ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52331

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 2, 3, 0, 2, 0, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.008, 0.029, 0.051, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.015, 0.041, 0.067, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.041 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.015, 0.041, 0.068, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.041 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.014, 0.048, 0.082, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.048 std_dev=0.034
C3' B 0, 0.172, 0.344, 0.516, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.344 std_dev=0.172
O2' B 0, 0.123, 0.444, 0.764, 1.043 max_d=1.043 avg_d=0.444 std_dev=0.320
C2' B 0, 0.123, 0.461, 0.799, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.461 std_dev=0.338
O3' B 0, 0.102, 0.525, 0.948, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.525 std_dev=0.423
C4' B 0, 0.148, 0.753, 1.358, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.753 std_dev=0.605
O5' B 0, 0.219, 0.830, 1.441, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.830 std_dev=0.611
O4' A 0, -0.115, 0.526, 1.167, 1.822 max_d=1.822 avg_d=0.526 std_dev=0.641
P B 0, 0.256, 0.910, 1.565, 2.145 max_d=2.145 avg_d=0.910 std_dev=0.654
OP2 B 0, 0.218, 0.899, 1.579, 2.419 max_d=2.419 avg_d=0.899 std_dev=0.680
C2' A 0, -0.118, 0.577, 1.271, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.577 std_dev=0.695
P A 0, 0.004, 0.740, 1.476, 2.391 max_d=2.391 avg_d=0.740 std_dev=0.736
C5' B 0, 0.104, 0.859, 1.614, 2.539 max_d=2.539 avg_d=0.859 std_dev=0.755
C3' A 0, -0.127, 0.778, 1.683, 2.439 max_d=2.439 avg_d=0.778 std_dev=0.905
C4' A 0, -0.132, 0.780, 1.693, 2.575 max_d=2.575 avg_d=0.780 std_dev=0.912
O5' A 0, -0.128, 0.882, 1.892, 3.125 max_d=3.125 avg_d=0.882 std_dev=1.010
O4' B 0, -0.077, 0.961, 1.999, 3.425 max_d=3.425 avg_d=0.961 std_dev=1.038
OP2 A 0, 0.059, 1.113, 2.167, 2.942 max_d=2.942 avg_d=1.113 std_dev=1.054
C1' B 0, -0.156, 0.898, 1.953, 3.313 max_d=3.313 avg_d=0.898 std_dev=1.055
O2' A 0, -0.134, 0.954, 2.042, 2.900 max_d=2.900 avg_d=0.954 std_dev=1.088
OP1 B 0, 0.132, 1.298, 2.465, 3.209 max_d=3.209 avg_d=1.298 std_dev=1.167
O3' A 0, -0.168, 1.023, 2.213, 2.716 max_d=2.716 avg_d=1.023 std_dev=1.190
OP1 A 0, -0.060, 1.161, 2.381, 3.524 max_d=3.524 avg_d=1.161 std_dev=1.220
C5' A 0, -0.227, 1.080, 2.387, 3.869 max_d=3.869 avg_d=1.080 std_dev=1.307
N9 B 0, -0.343, 1.445, 3.233, 5.144 max_d=5.144 avg_d=1.445 std_dev=1.788
C8 B 0, -0.292, 1.673, 3.637, 5.480 max_d=5.480 avg_d=1.673 std_dev=1.964
C4 B 0, -0.558, 2.219, 4.996, 7.524 max_d=7.524 avg_d=2.219 std_dev=2.777
N7 B 0, -0.533, 2.357, 5.247, 7.861 max_d=7.861 avg_d=2.357 std_dev=2.890
N3 B 0, -0.627, 2.651, 5.930, 8.469 max_d=8.469 avg_d=2.651 std_dev=3.279
