ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52332

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 4, 2, 3, 1, 2, 0, 1, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.006, 0.026, 0.045, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.026 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.005, 0.025, 0.044, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.068, 0.355, 0.642, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.355 std_dev=0.287
O2' B 0, 0.361, 0.660, 0.958, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.660 std_dev=0.298
O4' A 0, 0.066, 0.365, 0.664, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.365 std_dev=0.299
O2' A 0, 0.042, 0.419, 0.795, 1.512 max_d=1.512 avg_d=0.419 std_dev=0.377
C2' B 0, 0.346, 0.766, 1.186, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.766 std_dev=0.420
C4' A 0, 0.134, 0.584, 1.034, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.584 std_dev=0.450
C4 B 0, 0.478, 0.957, 1.436, 2.066 max_d=2.066 avg_d=0.957 std_dev=0.479
C3' A 0, 0.130, 0.630, 1.130, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.630 std_dev=0.500
N9 B 0, 0.474, 1.149, 1.825, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.149 std_dev=0.675
C1' B 0, 0.447, 1.152, 1.857, 2.224 max_d=2.224 avg_d=1.152 std_dev=0.705
O3' A 0, 0.132, 0.893, 1.654, 2.732 max_d=2.732 avg_d=0.893 std_dev=0.761
C5' A 0, 0.195, 1.033, 1.870, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.033 std_dev=0.838
O5' A 0, 0.235, 1.144, 2.052, 2.554 max_d=2.554 avg_d=1.144 std_dev=0.909
C5 B 0, 0.268, 1.320, 2.371, 3.396 max_d=3.396 avg_d=1.320 std_dev=1.051
C3' B 0, 0.439, 1.585, 2.731, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.585 std_dev=1.146
P A 0, 0.359, 1.507, 2.655, 3.053 max_d=3.053 avg_d=1.507 std_dev=1.148
O3' B 0, 0.426, 1.581, 2.737, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.581 std_dev=1.156
C6 B 0, 0.468, 1.664, 2.861, 3.850 max_d=3.850 avg_d=1.664 std_dev=1.197
OP2 A 0, 0.397, 1.616, 2.836, 3.329 max_d=3.329 avg_d=1.616 std_dev=1.219
O4' B 0, 0.451, 1.767, 3.083, 3.919 max_d=3.919 avg_d=1.767 std_dev=1.316
N3 B 0, 0.668, 1.988, 3.308, 4.111 max_d=4.111 avg_d=1.988 std_dev=1.320
OP1 A 0, 0.380, 1.733, 3.087, 3.789 max_d=3.789 avg_d=1.733 std_dev=1.354
N1 B 0, 0.796, 2.348, 3.899, 4.827 max_d=4.827 avg_d=2.348 std_dev=1.552
C4' B 0, 0.381, 2.148, 3.915, 5.207 max_d=5.207 avg_d=2.148 std_dev=1.767
C8 B 0, 0.483, 2.288, 4.093, 4.776 max_d=4.776 avg_d=2.288 std_dev=1.805
O6 B 0, 0.118, 1.974, 3.830, 5.563 max_d=5.563 avg_d=1.974 std_dev=1.856
C2 B 0, 0.800, 2.699, 4.598, 5.588 max_d=5.588 avg_d=2.699 std_dev=1.899
N7 B 0, 0.399, 2.348, 4.297, 5.472 max_d=5.472 avg_d=2.348 std_dev=1.949
C5' B 0, 0.374, 2.930, 5.486, 7.363 max_d=7.363 avg_d=2.930 std_dev=2.556
O5' B 0, 0.219, 3.088, 5.958, 8.383 max_d=8.383 avg_d=3.088 std_dev=2.869
