ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52342

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 3, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.009, 0.017, 0.025, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.012, 0.022, 0.032, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.011, 0.025, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.133, 0.209, 0.285, 0.283 max_d=0.283 avg_d=0.209 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.156, 0.247, 0.339, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.247 std_dev=0.091
C4' A 0, 0.217, 0.345, 0.472, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.345 std_dev=0.128
O2' A 0, 0.151, 0.289, 0.427, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.289 std_dev=0.138
C3' A 0, 0.245, 0.386, 0.527, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.386 std_dev=0.141
OP2 A 0, 0.374, 0.570, 0.767, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.570 std_dev=0.197
C5' A 0, 0.360, 0.565, 0.770, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.565 std_dev=0.205
O5' A 0, 0.373, 0.586, 0.799, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.586 std_dev=0.213
O3' B 0, 0.396, 0.611, 0.827, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.611 std_dev=0.216
O3' A 0, 0.361, 0.578, 0.795, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.578 std_dev=0.217
P A 0, 0.414, 0.635, 0.855, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.635 std_dev=0.221
C3' B 0, 0.450, 0.699, 0.947, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.699 std_dev=0.249
C4' B 0, 0.452, 0.703, 0.954, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.703 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.454, 0.711, 0.968, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.711 std_dev=0.257
C1' B 0, 0.438, 0.712, 0.986, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.712 std_dev=0.274
C2' B 0, 0.479, 0.761, 1.044, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.761 std_dev=0.282
OP1 A 0, 0.510, 0.796, 1.082, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.796 std_dev=0.286
C5' B 0, 0.520, 0.809, 1.099, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.809 std_dev=0.290
O2' B 0, 0.454, 0.760, 1.066, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.760 std_dev=0.306
N9 B 0, 0.462, 0.778, 1.093, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.778 std_dev=0.316
N3 B 0, 0.387, 0.709, 1.031, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.709 std_dev=0.322
C4 B 0, 0.431, 0.764, 1.097, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.764 std_dev=0.333
N2 B 0, 0.344, 0.687, 1.031, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.687 std_dev=0.344
C8 B 0, 0.519, 0.868, 1.217, 1.317 max_d=1.317 avg_d=0.868 std_dev=0.349
C2 B 0, 0.362, 0.713, 1.065, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.713 std_dev=0.352
C5 B 0, 0.456, 0.827, 1.197, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.827 std_dev=0.371
N7 B 0, 0.514, 0.889, 1.264, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.889 std_dev=0.375
N1 B 0, 0.386, 0.780, 1.175, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.780 std_dev=0.395
O5' B 0, 0.487, 0.888, 1.289, 1.777 max_d=1.777 avg_d=0.888 std_dev=0.401
C6 B 0, 0.434, 0.840, 1.246, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.840 std_dev=0.406
O6 B 0, 0.468, 0.918, 1.369, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.918 std_dev=0.451
P B 0, 0.435, 1.102, 1.769, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.102 std_dev=0.667
OP1 B 0, 0.530, 1.258, 1.985, 3.229 max_d=3.229 avg_d=1.258 std_dev=0.727
OP2 B 0, 0.247, 1.209, 2.170, 4.021 max_d=4.021 avg_d=1.209 std_dev=0.961

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.05 0.03
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.07 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.05 0.03 0.06 0.07 0.04 0.06 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.04 0.05 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.01 0.07 0.06 0.05 0.05
C8 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.09 0.06 0.05 0.05
N1 0.02 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.01 0.06 0.05 0.06 0.05
N3 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.06 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04
N6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02 0.08 0.06 0.06 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.09 0.07 0.05 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04
O2' 0.01 0.12 0.00 0.03 0.07 0.06 0.06 0.06 0.08 0.01 0.11 0.12 0.08 0.03 0.03 0.00 0.04 0.05 0.03 0.08 0.04 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.07 0.08 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.03 0.07 0.05
O5' 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.09 0.06 0.04 0.08 0.09 0.05 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.04 0.03 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.09 0.10 0.06 0.08 0.10 0.08 0.12 0.08 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.08 0.18 0.06 0.08 0.06 0.08 0.52 0.13 0.27
