ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52309

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.001, 0.019, 0.036, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.018
O2 A 0, -0.001, 0.024, 0.048, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.024 std_dev=0.025
N4 A 0, 0.003, 0.037, 0.071, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.037 std_dev=0.034
P B 0, 0.023, 0.122, 0.222, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.122 std_dev=0.099
C2' A 0, 0.004, 0.245, 0.486, 0.490 max_d=0.490 avg_d=0.245 std_dev=0.241
O4' A 0, 0.007, 0.256, 0.505, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.256 std_dev=0.249
C5' A 0, 0.008, 0.375, 0.742, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.375 std_dev=0.367
OP2 B 0, 0.027, 0.398, 0.769, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.398 std_dev=0.371
C4' A 0, 0.005, 0.537, 1.070, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.537 std_dev=0.533
O2' A 0, 0.010, 0.624, 1.237, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.624 std_dev=0.614
C3' A 0, 0.007, 0.856, 1.704, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.856 std_dev=0.849
OP1 B 0, 0.039, 0.934, 1.830, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.934 std_dev=0.896
O5' A 0, 0.009, 0.995, 1.981, 2.034 max_d=2.034 avg_d=0.995 std_dev=0.986
O5' B 0, 0.024, 1.377, 2.729, 2.741 max_d=2.741 avg_d=1.377 std_dev=1.353
P A 0, 0.014, 1.433, 2.852, 2.893 max_d=2.893 avg_d=1.433 std_dev=1.419
O3' A 0, 0.011, 1.613, 3.214, 3.241 max_d=3.241 avg_d=1.613 std_dev=1.602
C5' B 0, 0.026, 1.644, 3.263, 3.283 max_d=3.283 avg_d=1.644 std_dev=1.618
OP1 A 0, 0.020, 2.330, 4.639, 4.672 max_d=4.672 avg_d=2.330 std_dev=2.309
OP2 A 0, 0.010, 2.581, 5.153, 5.187 max_d=5.187 avg_d=2.581 std_dev=2.571
C4' B 0, 0.030, 3.033, 6.036, 6.059 max_d=6.059 avg_d=3.033 std_dev=3.003
C3' B 0, 0.028, 3.416, 6.804, 6.805 max_d=6.805 avg_d=3.416 std_dev=3.388
C8 B 0, 0.031, 3.676, 7.321, 7.325 max_d=7.325 avg_d=3.676 std_dev=3.645
O4' B 0, 0.035, 3.791, 7.548, 7.578 max_d=7.578 avg_d=3.791 std_dev=3.756
C2' B 0, 0.034, 3.963, 7.892, 7.902 max_d=7.902 avg_d=3.963 std_dev=3.929
O3' B 0, 0.021, 4.015, 8.009, 8.012 max_d=8.012 avg_d=4.015 std_dev=3.994
N7 B 0, 0.029, 4.097, 8.166, 8.176 max_d=8.176 avg_d=4.097 std_dev=4.068
N9 B 0, 0.036, 4.273, 8.511, 8.519 max_d=8.519 avg_d=4.273 std_dev=4.238
C1' B 0, 0.037, 4.345, 8.653, 8.658 max_d=8.658 avg_d=4.345 std_dev=4.308
O2' B 0, 0.038, 4.820, 9.603, 9.607 max_d=9.607 avg_d=4.820 std_dev=4.783
C5 B 0, 0.033, 4.904, 9.774, 9.780 max_d=9.780 avg_d=4.904 std_dev=4.870
C4 B 0, 0.036, 5.013, 9.990, 9.995 max_d=9.995 avg_d=5.013 std_dev=4.977
C6 B 0, 0.034, 5.730, 11.426, 11.446 max_d=11.446 avg_d=5.730 std_dev=5.696
