ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52311

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.011, 0.026, 0.042, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.037 std_dev=0.024
C5 A 0, 0.012, 0.038, 0.064, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.038 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.015, 0.041, 0.067, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.041 std_dev=0.026
C6 A 0, 0.016, 0.043, 0.070, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.027
N1 A 0, 0.015, 0.043, 0.071, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.043 std_dev=0.028
C1' A 0, 0.023, 0.054, 0.086, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.054 std_dev=0.031
N4 A 0, 0.030, 0.083, 0.136, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.083 std_dev=0.053
O2 A 0, 0.023, 0.113, 0.203, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.113 std_dev=0.090
O4' A 0, 0.039, 0.143, 0.247, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.143 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.080, 0.189, 0.298, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.189 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.101, 0.276, 0.451, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.276 std_dev=0.175
C2' A 0, 0.130, 0.317, 0.503, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.317 std_dev=0.186
C3' A 0, 0.138, 0.391, 0.643, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.391 std_dev=0.252
O2' A 0, 0.200, 0.490, 0.781, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.490 std_dev=0.291
O3' A 0, 0.200, 0.557, 0.915, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.557 std_dev=0.358
P B 0, 0.323, 0.877, 1.431, 1.481 max_d=1.481 avg_d=0.877 std_dev=0.554
OP1 B 0, 0.336, 0.915, 1.493, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.915 std_dev=0.578
OP2 B 0, 0.327, 0.957, 1.587, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.957 std_dev=0.630
O5' A 0, 0.647, 1.573, 2.498, 2.342 max_d=2.342 avg_d=1.573 std_dev=0.926
O5' B 0, 0.403, 1.329, 2.255, 2.293 max_d=2.293 avg_d=1.329 std_dev=0.926
C4' B 0, 0.318, 1.479, 2.641, 2.650 max_d=2.650 avg_d=1.479 std_dev=1.162
C5' B 0, 0.268, 1.465, 2.662, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.465 std_dev=1.197
P A 0, 0.700, 2.088, 3.476, 3.441 max_d=3.441 avg_d=2.088 std_dev=1.388
C3' B 0, 0.288, 1.692, 3.097, 3.169 max_d=3.169 avg_d=1.692 std_dev=1.405
O3' B 0, 0.231, 1.742, 3.253, 3.433 max_d=3.433 avg_d=1.742 std_dev=1.511
O4' B 0, 0.358, 1.938, 3.518, 3.539 max_d=3.539 avg_d=1.938 std_dev=1.580
O2' B 0, 0.325, 1.923, 3.521, 3.716 max_d=3.716 avg_d=1.923 std_dev=1.598
C1' B 0, 0.356, 2.079, 3.803, 3.886 max_d=3.886 avg_d=2.079 std_dev=1.724
C2' B 0, 0.311, 2.043, 3.774, 3.887 max_d=3.887 avg_d=2.043 std_dev=1.731
OP2 A 0, 0.940, 2.750, 4.559, 4.426 max_d=4.426 avg_d=2.750 std_dev=1.809
