ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52306

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.012, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.010, 0.020, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.015, 0.027, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.027 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.018, 0.040, 0.063, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.040 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.030, 0.054, 0.078, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.054 std_dev=0.024
N4 A 0, 0.050, 0.087, 0.123, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.087 std_dev=0.037
OP1 B 0, 0.181, 0.400, 0.618, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.400 std_dev=0.218
O4' A 0, -0.025, 0.260, 0.545, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.260 std_dev=0.285
P B 0, 0.331, 0.647, 0.964, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.647 std_dev=0.317
OP2 B 0, 0.295, 0.635, 0.974, 1.057 max_d=1.057 avg_d=0.635 std_dev=0.340
C4' A 0, 0.269, 0.634, 0.999, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.634 std_dev=0.365
O5' A 0, 0.338, 0.703, 1.068, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.703 std_dev=0.365
C2' A 0, -0.060, 0.322, 0.703, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.322 std_dev=0.382
C3' A 0, 0.507, 0.898, 1.288, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.898 std_dev=0.391
O2' A 0, 0.395, 0.954, 1.513, 2.042 max_d=2.042 avg_d=0.954 std_dev=0.559
C5' A 0, 0.428, 1.067, 1.706, 1.925 max_d=1.925 avg_d=1.067 std_dev=0.639
O3' A 0, 0.858, 1.505, 2.152, 2.021 max_d=2.021 avg_d=1.505 std_dev=0.647
O5' B 0, 0.881, 1.561, 2.242, 2.071 max_d=2.071 avg_d=1.561 std_dev=0.681
O4' B 0, 1.192, 2.072, 2.952, 2.759 max_d=2.759 avg_d=2.072 std_dev=0.880
C5' B 0, 1.190, 2.118, 3.047, 2.821 max_d=2.821 avg_d=2.118 std_dev=0.929
P A 0, 1.270, 2.214, 3.158, 3.105 max_d=3.105 avg_d=2.214 std_dev=0.944
N9 B 0, 0.908, 1.970, 3.033, 3.967 max_d=3.967 avg_d=1.970 std_dev=1.063
C1' B 0, 1.504, 2.607, 3.710, 3.600 max_d=3.600 avg_d=2.607 std_dev=1.103
C8 B 0, 1.544, 2.685, 3.826, 3.614 max_d=3.614 avg_d=2.685 std_dev=1.141
OP2 A 0, 1.630, 2.870, 4.110, 3.931 max_d=3.931 avg_d=2.870 std_dev=1.240
C4' B 0, 1.701, 3.019, 4.336, 3.995 max_d=3.995 avg_d=3.019 std_dev=1.317
C4 B 0, 0.578, 2.002, 3.425, 5.124 max_d=5.124 avg_d=2.002 std_dev=1.423
OP1 A 0, 1.968, 3.405, 4.841, 4.635 max_d=4.635 avg_d=3.405 std_dev=1.436
N7 B 0, 1.967, 3.420, 4.873, 4.584 max_d=4.584 avg_d=3.420 std_dev=1.453
C5 B 0, 0.940, 2.421, 3.903, 5.414 max_d=5.414 avg_d=2.421 std_dev=1.481
N3 B 0, 1.424, 3.053, 4.682, 5.945 max_d=5.945 avg_d=3.053 std_dev=1.629
