ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52335

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 4, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.024, 0.043, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C5 A 0, 0.028, 0.048, 0.068, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.048 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.020, 0.041, 0.061, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.041 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.036 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.017, 0.045, 0.074, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.045 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.025, 0.055, 0.086, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.055 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.026, 0.057, 0.087, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.057 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.050, 0.089, 0.128, 0.152 max_d=0.152 avg_d=0.089 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.058, 0.100, 0.142, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.100 std_dev=0.042
C8 A 0, 0.046, 0.097, 0.148, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.097 std_dev=0.051
O2' B 0, 0.435, 0.661, 0.886, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.661 std_dev=0.225
C2' A 0, 0.174, 0.407, 0.640, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.407 std_dev=0.233
C2' B 0, 0.345, 0.581, 0.818, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.581 std_dev=0.236
O4' A 0, 0.132, 0.380, 0.629, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.380 std_dev=0.249
O3' B 0, 0.295, 0.554, 0.814, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.554 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.365, 0.663, 0.961, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.663 std_dev=0.298
P A 0, 0.611, 1.027, 1.442, 1.407 max_d=1.407 avg_d=1.027 std_dev=0.415
O5' A 0, 0.464, 0.920, 1.377, 1.554 max_d=1.554 avg_d=0.920 std_dev=0.456
C4' B 0, 0.552, 1.018, 1.485, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.018 std_dev=0.466
C4' A 0, 0.326, 0.797, 1.267, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.797 std_dev=0.470
C5' A 0, 0.429, 0.902, 1.375, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.902 std_dev=0.473
O4' B 0, 0.445, 0.951, 1.456, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.951 std_dev=0.506
C1' B 0, 0.248, 0.764, 1.280, 1.992 max_d=1.992 avg_d=0.764 std_dev=0.516
OP1 A 0, 0.559, 1.093, 1.626, 2.150 max_d=2.150 avg_d=1.093 std_dev=0.533
O5' B 0, 0.769, 1.383, 1.996, 2.026 max_d=2.026 avg_d=1.383 std_dev=0.614
C3' A 0, 0.375, 1.000, 1.625, 1.682 max_d=1.682 avg_d=1.000 std_dev=0.625
C5' B 0, 0.775, 1.404, 2.033, 2.324 max_d=2.324 avg_d=1.404 std_dev=0.629
O2' A 0, 0.343, 1.032, 1.720, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.032 std_dev=0.688
C8 B 0, 0.275, 1.219, 2.163, 3.365 max_d=3.365 avg_d=1.219 std_dev=0.944
N9 B 0, 0.052, 1.012, 1.971, 3.336 max_d=3.336 avg_d=1.012 std_dev=0.959
OP2 A 0, 0.600, 1.560, 2.519, 4.346 max_d=4.346 avg_d=1.560 std_dev=0.960
