ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52317

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.000, 0.015, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C3' A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N4 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O2' A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
O3' A 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
C5' A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
OP1 B 0, 0.000, 0.265, 0.529, 0.529 max_d=0.529 avg_d=0.265 std_dev=0.265
P B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
O5' B 0, 0.000, 0.372, 0.743, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.372 std_dev=0.372
O5' A 0, 0.000, 0.412, 0.823, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.412 std_dev=0.412
OP2 B 0, 0.000, 0.426, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C5' B 0, 0.000, 0.446, 0.893, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.446 std_dev=0.446
P A 0, 0.000, 0.468, 0.936, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.468 std_dev=0.468
C4' B 0, 0.000, 0.550, 1.099, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.550 std_dev=0.550
N7 B 0, 0.000, 0.569, 1.139, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.569 std_dev=0.569
C8 B 0, 0.000, 0.581, 1.162, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.581 std_dev=0.581
C3' B 0, 0.000, 0.592, 1.185, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.592 std_dev=0.592
O4' B 0, 0.000, 0.598, 1.197, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.598 std_dev=0.598
O6 B 0, 0.000, 0.601, 1.201, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.601 std_dev=0.601
C5 B 0, 0.000, 0.601, 1.202, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.601 std_dev=0.601
C6 B 0, 0.000, 0.611, 1.221, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.611 std_dev=0.611
N9 B 0, 0.000, 0.633, 1.266, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.633 std_dev=0.633
C4 B 0, 0.000, 0.635, 1.269, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.635 std_dev=0.635
N1 B 0, 0.000, 0.643, 1.286, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.643 std_dev=0.643
C2 B 0, 0.000, 0.674, 1.348, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.674 std_dev=0.674
N3 B 0, 0.000, 0.675, 1.349, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.675 std_dev=0.675
N2 B 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
C1' B 0, 0.000, 0.710, 1.421, 1.421 max_d=1.421 avg_d=0.710 std_dev=0.710
O3' B 0, 0.000, 0.744, 1.488, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.744 std_dev=0.744
C2' B 0, 0.000, 0.843, 1.686, 1.686 max_d=1.686 avg_d=0.843 std_dev=0.843
OP1 A 0, 0.000, 0.911, 1.822, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.911 std_dev=0.911
OP2 A 0, 0.000, 1.009, 2.018, 2.018 max_d=2.018 avg_d=1.009 std_dev=1.009
O2' B 0, 0.000, 1.244, 2.488, 2.488 max_d=2.488 avg_d=1.244 std_dev=1.244

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.14 0.37 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.17 0.16 0.33 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.53 0.11
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.10 0.55 0.15
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.19 0.16 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.35 0.03
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.21 0.18 0.11 0.05
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.20 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.17 0.21 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.16 0.32 0.00
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.18 0.26 0.01
N4 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.20 0.20 0.09 0.05
O2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.15 0.15 0.38 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.55 0.12
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.23 0.63 0.21
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.13 0.22 0.26 0.06
O5' 0.12 0.17 0.02 0.05 0.20 0.01 0.21 0.00 0.21 0.17 0.19 0.20 0.15 0.02 0.13 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.16 0.01 0.10 0.19 0.06 0.18 0.06 0.17 0.16 0.18 0.20 0.15 0.03 0.23 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.37 0.33 0.53 0.55 0.16 0.35 0.11 0.20 0.21 0.32 0.26 0.09 0.38 0.55 0.63 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.11 0.15 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.21 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.04 0.24 0.17 0.02 0.18 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.07 0.07 0.08 0.05 0.55 0.38 0.15 0.08 0.08 0.14 0.10 0.05