C2' B 0, 2.198, 3.882, 5.567, 5.128 max_d=5.128 avg_d=3.882 std_dev=1.685
C6 B 0, 0.748, 2.589, 4.429, 6.575 max_d=6.575 avg_d=2.589 std_dev=1.840
C2 B 0, 1.073, 2.994, 4.915, 6.926 max_d=6.926 avg_d=2.994 std_dev=1.921
O6 B 0, 1.821, 3.788, 5.754, 7.161 max_d=7.161 avg_d=3.788 std_dev=1.967
C3' B 0, 2.191, 4.198, 6.204, 5.529 max_d=5.529 avg_d=4.198 std_dev=2.006
N2 B 0, 2.238, 4.410, 6.581, 7.849 max_d=7.849 avg_d=4.410 std_dev=2.172
N1 B 0, -0.158, 2.019, 4.196, 7.194 max_d=7.194 avg_d=2.019 std_dev=2.177
O2' B 0, 2.806, 5.070, 7.335, 6.869 max_d=6.869 avg_d=5.070 std_dev=2.265
O3' B 0, 2.927, 6.077, 9.227, 8.181 max_d=8.181 avg_d=6.077 std_dev=3.150

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.10 0.01 0.19 0.19 0.39 0.17
C2 0.01 0.00 0.06 0.22 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.21 0.14 0.04 0.28 0.21 0.54 0.28
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.12 0.03 0.20 0.07 0.21 0.08 0.04 0.12 0.18 0.01 0.02 0.01 0.38 0.43 0.67 0.47
C3' 0.03 0.22 0.00 0.00 0.19 0.00 0.14 0.01 0.11 0.13 0.23 0.21 0.25 0.02 0.01 0.03 0.42 0.48 0.43 0.37
C4 0.03 0.01 0.12 0.19 0.00 0.15 0.00 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.18 0.06 0.32 0.28 0.60 0.35
C4' 0.01 0.09 0.03 0.00 0.15 0.00 0.16 0.01 0.14 0.09 0.12 0.17 0.08 0.22 0.02 0.01 0.03 0.23 0.21 0.04
C5 0.03 0.01 0.20 0.14 0.00 0.16 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.14 0.07 0.32 0.29 0.56 0.36
C5' 0.05 0.19 0.07 0.01 0.31 0.01 0.33 0.00 0.27 0.18 0.25 0.34 0.14 0.14 0.14 0.01 0.01 0.37 0.32 0.02
C6 0.03 0.01 0.21 0.11 0.01 0.14 0.00 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.11 0.07 0.31 0.24 0.50 0.31
N1 0.02 0.00 0.08 0.13 0.01 0.09 0.01 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.08 0.04 0.27 0.21 0.49 0.26
N3 0.02 0.00 0.04 0.23 0.00 0.12 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.18 0.05 0.31 0.24 0.59 0.33
N4 0.03 0.01 0.12 0.21 0.00 0.17 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.21 0.06 0.32 0.32 0.61 0.37
O2 0.02 0.00 0.18 0.25 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.16 0.06 0.25 0.20 0.53 0.26
O2' 0.02 0.21 0.01 0.02 0.31 0.22 0.30 0.14 0.25 0.18 0.28 0.33 0.15 0.00 0.06 0.16 0.13 0.20 0.55 0.26
O3' 0.10 0.14 0.02 0.01 0.18 0.02 0.14 0.14 0.11 0.08 0.18 0.21 0.16 0.06 0.00 0.06 0.30 0.42 0.28 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.16 0.06 0.00 0.25 0.25 0.25 0.13