P B 0, 1.021, 2.154, 3.288, 3.878 max_d=3.878 avg_d=2.154 std_dev=1.134
O3' A 0, 0.660, 1.798, 2.935, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.798 std_dev=1.138
OP1 B 0, 1.191, 2.600, 4.008, 5.142 max_d=5.142 avg_d=2.600 std_dev=1.409
N7 B 0, 0.025, 1.567, 3.109, 5.181 max_d=5.181 avg_d=1.567 std_dev=1.542
C4 B 0, -0.405, 1.267, 2.939, 5.360 max_d=5.360 avg_d=1.267 std_dev=1.672
OP2 B 0, 0.807, 2.555, 4.303, 6.079 max_d=6.079 avg_d=2.555 std_dev=1.748
C5 B 0, -0.353, 1.606, 3.565, 6.328 max_d=6.328 avg_d=1.606 std_dev=1.959
N3 B 0, -0.694, 1.343, 3.381, 6.375 max_d=6.375 avg_d=1.343 std_dev=2.037
C2 B 0, -0.852, 1.788, 4.428, 8.274 max_d=8.274 avg_d=1.788 std_dev=2.640
C6 B 0, -0.600, 2.046, 4.691, 8.448 max_d=8.448 avg_d=2.046 std_dev=2.646
N1 B 0, -0.818, 2.100, 5.018, 9.217 max_d=9.217 avg_d=2.100 std_dev=2.918
O6 B 0, -0.563, 2.451, 5.465, 9.704 max_d=9.704 avg_d=2.451 std_dev=3.014
N2 B 0, -0.934, 2.094, 5.123, 9.547 max_d=9.547 avg_d=2.094 std_dev=3.028

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.03 0.34 0.01 0.20 0.20 0.32 0.19
C2 0.05 0.00 0.26 0.27 0.02 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.29 0.23 0.12 0.22 0.13 0.51 0.21
C2' 0.00 0.26 0.00 0.01 0.15 0.02 0.10 0.23 0.15 0.08 0.22 0.25 0.13 0.05 0.03 0.01 0.04 0.02 0.51 0.43 0.71 0.55
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.29 0.01 0.38 0.04 0.39 0.34 0.35 0.22 0.44 0.40 0.24 0.03 0.01 0.02 0.14 0.16 0.19 0.14
C4 0.02 0.02 0.15 0.29 0.00 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.13 0.06 0.21 0.12 0.44 0.18
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.13 0.16 0.11 0.08 0.15 0.17 0.09 0.32 0.02 0.01 0.03 0.18 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.38 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.11 0.04 0.27 0.17 0.55 0.24
C5' 0.10 0.14 0.23 0.04 0.14 0.01 0.18 0.00 0.18 0.19 0.16 0.13 0.21 0.21 0.13 0.14 0.22 0.03 0.01 0.20 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.39 0.01 0.13 0.01 0.18 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.36 0.14 0.06 0.29 0.21 0.62 0.27
C8 0.02 0.02 0.08 0.34 0.01 0.16 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.26 0.13 0.09 0.24 0.12 0.41 0.18
N1 0.04 0.00 0.22 0.35 0.01 0.11 0.01 0.16 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.34 0.15 0.09 0.26 0.17 0.59 0.25
N3 0.05 0.01 0.25 0.22 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.25 0.27 0.12 0.20 0.12 0.43 0.18
N6 0.02 0.02 0.13 0.44 0.01 0.15 0.01 0.21 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.39 0.19 0.05 0.33 0.28 0.71 0.33
N7 0.02 0.02 0.05 0.40 0.01 0.17 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.18 0.06 0.30 0.20 0.55 0.25
N9 0.01 0.02 0.03 0.24 0.01 0.09 0.01 0.13 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.10 0.02 0.18 0.11 0.36 0.15
O2' 0.03 0.29 0.01 0.03 0.27 0.32 0.33 0.14 0.36 0.26 0.34 0.25 0.39 0.32 0.20 0.00 0.08 0.22 0.39 0.35 0.75 0.47
O3' 0.34 0.23 0.04 0.01 0.13 0.02 0.11 0.22 0.14 0.13 0.15 0.27 0.19 0.18 0.10 0.08 0.00 0.23 0.27 0.39 0.34 0.30
