ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52302

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C5 A 0, -0.002, 0.006, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.006 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N4 A 0, 0.010, 0.023, 0.037, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.008, 0.027, 0.047, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.058, 0.159, 0.259, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.159 std_dev=0.101
C2' A 0, 0.043, 0.160, 0.277, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.160 std_dev=0.117
C5' A 0, 0.130, 0.362, 0.594, 0.749 max_d=0.749 avg_d=0.362 std_dev=0.232
C4' A 0, -0.009, 0.241, 0.492, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.241 std_dev=0.250
OP2 B 0, 0.129, 0.420, 0.710, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.420 std_dev=0.290
P B 0, 0.166, 0.554, 0.943, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.554 std_dev=0.388
C3' A 0, -0.084, 0.310, 0.705, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.310 std_dev=0.394
OP1 B 0, 0.237, 0.649, 1.062, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.649 std_dev=0.413
O2' A 0, -0.078, 0.336, 0.749, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.336 std_dev=0.414
O5' B 0, 0.179, 0.877, 1.574, 2.252 max_d=2.252 avg_d=0.877 std_dev=0.697
P A 0, 0.139, 0.869, 1.600, 2.540 max_d=2.540 avg_d=0.869 std_dev=0.731
O5' A 0, -0.058, 0.673, 1.405, 2.503 max_d=2.503 avg_d=0.673 std_dev=0.731
O3' A 0, -0.348, 0.490, 1.328, 2.686 max_d=2.686 avg_d=0.490 std_dev=0.838
C5' B 0, 0.131, 1.163, 2.196, 3.464 max_d=3.464 avg_d=1.163 std_dev=1.032
OP1 A 0, -0.211, 1.031, 2.274, 4.191 max_d=4.191 avg_d=1.031 std_dev=1.243
OP2 A 0, -0.003, 1.380, 2.764, 4.768 max_d=4.768 avg_d=1.380 std_dev=1.383
C4' B 0, -0.105, 1.560, 3.225, 5.620 max_d=5.620 avg_d=1.560 std_dev=1.665
N7 B 0, -0.262, 1.429, 3.121, 5.705 max_d=5.705 avg_d=1.429 std_dev=1.691
C8 B 0, -0.249, 1.471, 3.190, 5.800 max_d=5.800 avg_d=1.471 std_dev=1.719
C3' B 0, -0.256, 1.649, 3.554, 6.392 max_d=6.392 avg_d=1.649 std_dev=1.905
O4' B 0, -0.286, 1.696, 3.677, 6.658 max_d=6.658 avg_d=1.696 std_dev=1.982
O3' B 0, -0.327, 1.791, 3.909, 7.089 max_d=7.089 avg_d=1.791 std_dev=2.118
O6 B 0, -0.514, 1.669, 3.851, 7.255 max_d=7.255 avg_d=1.669 std_dev=2.183
C5 B 0, -0.487, 1.706, 3.898, 7.313 max_d=7.313 avg_d=1.706 std_dev=2.193
N9 B 0, -0.451, 1.764, 3.979, 7.401 max_d=7.401 avg_d=1.764 std_dev=2.215
C1' B 0, -0.476, 1.916, 4.308, 7.989 max_d=7.989 avg_d=1.916 std_dev=2.392
C6 B 0, -0.593, 1.815, 4.223, 7.997 max_d=7.997 avg_d=1.815 std_dev=2.408
C2' B 0, -0.492, 1.999, 4.491, 8.312 max_d=8.312 avg_d=1.999 std_dev=2.492
C4 B 0, -0.602, 1.930, 4.463, 8.422 max_d=8.422 avg_d=1.930 std_dev=2.532
O2' B 0, -0.565, 2.392, 5.350, 9.877 max_d=9.877 avg_d=2.392 std_dev=2.958
N1 B 0, -0.806, 2.161, 5.129, 9.814 max_d=9.814 avg_d=2.161 std_dev=2.967
N3 B 0, -0.813, 2.267, 5.347, 10.200 max_d=10.200 avg_d=2.267 std_dev=3.080
C2 B 0, -0.907, 2.373, 5.654, 10.841 max_d=10.841 avg_d=2.373 std_dev=3.280
N2 B 0, -1.095, 2.728, 6.552, 12.617 max_d=12.617 avg_d=2.728 std_dev=3.824

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.23 0.00 0.17 0.68 0.15 0.17
