0.368, 0.659, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.368 std_dev=0.292
O3' A 0, 0.147, 0.577, 1.007, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.577 std_dev=0.430
C5' A 0, 0.130, 0.582, 1.035, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.582 std_dev=0.453
P B 0, 0.307, 0.815, 1.323, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.815 std_dev=0.508
OP1 B 0, 0.375, 0.923, 1.471, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.923 std_dev=0.548
O5' B 0, 0.395, 1.303, 2.211, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.303 std_dev=0.908
O5' A 0, 0.330, 1.240, 2.149, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.240 std_dev=0.910
C5' B 0, 1.138, 2.280, 3.422, 4.016 max_d=4.016 avg_d=2.280 std_dev=1.142
P A 0, 0.428, 1.776, 3.125, 3.874 max_d=3.874 avg_d=1.776 std_dev=1.348
OP1 A 0, 0.547, 2.034, 3.521, 3.963 max_d=3.963 avg_d=2.034 std_dev=1.487
C8 B 0, 0.499, 2.222, 3.946, 4.576 max_d=4.576 avg_d=2.222 std_dev=1.723
C4' B 0, 0.937, 2.678, 4.418, 5.377 max_d=5.377 avg_d=2.678 std_dev=1.740
C3' B 0, 0.953, 2.799, 4.645, 5.664 max_d=5.664 avg_d=2.799 std_dev=1.846
N7 B 0, 0.556, 2.456, 4.356, 5.468 max_d=5.468 avg_d=2.456 std_dev=1.900
O4' B 0, 0.656, 2.629, 4.601, 5.659 max_d=5.659 avg_d=2.629 std_dev=1.973
O3' B 0, 1.373, 3.549, 5.725, 6.935 max_d=6.935 avg_d=3.549 std_dev=2.176
OP2 A 0, 0.493, 2.705, 4.917, 5.662 max_d=5.662 avg_d=2.705 std_dev=2.212
N9 B 0, 0.491, 2.754, 5.017, 5.678 max_d=5.678 avg_d=2.754 std_dev=2.263
C2' B 0, 0.800, 3.163, 5.527, 6.557 max_d=6.557 avg_d=3.163 std_dev=2.363
C1' B 0, 0.467, 2.896, 5.325, 6.417 max_d=6.417 avg_d=2.896 std_dev=2.429
C5 B 0, 0.650, 3.137, 5.624, 6.899 max_d=6.899 avg_d=3.137 std_dev=2.487
C4 B 0, 0.646, 3.350, 6.054, 7.030 max_d=7.030 avg_d=3.350 std_dev=2.704
O6 B 0, 0.783, 3.647, 6.512, 8.737 max_d=8.737 avg_d=3.647 std_dev=2.865
C6 B 0, 0.789, 3.671, 6.554, 8.328 max_d=8.328 avg_d=3.671 std_dev=2.882
O2' B 0, 0.789, 3.968, 7.147, 9.165 max_d=9.165 avg_d=3.968 std_dev=3.179
N3 B 0, 0.802, 4.064, 7.326, 8.430 max_d=8.430 avg_d=4.064 std_dev=3.262
N1 B 0, 0.949, 4.354, 7.758, 9.526 max_d=9.526 avg_d=4.354 std_dev=3.405
C2 B 0, 0.963, 4.532, 8.102, 9.571 max_d=9.571 avg_d=4.532 std_dev=3.570
N2 B 0, 1.147, 5.270, 9.392, 11.025 max_d=11.025 avg_d=5.270 std_dev=4.123

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.11 0.02 0.02 0.01 0.21 0.21 0.16 0.18
