ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52326

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 6, 6, 14, 5, 5, 5, 5, 6, 4, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.021, 0.037, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.039, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.022 std_dev=0.017
C2 A 0, -0.004, 0.015, 0.034, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.015 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.024 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.028 std_dev=0.022
C1' A 0, -0.002, 0.022, 0.046, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.022 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.013, 0.039, 0.065, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.039 std_dev=0.026
N9 A 0, 0.006, 0.033, 0.059, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.033 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.014, 0.047, 0.081, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.047 std_dev=0.034
N6 A 0, 0.009, 0.047, 0.085, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.047 std_dev=0.038
O3' B 0, 0.241, 0.500, 0.758, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.500 std_dev=0.259
O2' B 0, 0.306, 0.582, 0.858, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.582 std_dev=0.276
C3' B 0, 0.286, 0.577, 0.868, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.577 std_dev=0.291
C2' B 0, 0.312, 0.603, 0.894, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.603 std_dev=0.291
C4' B 0, 0.395, 0.704, 1.013, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.704 std_dev=0.309
O4' B 0, 0.436, 0.755, 1.074, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.755 std_dev=0.319
O4' A 0, 0.065, 0.388, 0.711, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.388 std_dev=0.323
C1' B 0, 0.322, 0.680, 1.038, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.680 std_dev=0.358
C2' A 0, 0.075, 0.440, 0.806, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.440 std_dev=0.366
P A 0, 0.352, 0.743, 1.133, 1.716 max_d=1.716 avg_d=0.743 std_dev=0.390
C5' B 0, 0.443, 0.883, 1.324, 2.472 max_d=2.472 avg_d=0.883 std_dev=0.440
OP2 A 0, 0.453, 0.917, 1.381, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.917 std_dev=0.464
O5' A 0, 0.281, 0.746, 1.211, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.746 std_dev=0.465
C4' A 0, 0.142, 0.670, 1.199, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.670 std_dev=0.528
OP1 A 0, 0.447, 1.002, 1.558, 2.589 max_d=2.589 avg_d=1.002 std_dev=0.556
N9 B 0, 0.271, 0.844, 1.416, 3.625 max_d=3.625 avg_d=0.844 std_dev=0.572
C5' A 0, 0.227, 0.823, 1.419, 2.170 max_d=2.170 avg_d=0.823 std_dev=0.596
C3' A 0, 0.151, 0.771, 1.391, 1.629 max_d=1.629 avg_d=0.771 std_dev=0.620
C4 B 0, 0.186, 0.940, 1.694, 5.137 max_d=5.137 avg_d=0.940 std_dev=0.754
O2' A 0, 0.048, 0.814, 1.580, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.814 std_dev=0.766
