Doublet Group distance statistics: 52310

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, -0.002, 0.009, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.011
N3	A	0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.003, 0.015, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4	A	0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C1'	A	0, 0.006, 0.026, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.020
C2	A	0, 0.003, 0.025, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.025 std_dev=0.022
O2	A	0, 0.005, 0.040, 0.076, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.040 std_dev=0.036
N1	A	0, 0.003, 0.042, 0.081, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.042 std_dev=0.039
N4	A	0, 0.011, 0.053, 0.095, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.053 std_dev=0.042
O4'	A	0, 0.064, 0.164, 0.264, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.164 std_dev=0.100
C2'	A	0, 0.067, 0.170, 0.274, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.170 std_dev=0.103
O2'	A	0, 0.060, 0.171, 0.283, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.171 std_dev=0.111
C3'	A	0, 0.132, 0.313, 0.494, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.313 std_dev=0.181
C4'	A	0, 0.133, 0.316, 0.500, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.316 std_dev=0.184
O3'	A	0, 0.168, 0.405, 0.641, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.405 std_dev=0.236
C8	B	0, 0.097, 0.420, 0.742, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.420 std_dev=0.323
N9	B	0, 0.127, 0.478, 0.830, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.478 std_dev=0.351
C5'	A	0, 0.231, 0.591, 0.951, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.591 std_dev=0.360
O5'	B	0, 0.142, 0.513, 0.883, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.513 std_dev=0.371
OP2	B	0, 0.209, 0.589, 0.969, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.589 std_dev=0.380
C3'	B	0, 0.227, 0.617, 1.006, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.617 std_dev=0.390
C1'	B	0, 0.225, 0.619, 1.013, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.619 std_dev=0.394
P	B	0, 0.246, 0.685, 1.124, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.685 std_dev=0.439
O4'	B	0, 0.209, 0.648, 1.087, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.648 std_dev=0.439
C4'	B	0, 0.247, 0.694, 1.141, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.694 std_dev=0.447
C5'	B	0, 0.254, 0.718, 1.182, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.718 std_dev=0.464
N7	B	0, 0.293, 0.768, 1.243, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.768 std_dev=0.475
O5'	A	0, 0.194, 0.710, 1.225, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.710 std_dev=0.515
OP1	B	0, 0.312, 0.834, 1.356, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.834 std_dev=0.522