C2 0.05 0.00 0.06 0.09 0.02 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.10 0.06 0.45 0.38 0.68 0.51
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.08 0.03 0.05 0.06 0.15 0.00 0.01 0.01 0.25 0.32 0.40 0.14
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.10 0.01 0.10 0.03 0.09 0.05 0.10 0.11 0.15 0.04 0.02 0.01 0.34 0.44 0.55 0.21
C4 0.03 0.02 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.09 0.12 0.02 0.70 0.71 1.34 0.92
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.11 0.08 0.05 0.01 0.05 0.27 0.50 0.16
C5 0.01 0.02 0.07 0.10 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.13 0.03 0.74 0.77 1.42 0.99
C5' 0.04 0.08 0.02 0.03 0.12 0.01 0.13 0.00 0.11 0.08 0.09 0.13 0.11 0.08 0.05 0.03 0.01 0.41 0.36 0.03
C6 0.02 0.01 0.08 0.09 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.11 0.04 0.63 0.60 1.02 0.76
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03 0.44 0.39 0.61 0.49
N3 0.04 0.01 0.05 0.10 0.01 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.12 0.04 0.58 0.55 1.02 0.72
N4 0.03 0.03 0.06 0.11 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.10 0.14 0.02 0.75 0.81 1.57 1.05
O2 0.11 0.01 0.15 0.15 0.05 0.11 0.02 0.11 0.02 0.04 0.05 0.07 0.00 0.15 0.17 0.12 0.29 0.20 0.39 0.29
O2' 0.02 0.08 0.00 0.04 0.09 0.08 0.08 0.08 0.06 0.05 0.09 0.10 0.15 0.00 0.07 0.06 0.06 0.32 0.66 0.29
O3' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.12 0.05 0.13 0.05 0.11 0.06 0.12 0.14 0.17 0.07 0.00 0.04 0.32 0.49 0.94 0.35
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.12 0.06 0.04 0.00 0.11 0.14 0.17 0.17
O5' 0.21 0.45 0.25 0.34 0.70 0.05 0.74 0.01 0.63 0.44 0.58 0.75 0.29 0.06 0.32 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.21 0.38 0.32 0.44 0.71 0.27 0.77 0.41 0.60 0.39 0.55 0.81 0.20 0.32 0.49 0.14 0.02 0.00 0.06 0.01
OP2 0.16 0.68 0.40 0.55 1.34 0.50 1.42 0.36 1.02 0.61 1.02 1.57 0.39 0.66 0.94 0.17 0.02 0.06 0.00 0.01
P 0.18 0.51 0.14 0.21 0.92 0.16 0.99 0.03 0.76 0.49 0.72 1.05 0.29 0.29 0.35 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.70 1.97 2.01 1.73 1.76 1.27 1.65 0.80 1.75 1.38 1.90 2.06 1.92 1.42 1.61 2.48 2.03 1.32 0.81 1.68 0.41 0.20 0.36
C2 1.43 1.77 1.79 1.48 1.59 1.01 1.61 0.62 1.74 1.32 1.80 1.81 1.68 1.45 1.43 2.17 1.67 1.06 0.68 1.76 0.39 0.12 0.25
C2' 1.66 1.92 1.97 1.76 1.70 1.29 1.60 0.82 1.71 1.33 1.86 2.02 1.86 1.38 1.55 2.39 2.09 1.29 0.80 1.67 0.43 0.16 0.36