C2 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.25 0.16 0.01 0.37 0.79 0.47 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.13 0.04 0.01 0.03 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.14 0.47 0.21 0.14
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.22 0.01 0.26 0.01 0.23 0.15 0.16 0.23 0.06 0.02 0.01 0.01 0.26 0.08 0.38 0.16
C4 0.01 0.01 0.03 0.22 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.27 0.04 0.02 0.50 0.81 0.66 0.10
C4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.09 0.00 0.11 0.00 0.11 0.06 0.06 0.09 0.02 0.20 0.02 0.00 0.01 0.21 0.03 0.10
C5 0.01 0.02 0.04 0.26 0.00 0.11 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.21 0.11 0.01 0.52 0.81 0.63 0.11
C5' 0.03 0.05 0.13 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.13 0.06 0.08 0.14 0.02 0.05 0.14 0.01 0.00 0.12 0.03 0.00
C6 0.01 0.02 0.04 0.23 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.15 0.08 0.01 0.46 0.81 0.46 0.06
N1 0.01 0.01 0.01 0.15 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.15 0.08 0.01 0.36 0.78 0.37 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.16 0.00 0.06 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.29 0.08 0.02 0.44 0.82 0.59 0.07
N4 0.02 0.00 0.03 0.23 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.06 0.02 0.52 0.79 0.74 0.14
O2 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.24 0.29 0.02 0.30 0.75 0.40 0.08
O2' 0.02 0.25 0.00 0.02 0.27 0.20 0.21 0.05 0.15 0.15 0.29 0.30 0.24 0.00 0.01 0.16 0.23 0.36 0.24 0.09
O3' 0.23 0.16 0.02 0.01 0.04 0.02 0.11 0.14 0.08 0.08 0.08 0.06 0.29 0.01 0.00 0.15 0.25 0.23 0.43 0.25
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.16 0.15 0.00 0.03 0.68 0.09 0.26
O5' 0.17 0.37 0.14 0.26 0.50 0.01 0.52 0.00 0.46 0.36 0.44 0.52 0.30 0.23 0.25 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.68 0.79 0.47 0.08 0.81 0.21 0.81 0.12 0.81 0.78 0.82 0.79 0.75 0.36 0.23 0.68 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.47 0.21 0.38 0.66 0.03 0.63 0.03 0.46 0.37 0.59 0.74 0.40 0.24 0.43 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.06 0.14 0.16 0.10 0.10 0.11 0.00 0.06 0.08 0.07 0.14 0.08 0.09 0.25 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.08 2.87 2.19 1.61 2.40 1.36 2.11 0.79 2.23 1.62 2.63 3.06 2.77 1.61 2.07 2.32 1.49 1.61 0.58 1.94 0.22 0.04 0.10
C2 1.52 2.16 1.58 1.19 1.86 0.98 1.76 0.56 1.89 1.31 2.10 2.25 2.05 1.38 1.59 1.63 1.09 1.16 0.43 1.71 0.21 0.06 0.10
C2' 2.03 2.89 2.23 1.66 2.32 1.33 2.03 0.72 2.20 1.52 2.65 3.17 2.74 1.52 1.99 2.41 1.63 1.53 0.50 1.94 0.26 0.10 0.05
C3' 2.32 2.92 2.57 2.03 2.46 1.70 2.12 1.09 2.21 1.74 2.62 3.19 2.85 1.67 2.21 2.80 2.05 1.86 0.84 1.93 0.21 0.25 0.37
C4 0.95 1.24 1.02 0.81 1.14 0.61 1.09 0.33 1.12 0.88 1.20 1.27 1.20 0.93 1.02 1.01 0.76 0.70 0.26 1.01 0.21 0.09 0.09
C4' 2.37 2.90 2.60 1.97 2.46 1.68 2.08 1.03 2.14 1.71 2.56 3.16 2.88 1.63 2.22 2.86 1.92 1.89 0.76 1.84 0.15 0.11 0.25
C5 1.22 1.43 1.31 1.07 1.36 0.83 1.25 0.48 1.23 1.09 1.34 1.46 1.43 1.07 1.27 1.28 0.98 0.94 0.38 1.07 0.22 0.06 0.08
C5' 2.44 2.71 2.74 2.17 2.38 1.84 2.00 1.16 2.01 1.72 2.38 2.94 2.75 1.60 2.22 3.04 2.21 1.99 0.86 1.72 0.18 0.19 0.33
C6 1.67 1.98 1.79 1.41 1.85 1.13 1.65 0.66 1.64 1.39 1.83 2.04 1.99 1.35 1.70 1.79 1.29 1.30 0.51 1.41 0.22 0.04 0.09
