ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52313

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C6 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2 A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
N4 A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
OP2 B 0, 0.000, 0.172, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.172 std_dev=0.172
P B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O5' B 0, 0.000, 0.223, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.223
O4' A 0, 0.000, 0.260, 0.521, 0.521 max_d=0.521 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C2' A 0, 0.000, 0.267, 0.535, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C5' B 0, 0.000, 0.272, 0.544, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.272 std_dev=0.272
O2' A 0, 0.000, 0.338, 0.677, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.338 std_dev=0.338
OP1 B 0, 0.000, 0.345, 0.690, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.345 std_dev=0.345
C5' A 0, 0.000, 0.350, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.350 std_dev=0.350
O3' B 0, 0.000, 0.368, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.368 std_dev=0.368
O4' B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
C4' B 0, 0.000, 0.402, 0.803, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.402 std_dev=0.402
O5' A 0, 0.000, 0.432, 0.863, 0.863 max_d=0.863 avg_d=0.432 std_dev=0.432
C4' A 0, 0.000, 0.445, 0.891, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.445 std_dev=0.445
P A 0, 0.000, 0.462, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.462 std_dev=0.462
C3' B 0, 0.000, 0.519, 1.038, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.519 std_dev=0.519
C1' B 0, 0.000, 0.533, 1.067, 1.067 max_d=1.067 avg_d=0.533 std_dev=0.533
OP1 A 0, 0.000, 0.556, 1.113, 1.113 max_d=1.113 avg_d=0.556 std_dev=0.556
C3' A 0, 0.000, 0.610, 1.221, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.610 std_dev=0.610
C2' B 0, 0.000, 0.682, 1.363, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.682 std_dev=0.682
N9 B 0, 0.000, 0.707, 1.415, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.707 std_dev=0.707
OP2 A 0, 0.000, 0.762, 1.523, 1.523 max_d=1.523 avg_d=0.762 std_dev=0.762
C8 B 0, 0.000, 0.842, 1.685, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.842 std_dev=0.842
O2' B 0, 0.000, 0.844, 1.688, 1.688 max_d=1.688 avg_d=0.844 std_dev=0.844
C4 B 0, 0.000, 0.921, 1.842, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.921 std_dev=0.921
N7 B 0, 0.000, 0.969, 1.937, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.969 std_dev=0.969
C5 B 0, 0.000, 1.021, 2.042, 2.042 max_d=2.042 avg_d=1.021 std_dev=1.021
O3' A 0, 0.000, 1.077, 2.154, 2.154 max_d=2.154 avg_d=1.077 std_dev=1.077
N3 B 0, 0.000, 1.133, 2.266, 2.266 max_d=2.266 avg_d=1.133 std_dev=1.133
C6 B 0, 0.000, 1.290, 2.580, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.290 std_dev=1.290
O6 B 0, 0.000, 1.414, 2.829, 2.829 max_d=2.829 avg_d=1.414 std_dev=1.414
C2 B 0, 0.000, 1.447, 2.894, 2.894 max_d=2.894 avg_d=1.447 std_dev=1.447
N1 B 0, 0.000, 1.498, 2.996, 2.996 max_d=2.996 avg_d=1.498 std_dev=1.498
N2 B 0, 0.000, 1.773, 3.547, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.773 std_dev=1.773

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.00 0.09 0.23 0.41 0.23
