ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52316

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N4 A 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
OP1 B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
P B 0, 0.000, 0.559, 1.118, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.559 std_dev=0.559
OP2 B 0, 0.000, 0.712, 1.424, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.712 std_dev=0.712
O4' A 0, 0.000, 0.739, 1.478, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.739 std_dev=0.739
C2' A 0, 0.000, 0.745, 1.490, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.745 std_dev=0.745
C3' A 0, 0.000, 1.090, 2.180, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.090 std_dev=1.090
O2' A 0, 0.000, 1.102, 2.203, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.102 std_dev=1.102
C4' A 0, 0.000, 1.212, 2.424, 2.424 max_d=2.424 avg_d=1.212 std_dev=1.212
O3' A 0, 0.000, 1.337, 2.675, 2.675 max_d=2.675 avg_d=1.337 std_dev=1.337
C5' A 0, 0.000, 1.758, 3.515, 3.515 max_d=3.515 avg_d=1.758 std_dev=1.758
O5' B 0, 0.000, 1.787, 3.574, 3.574 max_d=3.574 avg_d=1.787 std_dev=1.787
O5' A 0, 0.000, 1.872, 3.744, 3.744 max_d=3.744 avg_d=1.872 std_dev=1.872
OP1 A 0, 0.000, 2.203, 4.407, 4.407 max_d=4.407 avg_d=2.203 std_dev=2.203
C5' B 0, 0.000, 2.236, 4.472, 4.472 max_d=4.472 avg_d=2.236 std_dev=2.236
P A 0, 0.000, 2.584, 5.169, 5.169 max_d=5.169 avg_d=2.584 std_dev=2.584
C4' B 0, 0.000, 3.396, 6.791, 6.791 max_d=6.791 avg_d=3.396 std_dev=3.396
N7 B 0, 0.000, 3.448, 6.896, 6.896 max_d=6.896 avg_d=3.448 std_dev=3.448
C8 B 0, 0.000, 3.543, 7.085, 7.085 max_d=7.085 avg_d=3.543 std_dev=3.543
C3' B 0, 0.000, 3.822, 7.643, 7.643 max_d=7.643 avg_d=3.822 std_dev=3.822
OP2 A 0, 0.000, 3.919, 7.838, 7.838 max_d=7.838 avg_d=3.919 std_dev=3.919
O4' B 0, 0.000, 4.060, 8.119, 8.119 max_d=8.119 avg_d=4.060 std_dev=4.060
O3' B 0, 0.000, 4.082, 8.164, 8.164 max_d=8.164 avg_d=4.082 std_dev=4.082
O6 B 0, 0.000, 4.188, 8.377, 8.377 max_d=8.377 avg_d=4.188 std_dev=4.188
C5 B 0, 0.000, 4.304, 8.607, 8.607 max_d=8.607 avg_d=4.304 std_dev=4.304
N9 B 0, 0.000, 4.405, 8.811, 8.811 max_d=8.811 avg_d=4.405 std_dev=4.405
C6 B 0, 0.000, 4.638, 9.277, 9.277 max_d=9.277 avg_d=4.638 std_dev=4.638
C1' B 0, 0.000, 4.744, 9.487, 9.487 max_d=9.487 avg_d=4.744 std_dev=4.744
C2' B 0, 0.000, 4.755, 9.511, 9.511 max_d=9.511 avg_d=4.755 std_dev=4.755
C4 B 0, 0.000, 4.928, 9.856, 9.856 max_d=9.856 avg_d=4.928 std_dev=4.928
N1 B 0, 0.000, 5.623, 11.246, 11.246 max_d=11.246 avg_d=5.623 std_dev=5.623
N3 B 0, 0.000, 5.880, 11.760, 11.760 max_d=11.760 avg_d=5.880 std_dev=5.880
O2' B 0, 0.000, 6.017, 12.034, 12.034 max_d=12.034 avg_d=6.017 std_dev=6.017
C2 B 0, 0.000, 6.207, 12.414, 12.414 max_d=12.414 avg_d=6.207 std_dev=6.207
N2 B 0, 0.000, 7.165, 14.330, 14.330 max_d=14.330 avg_d=7.165 std_dev=7.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.29 0.00 0.15 0.37 0.34 0.27
C2 0.01 0.00 0.11 0.11 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.21 0.19 0.08 0.65 0.54 0.38
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.14 0.00 0.08 0.01 0.20 0.00 0.04 0.01 0.32 0.46 0.15 0.33
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.29 0.00 0.36 0.00 0.33 0.17 0.19 0.31 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.17 0.30 0.15
C4 0.00 0.00 0.01 0.29 0.00 0.15 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.05 0.01 0.22 0.73 0.29 0.19
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.15 0.00 0.32 0.00 0.33 0.09 0.02 0.16 0.27 0.23 0.03 0.00 0.01 0.29 0.14 0.05
