ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52319

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
N4 A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.000, 0.142, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O4' A 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
P B 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
O2' A 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
OP2 B 0, 0.000, 0.477, 0.954, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.477 std_dev=0.477
C3' A 0, 0.000, 0.519, 1.039, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.519 std_dev=0.519
C4' A 0, 0.000, 0.569, 1.139, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.569 std_dev=0.569
OP1 B 0, 0.000, 0.826, 1.652, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.826 std_dev=0.826
O3' A 0, 0.000, 0.833, 1.666, 1.666 max_d=1.666 avg_d=0.833 std_dev=0.833
C5' A 0, 0.000, 0.943, 1.885, 1.885 max_d=1.885 avg_d=0.943 std_dev=0.943
C5' B 0, 0.000, 1.181, 2.363, 2.363 max_d=2.363 avg_d=1.181 std_dev=1.181
O5' B 0, 0.000, 1.383, 2.766, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.383 std_dev=1.383
O3' B 0, 0.000, 1.510, 3.021, 3.021 max_d=3.021 avg_d=1.510 std_dev=1.510
O5' A 0, 0.000, 2.044, 4.088, 4.088 max_d=4.088 avg_d=2.044 std_dev=2.044
C4' B 0, 0.000, 2.070, 4.140, 4.140 max_d=4.140 avg_d=2.070 std_dev=2.070
C3' B 0, 0.000, 2.192, 4.384, 4.384 max_d=4.384 avg_d=2.192 std_dev=2.192
P A 0, 0.000, 2.412, 4.825, 4.825 max_d=4.825 avg_d=2.412 std_dev=2.412
OP1 A 0, 0.000, 2.487, 4.974, 4.974 max_d=4.974 avg_d=2.487 std_dev=2.487
OP2 A 0, 0.000, 2.513, 5.026, 5.026 max_d=5.026 avg_d=2.513 std_dev=2.513
O4' B 0, 0.000, 3.434, 6.868, 6.868 max_d=6.868 avg_d=3.434 std_dev=3.434
C2' B 0, 0.000, 3.674, 7.347, 7.347 max_d=7.347 avg_d=3.674 std_dev=3.674
O2' B 0, 0.000, 4.046, 8.091, 8.091 max_d=8.091 avg_d=4.046 std_dev=4.046
C1' B 0, 0.000, 4.267, 8.533, 8.533 max_d=8.533 avg_d=4.267 std_dev=4.267
C8 B 0, 0.000, 4.918, 9.835, 9.835 max_d=9.835 avg_d=4.918 std_dev=4.918
N9 B 0, 0.000, 5.087, 10.174, 10.174 max_d=10.174 avg_d=5.087 std_dev=5.087
N7 B 0, 0.000, 5.873, 11.746, 11.746 max_d=11.746 avg_d=5.873 std_dev=5.873
C4 B 0, 0.000, 6.306, 12.613, 12.613 max_d=12.613 avg_d=6.306 std_dev=6.306
C5 B 0, 0.000, 6.743, 13.486, 13.486 max_d=13.486 avg_d=6.743 std_dev=6.743
N3 B 0, 0.000, 6.985, 13.970, 13.970 max_d=13.970 avg_d=6.985 std_dev=6.985
C6 B 0, 0.000, 8.013, 16.026, 16.026 max_d=16.026 avg_d=8.013 std_dev=8.013
C2 B 0, 0.000, 8.188, 16.375, 16.375 max_d=16.375 avg_d=8.188 std_dev=8.188
O6 B 0, 0.000, 8.594, 17.188, 17.188 max_d=17.188 avg_d=8.594 std_dev=8.594
N1 B 0, 0.000, 8.670, 17.340, 17.340 max_d=17.340 avg_d=8.670 std_dev=8.670
N2 B 0, 0.000, 9.057, 18.115, 18.115 max_d=18.115 avg_d=9.057 std_dev=9.057

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.12 0.03 0.15 0.04
C2 0.01 0.00 0.06 0.15 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.07 0.03 0.32 0.22 0.12 0.24
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.24 0.14 0.02 0.16
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.21 0.00 0.22 0.01 0.19 0.15 0.19 0.22 0.10 0.02 0.01 0.01 0.31 0.20 0.13 0.24
C4 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.11 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.15 0.18 0.01 0.61 0.47 0.45 0.55
C4' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.00 0.16 0.00 0.15 0.07 0.06 0.12 0.05 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.22 0.00 0.16 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.21 0.04 0.71 0.52 0.51 0.64