O5' 0.19 0.28 0.38 0.42 0.32 0.03 0.32 0.01 0.31 0.27 0.31 0.32 0.25 0.13 0.30 0.25 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.19 0.21 0.43 0.48 0.28 0.23 0.29 0.37 0.24 0.21 0.24 0.32 0.20 0.20 0.42 0.25 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.39 0.54 0.67 0.43 0.60 0.21 0.56 0.32 0.50 0.49 0.59 0.61 0.53 0.55 0.28 0.25 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.28 0.47 0.37 0.35 0.04 0.36 0.02 0.31 0.26 0.33 0.37 0.26 0.26 0.25 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.88 0.66 1.52 1.85 0.57 1.10 0.30 0.77 0.26 0.31 0.42 0.79 0.76 0.18 0.61 1.81 2.63 0.53 0.27 0.25 0.12 0.16 0.20
C2 0.96 0.88 1.47 1.73 0.89 0.99 0.81 0.74 0.76 0.85 0.81 0.90 0.92 0.78 0.92 1.62 2.25 0.60 0.26 0.68 0.12 0.19 0.23
C2' 1.02 0.73 1.56 1.95 0.63 1.33 0.31 1.03 0.25 0.33 0.45 0.88 0.85 0.15 0.68 1.90 2.79 0.76 0.46 0.22 0.20 0.23 0.43
C3' 0.74 0.51 1.27 1.62 0.33 1.07 0.21 0.70 0.28 0.20 0.23 0.73 0.63 0.45 0.34 1.71 2.57 0.48 0.27 0.54 0.31 0.20 0.16
C4 0.96 0.92 1.32 1.51 1.03 0.85 1.09 0.67 1.04 1.19 0.97 0.85 0.93 1.19 1.07 1.38 1.77 0.62 0.23 1.05 0.14 0.19 0.24
C4' 0.78 0.55 1.42 1.73 0.36 1.08 0.32 0.70 0.38 0.36 0.27 0.78 0.67 0.61 0.37 1.86 2.68 0.46 0.37 0.68 0.36 0.18 0.24
C5 0.94 0.77 1.36 1.64 0.85 0.95 0.80 0.72 0.73 0.92 0.73 0.74 0.82 0.83 0.92 1.45 1.95 0.61 0.22 0.66 0.12 0.18 0.20
C5' 0.78 0.52 1.39 1.67 0.31 1.11 0.43 0.75 0.48 0.54 0.24 0.79 0.66 0.81 0.34 1.90 2.65 0.50 0.52 0.82 0.54 0.32 0.44
C6 0.91 0.68 1.46 1.80 0.68 1.05 0.50 0.76 0.43 0.58 0.53 0.73 0.77 0.42 0.75 1.63 2.36 0.57 0.24 0.30 0.12 0.18 0.18
N1 0.93 0.75 1.49 1.81 0.72 1.05 0.54 0.76 0.48 0.58 0.60 0.82 0.83 0.44 0.77 1.70 2.44 0.57 0.26 0.34 0.12 0.18 0.20
N3 0.97 0.96 1.39 1.59 1.03 0.89 1.06 0.69 1.03 1.12 0.98 0.91 0.97 1.12 1.05 1.48 1.96 0.62 0.25 1.02 0.14 0.19 0.25
N4 0.94 1.00 1.19 1.28 1.16 0.70 1.36 0.57 1.32 1.47 1.15 0.87 0.98 1.55 1.20 1.20 1.38 0.62 0.22 1.41 0.18 0.21 0.27
O2 0.97 0.91 1.49 1.74 0.89 1.00 0.80 0.75 0.76 0.82 0.83 0.94 0.95 0.74 0.91 1.67 2.32 0.59 0.27 0.67 0.12 0.19 0.24
O2' 0.96 0.61 1.50 1.91 0.54 1.33 0.28 1.10 0.28 0.32 0.37 0.75 0.74 0.25 0.62 1.82 2.75 0.73 0.56 0.42 0.42 0.35 0.60
O3' 0.57 0.41 1.06 1.40 0.21 0.91 0.38 0.56 0.44 0.42 0.21 0.65 0.51 0.68 0.20 1.52 2.37 0.35 0.26 0.75 0.41 0.24 0.18
O4' 0.81 0.59 1.50 1.81 0.44 1.02 0.23 0.64 0.26 0.21 0.32 0.77 0.70 0.36 0.46 1.84 2.65 0.43 0.30 0.46 0.25 0.17 0.15
O5' 0.54 0.33 1.11 1.52 0.34 1.05 0.82 0.65 0.93 0.78 0.57 0.44 0.36 1.17 0.26 1.63 2.50 0.36 0.22 1.29 0.36 0.39 0.31
OP1 0.56 0.46 1.07 1.44 0.60 1.20 1.30 0.82 1.44 1.20 0.96 0.37 0.33 1.73 0.47 1.72 2.20 0.49 0.44 1.88 0.36 0.35 0.45
OP2 0.25 0.53 0.45 0.97 0.64 0.97 1.09 0.81 1.16 1.10 0.85 0.40 0.39 1.41 0.55 0.88 1.74 0.30 0.52 1.43 0.54 0.52 0.59
P 0.45 0.31 0.95 1.44 0.42 1.13 0.97 0.77 1.07 0.95 0.69 0.28 0.23 1.34 0.31 1.46 2.32 0.38 0.35 1.40 0.33 0.35 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.23 0.01 0.14 0.02 0.16 0.62 0.34