C5 0.00 0.00 0.10 0.36 0.00 0.32 0.00 0.44 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.43 0.17 0.16 0.39 0.64 0.03 0.01
C5' 0.02 0.09 0.13 0.00 0.23 0.00 0.44 0.00 0.42 0.10 0.01 0.26 0.29 0.08 0.14 0.00 0.00 0.35 0.33 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.33 0.00 0.33 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.42 0.13 0.21 0.32 0.55 0.05 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.17 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.10 0.00 0.02 0.55 0.34 0.25
N3 0.00 0.00 0.08 0.19 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.11 0.13 0.03 0.74 0.50 0.34
N4 0.00 0.00 0.01 0.31 0.00 0.16 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.09 0.01 0.27 0.77 0.26 0.16
O2 0.01 0.00 0.20 0.01 0.00 0.27 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.19 0.37 0.34 0.24 0.62 0.70 0.49
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.29 0.23 0.43 0.08 0.42 0.18 0.13 0.32 0.19 0.00 0.05 0.17 0.20 0.28 0.01 0.18
O3' 0.29 0.21 0.04 0.01 0.05 0.03 0.17 0.14 0.13 0.10 0.11 0.09 0.37 0.05 0.00 0.19 0.28 0.75 0.80 0.61
O4' 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.00 0.21 0.00 0.13 0.01 0.34 0.17 0.19 0.00 0.10 0.11 0.49 0.21
O5' 0.15 0.08 0.32 0.02 0.22 0.01 0.39 0.00 0.32 0.02 0.03 0.27 0.24 0.20 0.28 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.37 0.65 0.46 0.17 0.73 0.29 0.64 0.35 0.55 0.55 0.74 0.77 0.62 0.28 0.75 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00
OP2 0.34 0.54 0.15 0.30 0.29 0.14 0.03 0.33 0.05 0.34 0.50 0.26 0.70 0.01 0.80 0.49 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.27 0.38 0.33 0.15 0.19 0.05 0.01 0.01 0.04 0.25 0.34 0.16 0.49 0.18 0.61 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.58 1.58 2.07 1.78 1.35 1.19 1.03 0.72 1.02 0.91 1.31 1.78 1.64 0.75 1.30 2.35 1.63 1.13 0.73 0.77 0.14 0.31 0.26
C2 0.91 0.94 1.47 1.19 0.76 0.61 0.52 0.29 0.52 0.41 0.74 1.09 0.97 0.30 0.71 1.63 0.97 0.49 0.41 0.33 0.10 0.37 0.15
C2' 1.44 1.31 1.84 1.62 1.11 1.13 0.76 0.65 0.71 0.70 1.00 1.51 1.40 0.50 1.10 2.11 1.52 1.06 0.56 0.45 0.00 0.03 0.06
C3' 2.35 2.17 2.73 2.54 1.97 2.05 1.56 1.49 1.49 1.50 1.82 2.39 2.29 1.27 1.96 3.02 2.51 1.98 1.32 1.19 0.61 0.52 0.70
C4 0.47 0.43 0.99 0.72 0.32 0.25 0.15 0.04 0.13 0.10 0.28 0.52 0.46 0.00 0.31 1.03 0.44 0.13 0.20 0.00 0.06 0.35 0.08
C4' 2.67 2.62 3.13 2.84 2.33 2.23 1.89 1.59 1.85 1.75 2.23 2.87 2.71 1.53 2.27 3.54 2.85 2.19 1.44 1.51 0.61 0.65 0.75
C5 0.85 0.69 1.31 1.04 0.61 0.63 0.40 0.37 0.36 0.40 0.52 0.78 0.76 0.26 0.64 1.36 0.73 0.54 0.46 0.19 0.11 0.29 0.19
C5' 3.19 3.03 3.66 3.35 2.77 2.74 2.27 2.02 2.19 2.16 2.60 3.29 3.17 1.89 2.74 4.12 3.41 2.71 1.80 1.81 0.83 0.80 0.99
C6 1.26 1.10 1.72 1.46 0.98 0.98 0.72 0.62 0.67 0.69 0.88 1.23 1.18 0.52 0.99 1.85 1.19 0.90 0.65 0.47 0.14 0.28 0.24
N1 1.25 1.21 1.76 1.48 1.03 0.93 0.75 0.54 0.73 0.67 0.97 1.36 1.26 0.52 1.00 1.95 1.26 0.84 0.59 0.52 0.12 0.32 0.21
N3 0.55 0.57 1.12 0.84 0.42 0.30 0.23 0.06 0.23 0.14 0.41 0.69 0.60 0.05 0.39 1.20 0.60 0.16 0.22 0.08 0.06 0.38 0.08
N4 0.02 0.01 0.54 0.28 0.07 0.15 0.19 0.28 0.19 0.23 0.09 0.07 0.03 0.30 0.09 0.53 0.01 0.29 0.07 0.28 0.00 0.35 0.02
O2 0.94 1.03 1.52 1.23 0.81 0.61 0.56 0.27 0.57 0.42 0.82 1.21 1.05 0.31 0.74 1.71 1.04 0.48 0.40 0.38 0.09 0.39 0.14
O2' 1.05 1.07 1.42 1.17 0.82 0.66 0.51 0.17 0.50 0.38 0.79 1.29 1.12 0.23 0.76 1.71 1.07 0.64 0.15 0.27 0.42 0.33 0.30
O3' 2.45 2.38 2.77 2.61 2.11 2.12 1.69 1.51 1.65 1.57 2.01 2.63 2.47 1.36 2.06 3.06 2.67 2.07 1.31 1.34 0.54 0.49 0.66
