ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52341

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 3, 3, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.017, 0.027, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.013, 0.023, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.027, 0.042, 0.056, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.042 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.029, 0.045, 0.061, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.045 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.018, 0.036, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.042, 0.064, 0.085, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.064 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.035, 0.059, 0.083, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.059 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.049, 0.078, 0.108, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.078 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.191, 0.365, 0.540, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.365 std_dev=0.174
O2' A 0, 0.111, 0.286, 0.460, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.286 std_dev=0.175
O4' A 0, 0.268, 0.458, 0.647, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.458 std_dev=0.190
P A 0, 0.113, 0.356, 0.598, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.356 std_dev=0.243
O2' B 0, 0.120, 0.386, 0.653, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.386 std_dev=0.266
O5' A 0, 0.500, 0.778, 1.056, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.778 std_dev=0.278
OP2 A 0, 0.263, 0.544, 0.826, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.544 std_dev=0.282
C3' A 0, 0.383, 0.677, 0.971, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.677 std_dev=0.294
OP1 A 0, 0.201, 0.498, 0.795, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.498 std_dev=0.297
C4' A 0, 0.432, 0.734, 1.035, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.734 std_dev=0.302
O3' B 0, 0.422, 0.728, 1.034, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.728 std_dev=0.306
C2' B 0, 0.172, 0.500, 0.828, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.500 std_dev=0.328
C3' B 0, 0.351, 0.692, 1.034, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.692 std_dev=0.341
C4' B 0, 0.364, 0.710, 1.057, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.710 std_dev=0.346
C1' B 0, 0.100, 0.472, 0.844, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.472 std_dev=0.372
O4' B 0, 0.231, 0.609, 0.986, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.609 std_dev=0.377
O3' A 0, 0.495, 0.882, 1.270, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.882 std_dev=0.387
N3 B 0, 0.593, 1.008, 1.422, 1.561 max_d=1.561 avg_d=1.008 std_dev=0.414
N9 B 0, 0.265, 0.708, 1.150, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.708 std_dev=0.442
C5' B 0, 0.592, 1.050, 1.508, 1.712 max_d=1.712 avg_d=1.050 std_dev=0.458
C4 B 0, 0.429, 0.894, 1.359, 1.628 max_d=1.628 avg_d=0.894 std_dev=0.465
C2 B 0, 0.853, 1.358, 1.862, 1.865 max_d=1.865 avg_d=1.358 std_dev=0.504
C8 B 0, 0.501, 1.015, 1.528, 1.913 max_d=1.913 avg_d=1.015 std_dev=0.514
C5' A 0, 0.741, 1.263, 1.785, 2.067 max_d=2.067 avg_d=1.263 std_dev=0.522
O5' B 0, 0.530, 1.074, 1.618, 2.004 max_d=2.004 avg_d=1.074 std_dev=0.544
C5 B 0, 0.599, 1.157, 1.715, 2.023 max_d=2.023 avg_d=1.157 std_dev=0.558
N2 B 0, 1.067, 1.640, 2.212, 2.289 max_d=2.289 avg_d=1.640 std_dev=0.572
N7 B 0, 0.634, 1.226, 1.817, 2.208 max_d=2.208 avg_d=1.226 std_dev=0.591
N1 B 0, 0.911, 1.504, 2.097, 2.182 max_d=2.182 avg_d=1.504 std_dev=0.593
C6 B 0, 0.807, 1.432, 2.057, 2.200 max_d=2.200 avg_d=1.432 std_dev=0.625
P B 0, 0.713, 1.377, 2.040, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.377 std_dev=0.663
OP1 B 0, 0.735, 1.412, 2.089, 2.309 max_d=2.309 avg_d=1.412 std_dev=0.677
