ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52301

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.025, 0.040, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.010, 0.026, 0.043, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.026 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.030 std_dev=0.023
N1 A 0, -0.002, 0.026, 0.053, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.026 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.031, 0.069, 0.107, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.069 std_dev=0.038
N4 A 0, 0.037, 0.097, 0.157, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.097 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.042, 0.240, 0.439, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.240 std_dev=0.198
C2' A 0, 0.024, 0.254, 0.483, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.254 std_dev=0.230
P B 0, 0.201, 0.517, 0.832, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.517 std_dev=0.315
OP1 B 0, 0.354, 0.723, 1.093, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.723 std_dev=0.369
OP2 B 0, 0.246, 0.616, 0.986, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.616 std_dev=0.370
O5' A 0, 0.072, 0.630, 1.188, 1.742 max_d=1.742 avg_d=0.630 std_dev=0.558
O2' A 0, 0.163, 0.724, 1.284, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.724 std_dev=0.561
C3' A 0, 0.119, 0.683, 1.248, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.683 std_dev=0.564
C4' A 0, 0.108, 0.683, 1.259, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.683 std_dev=0.575
P A 0, 0.392, 1.030, 1.668, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.030 std_dev=0.638
O3' A 0, 0.157, 1.065, 1.972, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.065 std_dev=0.907
C5' A 0, 0.203, 1.117, 2.031, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.117 std_dev=0.914
OP2 A 0, 0.480, 1.553, 2.627, 3.331 max_d=3.331 avg_d=1.553 std_dev=1.074
O5' B 0, 0.260, 1.429, 2.597, 2.948 max_d=2.948 avg_d=1.429 std_dev=1.168
OP1 A 0, 0.474, 1.655, 2.837, 3.387 max_d=3.387 avg_d=1.655 std_dev=1.182
C5' B 0, 0.123, 2.113, 4.104, 5.191 max_d=5.191 avg_d=2.113 std_dev=1.990
O4' B 0, 0.330, 2.822, 5.314, 6.057 max_d=6.057 avg_d=2.822 std_dev=2.492
C4' B 0, 0.206, 2.776, 5.346, 6.549 max_d=6.549 avg_d=2.776 std_dev=2.570
C1' B 0, 0.421, 3.465, 6.509, 6.941 max_d=6.941 avg_d=3.465 std_dev=3.044
C8 B 0, 0.406, 3.478, 6.551, 7.640 max_d=7.640 avg_d=3.478 std_dev=3.072
C3' B 0, -0.329, 2.919, 6.166, 8.386 max_d=8.386 avg_d=2.919 std_dev=3.247
N9 B 0, 0.384, 3.672, 6.959, 8.167 max_d=8.167 avg_d=3.672 std_dev=3.287
C2' B 0, 0.165, 3.589, 7.014, 8.534 max_d=8.534 avg_d=3.589 std_dev=3.424
N7 B 0, 0.489, 4.396, 8.304, 9.586 max_d=9.586 avg_d=4.396 std_dev=3.908
