ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52307

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.018
N4 A 0, 0.015, 0.034, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.034 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.021, 0.058, 0.096, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.037
OP1 B 0, 0.084, 0.344, 0.604, 0.683 max_d=0.683 avg_d=0.344 std_dev=0.260
OP2 B 0, 0.127, 0.458, 0.789, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.458 std_dev=0.331
O4' A 0, -0.120, 0.288, 0.695, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.288 std_dev=0.408
C2' A 0, -0.160, 0.304, 0.767, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.304 std_dev=0.463
P B 0, 0.047, 0.525, 1.003, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.525 std_dev=0.478
C3' A 0, -0.216, 0.430, 1.075, 1.821 max_d=1.821 avg_d=0.430 std_dev=0.645
C4' A 0, -0.199, 0.460, 1.120, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.460 std_dev=0.659
O2' A 0, -0.275, 0.516, 1.307, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.516 std_dev=0.791
O3' A 0, -0.289, 0.590, 1.468, 2.493 max_d=2.493 avg_d=0.590 std_dev=0.878
C5' A 0, -0.208, 0.713, 1.633, 2.615 max_d=2.615 avg_d=0.713 std_dev=0.921
O5' A 0, -0.156, 0.777, 1.709, 2.620 max_d=2.620 avg_d=0.777 std_dev=0.933
O5' B 0, -0.335, 0.899, 2.134, 3.621 max_d=3.621 avg_d=0.899 std_dev=1.234
OP1 A 0, -0.266, 1.070, 2.406, 3.706 max_d=3.706 avg_d=1.070 std_dev=1.336
P A 0, -0.429, 1.088, 2.605, 4.325 max_d=4.325 avg_d=1.088 std_dev=1.517
C5' B 0, -0.546, 1.063, 2.672, 4.635 max_d=4.635 avg_d=1.063 std_dev=1.609
C4' B 0, -0.960, 1.390, 3.739, 6.626 max_d=6.626 avg_d=1.390 std_dev=2.350
N7 B 0, -0.659, 1.723, 4.104, 6.902 max_d=6.902 avg_d=1.723 std_dev=2.382
C8 B 0, -0.647, 1.756, 4.158, 6.929 max_d=6.929 avg_d=1.756 std_dev=2.402
OP2 A 0, -0.887, 1.557, 4.001, 6.895 max_d=6.895 avg_d=1.557 std_dev=2.444
C3' B 0, -1.054, 1.467, 3.987, 7.084 max_d=7.084 avg_d=1.467 std_dev=2.521
O3' B 0, -1.134, 1.543, 4.219, 7.498 max_d=7.498 avg_d=1.543 std_dev=2.676
O4' B 0, -1.200, 1.628, 4.455, 7.931 max_d=7.931 avg_d=1.628 std_dev=2.828
C5 B 0, -1.062, 1.989, 5.040, 8.722 max_d=8.722 avg_d=1.989 std_dev=3.051
N9 B 0, -1.284, 1.786, 4.857, 8.630 max_d=8.630 avg_d=1.786 std_dev=3.070
O6 B 0, -0.872, 2.213, 5.297, 8.872 max_d=8.872 avg_d=2.213 std_dev=3.085
C2' B 0, -1.420, 1.824, 5.067, 9.063 max_d=9.063 avg_d=1.824 std_dev=3.244
C1' B 0, -1.461, 1.840, 5.140, 9.206 max_d=9.206 avg_d=1.840 std_dev=3.301
C6 B 0, -0.958, 2.406, 5.771, 9.594 max_d=9.594 avg_d=2.406 std_dev=3.365
C4 B 0, -1.146, 2.309, 5.765, 9.818 max_d=9.818 avg_d=2.309 std_dev=3.456
O2' B 0, -1.895, 2.267, 6.429, 11.561 max_d=11.561 avg_d=2.267 std_dev=4.162
