ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52312

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.005, 0.027, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.006, 0.029, 0.052, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.013, 0.076, 0.139, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.076 std_dev=0.063
N4 A 0, 0.010, 0.079, 0.147, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.079 std_dev=0.069
C2' A 0, 0.046, 0.157, 0.269, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.157 std_dev=0.111
O4' A 0, 0.023, 0.162, 0.301, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.162 std_dev=0.139
OP2 B 0, 0.063, 0.220, 0.377, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.220 std_dev=0.157
O2' A 0, -0.005, 0.210, 0.425, 0.506 max_d=0.506 avg_d=0.210 std_dev=0.215
C4' A 0, 0.126, 0.429, 0.732, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.429 std_dev=0.303
OP1 B 0, 0.060, 0.368, 0.675, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.368 std_dev=0.307
O5' A 0, 0.130, 0.447, 0.764, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.447 std_dev=0.317
C5' A 0, 0.140, 0.483, 0.826, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.483 std_dev=0.343
C3' A 0, 0.139, 0.482, 0.825, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.482 std_dev=0.343
P B 0, -0.020, 0.412, 0.845, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.412 std_dev=0.432
OP1 A 0, 0.094, 0.648, 1.202, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.648 std_dev=0.554
O3' A 0, 0.220, 0.805, 1.389, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.805 std_dev=0.584
P A 0, 0.265, 1.034, 1.802, 1.841 max_d=1.841 avg_d=1.034 std_dev=0.768
O5' B 0, 0.215, 1.245, 2.274, 2.521 max_d=2.521 avg_d=1.245 std_dev=1.029
C5' B 0, -0.138, 1.388, 2.915, 3.515 max_d=3.515 avg_d=1.388 std_dev=1.527
OP2 A 0, 0.513, 2.092, 3.670, 3.814 max_d=3.814 avg_d=2.092 std_dev=1.579
N7 B 0, 0.527, 2.140, 3.752, 3.892 max_d=3.892 avg_d=2.140 std_dev=1.613
C8 B 0, 0.330, 2.082, 3.834, 4.287 max_d=4.287 avg_d=2.082 std_dev=1.752
O6 B 0, 0.822, 2.835, 4.848, 4.475 max_d=4.475 avg_d=2.835 std_dev=2.013
C5 B 0, 0.590, 2.623, 4.657, 4.955 max_d=4.955 avg_d=2.623 std_dev=2.034
C6 B 0, 0.762, 2.923, 5.085, 5.159 max_d=5.159 avg_d=2.923 std_dev=2.161
O4' B 0, -0.024, 2.208, 4.441, 5.266 max_d=5.266 avg_d=2.208 std_dev=2.232
C4' B 0, -0.183, 2.112, 4.406, 5.301 max_d=5.301 avg_d=2.112 std_dev=2.295
N9 B 0, 0.243, 2.553, 4.862, 5.594 max_d=5.594 avg_d=2.553 std_dev=2.310
C4 B 0, 0.448, 2.905, 5.362, 6.009 max_d=6.009 avg_d=2.905 std_dev=2.457
N1 B 0, 0.806, 3.436, 6.066, 6.387 max_d=6.387 avg_d=3.436 std_dev=2.630
C3' B 0, -0.107, 2.577, 5.260, 6.278 max_d=6.278 avg_d=2.577 std_dev=2.683
C1' B 0, 0.069, 2.781, 5.493, 6.458 max_d=6.458 avg_d=2.781 std_dev=2.712
N3 B 0, 0.498, 3.461, 6.424, 7.237 max_d=7.237 avg_d=3.461 std_dev=2.963
C2 B 0, 0.688, 3.690, 6.693, 7.354 max_d=7.354 avg_d=3.690 std_dev=3.002
C2' B 0, -0.021, 3.110, 6.242, 7.395 max_d=7.395 avg_d=3.110 std_dev=3.131
O3' B 0, 0.173, 3.354, 6.535, 7.627 max_d=7.627 avg_d=3.354 std_dev=3.181
N2 B 0, 0.773, 4.248, 7.722, 8.511 max_d=8.511 avg_d=4.248 std_dev=3.475
O2' B 0, 0.173, 4.029, 7.886, 9.227 max_d=9.227 avg_d=4.029 std_dev=3.856

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.15 0.42 0.23
C2 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.14 0.26 0.39 0.30