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.09 0.12 0.05 0.06 0.02 0.22 0.23 0.00 0.09 0.27 0.25 0.14
O5' 0.20 0.22 0.51 0.14 0.21 0.03 0.27 0.01 0.29 0.24 0.26 0.20 0.33 0.30 0.18 0.39 0.27 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.20 0.13 0.43 0.16 0.12 0.18 0.17 0.20 0.21 0.12 0.17 0.12 0.28 0.20 0.11 0.35 0.39 0.27 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.51 0.71 0.19 0.44 0.21 0.55 0.27 0.62 0.41 0.59 0.43 0.71 0.55 0.36 0.75 0.34 0.25 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.21 0.55 0.14 0.18 0.04 0.24 0.02 0.27 0.18 0.25 0.18 0.33 0.25 0.15 0.47 0.30 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.45 1.05 0.17 0.23 0.72 0.41 0.66 0.52 0.79 0.38 0.97 1.23 0.94 0.47 0.51 0.36 0.22 0.49 0.42 0.76 0.91 0.57 0.44
C2 0.39 1.55 0.17 0.15 1.02 0.47 1.11 0.57 1.40 0.63 1.60 1.81 1.23 0.87 0.67 0.44 0.13 0.45 0.50 1.46 0.72 0.37 0.36
C2' 0.55 0.78 0.33 0.43 0.63 0.52 0.59 0.53 0.64 0.50 0.73 0.89 0.73 0.52 0.55 0.34 0.48 0.58 0.48 0.63 0.80 0.49 0.39
C3' 0.16 0.32 0.37 0.10 0.20 0.26 0.19 0.32 0.23 0.16 0.28 0.41 0.28 0.19 0.14 0.64 0.09 0.30 0.27 0.24 0.82 0.71 0.42
C4 0.40 1.34 0.16 0.16 0.91 0.45 0.94 0.54 1.15 0.54 1.33 1.54 1.13 0.72 0.61 0.42 0.14 0.43 0.47 1.17 0.74 0.35 0.34
C4' 0.37 0.55 0.19 0.17 0.37 0.41 0.27 0.43 0.31 0.17 0.44 0.68 0.54 0.17 0.29 0.44 0.12 0.53 0.30 0.26 0.91 0.75 0.48
C5 0.36 1.38 0.17 0.16 0.95 0.47 1.02 0.53 1.24 0.60 1.40 1.55 1.14 0.81 0.63 0.45 0.11 0.41 0.47 1.28 0.64 0.31 0.30
C5' 0.40 0.36 0.12 0.22 0.26 0.48 0.15 0.42 0.16 0.11 0.24 0.45 0.39 0.11 0.23 0.30 0.18 0.56 0.23 0.15 0.84 0.78 0.46
C6 0.33 1.53 0.19 0.17 1.02 0.50 1.16 0.54 1.45 0.67 1.61 1.74 1.19 0.94 0.66 0.46 0.11 0.43 0.49 1.53 0.59 0.38 0.32
C8 0.39 1.02 0.16 0.16 0.75 0.41 0.73 0.48 0.86 0.45 0.98 1.13 0.91 0.57 0.53 0.40 0.13 0.37 0.43 0.85 0.70 0.30 0.30
N1 0.36 1.60 0.19 0.16 1.05 0.49 1.19 0.56 1.50 0.68 1.69 1.84 1.23 0.95 0.67 0.46 0.12 0.44 0.50 1.59 0.64 0.38 0.34
N3 0.42 1.43 0.16 0.16 0.95 0.45 0.99 0.56 1.23 0.56 1.43 1.68 1.18 0.76 0.63 0.42 0.15 0.46 0.48 1.26 0.77 0.40 0.37
N6 0.29 1.55 0.23 0.21 1.03 0.52 1.24 0.54 1.56 0.72 1.70 1.71 1.15 1.03 0.65 0.47 0.12 0.44 0.50 1.68 0.50 0.50 0.35
N7 0.34 1.17 0.17 0.17 0.86 0.46 0.90 0.49 1.07 0.55 1.18 1.25 1.01 0.73 0.58 0.44 0.11 0.37 0.45 1.08 0.60 0.28 0.27
N9 0.42 1.14 0.16 0.18 0.79 0.42 0.77 0.51 0.93 0.45 1.09 1.31 1.00 0.58 0.55 0.39 0.17 0.43 0.44 0.92 0.79 0.40 0.36
O2' 0.57 1.00 0.37 0.37 0.75 0.40 0.71 0.45 0.81 0.54 0.94 1.15 0.90 0.59 0.61 0.41 0.39 0.52 0.38 0.79 0.88 0.61 0.41
O3' 0.18 0.34 0.43 0.17 0.22 0.28 0.22 0.32 0.25 0.18 0.29 0.44 0.32 0.22 0.16 0.70 0.17 0.38 0.27 0.27 0.90 0.85 0.52
O4' 0.48 0.94 0.22 0.25 0.65 0.44 0.55 0.52 0.65 0.32 0.82 1.11 0.87 0.37 0.47 0.40 0.19 0.56 0.42 0.59 0.97 0.69 0.51
O5' 0.12 0.24 0.32 0.07 0.22 0.15 0.31 0.18 0.34 0.29 0.29 0.26 0.21 0.36 0.18 0.41 0.02 0.17 0.29 0.40 0.75 0.75 0.44
OP1 0.27 0.58 0.32 0.18 0.54 0.32 0.67 0.25 0.74 0.54 0.69 0.55 0.50 0.67 0.44 0.30 0.03 0.28 0.25 0.81 0.76 0.87 0.53
OP2 0.33 0.58 0.37 0.17 0.52 0.13 0.60 0.31 0.66 0.50 0.64 0.59 0.52 0.60 0.43 0.58 0.03 0.17 0.54 0.72 0.77 0.96 0.68