C8 B 0, 0.228, 1.011, 1.794, 4.535 max_d=4.535 avg_d=1.011 std_dev=0.783
N3 B 0, 0.143, 0.968, 1.794, 5.750 max_d=5.750 avg_d=0.968 std_dev=0.826
O5' B 0, 0.219, 1.088, 1.958, 4.090 max_d=4.090 avg_d=1.088 std_dev=0.869
C5 B 0, 0.138, 1.117, 2.096, 6.425 max_d=6.425 avg_d=1.117 std_dev=0.979
N7 B 0, 0.156, 1.166, 2.177, 6.134 max_d=6.134 avg_d=1.166 std_dev=1.011
C2 B 0, 0.067, 1.150, 2.233, 7.482 max_d=7.482 avg_d=1.150 std_dev=1.083
O3' A 0, 0.211, 1.301, 2.390, 2.865 max_d=2.865 avg_d=1.301 std_dev=1.089
C6 B 0, 0.077, 1.292, 2.507, 8.157 max_d=8.157 avg_d=1.292 std_dev=1.215
N1 B 0, 0.055, 1.284, 2.513, 8.473 max_d=8.473 avg_d=1.284 std_dev=1.229
N2 B 0, -0.005, 1.277, 2.560, 8.652 max_d=8.652 avg_d=1.277 std_dev=1.283
P B 0, -0.067, 1.288, 2.644, 5.705 max_d=5.705 avg_d=1.288 std_dev=1.356
OP1 B 0, 0.052, 1.487, 2.922, 6.866 max_d=6.866 avg_d=1.487 std_dev=1.435
O6 B 0, 0.059, 1.499, 2.938, 9.546 max_d=9.546 avg_d=1.499 std_dev=1.440
OP2 B 0, -0.286, 1.445, 3.175, 7.505 max_d=7.505 avg_d=1.445 std_dev=1.730

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.35 0.00 0.16 0.12 0.20 0.14
C2 0.05 0.00 0.26 0.27 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.29 0.11 0.17 0.11 0.26 0.12
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.14 0.01 0.07 0.23 0.11 0.15 0.20 0.27 0.08 0.10 0.02 0.00 0.03 0.02 0.50 0.46 0.65 0.52
C3' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.27 0.01 0.34 0.02 0.35 0.30 0.32 0.23 0.39 0.35 0.22 0.02 0.01 0.02 0.13 0.16 0.10 0.09
C4 0.03 0.01 0.14 0.27 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.18 0.06 0.17 0.09 0.22 0.10
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.15 0.09 0.05 0.14 0.16 0.08 0.32 0.02 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04
C5 0.02 0.01 0.07 0.34 0.00 0.12 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.11 0.03 0.24 0.15 0.33 0.18
C5' 0.07 0.11 0.23 0.02 0.10 0.00 0.14 0.00 0.15 0.13 0.13 0.09 0.18 0.16 0.07 0.09 0.24 0.01 0.01 0.12 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.12 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.14 0.05 0.26 0.19 0.39 0.22
C8 0.02 0.01 0.15 0.30 0.01 0.15 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.33 0.11 0.09 0.23 0.11 0.22 0.13
N1 0.04 0.00 0.20 0.32 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.21 0.08 0.22 0.15 0.34 0.18
N3 0.05 0.00 0.27 0.23 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.32 0.12 0.14 0.08 0.20 0.09
N6 0.02 0.01 0.08 0.39 0.01 0.14 0.01 0.18 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.40 0.14 0.05 0.32 0.25 0.48 0.28
N7 0.02 0.01 0.10 0.35 0.01 0.16 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.39 0.13 0.06 0.29 0.18 0.36 0.21
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.13 0.01 0.14 0.07 0.15 0.07
O2' 0.02 0.21 0.00 0.02 0.25 0.32 0.35 0.09 0.35 0.33 0.29 0.17 0.40 0.39 0.22 0.00 0.04 0.23 0.38 0.29 0.76 0.45
O3' 0.35 0.29 0.03 0.01 0.18 0.02 0.11 0.24 0.14 0.11 0.21 0.32 0.14 0.13 0.13 0.04 0.00 0.24 0.27 0.37 0.28 0.28