C2 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.04 0.03 0.20 0.33 0.19
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.16 0.04 0.01 0.08 0.06 0.11 0.00 0.02 0.01 0.22 0.44 0.60 0.43
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.19 0.00 0.16 0.01 0.10 0.08 0.17 0.23 0.07 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.21 0.13
C4 0.01 0.00 0.05 0.19 0.00 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.02 0.04 0.07 0.11 0.06
C4' 0.00 0.03 0.03 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.03 0.03 0.06 0.08 0.01 0.06 0.04 0.00 0.00 0.06 0.14 0.05
C5 0.00 0.00 0.01 0.16 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.03 0.00 0.02 0.06 0.10 0.06
C5' 0.07 0.02 0.16 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.06 0.04 0.11 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.03 0.01 0.04 0.13 0.23 0.13
N1 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.08 0.01 0.05 0.19 0.34 0.19
N3 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.04 0.01 0.14 0.22 0.13
N4 0.01 0.00 0.06 0.23 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00
O2 0.02 0.00 0.11 0.07 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.05 0.06 0.26 0.41 0.24
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.11 0.06 0.12 0.11 0.11 0.08 0.09 0.11 0.04 0.00 0.10 0.06 0.17 0.48 0.72 0.46
O3' 0.18 0.06 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.00 0.09 0.13 0.10 0.00 0.20 0.16 0.10 0.01 0.09
O4' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.20 0.00 0.01 0.07 0.22 0.08
O5' 0.09 0.03 0.22 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.08 0.06 0.17 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.23 0.20 0.44 0.18 0.07 0.06 0.06 0.02 0.13 0.19 0.14 0.01 0.26 0.48 0.10 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.33 0.60 0.21 0.11 0.14 0.10 0.06 0.23 0.34 0.22 0.01 0.41 0.72 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.19 0.43 0.13 0.06 0.05 0.06 0.01 0.13 0.19 0.13 0.00 0.24 0.46 0.09 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.67 0.33 0.14 0.52 0.06 0.52 0.02 0.60 0.33 0.67 0.73 0.60 0.41 0.40 0.50 0.12 0.17 0.03 0.61 0.17 0.11 0.05
C2 0.36 0.71 0.40 0.18 0.59 0.08 0.61 0.02 0.70 0.43 0.74 0.75 0.64 0.52 0.47 0.58 0.14 0.18 0.05 0.72 0.23 0.10 0.08
C2' 0.46 0.72 0.49 0.34 0.61 0.23 0.60 0.09 0.66 0.45 0.72 0.76 0.67 0.51 0.51 0.63 0.33 0.32 0.12 0.66 0.17 0.09 0.09
C3' 0.19 0.52 0.20 0.02 0.37 0.11 0.36 0.28 0.43 0.19 0.51 0.58 0.45 0.25 0.25 0.39 0.04 0.03 0.21 0.43 0.22 0.36 0.25
C4 0.35 0.71 0.40 0.12 0.61 0.03 0.66 0.02 0.74 0.49 0.76 0.73 0.63 0.59 0.49 0.59 0.09 0.13 0.01 0.77 0.17 0.12 0.03
C4' 0.20 0.59 0.18 0.04 0.41 0.11 0.40 0.23 0.49 0.20 0.58 0.66 0.52 0.28 0.28 0.37 0.04 0.04 0.14 0.49 0.10 0.24 0.15
C5 0.35 0.70 0.39 0.09 0.60 0.01 0.63 0.04 0.70 0.45 0.73 0.73 0.63 0.54 0.48 0.58 0.07 0.13 0.00 0.72 0.15 0.12 0.02
C5' 0.20 0.53 0.18 0.06 0.38 0.13 0.36 0.24 0.43 0.19 0.51 0.58 0.47 0.25 0.26 0.38 0.05 0.04 0.14 0.42 0.11 0.22 0.14
C6 0.35 0.70 0.37 0.11 0.57 0.03 0.57 0.03 0.65 0.38 0.71 0.74 0.63 0.47 0.44 0.58 0.09 0.15 0.02 0.66 0.17 0.10 0.04
N1 0.35 0.70 0.37 0.14 0.56 0.06 0.57 0.01 0.65 0.38 0.71 0.74 0.62 0.46 0.44 0.56 0.12 0.17 0.04 0.66 0.20 0.10 0.06
N3 0.36 0.72 0.41 0.16 0.60 0.07 0.65 0.01 0.73 0.48 0.76 0.74 0.64 0.58 0.49 0.60 0.12 0.16 0.04 0.77 0.22 0.10 0.07