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.25 0.73 0.35
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.02 0.14 0.08 0.12 0.16 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.27 0.79 0.35
C4 0.00 0.00 0.05 0.14 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.01 0.23 0.29 0.24 0.32
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.10 0.04 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.15 0.42 0.11
C5 0.00 0.00 0.05 0.15 0.00 0.11 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.01 0.26 0.28 0.17 0.27
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.17 0.00 0.20 0.00 0.18 0.10 0.12 0.18 0.05 0.04 0.03 0.02 0.00 0.17 0.23 0.01
C6 0.00 0.00 0.05 0.14 0.01 0.10 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.16 0.01 0.23 0.24 0.08 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.14 0.22 0.31 0.25
N3 0.01 0.00 0.04 0.12 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.13 0.01 0.18 0.29 0.33 0.32
N4 0.00 0.01 0.05 0.16 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.19 0.01 0.24 0.30 0.27 0.33
O2 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.03 0.02 0.11 0.26 0.52 0.32
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.01 0.06 0.03 0.10 0.00 0.04 0.06 0.02 0.22 0.72 0.28
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.17 0.01 0.19 0.03 0.16 0.08 0.13 0.19 0.03 0.04 0.00 0.00 0.06 0.36 0.94 0.38
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.06 0.02 0.29 0.19
O5' 0.07 0.14 0.05 0.01 0.23 0.02 0.26 0.00 0.23 0.14 0.18 0.24 0.11 0.02 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.15 0.26 0.25 0.27 0.29 0.15 0.28 0.17 0.24 0.22 0.29 0.30 0.26 0.22 0.36 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.42 0.39 0.73 0.79 0.24 0.42 0.17 0.23 0.08 0.31 0.33 0.27 0.52 0.72 0.94 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.23 0.30 0.35 0.35 0.32 0.11 0.27 0.01 0.22 0.25 0.32 0.33 0.32 0.28 0.38 0.19 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.91 1.68 2.34 2.26 1.58 1.86 1.25 1.53 1.15 1.25 1.40 1.82 1.79 1.02 1.62 2.52 2.57 1.64 0.74 0.88 0.24 0.09 0.35
C2 1.51 1.32 1.88 1.86 1.27 1.51 1.04 1.31 0.97 1.06 1.13 1.41 1.40 0.89 1.32 1.93 2.08 1.31 0.67 0.78 0.24 0.06 0.30
C2' 1.89 1.66 2.33 2.26 1.55 1.89 1.22 1.58 1.13 1.22 1.37 1.81 1.77 0.99 1.59 2.54 2.63 1.65 0.80 0.86 0.17 0.11 0.39
C3' 2.02 1.75 2.42 2.35 1.63 2.02 1.27 1.67 1.18 1.27 1.45 1.92 1.87 1.03 1.67 2.70 2.75 1.78 0.85 0.91 0.11 0.22 0.47
C4 1.23 1.03 1.46 1.45 1.04 1.23 0.87 1.10 0.80 0.93 0.90 1.08 1.11 0.78 1.10 1.45 1.55 1.10 0.58 0.67 0.24 0.06 0.27
C4' 2.19 1.94 2.62 2.48 1.80 2.12 1.40 1.69 1.31 1.38 1.60 2.13 2.07 1.13 1.83 2.94 2.88 1.90 0.82 1.00 0.12 0.21 0.46
C5 1.52 1.19 1.76 1.74 1.21 1.53 0.96 1.33 0.85 1.07 1.00 1.25 1.31 0.83 1.31 1.77 1.80 1.39 0.67 0.65 0.24 0.09 0.33
C5' 2.37 2.09 2.78 2.60 1.94 2.28 1.52 1.80 1.41 1.49 1.72 2.28 2.24 1.23 1.97 3.17 3.03 2.08 0.92 1.10 0.02 0.37 0.59
C6 1.78 1.43 2.11 2.08 1.41 1.76 1.11 1.48 0.99 1.18 1.18 1.52 1.56 0.93 1.50 2.19 2.24 1.58 0.72 0.74 0.24 0.10 0.35
N1 1.74 1.48 2.12 2.08 1.43 1.72 1.14 1.45 1.04 1.17 1.24 1.58 1.59 0.95 1.49 2.22 2.31 1.51 0.72 0.80 0.24 0.08 0.34
N3 1.27 1.12 1.57 1.57 1.09 1.27 0.92 1.13 0.87 0.95 0.98 1.18 1.18 0.82 1.13 1.58 1.73 1.10 0.59 0.73 0.23 0.05 0.26
N4 0.87 0.78 1.02 1.00 0.79 0.84 0.71 0.76 0.68 0.75 0.72 0.80 0.82 0.67 0.82 0.98 1.07 0.78 0.40 0.61 0.23 0.05 0.17