N1 B 0, -1.055, 3.146, 7.347, 11.506 max_d=11.506 avg_d=3.146 std_dev=4.201
N3 B 0, -1.205, 3.028, 7.262, 11.665 max_d=11.665 avg_d=3.028 std_dev=4.234
C2 B 0, -1.202, 3.430, 8.061, 12.454 max_d=12.454 avg_d=3.430 std_dev=4.632
N2 B 0, -1.388, 4.176, 9.741, 14.308 max_d=14.308 avg_d=4.176 std_dev=5.565

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.27 0.01 0.12 0.21 0.12 0.12
C2 0.02 0.00 0.19 0.22 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.09 0.16 0.30 0.12 0.14
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.03 0.01 0.12 0.15 0.17 0.02 0.15 0.04 0.34 0.00 0.02 0.01 0.31 0.33 0.23 0.22
C3' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.32 0.01 0.32 0.01 0.27 0.20 0.28 0.36 0.18 0.03 0.01 0.02 0.06 0.28 0.55 0.26
C4 0.03 0.01 0.03 0.32 0.00 0.17 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.33 0.08 0.06 0.31 0.43 0.32 0.25
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.17 0.00 0.25 0.01 0.24 0.10 0.09 0.19 0.07 0.26 0.01 0.00 0.01 0.30 0.17 0.08
C5 0.03 0.02 0.12 0.32 0.01 0.25 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.45 0.16 0.15 0.33 0.45 0.30 0.23
C5' 0.04 0.08 0.15 0.01 0.24 0.01 0.32 0.00 0.28 0.11 0.14 0.27 0.09 0.10 0.17 0.01 0.00 0.36 0.22 0.02
C6 0.02 0.02 0.17 0.27 0.01 0.24 0.01 0.28 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.41 0.11 0.18 0.24 0.39 0.15 0.13
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.20 0.08 0.03 0.13 0.30 0.06 0.09
N3 0.02 0.00 0.15 0.28 0.01 0.09 0.01 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.06 0.06 0.24 0.37 0.24 0.20
N4 0.03 0.01 0.04 0.36 0.01 0.19 0.01 0.27 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.36 0.13 0.06 0.36 0.46 0.42 0.31
O2 0.04 0.01 0.34 0.18 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.26 0.17 0.14 0.23 0.07 0.12
O2' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.33 0.26 0.45 0.10 0.41 0.20 0.18 0.36 0.20 0.00 0.02 0.18 0.21 0.24 0.32 0.16
O3' 0.27 0.14 0.02 0.01 0.08 0.01 0.16 0.17 0.11 0.08 0.06 0.13 0.26 0.02 0.00 0.17 0.27 0.80 0.96 0.64
O4' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.06 0.00 0.15 0.01 0.18 0.03 0.06 0.06 0.17 0.18 0.17 0.00 0.05 0.02 0.28 0.10
O5' 0.12 0.16 0.31 0.06 0.31 0.01 0.33 0.00 0.24 0.13 0.24 0.36 0.14 0.21 0.27 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.21 0.30 0.33 0.28 0.43 0.30 0.45 0.36 0.39 0.30 0.37 0.46 0.23 0.24 0.80 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.12 0.23 0.55 0.32 0.17 0.30 0.22 0.15 0.06 0.24 0.42 0.07 0.32 0.96 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.14 0.22 0.26 0.25 0.08 0.23 0.02 0.13 0.09 0.20 0.31 0.12 0.16 0.64 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.63 1.94 2.04 1.66 1.54 1.11 1.20 0.59 1.28 0.91 1.66 2.23 1.92 0.80 1.36 2.41 1.49 1.13 0.67 1.05 0.14 0.16 0.17