O4' 0.00 0.11 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.09 0.08 0.12 0.05 0.06 0.01 0.23 0.24 0.00 0.07 0.14 0.17 0.14
O5' 0.16 0.17 0.50 0.13 0.17 0.01 0.24 0.01 0.26 0.23 0.22 0.14 0.32 0.29 0.14 0.38 0.27 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.11 0.46 0.16 0.09 0.08 0.15 0.12 0.19 0.11 0.15 0.08 0.25 0.18 0.07 0.29 0.37 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.26 0.65 0.10 0.22 0.11 0.33 0.12 0.39 0.22 0.34 0.20 0.48 0.36 0.15 0.76 0.28 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.12 0.52 0.09 0.10 0.04 0.18 0.01 0.22 0.13 0.18 0.09 0.28 0.21 0.07 0.45 0.28 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.40 0.82 0.27 0.24 0.60 0.35 0.57 0.43 0.66 0.38 0.78 0.95 0.74 0.44 0.45 0.27 0.19 0.40 0.47 0.65 0.77 0.62 0.68
C2 0.50 1.19 0.31 0.22 0.89 0.34 0.96 0.40 1.13 0.68 1.24 1.33 1.00 0.83 0.68 0.26 0.15 0.48 0.42 1.18 0.57 0.57 0.57
C2' 0.46 0.78 0.45 0.43 0.57 0.40 0.55 0.45 0.63 0.42 0.74 0.91 0.70 0.46 0.47 0.51 0.44 0.41 0.48 0.63 0.79 0.58 0.66
C3' 0.29 0.65 0.19 0.10 0.46 0.19 0.43 0.27 0.51 0.27 0.61 0.75 0.58 0.32 0.34 0.28 0.10 0.25 0.31 0.50 0.68 0.46 0.52
C4 0.48 1.01 0.30 0.22 0.78 0.34 0.80 0.38 0.92 0.58 1.01 1.11 0.89 0.69 0.61 0.27 0.15 0.45 0.40 0.94 0.56 0.51 0.54
C4' 0.26 0.55 0.16 0.15 0.36 0.25 0.31 0.34 0.38 0.19 0.49 0.67 0.50 0.22 0.26 0.20 0.13 0.27 0.41 0.36 0.75 0.57 0.62
C5 0.49 0.99 0.30 0.21 0.81 0.33 0.87 0.36 0.98 0.67 1.03 1.03 0.87 0.78 0.66 0.26 0.14 0.46 0.41 1.01 0.47 0.53 0.51
C5' 0.20 0.37 0.10 0.13 0.24 0.27 0.18 0.32 0.22 0.14 0.30 0.45 0.34 0.14 0.18 0.13 0.09 0.27 0.32 0.20 0.59 0.41 0.45
C6 0.50 1.10 0.31 0.21 0.89 0.33 0.99 0.37 1.14 0.76 1.18 1.15 0.93 0.91 0.71 0.25 0.14 0.47 0.45 1.19 0.47 0.61 0.55
C8 0.44 0.72 0.29 0.21 0.61 0.32 0.62 0.35 0.67 0.49 0.71 0.74 0.67 0.55 0.52 0.27 0.15 0.41 0.37 0.68 0.47 0.42 0.46
N1 0.51 1.19 0.31 0.21 0.91 0.34 1.02 0.38 1.19 0.75 1.27 1.29 0.98 0.91 0.72 0.25 0.14 0.48 0.44 1.26 0.51 0.60 0.56
N3 0.48 1.11 0.30 0.22 0.82 0.34 0.85 0.40 1.01 0.59 1.12 1.26 0.95 0.72 0.63 0.27 0.16 0.46 0.41 1.03 0.61 0.55 0.58
N6 0.49 1.06 0.30 0.20 0.90 0.32 1.05 0.36 1.20 0.83 1.20 1.05 0.87 1.00 0.74 0.24 0.15 0.47 0.51 1.29 0.48 0.71 0.60
N7 0.48 0.79 0.30 0.20 0.72 0.31 0.76 0.33 0.82 0.63 0.83 0.78 0.74 0.71 0.61 0.26 0.14 0.43 0.41 0.84 0.42 0.50 0.47
N9 0.44 0.86 0.29 0.22 0.67 0.33 0.66 0.39 0.75 0.48 0.84 0.95 0.78 0.55 0.53 0.27 0.17 0.42 0.39 0.75 0.59 0.48 0.54
O2' 0.40 0.84 0.41 0.31 0.58 0.28 0.55 0.41 0.66 0.37 0.79 1.00 0.74 0.42 0.44 0.60 0.32 0.33 0.52 0.65 0.95 0.74 0.80
O3' 0.29 0.62 0.22 0.18 0.42 0.22 0.38 0.30 0.46 0.24 0.57 0.75 0.56 0.28 0.31 0.33 0.19 0.29 0.39 0.44 0.78 0.57 0.60
O4' 0.36 0.68 0.28 0.28 0.49 0.35 0.44 0.44 0.51 0.32 0.62 0.79 0.62 0.35 0.38 0.26 0.25 0.37 0.50 0.49 0.79 0.65 0.70
O5' 0.13 0.32 0.09 0.04 0.20 0.14 0.17 0.21 0.20 0.12 0.27 0.39 0.29 0.13 0.13 0.20 0.02 0.11 0.30 0.19 0.53 0.36 0.38