C5 B 0, -0.698, 2.639, 5.976, 9.006 max_d=9.006 avg_d=2.639 std_dev=3.337
C2 B 0, -0.849, 3.407, 7.664, 10.794 max_d=10.794 avg_d=3.407 std_dev=4.257
C6 B 0, -0.940, 3.451, 7.841, 11.599 max_d=11.599 avg_d=3.451 std_dev=4.391
N1 B 0, -0.993, 3.746, 8.486, 12.225 max_d=12.225 avg_d=3.746 std_dev=4.739
N2 B 0, -0.948, 3.992, 8.931, 12.095 max_d=12.095 avg_d=3.992 std_dev=4.940
O6 B 0, -1.105, 3.968, 9.040, 13.366 max_d=13.366 avg_d=3.968 std_dev=5.072

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.00 0.27 0.50 0.48 0.16
C2 0.03 0.00 0.42 0.34 0.01 0.12 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.24 0.38 0.29 0.30 0.82 0.28 0.31
C2' 0.00 0.42 0.00 0.00 0.22 0.01 0.09 0.26 0.18 0.23 0.32 0.42 0.12 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.58 0.29 1.18 0.72
C3' 0.01 0.34 0.00 0.00 0.28 0.00 0.32 0.02 0.36 0.29 0.36 0.30 0.38 0.33 0.20 0.02 0.01 0.02 0.14 0.19 0.77 0.29
C4 0.01 0.01 0.22 0.28 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.20 0.15 0.26 0.76 0.28 0.28
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.05 0.19 0.07 0.13 0.08 0.16 0.06 0.32 0.02 0.00 0.02 0.36 0.32 0.04
C5 0.01 0.00 0.09 0.32 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.10 0.07 0.21 0.85 0.19 0.34
C5' 0.12 0.22 0.26 0.02 0.15 0.00 0.11 0.00 0.13 0.12 0.18 0.22 0.11 0.12 0.10 0.07 0.23 0.02 0.01 0.14 0.18 0.01
C6 0.01 0.00 0.18 0.36 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.23 0.17 0.12 0.22 0.91 0.18 0.37
C8 0.01 0.00 0.23 0.29 0.00 0.19 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.49 0.14 0.17 0.18 0.69 0.21 0.28
N1 0.02 0.00 0.32 0.36 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.29 0.23 0.26 0.89 0.21 0.35
N3 0.03 0.00 0.42 0.30 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.26 0.38 0.29 0.31 0.75 0.33 0.26
N6 0.01 0.01 0.12 0.38 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.33 0.16 0.08 0.19 0.95 0.19 0.41
N7 0.01 0.00 0.13 0.33 0.00 0.16 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.48 0.13 0.09 0.18 0.81 0.16 0.36
N9 0.01 0.01 0.01 0.20 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.11 0.01 0.25 0.65 0.33 0.23
O2' 0.02 0.24 0.00 0.02 0.13 0.32 0.29 0.07 0.23 0.49 0.16 0.26 0.33 0.48 0.22 0.00 0.03 0.21 0.41 0.11 1.17 0.63
O3' 0.34 0.38 0.02 0.01 0.20 0.02 0.10 0.23 0.17 0.14 0.29 0.38 0.16 0.13 0.11 0.03 0.00 0.26 0.20 0.31 0.50 0.10
O4' 0.00 0.29 0.01 0.02 0.15 0.00 0.07 0.02 0.12 0.17 0.23 0.29 0.08 0.09 0.01 0.21 0.26 0.00 0.09 0.69 0.10 0.25
O5' 0.27 0.30 0.58 0.14 0.26 0.02 0.21 0.01 0.22 0.18 0.26 0.31 0.19 0.18 0.25 0.41 0.20 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.50 0.82 0.29 0.19 0.76 0.36 0.85 0.14 0.91 0.69 0.89 0.75 0.95 0.81 0.65 0.11 0.31 0.69 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.28 1.18 0.77 0.28 0.32 0.19 0.18 0.18 0.21 0.21 0.33 0.19 0.16 0.33 1.17 0.50 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.31 0.72 0.29 0.28 0.04 0.34 0.01 0.37 0.28 0.35 0.26 0.41 0.36 0.23 0.63 0.10 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.58 0.26 0.07 0.41 0.40 0.55 0.45 0.69 0.32 0.69 0.62 0.44 0.51 0.23 0.18 0.29 0.41 0.29 0.80 0.46 0.25 0.29