C2 0.98 1.74 1.48 1.12 1.10 0.56 0.77 0.17 0.97 0.44 1.45 2.15 1.60 0.34 0.80 1.69 0.87 0.51 0.37 0.77 0.17 0.21 0.05
C2' 1.36 1.50 1.68 1.40 1.16 0.96 0.81 0.48 0.85 0.61 1.21 1.77 1.52 0.46 1.04 2.00 1.25 0.96 0.47 0.63 0.22 0.12 0.09
C3' 2.24 2.20 2.51 2.28 1.93 1.87 1.53 1.30 1.52 1.39 1.87 2.45 2.28 1.20 1.86 2.85 2.21 1.87 1.20 1.24 0.48 0.41 0.64
C4 0.63 1.74 1.13 0.76 0.90 0.29 0.54 0.11 0.82 0.33 1.40 2.25 1.54 0.16 0.48 1.23 0.47 0.26 0.23 0.61 0.21 0.22 0.08
C4' 2.59 2.62 2.93 2.58 2.30 2.06 1.88 1.39 1.87 1.68 2.26 2.88 2.69 1.49 2.21 3.41 2.59 2.10 1.29 1.57 0.38 0.41 0.61
C5 1.04 1.75 1.51 1.13 1.10 0.69 0.72 0.35 0.90 0.49 1.41 2.16 1.65 0.32 0.82 1.66 0.80 0.66 0.49 0.67 0.19 0.16 0.11
C5' 3.07 2.97 3.36 3.02 2.68 2.53 2.19 1.79 2.14 2.03 2.55 3.24 3.08 1.79 2.61 3.90 3.12 2.59 1.58 1.80 0.53 0.50 0.80
C6 1.41 1.81 1.87 1.48 1.33 1.00 0.97 0.56 1.07 0.72 1.49 2.13 1.78 0.58 1.14 2.12 1.20 0.98 0.64 0.83 0.17 0.14 0.17
N1 1.34 1.81 1.80 1.43 1.31 0.89 0.97 0.44 1.09 0.68 1.52 2.15 1.75 0.57 1.10 2.08 1.19 0.87 0.56 0.87 0.16 0.17 0.12
N3 0.65 1.73 1.16 0.81 0.92 0.28 0.58 0.11 0.86 0.30 1.41 2.22 1.52 0.14 0.51 1.30 0.54 0.24 0.21 0.66 0.19 0.23 0.08
N4 0.25 1.79 0.72 0.39 0.78 0.19 0.43 0.35 0.78 0.49 1.43 2.40 1.52 0.36 0.20 0.76 0.21 0.29 0.14 0.59 0.24 0.25 0.19
O2 0.98 1.74 1.48 1.12 1.10 0.53 0.80 0.13 1.00 0.43 1.47 2.14 1.59 0.35 0.81 1.70 0.89 0.48 0.34 0.80 0.17 0.21 0.04
O2' 0.85 1.13 1.13 0.83 0.77 0.37 0.49 0.16 0.58 0.21 0.90 1.38 1.11 0.17 0.61 1.47 0.68 0.42 0.10 0.44 0.65 0.48 0.45
O3' 2.29 2.31 2.50 2.31 2.00 1.90 1.61 1.29 1.61 1.44 1.97 2.57 2.37 1.26 1.92 2.81 2.31 1.92 1.17 1.34 0.41 0.38 0.60
O4' 2.26 2.44 2.69 2.26 2.09 1.68 1.70 1.05 1.74 1.44 2.12 2.71 2.47 1.30 1.95 3.17 2.17 1.72 1.06 1.47 0.18 0.33 0.41
O5' 2.95 2.66 3.23 3.01 2.45 2.59 1.95 1.89 1.86 1.87 2.24 2.89 2.82 1.58 2.44 3.64 3.06 2.58 1.62 1.51 0.62 0.47 0.86
OP1 2.42 2.11 2.45 2.29 1.81 2.10 1.21 1.32 1.12 1.15 1.60 2.45 2.29 0.81 1.80 2.92 2.69 2.15 0.80 0.72 0.24 0.58 0.10
OP2 2.97 2.41 3.13 3.17 2.23 3.04 1.61 2.36 1.45 1.63 1.89 2.68 2.66 1.23 2.30 3.37 3.37 2.85 1.76 1.00 0.90 0.34 0.94
P 3.09 2.61 3.23 3.15 2.43 2.89 1.84 2.12 1.70 1.82 2.12 2.86 2.83 1.46 2.47 3.58 3.45 2.85 1.64 1.29 0.63 0.24 0.80

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.06 0.13 0.08 0.02 0.00 0.02 0.27 0.00 0.10 0.03 0.09 0.16 0.10
C2 0.09 0.00 0.29 0.31 0.02 0.40 0.02 0.86 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.15 0.22 0.29 1.20 0.02 1.44 1.76 1.54
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.16 0.01 0.07 0.19 0.12 0.15 0.21 0.33 0.29 0.08 0.01 0.00 0.02 0.01 0.40 0.08 0.43 0.50 0.44