N1 1.77 2.36 1.87 1.41 2.08 1.16 1.88 0.67 1.95 1.46 2.21 2.46 2.30 1.48 1.82 1.92 1.30 1.36 0.50 1.70 0.22 0.05 0.09
N3 1.13 1.59 1.19 0.91 1.40 0.72 1.36 0.40 1.46 1.01 1.57 1.65 1.51 1.10 1.20 1.21 0.85 0.85 0.31 1.35 0.21 0.09 0.10
N4 0.49 0.68 0.58 0.48 0.61 0.31 0.59 0.15 0.61 0.46 0.66 0.70 0.65 0.49 0.54 0.57 0.48 0.34 0.13 0.56 0.20 0.12 0.12
O2 1.60 2.42 1.65 1.22 1.98 1.03 1.87 0.59 2.09 1.35 2.38 2.56 2.23 1.43 1.66 1.73 1.12 1.23 0.45 1.93 0.20 0.07 0.11
O2' 2.05 3.06 2.25 1.64 2.34 1.33 2.00 0.69 2.21 1.43 2.77 3.46 2.86 1.42 1.97 2.51 1.64 1.53 0.42 1.92 0.34 0.28 0.14
O3' 2.19 2.72 2.45 1.93 2.24 1.64 1.88 1.05 1.96 1.54 2.39 3.04 2.66 1.44 2.02 2.75 2.01 1.76 0.76 1.66 0.23 0.17 0.32
O4' 2.28 2.87 2.41 1.75 2.46 1.51 2.09 0.89 2.14 1.69 2.54 3.06 2.86 1.62 2.19 2.58 1.59 1.79 0.64 1.82 0.21 0.02 0.14
O5' 2.29 2.41 2.54 2.14 2.24 1.80 1.95 1.22 1.93 1.78 2.18 2.53 2.47 1.67 2.15 2.67 2.13 1.93 1.01 1.71 0.34 0.53 0.59
OP1 1.04 0.92 1.34 1.09 0.75 0.86 0.43 0.36 0.40 0.37 0.65 1.09 1.01 0.23 0.73 1.71 1.45 0.81 0.11 0.22 0.46 0.62 0.42
OP2 1.49 1.51 1.62 1.51 1.46 1.26 1.34 0.93 1.32 1.29 1.42 1.54 1.53 1.23 1.44 1.64 1.55 1.30 0.85 1.22 0.53 0.75 0.71
P 1.73 1.67 1.99 1.77 1.55 1.46 1.29 0.95 1.26 1.22 1.46 1.77 1.74 1.08 1.53 2.16 1.99 1.47 0.69 1.07 0.17 0.23 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.16 0.11 0.07
C2 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.08 0.02 0.16 0.17 0.11
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.25 0.19 0.13
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.27 0.21 0.16
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.01 0.16 0.16 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.15 0.08 0.06
C5 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.11 0.01 0.16 0.19 0.15
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.08 0.05 0.03 0.03 0.09 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.11 0.00 0.17 0.20 0.15
C8 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.13 0.01 0.16 0.17 0.14
N1 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.10 0.01 0.16 0.18 0.13
N2 0.02 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.07 0.03 0.16 0.17 0.11
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.07 0.01 0.16 0.15 0.10
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.13 0.01 0.18 0.20 0.17
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.16 0.14 0.11
O2' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.05 0.07 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.25 0.18 0.13
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.06 0.34 0.25 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.09 0.03 0.03
O5' 0.06 0.08 0.05 0.05 0.09 0.02 0.11 0.01 0.11 0.13 0.10 0.07 0.07 0.13 0.09 0.05 0.06 0.05 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.12 0.00 0.18 0.22 0.17
OP1 0.16 0.16 0.25 0.27 0.16 0.15 0.16 0.07 0.17 0.16 0.16 0.16 0.16 0.18 0.16 0.25 0.34 0.09 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.17 0.19 0.21 0.16 0.08 0.19 0.02 0.20 0.17 0.18 0.17 0.15 0.20 0.14 0.18 0.25 0.03 0.02 0.22 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.11 0.13 0.16 0.12 0.06 0.15 0.02 0.15 0.14 0.13 0.11 0.10 0.17 0.11 0.13 0.21 0.03 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00