P 0.12 0.22 0.16 0.02 0.22 0.12 0.34 0.11 0.37 0.31 0.31 0.22 0.17 0.40 0.17 0.23 0.01 0.13 0.35 0.44 0.71 0.77 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.02 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.02 0.24 0.00 0.28 0.03 0.43 0.46 0.23
C2 0.03 0.00 0.29 0.15 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.36 0.21 0.22 0.35 0.02 0.50 0.85 0.45
C2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.15 0.02 0.07 0.18 0.12 0.18 0.22 0.35 0.28 0.12 0.03 0.00 0.04 0.02 0.50 0.10 0.39 0.51 0.39
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.16 0.01 0.21 0.04 0.22 0.22 0.19 0.15 0.13 0.25 0.15 0.02 0.01 0.02 0.29 0.24 0.37 0.21 0.14
C4 0.02 0.01 0.15 0.16 0.00 0.03 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.13 0.12 0.34 0.02 0.47 0.81 0.39
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.06 0.18 0.06 0.15 0.10 0.16 0.07 0.22 0.03 0.01 0.02 0.09 0.42 0.39 0.21
C5 0.02 0.01 0.07 0.21 0.01 0.08 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.08 0.07 0.36 0.02 0.54 0.98 0.45
C5' 0.09 0.18 0.18 0.04 0.16 0.01 0.21 0.00 0.21 0.29 0.18 0.20 0.17 0.29 0.17 0.07 0.20 0.02 0.01 0.24 0.24 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.22 0.01 0.06 0.01 0.21 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.24 0.08 0.10 0.37 0.01 0.58 1.05 0.50
C8 0.03 0.01 0.18 0.22 0.01 0.18 0.01 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.14 0.15 0.34 0.04 0.48 0.86 0.36
N1 0.02 0.01 0.22 0.19 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.12 0.17 0.36 0.02 0.54 0.98 0.49
N2 0.05 0.01 0.35 0.15 0.01 0.15 0.01 0.20 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.49 0.28 0.26 0.35 0.03 0.51 0.82 0.45
N3 0.04 0.00 0.28 0.13 0.00 0.10 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.35 0.23 0.22 0.34 0.02 0.48 0.75 0.40
N7 0.03 0.01 0.12 0.25 0.01 0.16 0.00 0.29 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.36 0.14 0.09 0.37 0.04 0.58 1.02 0.45
N9 0.01 0.02 0.03 0.15 0.01 0.07 0.02 0.17 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.10 0.03 0.31 0.04 0.42 0.70 0.32
O2' 0.02 0.36 0.00 0.02 0.18 0.22 0.24 0.07 0.24 0.38 0.28 0.49 0.35 0.36 0.16 0.00 0.05 0.15 0.48 0.28 0.41 0.52 0.36
O3' 0.24 0.21 0.04 0.01 0.13 0.03 0.08 0.20 0.08 0.14 0.12 0.28 0.23 0.14 0.10 0.05 0.00 0.17 0.32 0.09 0.62 0.53 0.35
O4' 0.00 0.22 0.02 0.02 0.12 0.01 0.07 0.02 0.10 0.15 0.17 0.26 0.22 0.09 0.03 0.15 0.17 0.00 0.10 0.09 0.57 0.39 0.28
O5' 0.28 0.35 0.50 0.29 0.34 0.02 0.36 0.01 0.37 0.34 0.36 0.35 0.34 0.37 0.31 0.48 0.32 0.10 0.00 0.39 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.10 0.24 0.02 0.09 0.02 0.24 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.28 0.09 0.09 0.39 0.00 0.65 1.14 0.54
OP1 0.43 0.50 0.39 0.37 0.47 0.42 0.54 0.24 0.58 0.48 0.54 0.51 0.48 0.58 0.42 0.41 0.62 0.57 0.02 0.65 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.85 0.51 0.21 0.81 0.39 0.98 0.35 1.05 0.86 0.98 0.82 0.75 1.02 0.70 0.52 0.53 0.39 0.02 1.14 0.02 0.00 0.01
P 0.23 0.45 0.39 0.14 0.39 0.21 0.45 0.02 0.50 0.36 0.49 0.45 0.40 0.45 0.32 0.36 0.35 0.28 0.01 0.54 0.01 0.01 0.00