O2 1.51 1.36 1.92 1.89 1.29 1.51 1.06 1.31 1.00 1.06 1.17 1.46 1.44 0.90 1.32 1.99 2.16 1.29 0.67 0.81 0.22 0.05 0.29
O2' 1.93 1.73 2.39 2.31 1.59 1.91 1.25 1.58 1.16 1.23 1.43 1.90 1.84 1.00 1.62 2.62 2.71 1.65 0.80 0.88 0.21 0.09 0.38
O3' 2.04 1.80 2.43 2.35 1.65 2.05 1.29 1.71 1.21 1.28 1.48 1.98 1.91 1.04 1.68 2.76 2.78 1.81 0.92 0.93 0.13 0.30 0.55
O4' 2.07 1.84 2.51 2.36 1.72 1.96 1.34 1.55 1.24 1.33 1.52 2.00 1.96 1.08 1.75 2.74 2.68 1.76 0.72 0.94 0.25 0.11 0.35
O5' 2.34 1.95 2.71 2.58 1.87 2.28 1.46 1.80 1.35 1.48 1.61 2.09 2.11 1.21 1.93 3.04 2.95 2.10 0.94 1.05 0.04 0.44 0.63
OP1 2.23 1.70 2.43 2.29 1.63 2.27 1.21 1.75 1.08 1.26 1.34 1.86 1.90 0.99 1.72 3.01 2.82 2.09 1.02 0.80 0.30 0.48 0.73
OP2 1.23 0.47 1.37 1.49 0.53 1.66 0.19 1.52 0.05 0.42 0.17 0.57 0.68 0.16 0.73 1.74 1.96 1.33 0.77 0.25 0.33 0.45 0.62
P 2.14 1.44 2.40 2.42 1.45 2.34 1.02 1.91 0.85 1.17 1.08 1.57 1.67 0.84 1.61 2.82 2.98 2.07 1.08 0.55 0.33 0.51 0.79

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.02 0.04 0.41 0.12
C2 0.01 0.00 0.15 0.15 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.20 0.07 0.22 0.01 0.08 0.39 0.11
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.02 0.05 0.01 0.07 0.06 0.11 0.17 0.14 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.21 0.06 0.15 0.29 0.03
C3' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.11 0.07 0.14 0.17 0.13 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.29 0.11 0.29 0.17 0.10
C4 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.04 0.23 0.01 0.10 0.40 0.12
C4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.11 0.28 0.05
C5 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.02 0.29 0.01 0.14 0.37 0.13
C5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.20 0.18 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.03 0.30 0.01 0.15 0.35 0.13
C8 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.04 0.28 0.01 0.14 0.39 0.15
N1 0.02 0.00 0.11 0.14 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.18 0.05 0.27 0.01 0.12 0.37 0.11
N2 0.01 0.00 0.17 0.17 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.24 0.08 0.19 0.01 0.07 0.39 0.10
N3 0.01 0.00 0.14 0.13 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.18 0.06 0.19 0.01 0.07 0.40 0.11
N7 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.31 0.01 0.17 0.35 0.14
N9 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.22 0.01 0.09 0.40 0.12
O2' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.11 0.07 0.04 0.01 0.00 0.07 0.02 0.09 0.01 0.12 0.32 0.04
O3' 0.03 0.20 0.04 0.00 0.12 0.03 0.10 0.06 0.14 0.07 0.18 0.24 0.18 0.07 0.06 0.07 0.00 0.02 0.26 0.13 0.41 0.18 0.17
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.05 0.08 0.06 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.08 0.42 0.15
O5' 0.09 0.22 0.21 0.29 0.23 0.01 0.29 0.01 0.30 0.28 0.27 0.19 0.19 0.31 0.22 0.09 0.26 0.06 0.00 0.33 0.01 0.07 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.11 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.03 0.33 0.00 0.17 0.32 0.13
OP1 0.04 0.08 0.15 0.29 0.10 0.11 0.14 0.20 0.15 0.14 0.12 0.07 0.07 0.17 0.09 0.12 0.41 0.08 0.01 0.17 0.00 0.05 0.00
OP2 0.41 0.39 0.29 0.17 0.40 0.28 0.37 0.18 0.35 0.39 0.37 0.39 0.40 0.35 0.40 0.32 0.18 0.42 0.07 0.32 0.05 0.00 0.00
P 0.12 0.11 0.03 0.10 0.12 0.05 0.13 0.01 0.13 0.15 0.11 0.10 0.11 0.14 0.12 0.04 0.17 0.15 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00