C2 0.43 1.27 0.20 0.11 0.89 0.43 0.97 0.55 1.20 0.58 1.33 1.42 1.03 0.78 0.62 0.25 0.23 0.54 0.40 1.28 0.55 0.25 0.34
C2' 0.52 1.03 0.46 0.66 0.83 0.49 1.02 0.46 1.21 0.74 1.21 1.02 0.81 0.93 0.66 0.39 0.87 0.49 0.57 1.33 0.62 0.45 0.64
C3' 0.56 1.52 0.75 0.36 1.35 0.14 1.63 0.20 1.85 1.23 1.79 1.43 1.27 1.55 1.07 0.45 0.28 0.30 0.35 2.00 0.33 0.58 0.37
C4 0.39 0.97 0.21 0.10 0.68 0.43 0.70 0.52 0.86 0.41 0.97 1.09 0.83 0.54 0.48 0.23 0.22 0.52 0.37 0.89 0.51 0.24 0.32
C4' 0.34 0.93 0.73 0.30 0.96 0.20 1.30 0.30 1.44 1.11 1.25 0.75 0.73 1.38 0.81 0.64 0.13 0.19 0.23 1.64 0.16 0.52 0.09
C5 0.49 1.36 0.18 0.13 1.00 0.43 1.06 0.52 1.26 0.66 1.39 1.48 1.16 0.86 0.71 0.29 0.26 0.55 0.41 1.30 0.57 0.26 0.34
C5' 0.32 0.76 0.73 0.32 0.92 0.06 1.32 0.21 1.40 1.23 1.13 0.51 0.60 1.49 0.84 0.73 0.05 0.14 0.29 1.62 0.19 0.57 0.30
C6 0.54 1.74 0.16 0.15 1.26 0.44 1.40 0.54 1.69 0.88 1.84 1.89 1.42 1.16 0.89 0.32 0.29 0.57 0.45 1.79 0.63 0.27 0.36
C8 0.40 0.75 0.20 0.10 0.55 0.41 0.52 0.46 0.62 0.31 0.71 0.83 0.69 0.38 0.40 0.21 0.24 0.49 0.35 0.62 0.47 0.25 0.29
N1 0.50 1.62 0.18 0.13 1.15 0.44 1.29 0.55 1.59 0.80 1.73 1.78 1.30 1.07 0.81 0.30 0.26 0.56 0.43 1.70 0.60 0.27 0.36
N3 0.37 0.96 0.23 0.09 0.66 0.43 0.70 0.53 0.87 0.39 0.99 1.10 0.80 0.53 0.45 0.22 0.22 0.51 0.37 0.92 0.52 0.24 0.33
N6 0.61 2.18 0.14 0.18 1.58 0.45 1.80 0.55 2.19 1.13 2.36 2.34 1.75 1.51 1.10 0.37 0.34 0.58 0.49 2.33 0.71 0.30 0.40
N7 0.52 1.27 0.17 0.14 0.98 0.42 1.00 0.49 1.16 0.65 1.27 1.35 1.14 0.81 0.72 0.31 0.28 0.55 0.41 1.17 0.55 0.26 0.32
N9 0.32 0.66 0.23 0.08 0.45 0.41 0.45 0.48 0.57 0.23 0.65 0.75 0.57 0.34 0.30 0.19 0.24 0.47 0.33 0.60 0.47 0.24 0.30
O2' 0.80 1.16 0.69 0.84 0.97 0.67 1.14 0.64 1.35 0.92 1.36 1.17 0.94 1.08 0.85 0.89 0.96 0.70 0.68 1.50 0.68 0.43 0.67
O3' 0.89 2.11 0.98 0.53 1.87 0.39 2.24 0.46 2.54 1.71 2.46 2.00 1.77 2.12 1.50 0.54 0.18 0.61 0.58 2.75 0.30 1.00 0.54
O4' 0.27 0.37 0.67 0.44 0.39 0.57 0.66 0.68 0.73 0.67 0.57 0.40 0.23 0.80 0.39 0.67 0.34 0.46 0.53 0.89 0.62 0.56 0.41
O5' 0.24 0.46 0.71 0.35 0.67 0.08 0.98 0.24 1.00 1.00 0.75 0.25 0.36 1.16 0.66 0.72 0.01 0.15 0.27 1.16 0.17 0.47 0.20
OP1 0.65 0.67 0.06 0.29 0.43 0.87 0.17 0.63 0.19 0.09 0.43 0.87 0.73 0.14 0.35 0.27 0.02 1.01 0.80 0.12 0.69 0.75 1.00
OP2 0.33 0.78 0.55 0.11 0.81 0.16 1.08 0.32 1.16 1.01 0.99 0.72 0.67 1.22 0.70 0.62 0.02 0.10 0.26 1.32 0.38 0.59 0.32
P 0.20 0.09 0.30 0.01 0.19 0.32 0.47 0.17 0.47 0.55 0.25 0.24 0.13 0.67 0.21 0.41 0.01 0.38 0.20 0.62 0.14 0.16 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.37 0.01 0.34 0.03 0.33 0.24 0.23