C3' 1.71 1.89 1.97 1.82 1.68 1.40 1.55 0.95 1.62 1.32 1.79 1.99 1.86 1.33 1.56 2.33 2.19 1.39 0.84 1.55 0.44 0.26 0.43
C4 1.13 1.33 1.48 1.20 1.26 0.79 1.32 0.50 1.37 1.15 1.37 1.32 1.27 1.27 1.16 1.72 1.29 0.84 0.59 1.39 0.38 0.10 0.21
C4' 1.85 2.06 2.06 1.86 1.83 1.48 1.65 0.98 1.72 1.41 1.92 2.17 2.04 1.40 1.70 2.48 2.26 1.52 0.90 1.61 0.44 0.29 0.46
C5 1.26 1.28 1.61 1.39 1.25 0.99 1.22 0.66 1.23 1.13 1.26 1.29 1.28 1.15 1.21 1.84 1.49 1.01 0.74 1.19 0.40 0.21 0.34
C5' 1.96 2.10 2.09 1.92 1.90 1.61 1.69 1.10 1.74 1.47 1.95 2.21 2.11 1.44 1.78 2.45 2.35 1.67 1.00 1.60 0.51 0.39 0.57
C6 1.49 1.56 1.83 1.60 1.47 1.16 1.39 0.75 1.42 1.24 1.50 1.59 1.55 1.25 1.40 2.16 1.79 1.19 0.80 1.36 0.40 0.23 0.37
N1 1.54 1.76 1.89 1.61 1.61 1.15 1.55 0.72 1.63 1.32 1.73 1.81 1.72 1.37 1.48 2.29 1.84 1.19 0.76 1.59 0.40 0.18 0.33
N3 1.24 1.58 1.60 1.29 1.45 0.84 1.52 0.51 1.64 1.25 1.65 1.60 1.48 1.42 1.29 1.91 1.41 0.90 0.58 1.70 0.37 0.09 0.18
N4 0.89 1.13 1.22 0.92 1.08 0.56 1.19 0.34 1.24 1.04 1.21 1.11 1.05 1.20 0.98 1.38 0.97 0.64 0.45 1.29 0.36 0.10 0.11
O2 1.47 1.93 1.83 1.51 1.69 1.02 1.72 0.62 1.90 1.37 1.98 2.00 1.80 1.53 1.49 2.25 1.72 1.08 0.67 1.96 0.39 0.12 0.24
O2' 1.73 2.09 2.01 1.78 1.81 1.31 1.70 0.82 1.83 1.38 2.02 2.22 2.01 1.44 1.63 2.47 2.14 1.34 0.80 1.80 0.43 0.15 0.35
O3' 1.76 1.97 1.99 1.86 1.73 1.48 1.58 1.03 1.66 1.34 1.85 2.09 1.93 1.35 1.60 2.33 2.27 1.46 0.86 1.59 0.48 0.29 0.47
O4' 1.83 2.04 2.07 1.79 1.83 1.38 1.67 0.88 1.73 1.42 1.92 2.14 2.02 1.41 1.70 2.57 2.13 1.45 0.87 1.61 0.39 0.26 0.40
O5' 1.58 1.65 1.71 1.62 1.40 1.42 1.19 1.15 1.29 1.00 1.52 1.79 1.61 0.92 1.31 2.02 1.93 1.40 0.86 1.20 0.99 0.83 0.85
OP1 1.66 1.79 1.44 1.47 1.47 1.61 1.29 1.45 1.45 1.05 1.70 1.95 1.72 1.00 1.37 1.68 1.84 1.63 1.07 1.41 1.28 1.04 1.12
OP2 1.51 0.47 1.31 1.66 0.81 1.97 0.70 2.18 0.43 1.20 0.33 0.50 0.70 0.97 1.18 1.32 1.49 1.81 1.85 0.41 2.20 2.08 2.06
P 1.58 1.26 1.48 1.61 1.12 1.70 0.86 1.60 0.88 0.93 1.11 1.40 1.29 0.72 1.20 1.68 1.90 1.63 1.27 0.77 1.50 1.34 1.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02 0.07 0.17 0.09 0.02 0.02 0.02 0.31 0.01 0.11 0.02 0.17 0.21 0.12
C2 0.09 0.00 0.33 0.33 0.02 0.13 0.04 0.18 0.04 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.18 0.22 0.07 0.16 0.05 0.14 0.29 0.19
C2' 0.01 0.33 0.00 0.00 0.13 0.02 0.07 0.16 0.10 0.24 0.23 0.47 0.33 0.19 0.06 0.02 0.03 0.03 0.46 0.08 0.55 0.55 0.51
C3' 0.02 0.33 0.00 0.00 0.26 0.01 0.31 0.02 0.33 0.26 0.34 0.40 0.29 0.30 0.19 0.05 0.03 0.03 0.28 0.35 0.38 0.10 0.26