O3'	B	0, 0.371, 0.956, 1.541, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.956 std_dev=0.585
C4	B	0, 0.338, 0.950, 1.561, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.950 std_dev=0.611
C2'	B	0, 0.390, 1.022, 1.654, 1.615 max_d=1.615 avg_d=1.022 std_dev=0.632
C5	B	0, 0.357, 1.141, 1.925, 2.082 max_d=2.082 avg_d=1.141 std_dev=0.784
N3	B	0, 0.395, 1.217, 2.039, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.217 std_dev=0.822
P	A	0, 0.325, 1.203, 2.081, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.203 std_dev=0.878
C2	B	0, 0.480, 1.736, 2.992, 3.248 max_d=3.248 avg_d=1.736 std_dev=1.256
C6	B	0, 0.430, 1.695, 2.959, 3.231 max_d=3.231 avg_d=1.695 std_dev=1.265
OP2	A	0, 0.396, 1.738, 3.080, 3.072 max_d=3.072 avg_d=1.738 std_dev=1.342
O2'	B	0, 0.477, 1.872, 3.267, 3.230 max_d=3.230 avg_d=1.872 std_dev=1.395
OP1	A	0, 0.364, 1.810, 3.256, 3.305 max_d=3.305 avg_d=1.810 std_dev=1.446
N1	B	0, 0.498, 1.979, 3.459, 3.772 max_d=3.772 avg_d=1.979 std_dev=1.481
N2	B	0, 0.570, 2.077, 3.584, 3.858 max_d=3.858 avg_d=2.077 std_dev=1.507
O6	B	0, 0.455, 1.963, 3.471, 3.801 max_d=3.801 avg_d=1.963 std_dev=1.508

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.05	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.22	0.26	0.65	0.27
C2	0.02	0.00	0.04	0.03	0.02	0.05	0.02	0.05	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.03	0.09	0.34	0.21	0.82	0.33
C2'	0.01	0.04	0.00	0.00	0.05	0.00	0.06	0.03	0.06	0.03	0.04	0.05	0.06	0.00	0.03	0.01	0.04	0.39	0.60	0.26
C3'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.08	0.01	0.10	0.01	0.09	0.04	0.05	0.09	0.02	0.01	0.01	0.02	0.12	0.39	0.41	0.18
C4	0.02	0.02	0.05	0.08	0.00	0.04	0.01	0.16	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.05	0.09	0.05	0.45	0.46	1.04	0.56
C4'	0.00	0.05	0.00	0.01	0.04	0.00	0.10	0.00	0.12	0.03	0.03	0.04	0.10	0.02	0.02	0.00	0.01	0.14	0.26	0.07
C5	0.02	0.02	0.06	0.10	0.01	0.10	0.00	0.26	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.07	0.10	0.02	0.49	0.68	1.17	0.71
C5'	0.05	0.05	0.03	0.01	0.16	0.00	0.26	0.00	0.27	0.13	0.08	0.16	0.08	0.02	0.07	0.02	0.01	0.04	0.07	0.02
C6	0.02	0.01	0.06	0.09	0.01	0.12	0.00	0.27	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.08	0.09	0.04	0.46	0.65	1.07	0.65
N1	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01	0.03	0.01	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.04	0.04	0.01	0.37	0.38	0.86	0.43
N3	0.02	0.01	0.04	0.05	0.01	0.03	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.03	0.05	0.09	0.39	0.27	0.92	0.41
N4	0.02	0.02	0.05	0.09	0.00	0.04	0.02	0.16	0.02	0.01	0.01	0.00	0.05	0.05	0.10	0.06	0.45	0.47	1.04	0.57
O2	0.01	0.01	0.06	0.02	0.04	0.10	0.04	0.08	0.02	0.01	0.04	0.05	0.00	0.06	0.02	0.12	0.27	0.05	0.70	0.21
O2'	0.02	0.03	0.00	0.01	0.05	0.02	0.07	0.02	0.08	0.04	0.03	0.05	0.06	0.00	0.05	0.01	0.02	0.31	0.54	0.20
O3'	0.01	0.03	0.03	0.01	0.09	0.02	0.10	0.07	0.09	0.04	0.05	0.10	0.02	0.05	0.00	0.01	0.27	0.33	0.23	0.07