N2 B 0, 1.026, 4.070, 7.115, 8.084 max_d=8.084 avg_d=4.070 std_dev=3.044
OP2 B 0, 0.208, 3.818, 7.427, 10.483 max_d=10.483 avg_d=3.818 std_dev=3.610
P B 0, 0.069, 3.894, 7.719, 11.011 max_d=11.011 avg_d=3.894 std_dev=3.825
OP1 B 0, -0.170, 4.480, 9.130, 13.079 max_d=13.079 avg_d=4.480 std_dev=4.650

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.01 0.16 0.16 0.24 0.20
C2 0.02 0.00 0.21 0.26 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.30 0.06 0.40 0.46 0.70 0.54
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.10 0.02 0.05 0.09 0.09 0.11 0.15 0.21 0.07 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.21 0.33 0.24 0.24
C3' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.18 0.00 0.19 0.02 0.22 0.19 0.25 0.24 0.22 0.19 0.11 0.02 0.01 0.02 0.05 0.25 0.12 0.09
C4 0.01 0.01 0.10 0.18 0.00 0.08 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.14 0.03 0.34 0.38 0.57 0.47
C4' 0.00 0.10 0.02 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.10 0.11 0.09 0.13 0.11 0.06 0.16 0.02 0.00 0.01 0.13 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.05 0.19 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.09 0.02 0.38 0.49 0.68 0.56
C5' 0.06 0.20 0.09 0.02 0.18 0.00 0.23 0.00 0.25 0.19 0.23 0.16 0.28 0.23 0.14 0.07 0.12 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.09 0.22 0.01 0.11 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.15 0.03 0.42 0.57 0.78 0.63
C8 0.01 0.01 0.11 0.19 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.17 0.15 0.06 0.26 0.33 0.41 0.40
N1 0.02 0.00 0.15 0.25 0.01 0.11 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.24 0.04 0.43 0.55 0.78 0.62
N3 0.02 0.00 0.21 0.24 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.28 0.06 0.35 0.37 0.59 0.46
N6 0.01 0.01 0.07 0.22 0.01 0.13 0.01 0.28 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.14 0.03 0.44 0.66 0.85 0.69
N7 0.01 0.01 0.07 0.19 0.01 0.11 0.00 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.20 0.13 0.04 0.34 0.47 0.60 0.54
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.12 0.05 0.01 0.25 0.27 0.40 0.35
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.15 0.16 0.19 0.07 0.20 0.17 0.19 0.15 0.22 0.20 0.12 0.00 0.04 0.11 0.13 0.34 0.25 0.19
O3' 0.15 0.30 0.02 0.01 0.14 0.02 0.09 0.12 0.15 0.15 0.24 0.28 0.14 0.13 0.05 0.04 0.00 0.10 0.18 0.46 0.35 0.30
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.11 0.10 0.00 0.07 0.06 0.17 0.14
O5' 0.16 0.40 0.21 0.05 0.34 0.01 0.38 0.01 0.42 0.26 0.43 0.35 0.44 0.34 0.25 0.13 0.18 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.16 0.46 0.33 0.25 0.38 0.13 0.49 0.08 0.57 0.33 0.55 0.37 0.66 0.47 0.27 0.34 0.46 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.70 0.24 0.12 0.57 0.03 0.68 0.02 0.78 0.41 0.78 0.59 0.85 0.60 0.40 0.25 0.35 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.54 0.24 0.09 0.47 0.02 0.56 0.02 0.63 0.40 0.62 0.46 0.69 0.54 0.35 0.19 0.30 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 1.01 0.12 0.46 0.30 0.23 0.17 0.44 0.30 0.69 0.73 1.45 0.82 0.58 0.21 0.20 0.35 0.23 0.96 0.22 1.49 1.47 1.24