N3 B 0, 0.042, 5.841, 11.640, 11.640 max_d=11.640 avg_d=5.841 std_dev=5.799
O6 B 0, 0.040, 5.974, 11.908, 11.965 max_d=11.965 avg_d=5.974 std_dev=5.934
N1 B 0, 0.036, 6.440, 12.843, 12.849 max_d=12.849 avg_d=6.440 std_dev=6.404
C2 B 0, 0.042, 6.467, 12.892, 12.894 max_d=12.894 avg_d=6.467 std_dev=6.425
N2 B 0, 0.049, 7.347, 14.644, 14.650 max_d=14.650 avg_d=7.347 std_dev=7.298

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.32 0.00 0.09 0.16 0.09 0.09
C2 0.02 0.00 0.12 0.28 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.04 0.02 0.10 0.30 0.65 0.09
C2' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.01 0.24 0.03 0.04 0.10 0.07 0.19 0.00 0.02 0.01 0.04 0.17 0.17 0.01
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.41 0.00 0.38 0.01 0.30 0.23 0.36 0.46 0.20 0.01 0.01 0.01 0.36 0.80 0.41 0.45
C4 0.02 0.01 0.06 0.41 0.00 0.15 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.18 0.02 0.15 0.63 0.88 0.10
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.15 0.00 0.14 0.00 0.11 0.08 0.13 0.18 0.09 0.28 0.02 0.01 0.00 0.34 0.19 0.03
C5 0.02 0.01 0.01 0.38 0.00 0.14 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.21 0.18 0.03 0.08 0.80 0.67 0.03
C5' 0.10 0.01 0.24 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.10 0.04 0.05 0.22 0.01 0.00 0.41 0.32 0.01
C6 0.02 0.01 0.03 0.30 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.08 0.03 0.02 0.66 0.39 0.11
N1 0.02 0.01 0.04 0.23 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.17 0.06 0.02 0.01 0.38 0.40 0.03
N3 0.01 0.01 0.10 0.36 0.00 0.13 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.33 0.09 0.02 0.15 0.43 0.85 0.13
N4 0.03 0.01 0.07 0.46 0.01 0.18 0.02 0.10 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.31 0.25 0.03 0.21 0.69 1.05 0.16
O2 0.03 0.00 0.19 0.20 0.01 0.09 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.30 0.15 0.03 0.11 0.13 0.62 0.13
O2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.28 0.28 0.21 0.05 0.14 0.17 0.33 0.31 0.30 0.00 0.02 0.21 0.12 0.41 0.25 0.16
O3' 0.32 0.04 0.02 0.01 0.18 0.02 0.18 0.22 0.08 0.06 0.09 0.25 0.15 0.02 0.00 0.25 0.47 1.26 0.61 0.74
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.21 0.25 0.00 0.19 0.21 0.20 0.19
O5' 0.09 0.10 0.04 0.36 0.15 0.00 0.08 0.00 0.02 0.01 0.15 0.21 0.11 0.12 0.47 0.19 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.16 0.30 0.17 0.80 0.63 0.34 0.80 0.41 0.66 0.38 0.43 0.69 0.13 0.41 1.26 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.09 0.65 0.17 0.41 0.88 0.19 0.67 0.32 0.39 0.40 0.85 1.05 0.62 0.25 0.61 0.20 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.09 0.01 0.45 0.10 0.03 0.03 0.01 0.11 0.03 0.13 0.16 0.13 0.16 0.74 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.47 0.19 1.97 1.66 0.54 1.32 0.21 0.82 0.13 0.77 0.10 0.12 0.53 0.31 0.92 2.69 1.72 1.17 0.73 0.38 0.63 0.11 0.05