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.24 0.00 0.30 0.00 0.26 0.13 0.15 0.26 0.00 0.11 0.03 0.00 0.00 0.02 0.18 0.00
C6 0.00 0.01 0.01 0.19 0.00 0.15 0.00 0.26 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.05 0.63 0.40 0.31 0.51
N1 0.00 0.01 0.03 0.15 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.01 0.38 0.22 0.09 0.27
N3 0.01 0.00 0.04 0.19 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.12 0.02 0.45 0.34 0.29 0.38
N4 0.01 0.01 0.01 0.22 0.00 0.12 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.20 0.01 0.66 0.54 0.56 0.63
O2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.01 0.06 0.15 0.10 0.00 0.10
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.15 0.12 0.10 0.11 0.06 0.07 0.17 0.18 0.16 0.00 0.06 0.12 0.19 0.18 0.00 0.15
O3' 0.05 0.07 0.02 0.01 0.18 0.01 0.21 0.03 0.17 0.09 0.12 0.20 0.01 0.06 0.00 0.02 0.24 0.29 0.20 0.26
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.02 0.01 0.06 0.12 0.02 0.00 0.02 0.08 0.34 0.09
O5' 0.12 0.32 0.24 0.31 0.61 0.00 0.71 0.00 0.63 0.38 0.45 0.66 0.15 0.19 0.24 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.22 0.14 0.20 0.47 0.00 0.52 0.02 0.40 0.22 0.34 0.54 0.10 0.18 0.29 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.15 0.12 0.02 0.13 0.45 0.20 0.51 0.18 0.31 0.09 0.29 0.56 0.00 0.00 0.20 0.34 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.24 0.16 0.24 0.55 0.02 0.64 0.00 0.51 0.27 0.38 0.63 0.10 0.15 0.26 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.10 4.79 1.60 1.08 3.60 0.94 3.88 0.57 4.76 2.49 5.20 5.15 4.00 3.15 2.71 1.71 0.76 1.65 0.74 5.03 0.31 0.23 0.24
C2 2.11 4.54 1.53 1.04 3.48 1.00 3.65 0.62 4.34 2.40 4.77 4.80 3.88 2.95 2.66 1.65 0.75 1.76 0.81 4.41 0.36 0.21 0.26
C2' 1.93 4.52 1.41 0.95 3.32 0.85 3.56 0.50 4.39 2.22 4.85 4.94 3.76 2.84 2.47 1.53 0.68 1.54 0.67 4.65 0.29 0.19 0.25
C3' 1.65 4.27 1.19 0.75 3.06 0.57 3.33 0.23 4.20 1.96 4.64 4.69 3.49 2.61 2.20 1.31 0.49 1.21 0.37 4.53 0.45 0.06 0.00
C4 1.73 3.58 1.27 0.91 2.96 0.81 3.19 0.53 3.66 2.14 3.82 3.65 3.13 2.67 2.29 1.33 0.65 1.42 0.73 3.73 0.31 0.19 0.26
C4' 1.91 4.65 1.50 0.99 3.42 0.74 3.74 0.38 4.67 2.31 5.09 5.05 3.83 3.01 2.52 1.61 0.68 1.39 0.51 5.05 0.38 0.05 0.06
C5 1.61 3.59 1.25 0.91 2.92 0.68 3.27 0.44 3.86 2.14 3.96 3.67 3.07 2.77 2.22 1.28 0.63 1.21 0.62 4.08 0.23 0.22 0.23
C5' 1.64 4.32 1.31 0.83 3.14 0.49 3.50 0.16 4.44 2.09 4.80 4.68 3.51 2.81 2.26 1.41 0.52 1.07 0.26 4.89 0.49 0.12 0.13
C6 1.77 4.07 1.38 0.98 3.19 0.75 3.56 0.48 4.30 2.28 4.49 4.22 3.43 2.96 2.41 1.43 0.68 1.34 0.64 4.60 0.24 0.23 0.23
N1 2.01 4.51 1.52 1.04 3.46 0.90 3.74 0.56 4.53 2.41 4.89 4.76 3.80 3.05 2.62 1.61 0.74 1.59 0.74 4.75 0.30 0.22 0.25
N3 1.99 4.07 1.42 0.98 3.24 0.97 3.38 0.62 3.90 2.26 4.22 4.22 3.56 2.75 2.51 1.53 0.71 1.71 0.81 3.92 0.36 0.18 0.27
N4 1.49 2.91 1.07 0.81 2.50 0.72 2.68 0.50 2.99 1.89 3.08 2.93 2.60 2.30 1.99 1.13 0.57 1.27 0.73 3.03 0.32 0.14 0.26
O2 2.25 4.79 1.61 1.07 3.59 1.10 3.69 0.66 4.38 2.44 4.93 5.21 4.09 2.96 2.75 1.78 0.79 1.91 0.84 4.43 0.38 0.20 0.27
O2' 2.25 4.91 1.68 1.18 3.62 1.14 3.80 0.76 4.61 2.46 5.16 5.41 4.13 3.04 2.76 1.84 0.90 1.88 0.91 4.81 0.17 0.33 0.41
O3' 1.69 4.35 1.22 0.77 3.07 0.61 3.28 0.24 4.15 1.90 4.66 4.85 3.56 2.52 2.20 1.37 0.53 1.25 0.36 4.43 0.46 0.10 0.01