O3' B 0, -0.577, 3.589, 7.755, 10.729 max_d=10.729 avg_d=3.589 std_dev=4.166
C4 B 0, 0.375, 4.550, 8.725, 10.526 max_d=10.526 avg_d=4.550 std_dev=4.175
O2' B 0, 0.094, 4.311, 8.528, 10.606 max_d=10.606 avg_d=4.311 std_dev=4.217
C5 B 0, 0.462, 5.014, 9.565, 11.308 max_d=11.308 avg_d=5.014 std_dev=4.552
N3 B 0, 0.351, 5.055, 9.760, 11.912 max_d=11.912 avg_d=5.055 std_dev=4.704
C2 B 0, 0.357, 5.914, 11.471, 14.071 max_d=14.071 avg_d=5.914 std_dev=5.557
C6 B 0, 0.545, 6.147, 11.748, 13.758 max_d=13.758 avg_d=6.147 std_dev=5.602
N1 B 0, 0.466, 6.453, 12.441, 14.954 max_d=14.954 avg_d=6.453 std_dev=5.988
N2 B 0, 0.327, 6.497, 12.667, 15.669 max_d=15.669 avg_d=6.497 std_dev=6.170
O6 B 0, 0.684, 6.931, 13.179, 14.898 max_d=14.898 avg_d=6.931 std_dev=6.247

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.22 0.29 0.23 0.16
C2 0.02 0.00 0.13 0.28 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.27 0.04 0.22 0.52 0.39 0.14
C2' 0.01 0.13 0.00 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.08 0.04 0.11 0.05 0.21 0.00 0.10 0.01 0.30 0.23 0.35 0.22
C3' 0.03 0.28 0.02 0.00 0.36 0.01 0.35 0.02 0.30 0.23 0.33 0.39 0.25 0.07 0.02 0.01 0.34 0.24 0.33 0.20
C4 0.03 0.01 0.05 0.36 0.00 0.22 0.01 0.45 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.39 0.07 0.31 0.95 0.64 0.38
C4' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.22 0.00 0.28 0.01 0.25 0.12 0.13 0.25 0.04 0.25 0.02 0.01 0.02 0.31 0.19 0.22
C5 0.04 0.01 0.06 0.35 0.01 0.28 0.00 0.52 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.20 0.39 0.09 0.36 1.04 0.69 0.45
C5' 0.04 0.22 0.02 0.02 0.45 0.01 0.52 0.00 0.44 0.25 0.32 0.51 0.13 0.22 0.08 0.02 0.02 0.29 0.23 0.03
C6 0.04 0.01 0.08 0.30 0.01 0.25 0.01 0.44 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.14 0.32 0.08 0.34 0.82 0.57 0.33
N1 0.01 0.01 0.04 0.23 0.02 0.12 0.02 0.25 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.14 0.22 0.03 0.26 0.52 0.40 0.16
N3 0.02 0.01 0.11 0.33 0.01 0.13 0.01 0.32 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.30 0.35 0.04 0.25 0.72 0.51 0.23
N4 0.04 0.01 0.05 0.39 0.01 0.25 0.03 0.51 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.30 0.44 0.09 0.35 1.12 0.73 0.48
O2 0.05 0.01 0.21 0.25 0.01 0.04 0.01 0.13 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.25 0.25 0.06 0.16 0.39 0.26 0.13
O2' 0.03 0.25 0.00 0.07 0.27 0.25 0.20 0.22 0.14 0.14 0.30 0.30 0.25 0.00 0.15 0.22 0.14 0.60 0.28 0.50
O3' 0.02 0.27 0.10 0.02 0.39 0.02 0.39 0.08 0.32 0.22 0.35 0.44 0.25 0.15 0.00 0.01 0.32 0.37 0.26 0.24
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.04 0.09 0.06 0.22 0.01 0.00 0.23 0.29 0.18 0.16