C2 0.18 0.07 0.30 0.21 0.06 0.14 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.09 0.09 0.03 0.08 0.55 0.39 0.11 0.12 0.05 0.11 0.03 0.01
C2' 0.10 0.00 0.12 0.08 0.03 0.12 0.08 0.01 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.11 0.01 0.39 0.27 0.10 0.12 0.11 0.11 0.05 0.02
C3' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.08 0.14 0.01 0.14 0.15 0.11 0.03 0.05 0.18 0.08 0.24 0.17 0.06 0.13 0.17 0.10 0.05 0.01
C4 0.13 0.05 0.28 0.20 0.04 0.09 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.06 0.43 0.35 0.05 0.14 0.05 0.11 0.00 0.01
C4' 0.09 0.03 0.05 0.06 0.06 0.17 0.12 0.09 0.13 0.13 0.08 0.00 0.01 0.16 0.05 0.36 0.28 0.14 0.06 0.16 0.14 0.12 0.06
C5 0.09 0.01 0.21 0.18 0.01 0.10 0.07 0.01 0.07 0.08 0.03 0.03 0.03 0.11 0.00 0.37 0.36 0.04 0.14 0.10 0.13 0.05 0.01
C5' 0.00 0.10 0.11 0.03 0.15 0.14 0.20 0.08 0.20 0.22 0.15 0.05 0.08 0.25 0.14 0.17 0.18 0.10 0.08 0.22 0.11 0.10 0.03
C6 0.10 0.00 0.20 0.17 0.02 0.13 0.08 0.03 0.09 0.09 0.05 0.03 0.02 0.12 0.01 0.43 0.40 0.08 0.12 0.12 0.13 0.08 0.03
N1 0.16 0.04 0.25 0.18 0.02 0.15 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.06 0.06 0.08 0.04 0.52 0.39 0.11 0.11 0.08 0.13 0.07 0.03
N3 0.17 0.07 0.31 0.21 0.07 0.11 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.09 0.10 0.01 0.09 0.51 0.37 0.08 0.13 0.03 0.10 0.00 0.01
N4 0.12 0.07 0.28 0.20 0.06 0.06 0.02 0.05 0.01 0.03 0.04 0.08 0.09 0.00 0.08 0.39 0.30 0.02 0.14 0.02 0.09 0.06 0.03
O2 0.20 0.08 0.32 0.21 0.08 0.14 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.10 0.11 0.01 0.11 0.58 0.38 0.12 0.12 0.03 0.10 0.03 0.00
O2' 0.12 0.00 0.13 0.08 0.01 0.13 0.07 0.02 0.08 0.06 0.04 0.03 0.02 0.10 0.01 0.42 0.26 0.12 0.11 0.10 0.11 0.06 0.02
O3' 0.02 0.09 0.08 0.07 0.12 0.05 0.16 0.01 0.16 0.17 0.13 0.06 0.08 0.19 0.11 0.13 0.08 0.03 0.14 0.18 0.08 0.03 0.01
O4' 0.19 0.03 0.23 0.18 0.01 0.23 0.06 0.12 0.07 0.06 0.02 0.07 0.06 0.11 0.04 0.58 0.41 0.20 0.04 0.11 0.16 0.15 0.08
O5' 0.27 0.30 0.40 0.28 0.39 0.05 0.45 0.08 0.43 0.50 0.37 0.23 0.30 0.51 0.41 0.15 0.01 0.12 0.27 0.46 0.03 0.11 0.15
OP1 0.33 0.33 0.09 0.13 0.31 0.35 0.29 0.30 0.31 0.25 0.32 0.33 0.33 0.26 0.29 0.00 0.01 0.43 0.27 0.30 0.27 0.39 0.32
OP2 0.28 0.39 0.02 0.11 0.28 0.48 0.24 0.48 0.28 0.12 0.35 0.44 0.37 0.15 0.22 0.02 0.01 0.48 0.32 0.26 0.41 0.23 0.33
P 0.12 0.14 0.06 0.01 0.09 0.25 0.06 0.22 0.08 0.00 0.11 0.17 0.13 0.01 0.06 0.04 0.00 0.24 0.11 0.06 0.22 0.22 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.09
C2 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.09 0.15 0.01 0.06 0.27 0.15
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.02 0.07 0.05 0.07 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.12 0.39 0.20
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.12 0.32 0.17
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.09 0.00 0.04 0.26 0.13
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.09 0.08 0.03 0.00 0.07 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.16 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.22 0.09
C5' 0.00 0.13 0.01 0.01 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.10 0.16 0.12 0.03 0.01 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.21 0.09
C8 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.07 0.04 0.00 0.00 0.21 0.06
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.05 0.13 0.00 0.04 0.24 0.12
N2 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.01 0.12 0.18 0.01 0.07 0.28 0.16
N3 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.10 0.14 0.00 0.06 0.28 0.15
N7 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.05 0.02 0.00 0.01 0.19 0.05
N9 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.26 0.10
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.04 0.07 0.02 0.05 0.01 0.11 0.07 0.18 0.13 0.09 0.02 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.40 0.16
O3' 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.31 0.15
O4' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.12 0.10 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.14 0.01
O5' 0.01 0.15 0.04 0.02 0.09 0.01 0.06 0.00 0.08 0.04 0.13 0.18 0.14 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.17 0.06
OP1 0.00 0.06 0.12 0.12 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.07 0.06 0.01 0.02 0.06 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.26 0.27 0.39 0.32 0.26 0.16 0.22 0.03 0.21 0.21 0.24 0.28 0.28 0.19 0.26 0.40 0.31 0.14 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.15 0.20 0.17 0.13 0.04 0.09 0.01 0.09 0.06 0.12 0.16 0.15 0.05 0.10 0.16 0.15 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00