ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52308

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.002, 0.020, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.006, 0.032, 0.058, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.032 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.004, 0.036, 0.069, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.036 std_dev=0.032
N4 A 0, 0.019, 0.066, 0.112, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.066 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.057, 0.197, 0.337, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.197 std_dev=0.140
C2' A 0, 0.052, 0.206, 0.360, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.206 std_dev=0.154
O2' A 0, 0.047, 0.266, 0.485, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.266 std_dev=0.219
C4' A 0, 0.069, 0.324, 0.579, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.324 std_dev=0.255
C3' A 0, 0.078, 0.373, 0.667, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.373 std_dev=0.295
P B 0, 0.312, 0.655, 0.997, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.655 std_dev=0.342
C5' A 0, 0.121, 0.473, 0.826, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.473 std_dev=0.352
O5' A 0, 0.129, 0.531, 0.933, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.531 std_dev=0.402
OP1 B 0, 0.317, 0.740, 1.162, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.740 std_dev=0.422
OP2 B 0, 0.252, 0.736, 1.220, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.736 std_dev=0.484
O3' A 0, 0.097, 0.679, 1.261, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.679 std_dev=0.582
P A 0, 0.412, 1.026, 1.641, 1.581 max_d=1.581 avg_d=1.026 std_dev=0.614
OP1 A 0, 0.524, 1.289, 2.054, 2.159 max_d=2.159 avg_d=1.289 std_dev=0.765
O5' B 0, 0.605, 1.420, 2.236, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.420 std_dev=0.816
C5' B 0, 1.034, 2.215, 3.395, 3.320 max_d=3.320 avg_d=2.215 std_dev=1.181
C3' B 0, 0.825, 2.186, 3.548, 3.789 max_d=3.789 avg_d=2.186 std_dev=1.362
OP2 A 0, 0.447, 1.829, 3.211, 3.448 max_d=3.448 avg_d=1.829 std_dev=1.382
C2' B 0, 1.230, 2.696, 4.163, 4.179 max_d=4.179 avg_d=2.696 std_dev=1.467
C4' B 0, 1.413, 3.095, 4.777, 4.713 max_d=4.713 avg_d=3.095 std_dev=1.682
O3' B 0, 0.506, 2.268, 4.031, 4.459 max_d=4.459 avg_d=2.268 std_dev=1.762
O2' B 0, 0.680, 2.456, 4.231, 4.648 max_d=4.648 avg_d=2.456 std_dev=1.776
C1' B 0, 2.096, 4.362, 6.627, 6.267 max_d=6.267 avg_d=4.362 std_dev=2.265
O4' B 0, 2.085, 4.369, 6.652, 6.312 max_d=6.312 avg_d=4.369 std_dev=2.283
N9 B 0, 2.724, 5.478, 8.233, 7.255 max_d=7.255 avg_d=5.478 std_dev=2.755
N3 B 0, 2.913, 5.855, 8.796, 7.781 max_d=7.781 avg_d=5.855 std_dev=2.941
C4 B 0, 3.040, 6.088, 9.136, 7.845 max_d=7.845 avg_d=6.088 std_dev=3.048