O4'	0.00	0.09	0.01	0.02	0.05	0.00	0.02	0.02	0.04	0.01	0.09	0.06	0.12	0.01	0.01	0.00	0.18	0.06	0.38	0.10
O5'	0.22	0.34	0.04	0.12	0.45	0.01	0.49	0.01	0.46	0.37	0.39	0.45	0.27	0.02	0.27	0.18	0.00	0.02	0.01	0.01
OP1	0.26	0.21	0.39	0.39	0.46	0.14	0.68	0.04	0.65	0.38	0.27	0.47	0.05	0.31	0.33	0.06	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.65	0.82	0.60	0.41	1.04	0.26	1.17	0.07	1.07	0.86	0.92	1.04	0.70	0.54	0.23	0.38	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.27	0.33	0.26	0.18	0.56	0.07	0.71	0.02	0.65	0.43	0.41	0.57	0.21	0.20	0.07	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.21	0.80	0.34	0.26	0.47	0.27	0.58	0.31	0.81	0.11	0.91	0.87	0.58	0.37	0.14	1.00	0.19	0.19	0.21	0.88	0.39	0.12	0.24
C2	0.20	0.83	0.50	0.18	0.50	0.19	0.65	0.24	0.90	0.11	0.97	0.87	0.60	0.42	0.14	1.26	0.18	0.12	0.18	0.98	0.33	0.10	0.19
C2'	0.26	0.72	0.37	0.33	0.41	0.35	0.54	0.38	0.77	0.10	0.85	0.79	0.50	0.36	0.10	0.91	0.17	0.26	0.24	0.87	0.44	0.12	0.27
C3'	0.27	0.54	0.27	0.33	0.30	0.35	0.42	0.35	0.60	0.08	0.65	0.58	0.36	0.29	0.05	0.68	0.16	0.29	0.19	0.68	0.34	0.07	0.21
C4	0.15	0.64	0.51	0.05	0.46	0.06	0.60	0.12	0.75	0.21	0.76	0.64	0.49	0.47	0.21	1.02	0.10	0.07	0.09	0.82	0.25	0.08	0.13
C4'	0.24	0.52	0.16	0.28	0.28	0.28	0.36	0.28	0.52	0.05	0.59	0.58	0.36	0.23	0.05	0.60	0.24	0.26	0.16	0.58	0.29	0.08	0.18
C5	0.17	0.62	0.42	0.12	0.47	0.12	0.57	0.17	0.69	0.26	0.71	0.63	0.50	0.45	0.27	0.82	0.27	0.13	0.12	0.75	0.34	0.11	0.19
C5'	0.16	0.35	0.06	0.16	0.23	0.18	0.30	0.13	0.40	0.12	0.42	0.36	0.25	0.24	0.09	0.21	0.17	0.19	0.06	0.44	0.10	0.11	0.06
C6	0.17	0.69	0.38	0.14	0.48	0.19	0.58	0.25	0.74	0.22	0.78	0.72	0.54	0.43	0.24	0.85	0.17	0.15	0.17	0.80	0.39	0.13	0.23
N1	0.17	0.81	0.40	0.18	0.52	0.20	0.63	0.26	0.84	0.16	0.92	0.85	0.61	0.43	0.19	1.06	0.08	0.13	0.18	0.91	0.38	0.11	0.22
N3	0.18	0.74	0.53	0.09	0.48	0.11	0.65	0.16	0.87	0.13	0.89	0.76	0.55	0.45	0.15	1.22	0.09	0.06	0.13	0.96	0.26	0.09	0.14
N4	0.13	0.53	0.49	0.10	0.41	0.06	0.55	0.03	0.66	0.23	0.65	0.53	0.42	0.47	0.21	0.91	0.15	0.10	0.04	0.74	0.17	0.07	0.08
O2	0.24	0.89	0.49	0.23	0.49	0.22	0.64	0.26	0.94	0.07	1.05	0.96	0.62	0.38	0.11	1.32	0.30	0.16	0.20	1.05	0.33	0.11	0.20
O2'	0.25	0.81	0.34	0.32	0.44	0.34	0.58	0.37	0.84	0.10	0.94	0.91	0.56	0.38	0.11	0.91	0.20	0.25	0.24	0.95	0.46	0.13	0.28
O3'	0.30	0.51	0.25	0.36	0.27	0.39	0.40	0.38	0.58	0.06	0.63	0.56	0.32	0.27	0.02	0.60	0.19	0.33	0.21	0.67	0.37	0.08	0.23
O4'	0.26	0.65	0.27	0.30	0.34	0.30	0.42	0.33	0.61	0.02	0.72	0.74	0.47	0.23	0.05	0.89	0.31	0.26	0.24	0.66	0.38	0.16	0.26
O5'	0.09	0.60	0.28	0.01	0.52	0.08	0.62	0.06	0.70	0.44	0.69	0.57	0.50	0.57	0.38	0.11	0.02	0.03	0.17	0.76	0.07	0.28	0.14
OP1	0.41	0.56	0.05	0.03	0.35	0.13	0.19	0.17	0.25	0.03	0.42	0.72	0.56	0.05	0.24	0.08	0.02	0.36	0.34	0.18	0.56	0.47	0.42
OP2	0.14	0.14	0.09	0.04	0.24	0.30	0.48	0.08	0.50	0.50	0.34	0.11	0.08	0.62	0.23	0.05	0.01	0.26	0.46	0.63	0.51	0.77	0.54
