ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52318

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C2' A 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.000, 0.066, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C3' A 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O2' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.000, 0.102, 0.203, 0.203 max_d=0.203 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O5' B 0, 0.000, 0.119, 0.238, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.119 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
P B 0, 0.000, 0.160, 0.320, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.160 std_dev=0.160
C4' B 0, 0.000, 0.169, 0.338, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.169 std_dev=0.169
OP2 B 0, 0.000, 0.183, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.183 std_dev=0.183
C5' B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C5' A 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
O4' B 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
OP1 B 0, 0.000, 0.223, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C3' B 0, 0.000, 0.257, 0.513, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C1' B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262
N9 B 0, 0.000, 0.272, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.272 std_dev=0.272
C8 B 0, 0.000, 0.275, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.275 std_dev=0.275
N7 B 0, 0.000, 0.282, 0.564, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C4 B 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C2' B 0, 0.000, 0.286, 0.572, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.286 std_dev=0.286
N3 B 0, 0.000, 0.288, 0.576, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.288 std_dev=0.288
O3' B 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C5 B 0, 0.000, 0.292, 0.584, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.292 std_dev=0.292
C2 B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C6 B 0, 0.000, 0.306, 0.613, 0.613 max_d=0.613 avg_d=0.306 std_dev=0.306
N1 B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
O6 B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
N2 B 0, 0.000, 0.317, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.317 std_dev=0.317
O2' B 0, 0.000, 0.323, 0.646, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.323 std_dev=0.323
OP2 A 0, 0.000, 0.532, 1.065, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.532 std_dev=0.532
P A 0, 0.000, 0.590, 1.180, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.590 std_dev=0.590
O5' A 0, 0.000, 0.935, 1.869, 1.869 max_d=1.869 avg_d=0.935 std_dev=0.935
OP1 A 0, 0.000, 0.984, 1.968, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.984 std_dev=0.984

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.44 0.10 0.07
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.12 0.45 0.12 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.39 0.08 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.25 0.46 0.00 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.12 0.33 0.20 0.03
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.49 0.01 0.13
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.26 0.23 0.02
C5' 0.03 0.07 0.04 0.00 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.06 0.09 0.10 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.26 0.07 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.29 0.21 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.39 0.15 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.15 0.41 0.15 0.09
N4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.14 0.31 0.22 0.03
O2 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.15 0.53 0.07 0.15
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.24 0.40 0.07 0.01
O3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.22 0.55 0.07 0.12
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.45 0.09 0.10
O5' 0.01 0.12 0.18 0.25 0.12 0.00 0.06 0.00 0.02 0.05 0.15 0.14 0.15 0.24 0.22 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.44 0.45 0.39 0.46 0.33 0.49 0.26 0.26 0.29 0.39 0.41 0.31 0.53 0.40 0.55 0.45 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.12 0.08 0.00 0.20 0.01 0.23 0.07 0.21 0.15 0.15 0.22 0.07 0.07 0.07 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.02 0.06 0.03 0.13 0.02 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.15 0.01 0.12 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.01 0.05 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.00 0.06 0.04 0.08 0.04 0.06 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
C2' 0.01 0.06 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.05 0.05 0.07 0.04 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04
C3' 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.04 0.04 0.08 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04
C4 0.03 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.08 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
C4' 0.08 0.03 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.11 0.09 0.12 0.05 0.01 0.05 0.13 0.09 0.09 0.10 0.08 0.09 0.10 0.07 0.07 0.06
C5 0.02 0.09 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03 0.03 0.07 0.10 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.04
C5' 0.18 0.12 0.19 0.19 0.18 0.18 0.20 0.20 0.18 0.21 0.13 0.06 0.14 0.21 0.19 0.19 0.20 0.18 0.17 0.17 0.15 0.15 0.15
C6 0.00 0.08 0.02 0.03 0.03 0.03 0.00 0.07 0.03 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.04
N1 0.00 0.06 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.05 0.08 0.05 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03
N3 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
N4 0.05 0.07 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.09 0.07 0.01 0.04 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00
O2 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01
O2' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.00 0.06 0.08 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02
O3' 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.05 0.04
O4' 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.07 0.03 0.07 0.02 0.06 0.02 0.08 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03
O5' 0.05 0.03 0.01 0.06 0.00 0.10 0.08 0.12 0.14 0.05 0.06 0.08 0.05 0.10 0.01 0.03 0.10 0.10 0.14 0.25 0.16 0.14 0.15
OP1 0.03 0.12 0.01 0.03 0.01 0.09 0.07 0.18 0.04 0.13 0.08 0.22 0.07 0.15 0.06 0.07 0.02 0.10 0.21 0.10 0.19 0.28 0.23
OP2 0.23 0.27 0.22 0.24 0.22 0.25 0.16 0.21 0.13 0.16 0.21 0.30 0.26 0.13 0.21 0.22 0.24 0.24 0.23 0.04 0.25 0.21 0.24
P 0.08 0.14 0.09 0.08 0.09 0.06 0.07 0.01 0.09 0.05 0.14 0.17 0.12 0.04 0.07 0.12 0.08 0.05 0.00 0.07 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02
C5' 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
N2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.05
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02
O3' 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00
O5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03
OP1 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00