ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52333

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 4, 2, 1, 4, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.014 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.002, 0.016, 0.030, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.002, 0.016, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.004, 0.027, 0.051, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.005, 0.032, 0.060, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.032 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.004, 0.039, 0.073, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.039 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.072, 0.133, 0.194, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.133 std_dev=0.061
C2' A 0, 0.079, 0.147, 0.215, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.147 std_dev=0.068
C4' A 0, 0.106, 0.196, 0.285, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.196 std_dev=0.089
O2' A 0, 0.105, 0.197, 0.289, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.197 std_dev=0.092
C3' A 0, 0.126, 0.225, 0.324, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.225 std_dev=0.099
O3' A 0, 0.179, 0.332, 0.484, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.332 std_dev=0.153
C5' A 0, 0.192, 0.347, 0.501, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.347 std_dev=0.155
O5' A 0, 0.193, 0.388, 0.583, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.388 std_dev=0.195
C3' B 0, 0.302, 0.500, 0.698, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.500 std_dev=0.198
O3' B 0, 0.218, 0.421, 0.624, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.421 std_dev=0.203
C2' B 0, 0.297, 0.543, 0.788, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.543 std_dev=0.246
C4' B 0, 0.446, 0.705, 0.964, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.705 std_dev=0.259
O2' B 0, 0.270, 0.548, 0.825, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.548 std_dev=0.278
C5' B 0, 0.501, 0.783, 1.066, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.783 std_dev=0.283
P A 0, 0.220, 0.528, 0.836, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.528 std_dev=0.308
O4' B 0, 0.470, 0.846, 1.223, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.846 std_dev=0.376
C1' B 0, 0.345, 0.785, 1.225, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.785 std_dev=0.440
OP2 A 0, 0.254, 0.726, 1.198, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.726 std_dev=0.472
OP1 A 0, 0.150, 0.720, 1.290, 2.139 max_d=2.139 avg_d=0.720 std_dev=0.570
N9 B 0, 0.282, 0.923, 1.565, 2.932 max_d=2.932 avg_d=0.923 std_dev=0.641
O5' B 0, 0.225, 0.917, 1.608, 3.379 max_d=3.379 avg_d=0.917 std_dev=0.692
C8 B 0, 0.292, 1.031, 1.770, 3.332 max_d=3.332 avg_d=1.031 std_dev=0.739
OP1 B 0, 0.201, 1.033, 1.866, 3.988 max_d=3.988 avg_d=1.033 std_dev=0.832
C4 B 0, 0.168, 1.043, 1.918, 3.971 max_d=3.971 avg_d=1.043 std_dev=0.875
N3 B 0, 0.095, 1.016, 1.937, 4.196 max_d=4.196 avg_d=1.016 std_dev=0.921
P B 0, 0.178, 1.122, 2.067, 4.558 max_d=4.558 avg_d=1.122 std_dev=0.944
N7 B 0, 0.199, 1.227, 2.255, 4.613 max_d=4.613 avg_d=1.227 std_dev=1.028
C5 B 0, 0.125, 1.232, 2.338, 4.964 max_d=4.964 avg_d=1.232 std_dev=1.106
C2 B 0, -0.011, 1.178, 2.367, 5.344 max_d=5.344 avg_d=1.178 std_dev=1.189
N2 B 0, -0.097, 1.188, 2.472, 5.775 max_d=5.775 avg_d=1.188 std_dev=1.284
OP2 B 0, -0.052, 1.290, 2.632, 6.286 max_d=6.286 avg_d=1.290 std_dev=1.342
C6 B 0, 0.011, 1.419, 2.827, 6.273 max_d=6.273 avg_d=1.419 std_dev=1.408
N1 B 0, -0.042, 1.372, 2.786, 6.299 max_d=6.299 avg_d=1.372 std_dev=1.414