C8 B 0, 3.421, 6.863, 10.305, 8.927 max_d=8.927 avg_d=6.863 std_dev=3.442
C2 B 0, 3.527, 7.100, 10.672, 9.433 max_d=9.433 avg_d=7.100 std_dev=3.572
C5 B 0, 3.826, 7.656, 11.487, 9.768 max_d=9.768 avg_d=7.656 std_dev=3.830
N2 B 0, 3.758, 7.593, 11.427, 10.155 max_d=10.155 avg_d=7.593 std_dev=3.835
N7 B 0, 4.079, 8.162, 12.245, 10.364 max_d=10.364 avg_d=8.162 std_dev=4.083
N1 B 0, 4.190, 8.408, 12.626, 10.995 max_d=10.995 avg_d=8.408 std_dev=4.218
C6 B 0, 4.431, 8.871, 13.312, 11.413 max_d=11.413 avg_d=8.871 std_dev=4.440
O6 B 0, 5.233, 10.472, 15.711, 13.361 max_d=13.361 avg_d=10.472 std_dev=5.239

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.19 0.22 0.03
C2 0.01 0.00 0.07 0.18 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.24 0.02 0.10 0.49 0.70 0.14
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05 0.10 0.00 0.02 0.01 0.12 0.20 0.14 0.17
C3' 0.04 0.18 0.01 0.00 0.24 0.00 0.24 0.01 0.21 0.16 0.22 0.25 0.14 0.02 0.01 0.02 0.18 0.20 0.07 0.24
C4 0.03 0.01 0.05 0.24 0.00 0.10 0.01 0.19 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.38 0.07 0.19 0.71 1.10 0.30
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.08 0.11 0.05 0.09 0.04 0.01 0.02 0.19 0.19 0.04
C5 0.04 0.02 0.05 0.24 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.37 0.07 0.22 0.65 1.11 0.36
C5' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.19 0.01 0.22 0.00 0.19 0.11 0.14 0.21 0.07 0.09 0.02 0.01 0.01 0.36 0.36 0.02
C6 0.04 0.02 0.04 0.21 0.01 0.11 0.01 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.28 0.07 0.19 0.46 0.82 0.28
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.03 0.06 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.18 0.02 0.10 0.39 0.59 0.14
N3 0.01 0.01 0.07 0.22 0.01 0.08 0.02 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.33 0.04 0.14 0.63 0.92 0.21
N4 0.04 0.01 0.05 0.25 0.01 0.11 0.02 0.21 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.42 0.07 0.21 0.79 1.25 0.35
O2 0.03 0.01 0.10 0.14 0.02 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.15 0.18 0.03 0.07 0.43 0.57 0.09
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.04 0.09 0.02 0.09 0.01 0.04 0.08 0.04 0.15 0.00 0.10 0.08 0.04 0.12 0.03 0.08
O3' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.38 0.04 0.37 0.02 0.28 0.18 0.33 0.42 0.18 0.10 0.00 0.03 0.20 0.27 0.19 0.29
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.04 0.07 0.03 0.08 0.03 0.00 0.13 0.14 0.07 0.11