O5' 0.22 0.22 0.30 0.34 0.31 0.02 0.36 0.02 0.34 0.26 0.25 0.35 0.16 0.14 0.32 0.23 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.52 0.23 0.24 0.95 0.31 1.04 0.29 0.82 0.52 0.72 1.12 0.39 0.60 0.37 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.39 0.35 0.33 0.64 0.19 0.69 0.23 0.57 0.40 0.51 0.73 0.26 0.28 0.26 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.14 0.22 0.20 0.38 0.22 0.45 0.03 0.33 0.16 0.23 0.48 0.13 0.50 0.24 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.55 2.13 2.15 2.03 1.99 1.17 2.24 0.85 2.49 1.86 2.36 2.09 1.96 2.21 1.77 2.30 2.39 0.89 0.77 2.79 0.37 0.31 0.15
C2 1.03 2.11 1.29 1.18 1.95 0.56 2.51 0.68 2.88 1.95 2.60 1.98 1.77 2.55 1.60 1.33 1.38 0.36 0.44 3.36 0.32 0.25 0.14
C2' 1.41 1.99 1.99 1.97 1.84 1.06 2.10 0.77 2.34 1.73 2.23 1.96 1.81 2.07 1.63 2.14 2.42 0.76 0.70 2.64 0.43 0.32 0.15
C3' 1.82 2.00 2.50 2.54 1.97 1.52 2.07 1.04 2.17 1.92 2.08 1.98 1.96 2.08 1.89 2.71 3.08 1.19 1.13 2.33 0.75 0.22 0.53
C4 0.76 1.57 0.93 0.89 1.55 0.52 2.07 0.71 2.30 1.72 1.99 1.41 1.32 2.25 1.30 0.92 1.00 0.27 0.40 2.67 0.25 0.26 0.17
C4' 2.01 2.10 2.81 2.73 2.03 1.70 2.02 1.15 2.08 1.89 2.07 2.14 2.10 1.99 1.97 3.07 3.27 1.33 1.13 2.17 0.65 0.20 0.45
C5 1.29 1.50 1.69 1.67 1.56 1.03 1.78 0.82 1.85 1.66 1.67 1.40 1.44 1.90 1.49 1.69 1.81 0.84 0.77 2.04 0.29 0.33 0.20
C5' 2.35 2.13 3.24 3.21 2.12 2.12 1.94 1.49 1.86 1.98 1.93 2.22 2.25 1.91 2.16 3.58 3.83 1.68 1.46 1.79 0.96 0.43 0.81
C6 1.56 1.78 2.10 2.05 1.78 1.26 1.93 0.92 2.01 1.75 1.89 1.72 1.73 1.95 1.69 2.17 2.30 1.01 0.86 2.18 0.34 0.33 0.20
N1 1.35 1.96 1.85 1.76 1.87 0.98 2.21 0.78 2.45 1.84 2.26 1.87 1.78 2.24 1.66 1.93 2.03 0.74 0.69 2.78 0.34 0.30 0.15
N3 0.83 2.03 0.86 0.74 1.89 0.39 2.51 0.72 2.88 1.94 2.55 1.86 1.66 2.62 1.52 0.86 0.87 0.22 0.29 3.37 0.27 0.23 0.16
N4 0.46 1.39 0.33 0.28 1.38 0.51 1.95 0.87 2.15 1.61 1.82 1.22 1.12 2.18 1.11 0.31 0.34 0.21 0.22 2.51 0.20 0.23 0.22
O2 1.04 2.40 1.21 1.05 2.14 0.46 2.76 0.68 3.24 2.06 2.96 2.28 1.98 2.75 1.71 1.26 1.27 0.33 0.38 3.80 0.34 0.23 0.14
O2' 1.30 2.12 1.89 1.83 1.85 1.03 2.15 0.90 2.50 1.63 2.41 2.13 1.86 2.05 1.55 2.06 2.30 0.66 0.60 2.86 0.47 0.58 0.36
O3' 1.88 2.03 2.55 2.62 2.00 1.59 2.11 1.11 2.19 1.97 2.11 2.01 1.99 2.13 1.93 2.80 3.22 1.26 1.23 2.36 0.92 0.32 0.68
O4' 1.88 2.13 2.62 2.47 2.02 1.54 2.05 1.06 2.16 1.82 2.15 2.16 2.09 1.98 1.90 2.84 2.89 1.23 0.96 2.30 0.39 0.30 0.21
O5' 2.13 1.95 3.05 2.94 1.79 1.95 1.38 1.30 1.27 1.37 1.57 2.17 2.09 1.16 1.79 3.47 3.61 1.54 1.02 1.03 0.28 0.58 0.23
OP1 1.62 1.46 2.55 2.51 1.26 1.41 0.92 0.83 0.78 1.06 1.07 1.73 1.56 0.91 1.30 3.04 3.23 0.96 0.94 0.57 1.20 1.43 1.24
OP2 2.28 2.30 3.11 2.81 1.93 2.02 1.40 1.33 1.35 1.24 1.83 2.64 2.39 0.96 1.85 3.66 3.48 1.79 0.99 0.96 0.79 1.25 0.77
P 1.96 1.96 2.89 2.70 1.64 1.69 1.15 0.95 1.08 1.07 1.52 2.27 2.05 0.80 1.59 3.37 3.37 1.33 0.66 0.67 0.33 0.87 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.06 0.06 0.01 0.01 0.03 0.32 0.00 0.21 0.03 0.52 0.17 0.20