O6 B 0, -0.051, 1.621, 3.293, 7.412 max_d=7.412 avg_d=1.621 std_dev=1.672

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.14 0.07 0.05
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.02 0.10 0.15 0.27 0.10
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.12 0.05
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.09 0.08 0.09 0.06 0.07 0.04 0.02 0.01 0.00 0.06 0.07 0.10 0.07
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.09 0.17 0.18 0.08
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.11 0.20 0.20 0.11
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.11 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.10 0.20 0.24 0.11
C8 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.09 0.03 0.15 0.22 0.08 0.13
N1 0.01 0.00 0.08 0.08 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.10 0.17 0.28 0.11
N3 0.02 0.00 0.09 0.09 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.09 0.14 0.22 0.08
N6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.07 0.02 0.11 0.23 0.24 0.13
N7 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.14 0.23 0.14 0.14
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.17 0.11 0.07
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.07 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.05 0.04 0.11 0.05
O3' 0.02 0.13 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.10 0.12 0.07 0.08 0.03 0.06 0.00 0.02 0.09 0.17 0.15 0.12
O4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.08 0.18 0.07 0.09
O5' 0.05 0.10 0.04 0.06 0.09 0.01 0.11 0.01 0.10 0.15 0.10 0.09 0.11 0.14 0.09 0.05 0.09 0.08 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.14 0.15 0.03 0.07 0.17 0.03 0.20 0.03 0.20 0.22 0.17 0.14 0.23 0.23 0.17 0.04 0.17 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.27 0.12 0.10 0.18 0.05 0.20 0.11 0.24 0.08 0.28 0.22 0.24 0.14 0.11 0.11 0.15 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.10 0.05 0.07 0.08 0.02 0.11 0.02 0.11 0.13 0.11 0.08 0.13 0.14 0.07 0.05 0.12 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.25 0.16 0.12 0.20 0.17 0.21 0.19 0.22 0.20 0.22 0.32 0.26 0.24 0.18 0.21 0.13 0.16 0.08 0.26 0.37 0.15 0.10
C2 0.24 0.37 0.20 0.17 0.32 0.17 0.33 0.17 0.34 0.30 0.36 0.41 0.35 0.32 0.28 0.21 0.17 0.20 0.15 0.34 0.20 0.31 0.13
C2' 0.16 0.25 0.15 0.10 0.23 0.12 0.31 0.15 0.35 0.28 0.30 0.27 0.23 0.35 0.21 0.18 0.11 0.11 0.16 0.42 0.46 0.21 0.21
C3' 0.15 0.23 0.15 0.09 0.24 0.10 0.35 0.13 0.39 0.32 0.32 0.22 0.20 0.41 0.22 0.17 0.09 0.09 0.22 0.48 0.55 0.31 0.32
C4 0.21 0.31 0.19 0.15 0.27 0.16 0.26 0.17 0.27 0.25 0.28 0.36 0.31 0.26 0.24 0.19 0.16 0.17 0.14 0.27 0.24 0.28 0.11
C4' 0.12 0.14 0.11 0.08 0.10 0.18 0.19 0.21 0.22 0.19 0.15 0.21 0.16 0.26 0.09 0.21 0.12 0.14 0.11 0.30 0.52 0.16 0.23
C5 0.23 0.33 0.21 0.18 0.29 0.18 0.29 0.19 0.29 0.28 0.30 0.36 0.32 0.29 0.27 0.20 0.19 0.20 0.17 0.28 0.17 0.37 0.17
C5' 0.12 0.13 0.11 0.10 0.10 0.21 0.20 0.24 0.23 0.20 0.16 0.17 0.14 0.27 0.09 0.21 0.15 0.17 0.15 0.31 0.56 0.22 0.29
C6 0.27 0.38 0.23 0.20 0.35 0.21 0.36 0.21 0.37 0.34 0.38 0.40 0.36 0.36 0.32 0.24 0.20 0.24 0.19 0.37 0.14 0.43 0.20
C8 0.19 0.24 0.17 0.15 0.20 0.16 0.19 0.17 0.19 0.20 0.20 0.30 0.26 0.21 0.19 0.19 0.17 0.16 0.14 0.19 0.25 0.28 0.13
N1 0.26 0.39 0.22 0.19 0.35 0.20 0.37 0.19 0.38 0.33 0.39 0.42 0.36 0.36 0.31 0.23 0.19 0.23 0.18 0.39 0.15 0.39 0.17
N3 0.22 0.34 0.19 0.15 0.29 0.16 0.29 0.16 0.30 0.26 0.32 0.39 0.32 0.28 0.25 0.19 0.16 0.18 0.13 0.31 0.25 0.25 0.10
N6 0.30 0.43 0.25 0.23 0.41 0.26 0.45 0.25 0.47 0.40 0.46 0.41 0.39 0.45 0.37 0.30 0.22 0.29 0.23 0.49 0.16 0.53 0.27
N7 0.22 0.28 0.20 0.19 0.26 0.18 0.24 0.19 0.23 0.25 0.25 0.32 0.29 0.25 0.24 0.18 0.21 0.19 0.18 0.22 0.18 0.38 0.18