O5' 0.03 0.10 0.12 0.18 0.19 0.02 0.22 0.01 0.19 0.10 0.14 0.21 0.07 0.04 0.20 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.49 0.20 0.20 0.71 0.19 0.65 0.36 0.46 0.39 0.63 0.79 0.43 0.12 0.27 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.70 0.14 0.07 1.10 0.19 1.11 0.36 0.82 0.59 0.92 1.25 0.57 0.03 0.19 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.14 0.17 0.24 0.30 0.04 0.36 0.02 0.28 0.14 0.21 0.35 0.09 0.08 0.29 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.65 1.33 0.97 0.56 0.99 0.27 1.12 0.33 1.22 1.03 1.23 1.50 1.23 1.35 0.78 1.21 0.76 0.40 0.46 1.42 0.34 0.28 0.12
C2 0.60 1.43 0.75 0.47 1.17 0.23 1.39 0.42 1.56 1.26 1.56 1.47 1.21 1.49 0.94 0.79 0.61 0.52 0.37 1.65 0.28 0.20 0.07
C2' 0.62 1.31 1.04 0.70 0.92 0.31 1.10 0.21 1.24 0.94 1.23 1.56 1.18 1.31 0.70 1.35 0.99 0.32 0.55 1.52 0.45 0.24 0.18
C3' 0.80 1.12 1.28 0.97 0.78 0.59 0.82 0.13 0.97 0.63 0.97 1.37 1.10 0.96 0.61 1.64 1.32 0.45 0.80 1.24 0.71 0.15 0.42
C4 0.47 1.09 0.60 0.46 0.98 0.19 1.27 0.43 1.39 1.16 1.26 1.10 0.91 1.37 0.83 0.55 0.54 0.46 0.31 1.52 0.22 0.22 0.07
C4' 0.82 0.98 1.27 0.89 0.67 0.59 0.74 0.14 0.90 0.53 0.83 1.21 1.01 0.89 0.53 1.71 1.21 0.50 0.72 1.20 0.60 0.20 0.35
C5 0.51 0.94 0.77 0.62 0.86 0.16 1.01 0.33 1.05 0.97 1.00 0.98 0.86 1.10 0.76 0.75 0.69 0.31 0.45 1.11 0.32 0.28 0.10
C5' 1.06 0.79 1.49 1.16 0.60 0.89 0.43 0.37 0.57 0.23 0.57 0.99 0.93 0.49 0.60 1.96 1.54 0.79 0.92 0.83 0.77 0.13 0.53
C6 0.62 1.01 0.95 0.70 0.89 0.25 0.95 0.29 0.98 0.91 0.98 1.07 0.97 1.05 0.77 1.02 0.81 0.34 0.51 1.03 0.37 0.28 0.14
N1 0.65 1.29 0.93 0.60 1.06 0.24 1.16 0.34 1.25 1.08 1.28 1.37 1.19 1.30 0.86 1.03 0.75 0.42 0.46 1.32 0.34 0.25 0.11
N3 0.54 1.30 0.62 0.42 1.12 0.24 1.43 0.46 1.62 1.27 1.52 1.30 1.07 1.50 0.93 0.58 0.53 0.56 0.30 1.78 0.22 0.19 0.07
N4 0.39 1.01 0.46 0.39 0.90 0.23 1.27 0.45 1.41 1.15 1.24 1.03 0.80 1.42 0.77 0.36 0.45 0.49 0.21 1.63 0.17 0.20 0.15
O2 0.63 1.60 0.72 0.43 1.22 0.26 1.47 0.44 1.70 1.34 1.76 1.69 1.31 1.62 0.99 0.78 0.57 0.58 0.35 1.83 0.27 0.18 0.06
O2' 0.56 1.32 0.92 0.57 0.93 0.27 1.26 0.27 1.47 1.06 1.32 1.62 1.15 1.50 0.71 1.29 0.88 0.34 0.48 1.90 0.42 0.28 0.14
O3' 0.79 1.04 1.28 1.02 0.68 0.67 0.78 0.23 0.98 0.53 0.93 1.33 1.01 0.92 0.52 1.71 1.42 0.48 0.91 1.33 0.90 0.22 0.57
O4' 0.76 1.12 1.14 0.66 0.83 0.38 0.88 0.23 0.97 0.76 0.95 1.30 1.14 1.07 0.65 1.47 0.86 0.42 0.52 1.19 0.37 0.32 0.16
O5' 1.22 0.88 1.68 1.43 0.77 1.06 0.46 0.50 0.46 0.41 0.58 1.04 1.04 0.41 0.81 2.01 1.78 0.94 1.03 0.56 0.76 0.16 0.56
OP1 1.09 0.73 1.52 1.29 0.55 0.95 0.14 0.24 0.15 0.11 0.38 0.94 0.88 0.22 0.60 2.02 1.92 0.80 0.41 0.34 0.25 0.96 0.22
OP2 1.65 0.90 1.79 1.86 1.08 1.81 0.82 1.54 0.63 1.11 0.68 0.91 1.13 0.83 1.30 1.95 2.04 1.65 2.04 0.49 1.95 1.15 1.74
P 1.67 1.03 2.03 1.95 1.03 1.67 0.60 1.10 0.45 0.73 0.67 1.15 1.25 0.42 1.18 2.38 2.44 1.49 1.44 0.29 1.10 0.27 0.92

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.09 0.13 0.10 0.02 0.01 0.01 0.14 0.01 0.26 0.05 0.28 0.16 0.20