C2 0.30 1.64 0.19 0.78 0.46 0.61 0.50 1.24 0.57 1.34 1.21 2.45 1.26 1.23 0.49 0.27 0.60 0.24 1.95 0.59 3.16 2.76 2.58
C2' 0.27 0.81 0.18 0.34 0.26 0.30 0.30 0.42 0.29 0.74 0.58 1.21 0.66 0.68 0.33 0.35 0.24 0.30 0.91 0.31 1.43 1.30 1.16
C3' 0.28 0.48 0.33 0.17 0.28 0.20 0.43 0.25 0.39 0.71 0.40 0.72 0.38 0.69 0.39 0.45 0.09 0.22 0.63 0.47 1.00 0.86 0.79
C4 0.25 1.41 0.17 0.73 0.41 0.53 0.41 1.07 0.48 1.16 1.02 2.09 1.12 1.04 0.42 0.26 0.58 0.20 1.70 0.47 2.63 2.35 2.18
C4' 0.19 0.46 0.18 0.16 0.18 0.32 0.19 0.34 0.20 0.43 0.34 0.67 0.39 0.38 0.20 0.29 0.14 0.29 0.40 0.21 0.68 0.67 0.53
C5 0.27 1.54 0.22 0.85 0.47 0.73 0.56 1.39 0.59 1.35 1.12 2.27 1.22 1.25 0.52 0.28 0.68 0.26 2.02 0.64 3.08 2.71 2.57
C5' 0.24 0.31 0.27 0.13 0.22 0.37 0.25 0.45 0.25 0.32 0.28 0.38 0.31 0.31 0.24 0.37 0.12 0.30 0.25 0.26 0.46 0.37 0.32
C6 0.31 1.72 0.24 0.90 0.53 0.85 0.67 1.60 0.71 1.52 1.27 2.57 1.33 1.45 0.59 0.28 0.72 0.31 2.27 0.79 3.61 3.10 2.97
C8 0.18 1.15 0.18 0.74 0.37 0.54 0.38 0.99 0.41 0.99 0.81 1.66 0.96 0.88 0.36 0.27 0.60 0.20 1.49 0.41 2.10 1.97 1.81
N1 0.32 1.75 0.22 0.86 0.51 0.76 0.62 1.50 0.68 1.49 1.30 2.62 1.33 1.41 0.57 0.28 0.68 0.28 2.20 0.74 3.56 3.07 2.91
N3 0.27 1.48 0.16 0.70 0.41 0.48 0.39 1.02 0.48 1.17 1.08 2.19 1.15 1.05 0.42 0.26 0.54 0.22 1.69 0.45 2.70 2.40 2.21
N6 0.32 1.83 0.28 0.97 0.59 1.01 0.82 1.87 0.85 1.67 1.38 2.74 1.39 1.65 0.67 0.29 0.79 0.40 2.51 0.98 4.05 3.45 3.34
N7 0.24 1.39 0.23 0.89 0.47 0.79 0.56 1.41 0.57 1.29 1.00 2.02 1.14 1.19 0.50 0.29 0.71 0.29 1.96 0.63 2.80 2.52 2.40
N9 0.20 1.19 0.15 0.64 0.35 0.39 0.30 0.80 0.37 0.94 0.85 1.72 0.96 0.82 0.32 0.25 0.50 0.18 1.37 0.34 2.04 1.91 1.71
O2' 0.19 0.84 0.12 0.27 0.24 0.21 0.17 0.24 0.24 0.62 0.61 1.25 0.68 0.55 0.22 0.24 0.17 0.24 0.73 0.20 1.23 1.19 0.98
O3' 0.30 0.40 0.41 0.17 0.34 0.23 0.48 0.26 0.46 0.67 0.41 0.56 0.35 0.68 0.41 0.46 0.19 0.24 0.42 0.54 0.74 0.58 0.54
O4' 0.16 0.77 0.14 0.34 0.26 0.25 0.15 0.26 0.26 0.50 0.57 1.09 0.64 0.40 0.16 0.20 0.32 0.28 0.60 0.21 0.94 1.04 0.79
O5' 0.31 0.37 0.43 0.13 0.36 0.19 0.46 0.15 0.46 0.52 0.42 0.39 0.37 0.54 0.38 0.58 0.02 0.24 0.47 0.51 0.56 0.54 0.48
OP1 0.37 0.52 0.12 0.10 0.20 0.27 0.23 0.36 0.34 0.34 0.46 0.71 0.50 0.31 0.20 0.20 0.03 0.46 0.32 0.37 0.43 0.46 0.32
OP2 0.24 0.68 0.57 0.05 0.68 0.43 0.87 0.49 0.94 0.78 0.84 0.61 0.60 0.92 0.59 0.64 0.03 0.20 0.87 1.03 0.89 0.74 0.84
P 0.12 0.45 0.30 0.02 0.31 0.21 0.39 0.15 0.46 0.29 0.48 0.51 0.44 0.38 0.18 0.37 0.01 0.24 0.40 0.51 0.27 0.40 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.03 0.01 0.04 0.04 0.12 0.02 0.01 0.02 0.33 0.00 0.25 0.03 0.39 0.50 0.31