O4' 2.19 2.23 2.73 2.38 1.95 1.74 1.57 1.16 1.56 1.41 1.90 2.47 2.29 1.23 1.88 3.11 2.30 1.68 1.13 1.26 0.38 0.56 0.53
O5' 3.05 2.65 3.43 3.29 2.50 2.79 1.99 2.10 1.86 1.99 2.22 2.85 2.84 1.67 2.54 3.75 3.35 2.71 1.77 1.48 0.83 0.60 0.94
OP1 2.32 2.05 2.53 2.32 1.75 1.92 1.16 1.07 1.05 1.07 1.52 2.37 2.24 0.74 1.74 3.06 2.76 1.95 0.59 0.63 0.42 0.79 0.34
OP2 2.84 2.24 3.07 3.09 2.09 2.85 1.47 2.08 1.29 1.54 1.71 2.50 2.49 1.12 2.18 3.34 3.46 2.67 1.44 0.83 0.54 0.03 0.51
P 3.01 2.51 3.26 3.18 2.34 2.79 1.74 1.97 1.59 1.76 2.00 2.76 2.74 1.38 2.39 3.62 3.55 2.72 1.46 1.15 0.45 0.05 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.23 0.00 0.10 0.00 0.10 0.19 0.11
C2 0.02 0.00 0.21 0.27 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.03 0.07 0.15 0.00 0.14 0.17 0.17
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.00 0.05 0.15 0.09 0.10 0.16 0.26 0.21 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.33 0.07 0.38 0.46 0.38
C3' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.26 0.00 0.32 0.00 0.35 0.22 0.32 0.25 0.23 0.29 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.37 0.11 0.01 0.04
C4 0.00 0.01 0.11 0.26 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.00 0.03 0.14 0.00 0.13 0.09 0.14
C4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.14 0.13 0.11 0.06 0.06 0.15 0.09 0.21 0.00 0.00 0.02 0.17 0.00 0.01 0.02
C5 0.00 0.01 0.05 0.32 0.00 0.14 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.27 0.10 0.01 0.23 0.01 0.23 0.21 0.25
C5' 0.04 0.10 0.15 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.18 0.12 0.15 0.08 0.07 0.17 0.07 0.05 0.16 0.01 0.00 0.22 0.06 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.09 0.35 0.00 0.14 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.28 0.12 0.02 0.26 0.00 0.28 0.30 0.30
C8 0.00 0.01 0.10 0.22 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.08 0.04 0.15 0.01 0.14 0.02 0.13
N1 0.01 0.00 0.16 0.32 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.06 0.05 0.22 0.01 0.23 0.27 0.26
N2 0.01 0.00 0.26 0.25 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.07 0.08 0.13 0.01 0.12 0.17 0.16
N3 0.01 0.00 0.21 0.23 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.08 0.06 0.10 0.00 0.08 0.08 0.10
N7 0.00 0.01 0.05 0.29 0.00 0.15 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.14 0.03 0.25 0.01 0.26 0.19 0.26
N9 0.00 0.01 0.00 0.19 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.03 0.00 0.07 0.01 0.05 0.03 0.05
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.21 0.21 0.27 0.05 0.28 0.23 0.25 0.13 0.15 0.28 0.17 0.00 0.03 0.17 0.25 0.31 0.30 0.53 0.34
O3' 0.23 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.10 0.16 0.12 0.08 0.06 0.07 0.08 0.14 0.03 0.03 0.00 0.15 0.14 0.18 0.20 0.27 0.20
O4' 0.00 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.00 0.17 0.15 0.00 0.02 0.01 0.03 0.08 0.02
O5' 0.10 0.15 0.33 0.02 0.14 0.02 0.23 0.00 0.26 0.15 0.22 0.13 0.10 0.25 0.07 0.25 0.14 0.02 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.07 0.37 0.00 0.17 0.01 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.31 0.18 0.01 0.32 0.00 0.36 0.39 0.38
OP1 0.10 0.14 0.38 0.11 0.13 0.00 0.23 0.06 0.28 0.14 0.23 0.12 0.08 0.26 0.05 0.30 0.20 0.03 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.17 0.46 0.01 0.09 0.01 0.21 0.02 0.30 0.02 0.27 0.17 0.08 0.19 0.03 0.53 0.27 0.08 0.01 0.39 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.17 0.38 0.04 0.14 0.02 0.25 0.00 0.30 0.13 0.26 0.16 0.10 0.26 0.05 0.34 0.20 0.02 0.00 0.38 0.00 0.00 0.00