C2 0.64 0.78 1.25 1.12 0.39 0.86 0.73 0.55 1.12 0.08 1.09 0.84 0.42 0.59 0.04 1.83 1.21 0.47 0.51 1.37 0.47 0.11 0.02
C2' 1.61 0.35 2.11 1.86 0.64 1.46 0.25 0.83 0.09 0.75 0.00 0.33 0.70 0.27 1.00 2.84 2.03 1.31 0.76 0.38 0.71 0.10 0.02
C3' 2.32 1.08 2.72 2.49 1.36 2.13 0.95 1.43 0.61 1.42 0.71 1.05 1.42 0.94 1.70 3.42 2.69 2.06 1.34 0.30 0.19 0.44 0.53
C4 0.11 1.06 0.73 0.66 0.78 0.48 1.05 0.33 1.33 0.50 1.30 1.11 0.79 0.93 0.41 1.15 0.68 0.01 0.32 1.50 0.36 0.13 0.01
C4' 2.29 1.16 2.65 2.27 1.42 1.89 1.06 1.18 0.76 1.48 0.85 1.13 1.47 1.05 1.74 3.41 2.40 1.94 1.06 0.50 0.52 0.10 0.24
C5 0.57 0.43 1.12 0.94 0.18 0.73 0.39 0.50 0.62 0.07 0.61 0.48 0.21 0.29 0.13 1.52 0.85 0.39 0.49 0.74 0.52 0.17 0.01
C5' 2.67 1.72 2.99 2.58 1.89 2.14 1.51 1.30 1.27 1.80 1.41 1.72 1.99 1.41 2.13 3.72 2.75 2.27 1.14 1.01 0.58 0.07 0.22
C6 1.07 0.02 1.61 1.34 0.27 1.05 0.03 0.68 0.24 0.52 0.23 0.08 0.24 0.13 0.61 2.11 1.27 0.82 0.64 0.40 0.61 0.16 0.02
N1 1.05 0.22 1.61 1.38 0.12 1.08 0.18 0.68 0.51 0.39 0.49 0.29 0.10 0.07 0.51 2.21 1.40 0.81 0.63 0.73 0.58 0.13 0.02
N3 0.20 1.18 0.84 0.80 0.82 0.58 1.15 0.38 1.52 0.50 1.49 1.24 0.84 1.01 0.39 1.34 0.87 0.09 0.36 1.76 0.37 0.10 0.01
N4 0.39 1.49 0.26 0.27 1.25 0.15 1.52 0.13 1.77 1.01 1.72 1.52 1.25 1.43 0.91 0.60 0.32 0.44 0.12 1.92 0.18 0.09 0.01
O2 0.68 0.86 1.29 1.18 0.43 0.90 0.81 0.57 1.25 0.10 1.22 0.94 0.46 0.65 0.04 1.94 1.31 0.52 0.52 1.55 0.47 0.09 0.02
O2' 1.60 0.27 2.14 1.84 0.56 1.42 0.10 0.76 0.28 0.64 0.15 0.26 0.65 0.11 0.94 2.97 2.10 1.26 0.62 0.63 0.85 0.35 0.20
O3' 2.33 0.94 2.66 2.49 1.25 2.20 0.78 1.47 0.39 1.31 0.51 0.93 1.35 0.77 1.64 3.39 2.79 2.14 1.33 0.03 0.10 0.41 0.54
O4' 1.83 0.65 2.25 1.84 0.97 1.49 0.68 0.93 0.37 1.17 0.39 0.58 0.96 0.75 1.32 2.99 1.84 1.47 0.82 0.15 0.63 0.09 0.09
O5' 2.28 1.32 2.58 2.36 1.50 1.97 1.19 1.20 0.96 1.50 1.05 1.29 1.57 1.13 1.76 3.08 2.47 2.01 1.11 0.75 0.50 0.17 0.26
OP1 1.33 0.72 1.36 1.13 0.71 0.89 0.36 0.07 0.24 0.43 0.43 0.80 0.91 0.16 0.82 1.81 1.56 1.13 0.20 0.04 1.64 0.92 0.96
OP2 2.45 1.76 2.46 2.47 1.89 2.42 1.65 1.67 1.50 1.84 1.57 1.73 1.94 1.58 2.05 2.56 2.47 2.45 1.75 1.35 0.34 1.15 1.07
P 2.29 1.55 2.40 2.29 1.63 2.00 1.31 1.08 1.15 1.46 1.29 1.57 1.75 1.16 1.79 2.72 2.57 2.11 0.99 0.95 0.60 0.13 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.18 0.01 0.03 0.03 0.10 0.06 0.01 0.00 0.02 0.22 0.00 0.19 0.04 0.06 0.42 0.17
C2 0.06 0.00 0.51 0.40 0.02 0.15 0.03 0.55 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.51 0.24 0.32 0.17 0.02 0.48 0.74 0.05
C2' 0.01 0.51 0.00 0.00 0.23 0.01 0.03 0.27 0.12 0.35 0.34 0.67 0.52 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.01 0.17 0.06 0.19