O4' 2.08 4.80 1.66 1.12 3.63 0.88 3.99 0.53 4.92 2.56 5.29 5.12 3.99 3.28 2.73 1.75 0.78 1.55 0.67 5.31 0.30 0.21 0.19
O5' 1.31 3.99 1.04 0.54 2.82 0.13 3.18 0.25 4.12 1.75 4.47 4.34 3.18 2.48 1.93 1.15 0.25 0.69 0.17 4.59 0.85 0.57 0.57
OP1 1.08 3.56 0.93 0.51 2.49 0.01 2.86 0.30 3.74 1.52 4.02 3.88 2.82 2.23 1.67 1.00 0.24 0.44 0.25 4.23 0.68 0.51 0.53
OP2 1.00 3.35 0.89 0.49 2.40 0.05 2.82 0.36 3.67 1.51 3.84 3.57 2.65 2.24 1.61 0.95 0.24 0.35 0.32 4.21 0.69 0.58 0.59
P 1.13 3.65 0.97 0.51 2.59 0.01 2.98 0.34 3.88 1.62 4.15 3.95 2.90 2.34 1.75 1.05 0.22 0.47 0.29 4.39 0.80 0.61 0.62

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.21 0.00 0.12 0.48 0.17
C2 0.01 0.00 0.39 0.16 0.01 0.14 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.82 0.46 0.30 0.78 0.01 0.69 1.48 0.92
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.19 0.01 0.06 0.11 0.14 0.24 0.29 0.48 0.39 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.08 0.19 0.46 0.19
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.06 0.00 0.23 0.01 0.17 0.49 0.01 0.28 0.18 0.44 0.20 0.01 0.00 0.01 0.25 0.25 0.20 0.43 0.23
C4 0.00 0.01 0.19 0.06 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.47 0.17 0.15 0.65 0.00 0.68 1.28 0.79
C4' 0.00 0.14 0.01 0.00 0.13 0.00 0.16 0.00 0.18 0.12 0.17 0.13 0.11 0.16 0.10 0.21 0.00 0.00 0.00 0.20 0.19 0.00 0.14
C5 0.00 0.00 0.06 0.23 0.00 0.16 0.00 0.26 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.36 0.04 0.07 0.72 0.00 0.96 1.56 1.01
C5' 0.01 0.28 0.11 0.01 0.21 0.00 0.26 0.00 0.32 0.12 0.32 0.29 0.22 0.21 0.12 0.09 0.13 0.01 0.00 0.34 0.05 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.14 0.17 0.00 0.18 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.50 0.05 0.14 0.82 0.00 1.07 1.77 1.16
C8 0.00 0.01 0.24 0.49 0.00 0.12 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.36 0.17 0.42 0.01 0.83 1.08 0.70
N1 0.01 0.00 0.29 0.01 0.00 0.17 0.00 0.32 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.70 0.28 0.23 0.84 0.01 0.92 1.70 1.10
N2 0.01 0.00 0.48 0.28 0.01 0.13 0.01 0.29 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.96 0.64 0.36 0.79 0.01 0.59 1.45 0.89
N3 0.01 0.00 0.39 0.18 0.00 0.11 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.78 0.47 0.28 0.67 0.01 0.53 1.24 0.74
N7 0.00 0.00 0.14 0.44 0.00 0.16 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.32 0.08 0.59 0.01 1.07 1.47 0.97
N9 0.00 0.01 0.01 0.20 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.01 0.00 0.46 0.00 0.55 0.95 0.56
O2' 0.01 0.82 0.00 0.01 0.47 0.21 0.36 0.09 0.50 0.07 0.70 0.96 0.78 0.08 0.15 0.00 0.01 0.17 0.26 0.45 0.20 0.46 0.22
O3' 0.18 0.46 0.01 0.00 0.17 0.00 0.04 0.13 0.05 0.36 0.28 0.64 0.47 0.32 0.01 0.01 0.00 0.13 0.20 0.05 0.15 0.30 0.12
O4' 0.00 0.30 0.00 0.01 0.15 0.00 0.07 0.01 0.14 0.17 0.23 0.36 0.28 0.08 0.00 0.17 0.13 0.00 0.05 0.10 0.11 0.14 0.08
O5' 0.21 0.78 0.16 0.25 0.65 0.00 0.72 0.00 0.82 0.42 0.84 0.79 0.67 0.59 0.46 0.26 0.20 0.05 0.00 0.85 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.01 0.08 0.25 0.00 0.20 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.45 0.05 0.10 0.85 0.00 1.23 1.92 1.28
OP1 0.12 0.69 0.19 0.20 0.68 0.19 0.96 0.05 1.07 0.83 0.92 0.59 0.53 1.07 0.55 0.20 0.15 0.11 0.00 1.23 0.00 0.00 0.00
OP2 0.48 1.48 0.46 0.43 1.28 0.00 1.56 0.04 1.77 1.08 1.70 1.45 1.24 1.47 0.95 0.46 0.30 0.14 0.00 1.92 0.00 0.00 0.00
P 0.17 0.92 0.19 0.23 0.79 0.14 1.01 0.01 1.16 0.70 1.10 0.89 0.74 0.97 0.56 0.22 0.12 0.08 0.00 1.28 0.00 0.00 0.00