C4 0.03 0.02 0.13 0.26 0.00 0.10 0.01 0.17 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.27 0.16 0.04 0.15 0.01 0.14 0.26 0.17
C4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.16 0.14 0.18 0.11 0.16 0.08 0.30 0.04 0.00 0.05 0.15 0.16 0.19 0.04
C5 0.01 0.04 0.07 0.31 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.43 0.16 0.04 0.21 0.01 0.22 0.33 0.24
C5' 0.06 0.18 0.16 0.02 0.17 0.01 0.22 0.00 0.22 0.21 0.21 0.22 0.16 0.24 0.14 0.14 0.22 0.02 0.03 0.24 0.17 0.31 0.04
C6 0.03 0.04 0.10 0.33 0.01 0.14 0.00 0.22 0.00 0.02 0.01 0.08 0.02 0.01 0.04 0.41 0.17 0.04 0.22 0.01 0.24 0.35 0.26
C8 0.02 0.02 0.24 0.26 0.02 0.16 0.02 0.21 0.02 0.00 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.46 0.18 0.08 0.21 0.01 0.20 0.27 0.21
N1 0.07 0.03 0.23 0.34 0.03 0.14 0.01 0.21 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.06 0.28 0.17 0.06 0.20 0.02 0.21 0.34 0.23
N2 0.17 0.01 0.47 0.40 0.04 0.18 0.04 0.22 0.08 0.05 0.08 0.00 0.06 0.03 0.09 0.25 0.27 0.11 0.17 0.10 0.14 0.30 0.20
N3 0.09 0.02 0.33 0.29 0.01 0.11 0.03 0.16 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.15 0.24 0.07 0.13 0.02 0.11 0.26 0.16
N7 0.02 0.03 0.19 0.30 0.01 0.16 0.01 0.24 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.53 0.21 0.06 0.25 0.01 0.27 0.35 0.27
N9 0.02 0.06 0.06 0.19 0.03 0.08 0.03 0.14 0.04 0.01 0.06 0.09 0.05 0.01 0.00 0.28 0.15 0.02 0.13 0.03 0.12 0.22 0.13
O2' 0.02 0.18 0.02 0.05 0.27 0.30 0.43 0.14 0.41 0.46 0.28 0.25 0.15 0.53 0.28 0.00 0.08 0.21 0.27 0.49 0.37 0.57 0.36
O3' 0.31 0.22 0.03 0.03 0.16 0.04 0.16 0.22 0.17 0.18 0.17 0.27 0.24 0.21 0.15 0.08 0.00 0.18 0.30 0.20 0.41 0.27 0.32
O4' 0.01 0.07 0.03 0.03 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.08 0.06 0.11 0.07 0.06 0.02 0.21 0.18 0.00 0.14 0.04 0.14 0.22 0.12
O5' 0.11 0.16 0.46 0.28 0.15 0.05 0.21 0.03 0.22 0.21 0.20 0.17 0.13 0.25 0.13 0.27 0.30 0.14 0.00 0.25 0.03 0.02 0.02
O6 0.02 0.05 0.08 0.35 0.01 0.15 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.49 0.20 0.04 0.25 0.00 0.29 0.38 0.29
OP1 0.17 0.14 0.55 0.38 0.14 0.16 0.22 0.17 0.24 0.20 0.21 0.14 0.11 0.27 0.12 0.37 0.41 0.14 0.03 0.29 0.00 0.05 0.01
OP2 0.21 0.29 0.55 0.10 0.26 0.19 0.33 0.31 0.35 0.27 0.34 0.30 0.26 0.35 0.22 0.57 0.27 0.22 0.02 0.38 0.05 0.00 0.02
P 0.12 0.19 0.51 0.26 0.17 0.04 0.24 0.04 0.26 0.21 0.23 0.20 0.16 0.27 0.13 0.36 0.32 0.12 0.02 0.29 0.01 0.02 0.00