C2 0.05 0.00 0.39 0.35 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.26 0.28 0.24 0.01 0.95 0.25 0.27
C2' 0.01 0.39 0.00 0.00 0.20 0.01 0.08 0.22 0.15 0.22 0.29 0.48 0.39 0.13 0.01 0.00 0.03 0.01 0.55 0.10 0.73 0.27 0.55
C3' 0.01 0.35 0.00 0.00 0.31 0.00 0.35 0.02 0.39 0.26 0.39 0.35 0.30 0.33 0.22 0.01 0.01 0.02 0.23 0.41 0.13 0.09 0.13
C4 0.02 0.01 0.20 0.31 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.14 0.15 0.20 0.02 0.91 0.29 0.23
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.07 0.17 0.05 0.12 0.09 0.16 0.07 0.31 0.02 0.01 0.03 0.10 0.21 0.21 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.35 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.10 0.07 0.16 0.02 1.07 0.45 0.21
C5' 0.09 0.16 0.22 0.02 0.10 0.01 0.09 0.00 0.11 0.09 0.14 0.19 0.16 0.11 0.06 0.09 0.21 0.02 0.02 0.13 0.41 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.39 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.15 0.12 0.17 0.01 1.12 0.46 0.22
C8 0.02 0.00 0.22 0.26 0.00 0.17 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.41 0.11 0.16 0.12 0.04 0.96 0.48 0.16
N1 0.04 0.00 0.29 0.39 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.19 0.22 0.21 0.02 1.06 0.34 0.25
N2 0.06 0.00 0.48 0.35 0.01 0.12 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.33 0.33 0.26 0.03 0.91 0.21 0.28
N3 0.06 0.00 0.39 0.30 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.27 0.28 0.25 0.01 0.85 0.21 0.26
N7 0.01 0.01 0.13 0.33 0.01 0.16 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.14 0.09 0.11 0.05 1.11 0.60 0.17
N9 0.01 0.01 0.01 0.22 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.09 0.01 0.19 0.03 0.80 0.27 0.21
O2' 0.03 0.13 0.00 0.01 0.09 0.31 0.25 0.09 0.20 0.41 0.06 0.28 0.16 0.41 0.19 0.00 0.05 0.23 0.33 0.27 0.60 0.20 0.40
O3' 0.32 0.26 0.03 0.01 0.14 0.02 0.10 0.21 0.15 0.11 0.19 0.33 0.27 0.14 0.09 0.05 0.00 0.24 0.22 0.18 0.50 0.20 0.22
O4' 0.00 0.28 0.01 0.02 0.15 0.01 0.07 0.02 0.12 0.16 0.22 0.33 0.28 0.09 0.01 0.23 0.24 0.00 0.14 0.10 0.16 0.19 0.11
O5' 0.21 0.24 0.55 0.23 0.20 0.03 0.16 0.02 0.17 0.12 0.21 0.26 0.25 0.11 0.19 0.33 0.22 0.14 0.00 0.15 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.41 0.02 0.10 0.02 0.13 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.27 0.18 0.10 0.15 0.00 1.18 0.56 0.20
OP1 0.52 0.95 0.73 0.13 0.91 0.21 1.07 0.41 1.12 0.96 1.06 0.91 0.85 1.11 0.80 0.60 0.50 0.16 0.02 1.18 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.25 0.27 0.09 0.29 0.21 0.45 0.35 0.46 0.48 0.34 0.21 0.21 0.60 0.27 0.20 0.20 0.19 0.02 0.56 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.27 0.55 0.13 0.23 0.04 0.21 0.02 0.22 0.16 0.25 0.28 0.26 0.17 0.21 0.40 0.22 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00