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.24 0.01 0.29 0.01 0.30 0.33 0.29 0.33 0.29 0.34 0.20 0.02 0.01 0.02 0.05 0.32 0.13 0.03 0.07
C4 0.03 0.02 0.16 0.24 0.00 0.18 0.01 0.34 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.17 0.10 0.15 0.48 0.02 0.51 0.58 0.55
C4' 0.00 0.40 0.01 0.01 0.18 0.00 0.10 0.01 0.14 0.30 0.29 0.49 0.39 0.23 0.08 0.26 0.02 0.00 0.01 0.11 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.02 0.07 0.29 0.01 0.10 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.28 0.08 0.06 0.22 0.02 0.24 0.24 0.24
C5' 0.06 0.86 0.19 0.01 0.34 0.01 0.10 0.00 0.27 0.53 0.62 1.12 0.81 0.38 0.06 0.08 0.16 0.01 0.00 0.15 0.09 0.02 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.30 0.01 0.14 0.01 0.27 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.27 0.11 0.11 0.42 0.01 0.49 0.57 0.52
C8 0.03 0.03 0.15 0.33 0.01 0.30 0.01 0.53 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.31 0.10 0.19 0.70 0.02 0.76 0.92 0.83
N1 0.06 0.00 0.21 0.29 0.02 0.29 0.02 0.62 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.21 0.15 0.22 0.87 0.02 1.06 1.29 1.12
N2 0.13 0.01 0.33 0.33 0.03 0.49 0.02 1.12 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.06 0.20 0.32 0.33 1.55 0.03 1.98 2.46 2.09
N3 0.08 0.01 0.29 0.29 0.01 0.39 0.01 0.81 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.13 0.24 0.29 1.12 0.02 1.24 1.48 1.34
N7 0.02 0.02 0.08 0.34 0.01 0.23 0.01 0.38 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.35 0.14 0.11 0.54 0.02 0.63 0.78 0.68
N9 0.00 0.04 0.01 0.20 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.06 0.03 0.01 0.00 0.18 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.13 0.11
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.17 0.26 0.28 0.08 0.27 0.31 0.21 0.20 0.13 0.35 0.18 0.00 0.02 0.19 0.30 0.32 0.36 0.59 0.39
O3' 0.27 0.22 0.02 0.01 0.10 0.02 0.08 0.16 0.11 0.10 0.15 0.32 0.24 0.14 0.07 0.02 0.00 0.19 0.14 0.14 0.21 0.22 0.17
O4' 0.00 0.29 0.01 0.02 0.15 0.00 0.06 0.01 0.11 0.19 0.22 0.33 0.29 0.11 0.01 0.19 0.19 0.00 0.06 0.07 0.10 0.05 0.07
O5' 0.10 1.20 0.40 0.05 0.48 0.01 0.22 0.00 0.42 0.70 0.87 1.55 1.12 0.54 0.09 0.30 0.14 0.06 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.08 0.32 0.02 0.11 0.02 0.15 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.32 0.14 0.07 0.30 0.00 0.36 0.41 0.37
OP1 0.09 1.44 0.43 0.13 0.51 0.04 0.24 0.09 0.49 0.76 1.06 1.98 1.24 0.63 0.09 0.36 0.21 0.10 0.01 0.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 1.76 0.50 0.03 0.58 0.02 0.24 0.02 0.57 0.92 1.29 2.46 1.48 0.78 0.13 0.59 0.22 0.05 0.01 0.41 0.01 0.00 0.01
P 0.10 1.54 0.44 0.07 0.55 0.02 0.24 0.01 0.52 0.83 1.12 2.09 1.34 0.68 0.11 0.39 0.17 0.07 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00