N3 B 0, 0.533, 2.637, 4.742, 4.747 max_d=4.747 avg_d=2.637 std_dev=2.105
N9 B 0, 0.393, 2.741, 5.089, 5.154 max_d=5.154 avg_d=2.741 std_dev=2.348
OP1 A 0, 1.223, 3.582, 5.941, 5.844 max_d=5.844 avg_d=3.582 std_dev=2.359
C4 B 0, 0.463, 2.927, 5.391, 5.406 max_d=5.406 avg_d=2.927 std_dev=2.464
N2 B 0, 0.637, 3.173, 5.709, 5.876 max_d=5.876 avg_d=3.173 std_dev=2.536
C2 B 0, 0.570, 3.119, 5.668, 5.733 max_d=5.733 avg_d=3.119 std_dev=2.549
C8 B 0, 0.384, 3.443, 6.501, 6.596 max_d=6.596 avg_d=3.443 std_dev=3.058
N1 B 0, 0.577, 3.726, 6.876, 6.886 max_d=6.886 avg_d=3.726 std_dev=3.149
C5 B 0, 0.480, 3.639, 6.797, 6.838 max_d=6.838 avg_d=3.639 std_dev=3.159
C6 B 0, 0.561, 4.049, 7.537, 7.526 max_d=7.526 avg_d=4.049 std_dev=3.488
N7 B 0, 0.461, 3.967, 7.473, 7.559 max_d=7.559 avg_d=3.967 std_dev=3.506
O6 B 0, 0.646, 4.688, 8.730, 8.716 max_d=8.716 avg_d=4.688 std_dev=4.042

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.34 0.59 0.56 0.24
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.02 0.05 0.03 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.10 0.10 0.05 0.67 0.65 0.99 0.63
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.08 0.01 0.10 0.03 0.10 0.07 0.07 0.08 0.07 0.00 0.04 0.02 0.30 0.52 0.30 0.18
C3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.12 0.01 0.16 0.04 0.18 0.11 0.08 0.12 0.08 0.03 0.02 0.02 0.32 0.40 0.29 0.18
C4 0.02 0.02 0.08 0.12 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.07 0.15 0.02 0.95 1.22 1.42 1.08
C4' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.08 0.05 0.04 0.06 0.10 0.06 0.05 0.01 0.03 0.70 0.21 0.18
C5 0.03 0.03 0.10 0.16 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.21 0.04 1.04 1.36 1.51 1.19
C5' 0.03 0.09 0.03 0.04 0.10 0.01 0.12 0.00 0.12 0.09 0.08 0.11 0.13 0.06 0.07 0.01 0.01 0.38 0.40 0.01
C6 0.03 0.02 0.10 0.18 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.05 0.21 0.05 0.95 1.00 1.32 0.99
N1 0.01 0.02 0.07 0.11 0.01 0.05 0.02 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04 0.13 0.01 0.69 0.62 0.99 0.63
N3 0.01 0.01 0.07 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.11 0.01 0.80 0.90 1.20 0.84
N4 0.02 0.02 0.08 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.16 0.02 1.03 1.44 1.56 1.23
O2 0.11 0.01 0.07 0.08 0.03 0.10 0.04 0.13 0.05 0.05 0.03 0.04 0.00 0.12 0.10 0.13 0.53 0.55 0.78 0.45
O2' 0.01 0.10 0.00 0.03 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.04 0.10 0.08 0.12 0.00 0.07 0.06 0.06 0.81 0.05 0.26
O3' 0.06 0.10 0.04 0.02 0.15 0.05 0.21 0.07 0.21 0.13 0.11 0.16 0.10 0.07 0.00 0.06 0.22 0.49 0.24 0.17
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.13 0.06 0.06 0.00 0.24 0.66 0.59 0.17
O5' 0.34 0.67 0.30 0.32 0.95 0.03 1.04 0.01 0.95 0.69 0.80 1.03 0.53 0.06 0.22 0.24 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.59 0.65 0.52 0.40 1.22 0.70 1.36 0.38 1.00 0.62 0.90 1.44 0.55 0.81 0.49 0.66 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.56 0.99 0.30 0.29 1.42 0.21 1.51 0.40 1.32 0.99 1.20 1.56 0.78 0.05 0.24 0.59 0.01 0.03 0.00 0.00
