ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52314

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O2 A 0, 0.000, 0.029, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4' A 0, 0.000, 0.059, 0.119, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.059 std_dev=0.059
C3' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C4' A 0, 0.000, 0.068, 0.137, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.068 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O3' A 0, 0.000, 0.111, 0.223, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C5' A 0, 0.000, 0.123, 0.246, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.123 std_dev=0.123
O2' A 0, 0.000, 0.148, 0.296, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O5' A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
OP2 A 0, 0.000, 0.213, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.213 std_dev=0.213
OP1 B 0, 0.000, 0.222, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.222 std_dev=0.222
P A 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
P B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
O5' B 0, 0.000, 0.276, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.276 std_dev=0.276
OP2 B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
OP1 A 0, 0.000, 0.350, 0.700, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.350 std_dev=0.350
C5' B 0, 0.000, 0.353, 0.706, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.353 std_dev=0.353
C8 B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
N7 B 0, 0.000, 0.379, 0.758, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.379 std_dev=0.379
C4' B 0, 0.000, 0.419, 0.838, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.419 std_dev=0.419
O4' B 0, 0.000, 0.430, 0.861, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.430 std_dev=0.430
N9 B 0, 0.000, 0.439, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.439 std_dev=0.439
C5 B 0, 0.000, 0.440, 0.879, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.440 std_dev=0.440
C3' B 0, 0.000, 0.444, 0.888, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.444 std_dev=0.444
O6 B 0, 0.000, 0.458, 0.915, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.458 std_dev=0.458
O3' B 0, 0.000, 0.467, 0.934, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.467 std_dev=0.467
C6 B 0, 0.000, 0.468, 0.935, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C1' B 0, 0.000, 0.468, 0.937, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C2' B 0, 0.000, 0.489, 0.977, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.489 std_dev=0.489
C4 B 0, 0.000, 0.494, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.494 std_dev=0.494
O2' B 0, 0.000, 0.551, 1.101, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.551 std_dev=0.551
N1 B 0, 0.000, 0.562, 1.123, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.562 std_dev=0.562
N3 B 0, 0.000, 0.609, 1.218, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.609 std_dev=0.609
C2 B 0, 0.000, 0.619, 1.238, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.619 std_dev=0.619
N2 B 0, 0.000, 0.691, 1.381, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.691 std_dev=0.691

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02
C5 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03 0.05
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
C6 0.01 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.00 0.03 0.06 0.04 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03
N4 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04
O2 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01
O2' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.05 0.06 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01
O3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01
O4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.07 0.01 0.02 0.03
C2 0.04 0.00 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.07 0.07 0.04 0.04 0.05
C2' 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01
C3' 0.03 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.02
C4 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.06 0.08 0.03 0.02 0.04
C4' 0.05 0.01 0.06 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.01 0.03 0.04
C5 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.08 0.01 0.01 0.02
C5' 0.06 0.02 0.07 0.07 0.04 0.07 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05 0.06 0.07 0.07 0.07 0.02 0.01 0.04 0.05
C6 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.08 0.01 0.03 0.03
N1 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.07 0.02 0.03 0.04
N3 0.03 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.08 0.04 0.03 0.04
N4 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.08 0.04 0.01 0.02
O2 0.06 0.01 0.06 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.02 0.05 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.08 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.02 0.02
O3' 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.01 0.02 0.02
O4' 0.03 0.01 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.00 0.02 0.03
O5' 0.05 0.01 0.05 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.01 0.03 0.03
OP1 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.10 0.06 0.00 0.01
OP2 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01
P 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.02
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00
C4 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.03 0.05
C8 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.01 0.03
N2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.01 0.03
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01
N7 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02
O2' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01
O5' 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.06 0.00 0.13 0.07 0.08
OP1 0.02 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.13 0.00 0.03 0.02
OP2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.00 0.01
P 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00