OP1 0.05 0.16 0.11 0.08 0.11 0.20 0.17 0.24 0.18 0.20 0.16 0.21 0.14 0.23 0.10 0.20 0.02 0.14 0.31 0.22 0.48 0.42 0.34
OP2 0.25 0.46 0.26 0.11 0.35 0.07 0.36 0.12 0.39 0.35 0.43 0.53 0.42 0.36 0.31 0.37 0.01 0.14 0.41 0.39 0.52 0.56 0.43
P 0.11 0.24 0.11 0.01 0.15 0.08 0.15 0.12 0.17 0.14 0.21 0.30 0.22 0.15 0.11 0.20 0.01 0.05 0.27 0.17 0.42 0.34 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.26 0.02 0.20 0.40 0.28
C2 0.04 0.00 0.21 0.11 0.01 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.17 0.20 0.32 0.01 0.35 0.58 0.45
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.01 0.05 0.07 0.09 0.12 0.16 0.25 0.20 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.44 0.07 0.34 0.49 0.39
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.07 0.09 0.08 0.14 0.10 0.09 0.04 0.01 0.01 0.01 0.27 0.08 0.25 0.24 0.20
C4 0.02 0.01 0.11 0.06 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.10 0.10 0.31 0.01 0.34 0.62 0.44
C4' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.11 0.09 0.18 0.13 0.09 0.03 0.06 0.02 0.00 0.01 0.05 0.14 0.13 0.07
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.04 0.33 0.01 0.43 0.76 0.52
C5' 0.04 0.14 0.07 0.02 0.09 0.00 0.12 0.00 0.12 0.19 0.12 0.18 0.13 0.18 0.09 0.04 0.08 0.01 0.01 0.14 0.14 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.14 0.08 0.08 0.31 0.01 0.44 0.75 0.51
C8 0.02 0.01 0.12 0.09 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.06 0.12 0.42 0.03 0.47 0.84 0.59
N1 0.03 0.00 0.16 0.08 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.13 0.15 0.30 0.01 0.39 0.66 0.47
N2 0.05 0.00 0.25 0.14 0.01 0.18 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.46 0.21 0.25 0.34 0.02 0.37 0.58 0.48
N3 0.04 0.01 0.20 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.17 0.20 0.31 0.01 0.32 0.53 0.42
N7 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.09 0.00 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.05 0.08 0.39 0.03 0.52 0.90 0.61
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.33 0.02 0.33 0.61 0.43
O2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.16 0.06 0.09 0.04 0.14 0.23 0.26 0.46 0.35 0.18 0.06 0.00 0.03 0.03 0.46 0.12 0.38 0.58 0.44
O3' 0.09 0.17 0.02 0.01 0.10 0.02 0.06 0.08 0.08 0.06 0.13 0.21 0.17 0.05 0.06 0.03 0.00 0.06 0.19 0.07 0.30 0.18 0.18
O4' 0.00 0.20 0.01 0.01 0.10 0.00 0.04 0.01 0.08 0.12 0.15 0.25 0.20 0.08 0.01 0.03 0.06 0.00 0.13 0.06 0.14 0.30 0.21
O5' 0.26 0.32 0.44 0.27 0.31 0.01 0.33 0.01 0.31 0.42 0.30 0.34 0.31 0.39 0.33 0.46 0.19 0.13 0.00 0.31 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.12 0.07 0.06 0.31 0.00 0.49 0.81 0.55
OP1 0.20 0.35 0.34 0.25 0.34 0.14 0.43 0.14 0.44 0.47 0.39 0.37 0.32 0.52 0.33 0.38 0.30 0.14 0.02 0.49 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.58 0.49 0.24 0.62 0.13 0.76 0.18 0.75 0.84 0.66 0.58 0.53 0.90 0.61 0.58 0.18 0.30 0.02 0.81 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.45 0.39 0.20 0.44 0.07 0.52 0.01 0.51 0.59 0.47 0.48 0.42 0.61 0.43 0.44 0.18 0.21 0.00 0.55 0.01 0.00 0.00