C2 0.04 0.00 0.34 0.15 0.01 0.23 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.38 0.38 0.40 0.01 0.29 0.29 0.22
C2' 0.00 0.34 0.00 0.00 0.19 0.02 0.12 0.25 0.18 0.14 0.28 0.39 0.32 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.12 0.14 0.24 0.20 0.13
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.22 0.00 0.34 0.02 0.33 0.38 0.24 0.10 0.11 0.42 0.23 0.03 0.00 0.01 0.17 0.38 0.32 0.24 0.17
C4 0.02 0.01 0.19 0.22 0.00 0.07 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.07 0.20 0.21 0.62 0.01 0.58 0.55 0.53
C4' 0.01 0.23 0.02 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.05 0.27 0.15 0.33 0.22 0.21 0.07 0.28 0.03 0.00 0.01 0.06 0.17 0.32 0.14
C5 0.02 0.01 0.12 0.34 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.07 0.11 0.89 0.01 0.90 0.95 0.89
C5' 0.11 0.33 0.25 0.02 0.19 0.01 0.16 0.00 0.19 0.25 0.26 0.41 0.31 0.23 0.11 0.08 0.22 0.02 0.01 0.19 0.35 0.40 0.01
C6 0.03 0.01 0.18 0.33 0.01 0.05 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.09 0.19 0.85 0.00 0.86 0.92 0.84
C8 0.01 0.01 0.14 0.38 0.01 0.27 0.00 0.25 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.42 0.18 0.17 1.11 0.01 1.14 1.18 1.17
N1 0.04 0.00 0.28 0.24 0.01 0.15 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.23 0.31 0.62 0.01 0.56 0.58 0.51
N2 0.06 0.01 0.39 0.10 0.02 0.33 0.01 0.41 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.39 0.51 0.45 0.23 0.01 0.09 0.19 0.09
N3 0.04 0.01 0.32 0.11 0.00 0.22 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.42 0.37 0.35 0.01 0.25 0.25 0.18
N7 0.01 0.01 0.05 0.42 0.01 0.21 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.39 0.20 0.07 1.15 0.01 1.24 1.35 1.27
N9 0.01 0.02 0.03 0.23 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.18 0.13 0.02 0.70 0.02 0.67 0.62 0.63
O2' 0.01 0.25 0.00 0.03 0.07 0.28 0.20 0.08 0.14 0.42 0.13 0.39 0.25 0.39 0.18 0.00 0.07 0.20 0.15 0.21 0.29 0.20 0.15
O3' 0.37 0.38 0.04 0.00 0.20 0.03 0.07 0.22 0.09 0.18 0.23 0.51 0.42 0.20 0.13 0.07 0.00 0.29 0.25 0.10 0.49 0.30 0.21
O4' 0.01 0.38 0.01 0.01 0.21 0.00 0.11 0.02 0.19 0.17 0.31 0.45 0.37 0.07 0.02 0.20 0.29 0.00 0.31 0.14 0.30 0.24 0.17
O5' 0.34 0.40 0.12 0.17 0.62 0.01 0.89 0.01 0.85 1.11 0.62 0.23 0.35 1.15 0.70 0.15 0.25 0.31 0.00 0.98 0.02 0.01 0.00
O6 0.03 0.01 0.14 0.38 0.01 0.06 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.10 0.14 0.98 0.00 1.05 1.16 1.05
OP1 0.33 0.29 0.24 0.32 0.58 0.17 0.90 0.35 0.86 1.14 0.56 0.09 0.25 1.24 0.67 0.29 0.49 0.30 0.02 1.05 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.29 0.20 0.24 0.55 0.32 0.95 0.40 0.92 1.18 0.58 0.19 0.25 1.35 0.62 0.20 0.30 0.24 0.01 1.16 0.01 0.00 0.00
P 0.23 0.22 0.13 0.17 0.53 0.14 0.89 0.01 0.84 1.17 0.51 0.09 0.18 1.27 0.63 0.15 0.21 0.17 0.00 1.05 0.01 0.00 0.00