C3' 0.03 0.40 0.00 0.00 0.26 0.01 0.17 0.01 0.22 0.03 0.33 0.49 0.38 0.05 0.13 0.01 0.00 0.00 0.07 0.14 0.06 0.04 0.05
C4 0.02 0.02 0.23 0.26 0.00 0.13 0.01 0.48 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.08 0.19 0.22 0.02 0.29 0.76 0.15
C4' 0.00 0.15 0.01 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.21 0.09 0.19 0.11 0.11 0.14 0.07 0.23 0.02 0.00 0.00 0.27 0.10 0.01 0.02
C5 0.01 0.03 0.03 0.17 0.01 0.18 0.00 0.58 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.10 0.06 0.12 0.18 0.04 0.35 0.86 0.13
C5' 0.18 0.55 0.27 0.01 0.48 0.00 0.58 0.00 0.65 0.39 0.63 0.51 0.45 0.52 0.35 0.02 0.20 0.01 0.00 0.73 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.12 0.22 0.01 0.21 0.02 0.65 0.00 0.07 0.01 0.02 0.02 0.06 0.03 0.02 0.13 0.19 0.13 0.01 0.49 0.87 0.05
C8 0.03 0.04 0.35 0.03 0.01 0.09 0.04 0.39 0.07 0.00 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.45 0.12 0.15 0.28 0.11 0.06 0.83 0.28
N1 0.03 0.00 0.34 0.33 0.01 0.19 0.03 0.63 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.05 0.02 0.29 0.22 0.27 0.14 0.03 0.53 0.82 0.03
N2 0.10 0.00 0.67 0.49 0.01 0.11 0.03 0.51 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.75 0.34 0.34 0.18 0.03 0.51 0.72 0.04
N3 0.06 0.01 0.52 0.38 0.01 0.11 0.01 0.45 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.51 0.18 0.30 0.21 0.02 0.35 0.70 0.11
N7 0.01 0.03 0.23 0.05 0.02 0.14 0.01 0.52 0.06 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.02 0.37 0.03 0.06 0.22 0.11 0.21 0.93 0.21
N9 0.00 0.02 0.02 0.13 0.01 0.07 0.02 0.35 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.11 0.06 0.02 0.27 0.06 0.11 0.70 0.23
O2' 0.02 0.51 0.00 0.01 0.14 0.23 0.10 0.02 0.02 0.45 0.29 0.75 0.51 0.37 0.11 0.00 0.03 0.15 0.13 0.14 0.03 0.15 0.15
O3' 0.22 0.24 0.01 0.00 0.08 0.02 0.06 0.20 0.13 0.12 0.22 0.34 0.18 0.03 0.06 0.03 0.00 0.26 0.03 0.08 0.30 0.02 0.10
O4' 0.00 0.32 0.01 0.00 0.19 0.00 0.12 0.01 0.19 0.15 0.27 0.34 0.30 0.06 0.02 0.15 0.26 0.00 0.35 0.19 0.01 0.47 0.31
O5' 0.19 0.17 0.18 0.07 0.22 0.00 0.18 0.00 0.13 0.28 0.14 0.18 0.21 0.22 0.27 0.13 0.03 0.35 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00
O6 0.04 0.02 0.01 0.14 0.02 0.27 0.04 0.73 0.01 0.11 0.03 0.03 0.02 0.11 0.06 0.14 0.08 0.19 0.06 0.00 0.57 0.86 0.05
OP1 0.06 0.48 0.17 0.06 0.29 0.10 0.35 0.02 0.49 0.06 0.53 0.51 0.35 0.21 0.11 0.03 0.30 0.01 0.00 0.57 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.74 0.06 0.04 0.76 0.01 0.86 0.01 0.87 0.83 0.82 0.72 0.70 0.93 0.70 0.15 0.02 0.47 0.01 0.86 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.05 0.19 0.05 0.15 0.02 0.13 0.01 0.05 0.28 0.03 0.04 0.11 0.21 0.23 0.15 0.10 0.31 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00