C2 0.04 0.00 0.24 0.16 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.11 0.23 0.11 0.09 0.01 0.27 0.73 0.39
C2' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.11 0.01 0.05 0.12 0.09 0.14 0.18 0.30 0.23 0.10 0.03 0.00 0.03 0.03 0.12 0.06 0.10 0.59 0.26
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.15 0.00 0.19 0.02 0.20 0.17 0.19 0.15 0.13 0.20 0.13 0.02 0.01 0.02 0.16 0.21 0.08 0.51 0.21
C4 0.01 0.01 0.11 0.15 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.17 0.07 0.19 0.01 0.39 0.98 0.59
C4' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.10 0.04 0.08 0.05 0.09 0.04 0.22 0.03 0.01 0.02 0.04 0.10 0.17 0.06
C5 0.01 0.00 0.05 0.19 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.13 0.05 0.30 0.01 0.60 1.30 0.82
C5' 0.03 0.05 0.12 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.10 0.17 0.06 0.07 0.05 0.17 0.09 0.13 0.16 0.01 0.01 0.12 0.12 0.09 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.20 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.15 0.07 0.26 0.01 0.59 1.25 0.79
C8 0.02 0.01 0.14 0.17 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.32 0.10 0.05 0.47 0.02 0.71 1.52 1.01
N1 0.03 0.00 0.18 0.19 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.18 0.09 0.16 0.01 0.43 0.98 0.58
N2 0.06 0.00 0.30 0.15 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.23 0.27 0.12 0.09 0.02 0.16 0.54 0.25
N3 0.03 0.01 0.23 0.13 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.25 0.10 0.09 0.01 0.22 0.68 0.35
N7 0.02 0.01 0.10 0.20 0.01 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.12 0.03 0.45 0.02 0.79 1.63 1.07
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.16 0.13 0.02 0.27 0.01 0.42 1.04 0.65
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.11 0.22 0.22 0.13 0.18 0.32 0.08 0.23 0.12 0.33 0.16 0.00 0.07 0.14 0.23 0.24 0.11 0.57 0.29
O3' 0.23 0.23 0.03 0.01 0.17 0.03 0.13 0.16 0.15 0.10 0.18 0.27 0.25 0.12 0.13 0.07 0.00 0.14 0.16 0.15 0.13 0.31 0.10
O4' 0.01 0.11 0.03 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.07 0.05 0.09 0.12 0.10 0.03 0.02 0.14 0.14 0.00 0.12 0.07 0.14 0.40 0.26
O5' 0.14 0.09 0.12 0.16 0.19 0.02 0.30 0.01 0.26 0.47 0.16 0.09 0.09 0.45 0.27 0.23 0.16 0.12 0.00 0.30 0.02 0.06 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.21 0.01 0.04 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.24 0.15 0.07 0.30 0.00 0.70 1.40 0.90
OP1 0.16 0.27 0.10 0.08 0.39 0.10 0.60 0.12 0.59 0.71 0.43 0.16 0.22 0.79 0.42 0.11 0.13 0.14 0.02 0.70 0.00 0.05 0.00
OP2 0.62 0.73 0.59 0.51 0.98 0.17 1.30 0.09 1.25 1.52 0.98 0.54 0.68 1.63 1.04 0.57 0.31 0.40 0.06 1.40 0.05 0.00 0.01
P 0.34 0.39 0.26 0.21 0.59 0.06 0.82 0.02 0.79 1.01 0.58 0.25 0.35 1.07 0.65 0.29 0.10 0.26 0.00 0.90 0.00 0.01 0.00