OP2 B 0, 0.787, 1.478, 2.169, 2.499 max_d=2.499 avg_d=1.478 std_dev=0.691
O6 B 0, 0.954, 1.673, 2.392, 2.593 max_d=2.593 avg_d=1.673 std_dev=0.719

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.09 0.42 0.07 0.12
C2 0.02 0.00 0.10 0.11 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.03 0.11 0.39 0.10 0.14
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.08 0.10 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.39 0.11 0.14
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.07 0.09 0.10 0.06 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.21 0.36 0.16 0.16
C4 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.12 0.40 0.10 0.14
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.06 0.03 0.08 0.02 0.00 0.03 0.29 0.09 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.15 0.36 0.12 0.14
C5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.16 0.14 0.14 0.10 0.18 0.16 0.10 0.08 0.04 0.01 0.02 0.19 0.10 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.06 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.03 0.14 0.34 0.12 0.14
C8 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.08 0.03 0.18 0.40 0.11 0.14
N1 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.03 0.13 0.36 0.11 0.14
N3 0.02 0.00 0.10 0.10 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.12 0.03 0.10 0.41 0.09 0.14
N6 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.18 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.07 0.07 0.04 0.16 0.29 0.13 0.13
N7 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.17 0.34 0.13 0.15
N9 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.13 0.42 0.09 0.14
O2' 0.02 0.13 0.00 0.03 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.03 0.11 0.12 0.07 0.03 0.02 0.00 0.05 0.06 0.10 0.37 0.13 0.11
O3' 0.02 0.13 0.02 0.00 0.07 0.02 0.06 0.04 0.08 0.08 0.11 0.12 0.07 0.08 0.04 0.05 0.00 0.02 0.24 0.32 0.23 0.18
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.12 0.40 0.09 0.13
O5' 0.09 0.11 0.12 0.21 0.12 0.03 0.15 0.02 0.14 0.18 0.13 0.10 0.16 0.17 0.13 0.10 0.24 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.42 0.39 0.39 0.36 0.40 0.29 0.36 0.19 0.34 0.40 0.36 0.41 0.29 0.34 0.42 0.37 0.32 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.10 0.11 0.16 0.10 0.09 0.12 0.10 0.12 0.11 0.11 0.09 0.13 0.13 0.09 0.13 0.23 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.14 0.14 0.16 0.14 0.05 0.14 0.02 0.14 0.14 0.14 0.14 0.13 0.15 0.14 0.11 0.18 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.12 0.15 0.09 0.09 0.08 0.14 0.11 0.16 0.14 0.15 0.17 0.09 0.16 0.11 0.31 0.10 0.11 0.15 0.20 0.23 0.25 0.19
C2 0.23 0.21 0.19 0.15 0.18 0.17 0.18 0.15 0.20 0.18 0.21 0.25 0.20 0.17 0.19 0.26 0.15 0.21 0.14 0.21 0.22 0.19 0.16
C2' 0.19 0.14 0.18 0.09 0.11 0.10 0.12 0.09 0.15 0.13 0.16 0.19 0.13 0.13 0.14 0.34 0.09 0.14 0.11 0.18 0.17 0.19 0.14
C3' 0.16 0.14 0.18 0.08 0.11 0.09 0.16 0.09 0.20 0.15 0.19 0.16 0.10 0.17 0.13 0.34 0.07 0.12 0.12 0.24 0.17 0.19 0.14
C4 0.20 0.14 0.16 0.13 0.12 0.13 0.12 0.12 0.14 0.14 0.15 0.19 0.13 0.13 0.15 0.28 0.14 0.17 0.13 0.15 0.22 0.20 0.16
C4' 0.22 0.18 0.23 0.18 0.21 0.18 0.26 0.20 0.28 0.27 0.25 0.18 0.16 0.29 0.23 0.33 0.13 0.20 0.24 0.33 0.24 0.31 0.25
C5 0.20 0.13 0.16 0.14 0.11 0.16 0.10 0.15 0.10 0.13 0.12 0.17 0.12 0.11 0.14 0.25 0.15 0.20 0.13 0.11 0.23 0.18 0.16
C5' 0.33 0.29 0.33 0.30 0.33 0.29 0.38 0.29 0.39 0.38 0.34 0.27 0.29 0.40 0.34 0.37 0.22 0.32 0.31 0.43 0.26 0.36 0.30
C6 0.22 0.15 0.18 0.16 0.13 0.19 0.12 0.18 0.12 0.15 0.15 0.20 0.15 0.13 0.17 0.22 0.16 0.22 0.15 0.13 0.23 0.17 0.17
C8 0.18 0.11 0.15 0.11 0.07 0.12 0.08 0.11 0.10 0.11 0.11 0.15 0.10 0.10 0.11 0.30 0.12 0.15 0.12 0.12 0.23 0.20 0.16
N1 0.23 0.19 0.19 0.16 0.16 0.18 0.15 0.17 0.17 0.17 0.19 0.23 0.18 0.15 0.19 0.23 0.16 0.22 0.14 0.17 0.23 0.17 0.16
N3 0.21 0.19 0.17 0.13 0.16 0.14 0.17 0.12 0.19 0.17 0.20 0.23 0.18 0.17 0.18 0.27 0.14 0.18 0.14 0.21 0.22 0.21 0.16