C2 0.05 0.05 0.11 0.04 0.05 0.08 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.21 0.04 0.07 0.11 0.05 0.38 0.12 0.11
C2' 0.06 0.07 0.08 0.03 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.16 0.04 0.06 0.04 0.06 0.53 0.13 0.26
C3' 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.03 0.06 0.07 0.05 0.03 0.03 0.11 0.03 0.04 0.05 0.05 0.51 0.14 0.26
C4 0.05 0.06 0.10 0.03 0.05 0.08 0.05 0.09 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.20 0.03 0.07 0.09 0.05 0.40 0.08 0.14
C4' 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.10 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.11 0.05 0.05 0.05 0.06 0.56 0.22 0.32
C5 0.05 0.06 0.11 0.04 0.05 0.08 0.05 0.07 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.21 0.06 0.08 0.12 0.05 0.33 0.16 0.08
C5' 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.04 0.04 0.08 0.04 0.05 0.06 0.05 0.52 0.19 0.29
C6 0.06 0.06 0.13 0.06 0.06 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.06 0.22 0.07 0.08 0.14 0.05 0.29 0.23 0.06
C8 0.05 0.08 0.09 0.02 0.07 0.08 0.06 0.09 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.06 0.19 0.03 0.07 0.09 0.07 0.38 0.07 0.13
N1 0.06 0.06 0.12 0.05 0.06 0.08 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.21 0.06 0.08 0.13 0.06 0.32 0.20 0.07
N3 0.05 0.06 0.10 0.03 0.05 0.08 0.05 0.09 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.20 0.04 0.07 0.09 0.05 0.42 0.06 0.15
N6 0.07 0.09 0.14 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.08 0.11 0.08 0.07 0.07 0.23 0.09 0.09 0.16 0.07 0.23 0.31 0.08
N7 0.05 0.07 0.11 0.05 0.06 0.08 0.05 0.07 0.06 0.05 0.07 0.09 0.07 0.05 0.05 0.21 0.07 0.08 0.12 0.06 0.31 0.17 0.07
N9 0.06 0.07 0.09 0.03 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.06 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.19 0.03 0.07 0.07 0.06 0.44 0.04 0.18
O2' 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.11 0.07 0.15 0.07 0.06 0.08 0.10 0.08 0.06 0.06 0.14 0.05 0.08 0.09 0.07 0.56 0.21 0.32
O3' 0.04 0.07 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.04 0.09 0.03 0.04 0.06 0.07 0.53 0.18 0.28
O4' 0.10 0.10 0.11 0.08 0.10 0.11 0.10 0.14 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10 0.10 0.18 0.09 0.08 0.07 0.10 0.55 0.20 0.31
O5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.02 0.06 0.07 0.05 0.03 0.02 0.08 0.01 0.03 0.09 0.06 0.40 0.04 0.16
OP1 0.06 0.09 0.09 0.04 0.08 0.04 0.09 0.06 0.10 0.07 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07 0.14 0.01 0.03 0.14 0.10 0.27 0.06 0.07
OP2 0.10 0.15 0.08 0.04 0.13 0.03 0.13 0.07 0.14 0.10 0.15 0.15 0.14 0.11 0.11 0.13 0.01 0.06 0.19 0.15 0.17 0.25 0.07
P 0.05 0.09 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.08 0.05 0.09 0.09 0.08 0.06 0.06 0.09 0.00 0.02 0.14 0.09 0.27 0.10 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.16 0.01 0.06 0.33 0.14
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.05 0.14 0.00 0.07 0.44 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.32 0.03 0.13 0.49 0.30
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.02 0.09 0.21 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.16 0.00 0.09 0.49 0.23
C4' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.25 0.04 0.10
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.18 0.00 0.19 0.61 0.32
C5' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.06 0.09 0.04 0.05 0.03 0.09 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.05 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.03 0.17 0.00 0.18 0.61 0.31
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.03 0.22 0.01 0.26 0.64 0.39
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.15 0.00 0.10 0.53 0.23
N2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.06 0.12 0.01 0.11 0.38 0.11
N3 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.05 0.14 0.00 0.07 0.40 0.14
N7 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.03 0.20 0.01 0.29 0.70 0.41
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.19 0.01 0.11 0.49 0.25
O2' 0.02 0.07 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.09 0.04 0.00 0.03 0.01 0.34 0.09 0.15 0.57 0.33
O3' 0.03 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03 0.07 0.08 0.06 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.11 0.07 0.29 0.08 0.07
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.18 0.10 0.05
O5' 0.16 0.14 0.32 0.20 0.16 0.01 0.18 0.01 0.17 0.22 0.15 0.12 0.14 0.20 0.19 0.34 0.11 0.03 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.17 0.00 0.24 0.67 0.36
OP1 0.06 0.07 0.13 0.09 0.09 0.25 0.19 0.05 0.18 0.26 0.10 0.11 0.07 0.29 0.11 0.15 0.29 0.18 0.01 0.24 0.00 0.01 0.00
OP2 0.33 0.44 0.49 0.21 0.49 0.04 0.61 0.08 0.61 0.64 0.53 0.38 0.40 0.70 0.49 0.57 0.08 0.10 0.01 0.67 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.16 0.30 0.09 0.23 0.10 0.32 0.01 0.31 0.39 0.23 0.11 0.14 0.41 0.25 0.33 0.07 0.05 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00