P	0.21	0.09	0.11	0.02	0.06	0.15	0.20	0.09	0.21	0.24	0.11	0.19	0.12	0.30	0.05	0.07	0.01	0.23	0.32	0.29	0.37	0.47	0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.34	0.01	0.13	0.01	0.13	0.10	0.10
C2	0.01	0.00	0.29	0.15	0.01	0.07	0.02	0.10	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.11	0.36	0.18	0.06	0.03	0.06	0.12	0.05
C2'	0.00	0.29	0.00	0.01	0.14	0.02	0.04	0.21	0.10	0.19	0.21	0.36	0.29	0.12	0.01	0.00	0.04	0.03	0.38	0.06	0.43	0.45	0.41
C3'	0.02	0.15	0.01	0.00	0.17	0.01	0.23	0.01	0.23	0.21	0.20	0.12	0.12	0.24	0.15	0.01	0.01	0.01	0.06	0.26	0.04	0.07	0.03
C4	0.00	0.01	0.14	0.17	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.10	0.25	0.10	0.07	0.01	0.06	0.10	0.06
C4'	0.01	0.07	0.02	0.01	0.02	0.00	0.07	0.01	0.05	0.16	0.02	0.12	0.08	0.14	0.06	0.24	0.02	0.01	0.01	0.08	0.04	0.02	0.01
C5	0.01	0.02	0.04	0.23	0.00	0.07	0.00	0.06	0.00	0.01	0.02	0.03	0.01	0.00	0.01	0.27	0.15	0.02	0.11	0.01	0.13	0.20	0.14
C5'	0.06	0.10	0.21	0.01	0.05	0.01	0.06	0.00	0.05	0.14	0.04	0.14	0.11	0.13	0.04	0.03	0.19	0.02	0.01	0.08	0.04	0.01	0.01
C6	0.01	0.02	0.10	0.23	0.01	0.05	0.00	0.05	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.01	0.23	0.18	0.05	0.11	0.01	0.15	0.24	0.15
C8	0.01	0.02	0.19	0.21	0.01	0.16	0.01	0.14	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.01	0.42	0.03	0.13	0.12	0.02	0.12	0.12	0.13
N1	0.01	0.01	0.21	0.20	0.02	0.02	0.02	0.04	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.02	0.02	0.06	0.27	0.12	0.07	0.02	0.10	0.20	0.10
N2	0.01	0.01	0.36	0.12	0.01	0.12	0.03	0.14	0.03	0.02	0.03	0.00	0.01	0.03	0.01	0.25	0.42	0.22	0.08	0.05	0.08	0.10	0.06
N3	0.00	0.00	0.29	0.12	0.01	0.08	0.01	0.11	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.15	0.37	0.18	0.08	0.02	0.07	0.07	0.06
N7	0.01	0.03	0.12	0.24	0.02	0.14	0.00	0.13	0.01	0.00	0.02	0.03	0.02	0.00	0.01	0.43	0.04	0.08	0.15	0.02	0.19	0.23	0.19
N9	0.00	0.02	0.01	0.15	0.00	0.06	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.00	0.20	0.19	0.01	0.06	0.02	0.06	0.05	0.05
O2'	0.02	0.11	0.00	0.01	0.10	0.24	0.27	0.03	0.23	0.42	0.06	0.25	0.15	0.43	0.20	0.00	0.03	0.17	0.30	0.30	0.37	0.55	0.37
O3'	0.34	0.36	0.04	0.01	0.25	0.02	0.15	0.19	0.18	0.03	0.27	0.42	0.37	0.04	0.19	0.03	0.00	0.23	0.22	0.13	0.30	0.23	0.24
O4'	0.01	0.18	0.03	0.01	0.10	0.01	0.02	0.02	0.05	0.13	0.12	0.22	0.18	0.08	0.01	0.17	0.23	0.00	0.03	0.02	0.04	0.04	0.03
O5'	0.13	0.06	0.38	0.06	0.07	0.01	0.11	0.01	0.11	0.12	0.07	0.08	0.08	0.15	0.06	0.30	0.22	0.03	0.00	0.15	0.01	0.00	0.01
O6	0.01	0.03	0.06	0.26	0.01	0.08	0.01	0.08	0.01	0.02	0.02	0.05	0.02	0.02	0.02	0.30	0.13	0.02	0.15	0.00	0.22	0.31	0.21
OP1	0.13	0.06	0.43	0.04	0.06	0.04	0.13	0.04	0.15	0.12	0.10	0.08	0.07	0.19	0.06	0.37	0.30	0.04	0.01	0.22	0.00	0.02	0.00
OP2	0.10	0.12	0.45	0.07	0.10	0.02	0.20	0.01	0.24	0.12	0.20	0.10	0.07	0.23	0.05	0.55	0.23	0.04	0.00	0.31	0.02	0.00	0.01
P	0.10	0.05	0.41	0.03	0.06	0.01	0.14	0.01	0.15	0.13	0.10	0.06	0.06	0.19	0.05	0.37	0.24	0.03	0.01	0.21	0.00	0.01	0.00