C2 0.11 0.00 0.25 0.28 0.02 0.26 0.01 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.23 0.35 0.19 0.73 0.01 0.90 0.66 0.79
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.14 0.01 0.11 0.07 0.15 0.04 0.22 0.30 0.24 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.36 0.14 0.40 0.18 0.32
C3' 0.01 0.28 0.01 0.00 0.17 0.01 0.17 0.01 0.20 0.20 0.25 0.34 0.26 0.20 0.11 0.01 0.02 0.01 0.39 0.20 0.44 0.13 0.32
C4 0.05 0.02 0.14 0.17 0.00 0.11 0.00 0.18 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.20 0.10 0.60 0.02 0.65 0.54 0.57
C4' 0.01 0.26 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.17 0.19 0.34 0.25 0.13 0.05 0.11 0.02 0.00 0.01 0.06 0.14 0.24 0.01
C5 0.04 0.01 0.11 0.17 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.17 0.05 0.76 0.01 0.79 0.86 0.77
C5' 0.03 0.45 0.07 0.01 0.18 0.00 0.09 0.00 0.16 0.27 0.33 0.60 0.42 0.21 0.06 0.05 0.09 0.01 0.01 0.11 0.19 0.40 0.01
C6 0.05 0.01 0.15 0.20 0.02 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.24 0.08 0.79 0.01 0.88 0.91 0.83
C8 0.02 0.02 0.04 0.20 0.01 0.17 0.01 0.27 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.12 0.06 0.10 0.85 0.02 0.77 0.93 0.84
N1 0.09 0.00 0.22 0.25 0.04 0.19 0.02 0.33 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.21 0.33 0.15 0.75 0.02 0.90 0.77 0.80
N2 0.13 0.01 0.30 0.34 0.02 0.34 0.02 0.60 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.30 0.43 0.23 0.82 0.01 1.07 0.80 0.97
N3 0.10 0.01 0.24 0.26 0.01 0.25 0.01 0.42 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.20 0.31 0.19 0.64 0.01 0.77 0.52 0.67
N7 0.02 0.01 0.05 0.20 0.00 0.13 0.00 0.21 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.09 0.06 0.91 0.03 0.90 1.12 0.95
N9 0.01 0.04 0.03 0.11 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.55 0.02 0.52 0.50 0.49
O2' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.12 0.11 0.13 0.05 0.16 0.12 0.21 0.30 0.20 0.13 0.07 0.00 0.04 0.08 0.12 0.17 0.14 0.16 0.13
O3' 0.14 0.35 0.03 0.02 0.20 0.02 0.17 0.09 0.24 0.06 0.33 0.43 0.31 0.09 0.09 0.04 0.00 0.10 0.21 0.23 0.36 0.10 0.20
O4' 0.01 0.19 0.01 0.01 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.10 0.15 0.23 0.19 0.06 0.01 0.08 0.10 0.00 0.12 0.06 0.13 0.26 0.11
O5' 0.26 0.73 0.36 0.39 0.60 0.01 0.76 0.01 0.79 0.85 0.75 0.82 0.64 0.91 0.55 0.12 0.21 0.12 0.00 0.87 0.02 0.01 0.00
O6 0.05 0.01 0.14 0.20 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.17 0.23 0.06 0.87 0.00 0.98 1.09 0.94
OP1 0.28 0.90 0.40 0.44 0.65 0.14 0.79 0.19 0.88 0.77 0.90 1.07 0.77 0.90 0.52 0.14 0.36 0.13 0.02 0.98 0.00 0.04 0.02
OP2 0.16 0.66 0.18 0.13 0.54 0.24 0.86 0.40 0.91 0.93 0.77 0.80 0.52 1.12 0.50 0.16 0.10 0.26 0.01 1.09 0.04 0.00 0.02
P 0.20 0.79 0.32 0.32 0.57 0.01 0.77 0.01 0.83 0.84 0.80 0.97 0.67 0.95 0.49 0.13 0.20 0.11 0.00 0.94 0.02 0.02 0.00