N6 0.21 0.16 0.17 0.17 0.13 0.20 0.11 0.20 0.11 0.15 0.15 0.21 0.14 0.12 0.16 0.19 0.16 0.24 0.16 0.11 0.25 0.17 0.18
N7 0.20 0.12 0.15 0.14 0.09 0.16 0.08 0.15 0.08 0.13 0.11 0.16 0.11 0.10 0.13 0.26 0.15 0.19 0.14 0.09 0.24 0.19 0.17
N9 0.17 0.11 0.15 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.13 0.16 0.10 0.12 0.11 0.30 0.12 0.14 0.13 0.15 0.22 0.21 0.16
O2' 0.19 0.18 0.18 0.08 0.12 0.09 0.13 0.10 0.16 0.14 0.18 0.24 0.16 0.15 0.14 0.34 0.08 0.14 0.12 0.20 0.17 0.21 0.15
O3' 0.16 0.16 0.21 0.10 0.06 0.10 0.11 0.10 0.19 0.11 0.20 0.20 0.10 0.12 0.09 0.35 0.10 0.12 0.11 0.23 0.15 0.16 0.13
O4' 0.17 0.15 0.17 0.14 0.16 0.13 0.22 0.18 0.24 0.23 0.20 0.16 0.11 0.25 0.17 0.29 0.13 0.14 0.23 0.29 0.28 0.33 0.27
O5' 0.22 0.41 0.21 0.13 0.37 0.10 0.43 0.14 0.47 0.34 0.46 0.41 0.35 0.41 0.31 0.27 0.03 0.16 0.24 0.50 0.25 0.34 0.27
OP1 0.06 0.28 0.11 0.03 0.19 0.12 0.24 0.23 0.30 0.14 0.31 0.32 0.22 0.21 0.12 0.20 0.02 0.08 0.18 0.33 0.20 0.16 0.17
OP2 0.14 0.24 0.12 0.10 0.23 0.15 0.27 0.23 0.28 0.23 0.27 0.24 0.21 0.26 0.20 0.11 0.03 0.17 0.20 0.31 0.25 0.19 0.19
P 0.06 0.23 0.08 0.03 0.18 0.07 0.23 0.14 0.27 0.16 0.26 0.24 0.18 0.21 0.13 0.14 0.01 0.05 0.13 0.30 0.15 0.16 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.08 0.06
C2 0.04 0.00 0.11 0.13 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.15 0.04 0.09 0.03 0.11 0.16 0.10
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.09 0.05 0.10 0.13 0.10 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.10 0.10 0.07
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.11 0.02 0.12 0.07 0.13 0.15 0.11 0.09 0.07 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.12 0.10 0.08
C4 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.11 0.03 0.09 0.01 0.10 0.15 0.10
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.08 0.05 0.05 0.02 0.08 0.02 0.00 0.02 0.07 0.05 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.13 0.02 0.11 0.02 0.14 0.18 0.13
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.08 0.06 0.06 0.05 0.09 0.04 0.07 0.03 0.02 0.01 0.10 0.04 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.12 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.03 0.12 0.00 0.16 0.20 0.14
C8 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.10 0.03 0.12 0.14 0.11
N1 0.04 0.01 0.10 0.13 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.14 0.16 0.04 0.10 0.03 0.14 0.19 0.12
N2 0.05 0.00 0.13 0.15 0.01 0.08 0.01 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.17 0.17 0.05 0.09 0.05 0.11 0.16 0.10
N3 0.04 0.00 0.10 0.11 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.13 0.12 0.05 0.08 0.01 0.09 0.14 0.09
N7 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.03 0.12 0.04 0.15 0.19 0.14
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.08 0.02 0.08 0.12 0.08
O2' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.08 0.08 0.09 0.07 0.12 0.04 0.14 0.17 0.13 0.06 0.04 0.00 0.06 0.06 0.05 0.12 0.09 0.07 0.05
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.16 0.09 0.16 0.17 0.12 0.12 0.07 0.06 0.00 0.02 0.08 0.18 0.16 0.12 0.10
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.03 0.06 0.08 0.08
O5' 0.05 0.09 0.06 0.07 0.09 0.02 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.09 0.08 0.12 0.08 0.05 0.08 0.06 0.00 0.15 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.03 0.09 0.14 0.01 0.07 0.02 0.10 0.00 0.03 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.12 0.18 0.03 0.15 0.00 0.20 0.24 0.18
OP1 0.05 0.11 0.10 0.12 0.10 0.05 0.14 0.04 0.16 0.12 0.14 0.11 0.09 0.15 0.08 0.09 0.16 0.06 0.02 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.16 0.10 0.10 0.15 0.03 0.18 0.02 0.20 0.14 0.19 0.16 0.14 0.19 0.12 0.07 0.12 0.08 0.02 0.24 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.07 0.08 0.10 0.02 0.13 0.02 0.14 0.11 0.12 0.10 0.09 0.14 0.08 0.05 0.10 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00