P 0.24 0.63 0.18 0.18 1.08 0.18 1.19 0.01 0.99 0.63 0.84 1.23 0.45 0.26 0.17 0.17 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.94 1.14 0.68 0.66 1.21 0.55 1.37 0.08 1.41 1.29 1.30 1.00 1.08 1.41 1.15 0.30 0.81 0.90 0.11 1.49 0.15 0.14 0.11
C2 0.56 0.73 0.33 0.36 0.73 0.26 0.81 0.27 0.84 0.74 0.80 0.69 0.68 0.81 0.67 0.06 0.46 0.53 0.10 0.88 0.16 0.10 0.13
C2' 1.03 1.25 0.75 0.70 1.34 0.64 1.54 0.19 1.59 1.46 1.45 1.08 1.17 1.60 1.27 0.34 0.78 1.01 0.19 1.71 0.17 0.18 0.13
C3' 1.33 1.43 1.09 0.99 1.64 0.93 1.89 0.52 1.91 1.87 1.69 1.16 1.38 2.01 1.61 0.69 1.07 1.31 0.39 2.05 0.23 0.27 0.21
C4 0.39 0.26 0.33 0.38 0.36 0.28 0.40 0.27 0.36 0.47 0.30 0.20 0.29 0.46 0.40 0.10 0.47 0.36 0.10 0.38 0.17 0.09 0.14
C4' 1.35 1.52 1.11 1.01 1.71 0.89 1.96 0.48 2.00 1.90 1.79 1.24 1.46 2.07 1.66 0.73 1.15 1.30 0.33 2.13 0.18 0.22 0.15
C5 0.68 0.34 0.65 0.68 0.59 0.61 0.66 0.13 0.57 0.84 0.42 0.19 0.41 0.80 0.70 0.34 0.78 0.69 0.11 0.61 0.15 0.14 0.10
C5' 1.61 1.64 1.42 1.27 1.97 1.14 2.27 0.78 2.26 2.26 1.96 1.24 1.62 2.43 1.95 1.07 1.40 1.54 0.52 2.41 0.25 0.30 0.24
C6 0.88 0.66 0.75 0.74 0.91 0.67 1.02 0.20 0.95 1.14 0.79 0.47 0.71 1.15 0.98 0.40 0.87 0.89 0.15 1.01 0.16 0.14 0.11
N1 0.80 0.85 0.59 0.59 0.96 0.49 1.07 0.03 1.07 1.06 0.96 0.72 0.83 1.13 0.94 0.23 0.73 0.78 0.07 1.13 0.15 0.13 0.10
N3 0.35 0.44 0.19 0.22 0.44 0.13 0.48 0.43 0.50 0.45 0.48 0.43 0.42 0.49 0.40 0.14 0.31 0.31 0.18 0.52 0.20 0.08 0.17
N4 0.17 0.04 0.19 0.23 0.09 0.13 0.10 0.43 0.09 0.16 0.08 0.02 0.06 0.14 0.12 0.10 0.30 0.11 0.18 0.11 0.23 0.07 0.17
O2 0.52 0.88 0.22 0.24 0.79 0.16 0.88 0.37 0.96 0.73 0.96 0.89 0.79 0.84 0.67 0.16 0.33 0.49 0.15 1.01 0.19 0.10 0.15
O2' 0.92 1.34 0.59 0.54 1.33 0.48 1.55 0.07 1.66 1.39 1.56 1.21 1.20 1.57 1.20 0.16 0.61 0.89 0.11 1.80 0.18 0.14 0.14
O3' 1.39 1.54 1.14 1.02 1.76 0.98 2.06 0.60 2.11 2.02 1.86 1.25 1.47 2.21 1.72 0.71 1.06 1.38 0.46 2.30 0.29 0.32 0.28
O4' 1.16 1.32 0.92 0.87 1.46 0.72 1.64 0.26 1.66 1.58 1.51 1.11 1.28 1.70 1.40 0.56 1.06 1.09 0.19 1.74 0.15 0.16 0.11
O5' 2.27 1.77 2.12 2.05 2.41 1.99 2.70 1.76 2.53 2.94 2.08 1.21 1.91 3.01 2.56 1.68 2.10 2.33 1.49 2.66 1.26 1.32 1.26
OP1 2.63 1.49 2.52 2.50 2.54 2.50 2.87 2.49 2.50 3.44 1.86 0.72 1.79 3.39 2.92 1.91 2.35 2.87 2.29 2.63 2.05 2.15 2.12
OP2 3.43 3.05 3.22 3.05 3.77 2.87 4.06 2.59 3.86 4.17 3.38 2.32 3.23 4.29 3.84 2.80 3.10 3.34 2.35 3.90 1.90 2.12 2.02
P 2.68 1.96 2.53 2.43 2.83 2.35 3.17 2.20 2.91 3.49 2.34 1.23 2.18 3.56 3.04 2.03 2.41 2.76 1.94 3.03 1.63 1.75 1.69

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.07 0.04 0.02 0.04 0.09 0.04 0.03 0.01 0.02 0.35 0.01 0.21 0.05 0.08 0.24 0.19