C2 0.04 0.00 0.26 0.55 0.02 0.78 0.02 1.38 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.53 0.48 0.67 1.62 0.01 1.69 2.12 1.81
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.13 0.01 0.09 0.23 0.13 0.13 0.20 0.31 0.31 0.09 0.04 0.00 0.05 0.01 0.19 0.11 0.23 0.59 0.23
C3' 0.02 0.55 0.00 0.00 0.24 0.00 0.19 0.03 0.24 0.40 0.40 0.71 0.60 0.34 0.14 0.02 0.01 0.03 0.23 0.23 0.14 0.34 0.11
C4 0.02 0.02 0.13 0.24 0.00 0.32 0.01 0.58 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.01 0.01 0.28 0.22 0.34 0.64 0.01 0.49 0.69 0.52
C4' 0.01 0.78 0.01 0.00 0.32 0.00 0.11 0.01 0.26 0.46 0.56 1.01 0.80 0.32 0.06 0.26 0.04 0.00 0.02 0.17 0.32 0.36 0.16
C5 0.02 0.02 0.09 0.19 0.01 0.11 0.00 0.32 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.25 0.16 0.13 0.52 0.01 0.45 0.54 0.42
C5' 0.11 1.38 0.23 0.03 0.58 0.01 0.32 0.00 0.54 0.75 1.03 1.82 1.31 0.57 0.21 0.05 0.22 0.01 0.01 0.42 0.35 0.38 0.02
C6 0.03 0.01 0.13 0.24 0.01 0.26 0.01 0.54 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.21 0.26 0.66 0.01 0.53 0.75 0.57
C8 0.01 0.02 0.13 0.40 0.00 0.46 0.00 0.75 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.00 0.01 0.32 0.31 0.38 1.16 0.01 1.36 1.45 1.35
N1 0.04 0.00 0.20 0.40 0.02 0.56 0.01 1.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.43 0.36 0.50 1.18 0.00 1.20 1.58 1.29
N2 0.04 0.01 0.31 0.71 0.02 1.01 0.02 1.82 0.02 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.02 0.66 0.63 0.82 2.19 0.02 2.51 3.08 2.62
N3 0.12 0.01 0.31 0.60 0.12 0.80 0.07 1.31 0.01 0.10 0.02 0.05 0.00 0.08 0.12 0.48 0.52 0.72 1.47 0.01 1.40 1.71 1.50
N7 0.02 0.02 0.09 0.34 0.01 0.32 0.00 0.57 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.00 0.02 0.29 0.25 0.22 0.98 0.01 1.20 1.27 1.16
N9 0.01 0.02 0.04 0.14 0.01 0.06 0.01 0.21 0.02 0.01 0.02 0.02 0.12 0.02 0.00 0.15 0.20 0.02 0.46 0.02 0.53 0.59 0.47
O2' 0.02 0.53 0.00 0.02 0.28 0.26 0.25 0.05 0.31 0.32 0.43 0.66 0.48 0.29 0.15 0.00 0.07 0.17 0.06 0.31 0.32 0.59 0.24
O3' 0.33 0.48 0.05 0.01 0.22 0.04 0.16 0.22 0.21 0.31 0.36 0.63 0.52 0.25 0.20 0.07 0.00 0.25 0.21 0.19 0.40 0.20 0.19
O4' 0.00 0.67 0.01 0.03 0.34 0.00 0.13 0.01 0.26 0.38 0.50 0.82 0.72 0.22 0.02 0.17 0.25 0.00 0.36 0.18 0.55 0.54 0.45
O5' 0.25 1.62 0.19 0.23 0.64 0.02 0.52 0.01 0.66 1.16 1.18 2.19 1.47 0.98 0.46 0.06 0.21 0.36 0.00 0.59 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.11 0.23 0.01 0.17 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.31 0.19 0.18 0.59 0.00 0.49 0.65 0.50
OP1 0.39 1.69 0.23 0.14 0.49 0.32 0.45 0.35 0.53 1.36 1.20 2.51 1.40 1.20 0.53 0.32 0.40 0.55 0.02 0.49 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 2.12 0.59 0.34 0.69 0.36 0.54 0.38 0.75 1.45 1.58 3.08 1.71 1.27 0.59 0.59 0.20 0.54 0.02 0.65 0.01 0.00 0.01
P 0.31 1.81 0.23 0.11 0.52 0.16 0.42 0.02 0.57 1.35 1.29 2.62 1.50 1.16 0.47 0.24 0.19 0.45 0.01 0.50 0.01 0.01 0.00