N9 0.19 0.26 0.17 0.13 0.22 0.15 0.21 0.17 0.22 0.21 0.23 0.32 0.27 0.23 0.20 0.19 0.14 0.16 0.12 0.23 0.29 0.22 0.10
O2' 0.16 0.27 0.15 0.09 0.24 0.14 0.31 0.17 0.36 0.27 0.31 0.31 0.25 0.35 0.20 0.20 0.11 0.12 0.12 0.44 0.49 0.20 0.21
O3' 0.17 0.31 0.17 0.11 0.32 0.09 0.47 0.13 0.53 0.42 0.44 0.26 0.25 0.53 0.29 0.16 0.09 0.11 0.31 0.64 0.67 0.50 0.45
O4' 0.20 0.23 0.17 0.13 0.17 0.22 0.15 0.24 0.15 0.16 0.16 0.31 0.25 0.19 0.15 0.25 0.14 0.21 0.10 0.19 0.40 0.14 0.14
O5' 0.07 0.15 0.10 0.05 0.15 0.04 0.25 0.10 0.28 0.24 0.22 0.15 0.11 0.30 0.13 0.13 0.01 0.03 0.20 0.35 0.51 0.24 0.30
OP1 0.11 0.21 0.05 0.09 0.22 0.15 0.31 0.25 0.33 0.29 0.27 0.19 0.18 0.35 0.19 0.09 0.02 0.16 0.28 0.40 0.59 0.39 0.41
OP2 0.06 0.40 0.11 0.02 0.31 0.13 0.39 0.25 0.47 0.29 0.46 0.41 0.32 0.38 0.20 0.12 0.02 0.08 0.44 0.53 0.65 0.49 0.55
P 0.03 0.20 0.04 0.01 0.17 0.07 0.26 0.11 0.30 0.22 0.26 0.20 0.16 0.29 0.13 0.08 0.01 0.05 0.19 0.36 0.48 0.20 0.29

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.12 0.01 0.10 0.48 0.15
C2 0.03 0.00 0.06 0.10 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.11 0.05 0.22 0.01 0.10 0.36 0.10
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.06 0.09 0.31 0.05
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.14 0.01 0.15 0.13 0.13 0.10 0.09 0.15 0.08 0.02 0.00 0.01 0.21 0.18 0.20 0.15 0.10
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.09 0.02 0.30 0.01 0.06 0.30 0.06
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.10 0.04 0.05 0.03 0.10 0.05 0.06 0.02 0.00 0.01 0.08 0.06 0.39 0.12
C5 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.14 0.01 0.43 0.01 0.07 0.15 0.14
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.13 0.16 0.08 0.02 0.03 0.18 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.16 0.10 0.21 0.03
C6 0.01 0.00 0.05 0.15 0.00 0.06 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.16 0.02 0.41 0.00 0.07 0.14 0.13
C8 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.10 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.13 0.04 0.51 0.02 0.11 0.12 0.22
N1 0.02 0.00 0.05 0.13 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.03 0.32 0.01 0.08 0.25 0.06
N2 0.04 0.00 0.07 0.10 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.12 0.07 0.15 0.01 0.13 0.42 0.16
N3 0.03 0.00 0.06 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.09 0.04 0.19 0.00 0.10 0.40 0.12
N7 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.17 0.03 0.54 0.03 0.13 0.12 0.27
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.32 0.01 0.05 0.31 0.06
O2' 0.03 0.14 0.00 0.02 0.09 0.06 0.06 0.06 0.08 0.03 0.11 0.16 0.13 0.04 0.05 0.00 0.06 0.04 0.04 0.07 0.09 0.43 0.15
O3' 0.03 0.11 0.02 0.00 0.09 0.02 0.14 0.03 0.16 0.13 0.13 0.12 0.09 0.17 0.06 0.06 0.00 0.03 0.13 0.19 0.31 0.09 0.12
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.07 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.03 0.17 0.60 0.24
O5' 0.12 0.22 0.17 0.21 0.30 0.01 0.43 0.01 0.41 0.51 0.32 0.15 0.19 0.54 0.32 0.04 0.13 0.05 0.00 0.47 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.19 0.03 0.47 0.00 0.10 0.10 0.19
OP1 0.10 0.10 0.09 0.20 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08 0.13 0.10 0.13 0.05 0.09 0.31 0.17 0.02 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.36 0.31 0.15 0.30 0.39 0.15 0.21 0.14 0.12 0.25 0.42 0.40 0.12 0.31 0.43 0.09 0.60 0.02 0.10 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.10 0.05 0.10 0.06 0.12 0.14 0.03 0.13 0.22 0.06 0.16 0.12 0.27 0.06 0.15 0.12 0.24 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00