N4 0.34 0.70 0.39 0.10 0.61 0.00 0.69 0.04 0.77 0.53 0.76 0.70 0.61 0.65 0.50 0.56 0.06 0.10 0.02 0.82 0.12 0.13 0.00
O2 0.37 0.71 0.40 0.20 0.58 0.11 0.60 0.04 0.69 0.42 0.74 0.76 0.63 0.51 0.46 0.57 0.17 0.19 0.07 0.71 0.25 0.09 0.10
O2' 0.49 0.68 0.52 0.40 0.60 0.33 0.61 0.25 0.66 0.51 0.69 0.71 0.64 0.55 0.54 0.60 0.36 0.39 0.28 0.67 0.41 0.09 0.29
O3' 0.11 0.47 0.14 0.08 0.32 0.23 0.34 0.38 0.43 0.16 0.49 0.53 0.39 0.25 0.20 0.34 0.12 0.07 0.25 0.44 0.27 0.33 0.27
O4' 0.22 0.64 0.19 0.03 0.45 0.08 0.45 0.15 0.55 0.22 0.64 0.72 0.56 0.32 0.30 0.38 0.04 0.06 0.06 0.55 0.06 0.15 0.03
O5' 0.17 0.39 0.15 0.01 0.29 0.11 0.27 0.25 0.32 0.15 0.37 0.43 0.35 0.20 0.20 0.29 0.00 0.04 0.14 0.31 0.16 0.22 0.16
OP1 0.10 0.19 0.03 0.00 0.14 0.11 0.13 0.20 0.15 0.08 0.18 0.22 0.18 0.09 0.11 0.05 0.01 0.09 0.10 0.15 0.08 0.14 0.10
OP2 0.06 0.05 0.10 0.02 0.04 0.26 0.02 0.41 0.02 0.00 0.04 0.06 0.06 0.00 0.03 0.21 0.01 0.20 0.26 0.02 0.19 0.26 0.24
P 0.00 0.02 0.06 0.00 0.02 0.14 0.02 0.24 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.00 0.07 0.13 0.02 0.09 0.17 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.21 0.00 0.23 0.25 0.22
C2 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.02 0.05 0.24 0.01 0.24 0.46 0.27
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.14 0.04 0.01 0.05 0.07 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.27 0.03 0.39 0.28 0.32
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.21 0.03 0.12
C4 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.02 0.29 0.01 0.31 0.47 0.33
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.07 0.04 0.08 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.35 0.01 0.40 0.58 0.42
C5' 0.09 0.03 0.14 0.04 0.12 0.01 0.18 0.00 0.15 0.28 0.08 0.02 0.03 0.26 0.17 0.11 0.03 0.04 0.00 0.17 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.02 0.34 0.00 0.38 0.61 0.41
C8 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.40 0.00 0.46 0.56 0.47
N1 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.04 0.29 0.01 0.30 0.54 0.34
N2 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.02 0.06 0.21 0.00 0.18 0.42 0.23
N3 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.05 0.23 0.01 0.22 0.40 0.25
N7 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.26 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.40 0.00 0.48 0.64 0.49
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.31 0.00 0.34 0.43 0.34
O2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.11 0.07 0.03 0.10 0.13 0.10 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.28 0.06 0.45 0.35 0.36
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.04 0.01 0.10 0.01 0.06
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.06 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.02 0.05 0.07 0.06
O5' 0.21 0.24 0.27 0.09 0.29 0.02 0.35 0.00 0.34 0.40 0.29 0.21 0.23 0.40 0.31 0.28 0.04 0.07 0.00 0.35 0.02 0.02 0.00
O6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.02 0.35 0.00 0.42 0.66 0.44
OP1 0.23 0.24 0.39 0.21 0.31 0.04 0.40 0.04 0.38 0.46 0.30 0.18 0.22 0.48 0.34 0.45 0.10 0.05 0.02 0.42 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.46 0.28 0.03 0.47 0.01 0.58 0.01 0.61 0.56 0.54 0.42 0.40 0.64 0.43 0.35 0.01 0.07 0.02 0.66 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.27 0.32 0.12 0.33 0.03 0.42 0.01 0.41 0.47 0.34 0.23 0.25 0.49 0.34 0.36 0.06 0.06 0.00 0.44 0.01 0.00 0.00