C2 0.05 0.00 0.13 0.16 0.02 0.08 0.02 0.14 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.30 0.69 0.10 0.56 0.02 0.42 0.67 0.68
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.08 0.01 0.08 0.21 0.10 0.04 0.12 0.18 0.12 0.06 0.04 0.01 0.04 0.03 0.20 0.12 0.25 0.17 0.21
C3' 0.04 0.16 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.04 0.13 0.11 0.25 0.16 0.11 0.02 0.03 0.01 0.02 0.16 0.03 0.23 0.18 0.19
C4 0.02 0.02 0.08 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.25 0.47 0.05 0.47 0.03 0.27 0.64 0.55
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.10 0.05 0.10 0.08 0.09 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.03 0.20 0.06 0.08
C5 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.03 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.28 0.36 0.03 0.51 0.03 0.32 0.82 0.63
C5' 0.07 0.14 0.21 0.02 0.04 0.01 0.14 0.00 0.08 0.33 0.07 0.21 0.12 0.29 0.14 0.04 0.19 0.02 0.00 0.13 0.05 0.10 0.01
C6 0.04 0.01 0.10 0.04 0.02 0.03 0.01 0.08 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.32 0.45 0.03 0.58 0.00 0.42 0.91 0.74
C8 0.02 0.04 0.04 0.13 0.01 0.10 0.02 0.33 0.03 0.00 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.17 0.10 0.10 0.33 0.06 0.15 0.68 0.39
N1 0.04 0.01 0.12 0.11 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.33 0.60 0.07 0.60 0.03 0.46 0.83 0.76
N2 0.09 0.01 0.18 0.25 0.04 0.10 0.03 0.21 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.33 0.83 0.12 0.55 0.04 0.45 0.59 0.68
N3 0.04 0.01 0.12 0.16 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.26 0.66 0.10 0.48 0.01 0.32 0.55 0.57
N7 0.03 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.01 0.29 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.23 0.17 0.08 0.44 0.06 0.24 0.84 0.55
N9 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.14 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.17 0.30 0.01 0.36 0.05 0.15 0.53 0.39
O2' 0.02 0.30 0.01 0.03 0.25 0.19 0.28 0.04 0.32 0.17 0.33 0.33 0.26 0.23 0.17 0.00 0.08 0.07 0.20 0.35 0.15 0.31 0.22
O3' 0.35 0.69 0.04 0.01 0.47 0.02 0.36 0.19 0.45 0.10 0.60 0.83 0.66 0.17 0.30 0.08 0.00 0.23 0.11 0.41 0.16 0.18 0.15
O4' 0.01 0.10 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.03 0.10 0.07 0.12 0.10 0.08 0.01 0.07 0.23 0.00 0.40 0.02 0.12 0.41 0.34
O5' 0.21 0.56 0.20 0.16 0.47 0.01 0.51 0.00 0.58 0.33 0.60 0.55 0.48 0.44 0.36 0.20 0.11 0.40 0.00 0.58 0.02 0.01 0.01
O6 0.05 0.02 0.12 0.03 0.03 0.03 0.03 0.13 0.00 0.06 0.03 0.04 0.01 0.06 0.05 0.35 0.41 0.02 0.58 0.00 0.43 1.00 0.77
OP1 0.08 0.42 0.25 0.23 0.27 0.20 0.32 0.05 0.42 0.15 0.46 0.45 0.32 0.24 0.15 0.15 0.16 0.12 0.02 0.43 0.00 0.02 0.02
OP2 0.24 0.67 0.17 0.18 0.64 0.06 0.82 0.10 0.91 0.68 0.83 0.59 0.55 0.84 0.53 0.31 0.18 0.41 0.01 1.00 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.68 0.21 0.19 0.55 0.08 0.63 0.01 0.74 0.39 0.76 0.68 0.57 0.55 0.39 0.22 0.15 0.34 0.01 0.77 0.02 0.01 0.00