ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52344

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N6 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.009
O2' A 0, 0.062, 0.159, 0.255, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.159 std_dev=0.096
P A 0, 0.139, 0.241, 0.342, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.241 std_dev=0.102
C2' A 0, -0.021, 0.099, 0.218, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.099 std_dev=0.120
O4' A 0, -0.018, 0.105, 0.229, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.105 std_dev=0.124
C1' B 0, 0.189, 0.321, 0.453, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.321 std_dev=0.132
O4' B 0, 0.184, 0.318, 0.452, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.318 std_dev=0.134
C3' B 0, 0.151, 0.289, 0.428, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.289 std_dev=0.139
O3' B 0, 0.113, 0.256, 0.398, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.256 std_dev=0.142
C2' B 0, 0.197, 0.343, 0.490, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.343 std_dev=0.147
N9 B 0, 0.211, 0.367, 0.522, 0.515 max_d=0.515 avg_d=0.367 std_dev=0.155
O5' A 0, 0.085, 0.245, 0.404, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.245 std_dev=0.159
C4' B 0, 0.150, 0.313, 0.476, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.313 std_dev=0.163
O2' B 0, 0.192, 0.358, 0.525, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.358 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.200, 0.374, 0.549, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.374 std_dev=0.174
OP2 A 0, 0.181, 0.359, 0.536, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.359 std_dev=0.178
C8 B 0, 0.235, 0.420, 0.604, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.420 std_dev=0.184
N3 B 0, 0.159, 0.346, 0.533, 0.544 max_d=0.544 avg_d=0.346 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.224, 0.426, 0.627, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.426 std_dev=0.201
C3' A 0, -0.004, 0.199, 0.403, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.199 std_dev=0.204
N7 B 0, 0.252, 0.458, 0.664, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.458 std_dev=0.206
OP1 A 0, 0.146, 0.353, 0.560, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.353 std_dev=0.207
C2 B 0, 0.152, 0.366, 0.580, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.366 std_dev=0.214
N2 B 0, 0.144, 0.368, 0.591, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.368 std_dev=0.224
O3' A 0, 0.046, 0.270, 0.494, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.270 std_dev=0.224
C6 B 0, 0.219, 0.447, 0.676, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.447 std_dev=0.229
N1 B 0, 0.180, 0.410, 0.640, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.410 std_dev=0.230
C4' A 0, -0.034, 0.211, 0.456, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.211 std_dev=0.245
O5' B 0, 0.205, 0.452, 0.698, 0.821 max_d=0.821 avg_d=0.452 std_dev=0.246
O6 B 0, 0.250, 0.503, 0.756, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.503 std_dev=0.253
P B 0, 0.225, 0.533, 0.841, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.533 std_dev=0.308
C5' B 0, 0.071, 0.473, 0.874, 1.442 max_d=1.442 avg_d=0.473 std_dev=0.402
C5' A 0, -0.125, 0.361, 0.848, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.361 std_dev=0.486
OP1 B 0, -0.006, 0.689, 1.384, 2.433 max_d=2.433 avg_d=0.689 std_dev=0.695
OP2 B 0, 0.004, 0.820, 1.635, 2.844 max_d=2.844 avg_d=0.820 std_dev=0.816

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.21 0.07
C2 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.12 0.01 0.19 0.05 0.21 0.05
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.21 0.14 0.10
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.07 0.10 0.11 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.28 0.30 0.10 0.17
C4 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.19 0.05 0.21 0.04
C4' 0.00 0.09 0.02 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.10 0.08 0.10 0.07 0.11 0.09 0.06 0.09 0.01 0.00 0.01 0.17 0.25 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.20 0.06 0.19 0.06
C5' 0.06 0.24 0.03 0.01 0.22 0.00 0.27 0.00 0.29 0.22 0.28 0.21 0.31 0.27 0.18 0.07 0.06 0.01 0.01 0.24 0.34 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.10 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.21 0.08 0.18 0.07
C8 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.19 0.04 0.20 0.04
N1 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.09 0.01 0.21 0.06 0.20 0.06
N3 0.01 0.00 0.10 0.11 0.00 0.07 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.11 0.00 0.18 0.06 0.21 0.05
N6 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.11 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.22 0.12 0.16 0.08
N7 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.09 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.21 0.08 0.18 0.07
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.17 0.06 0.21 0.04
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.07 0.05 0.03 0.07 0.09 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.16 0.22 0.14 0.09
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.06 0.05 0.08 0.09 0.11 0.04 0.07 0.02 0.03 0.00 0.03 0.25 0.34 0.10 0.19
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.15 0.22 0.10
O5' 0.12 0.19 0.22 0.28 0.19 0.01 0.20 0.01 0.21 0.19 0.21 0.18 0.22 0.21 0.17 0.16 0.25 0.05 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.12 0.05 0.21 0.30 0.05 0.17 0.06 0.24 0.08 0.04 0.06 0.06 0.12 0.08 0.06 0.22 0.34 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.21 0.14 0.10 0.21 0.25 0.19 0.34 0.18 0.20 0.20 0.21 0.16 0.18 0.21 0.14 0.10 0.22 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.05 0.10 0.17 0.04 0.04 0.06 0.01 0.07 0.04 0.06 0.05 0.08 0.07 0.04 0.09 0.19 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.14 0.10 0.15 0.15 0.11 0.21 0.11 0.34 0.10 0.14 0.10 0.11 0.11 0.13 0.13 0.18 0.14 0.12 0.13 0.11 0.23 0.21 0.12
C2 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.15 0.08 0.21 0.07 0.09 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.12 0.07 0.12 0.16 0.08 0.26 0.08 0.09
C2' 0.13 0.09 0.16 0.18 0.11 0.25 0.11 0.41 0.10 0.13 0.09 0.09 0.10 0.12 0.12 0.17 0.14 0.11 0.14 0.10 0.14 0.22 0.07
C3' 0.18 0.14 0.21 0.26 0.16 0.33 0.16 0.51 0.15 0.17 0.14 0.13 0.15 0.17 0.17 0.18 0.19 0.13 0.20 0.15 0.12 0.18 0.10
C4 0.10 0.07 0.10 0.09 0.08 0.15 0.08 0.20 0.07 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.14 0.07 0.12 0.12 0.08 0.21 0.07 0.07
C4' 0.15 0.12 0.17 0.21 0.14 0.33 0.14 0.53 0.13 0.16 0.12 0.10 0.12 0.15 0.15 0.14 0.13 0.14 0.19 0.13 0.14 0.20 0.10
C5 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.11 0.08 0.12 0.07 0.10 0.06 0.06 0.07 0.09 0.09 0.13 0.07 0.14 0.11 0.07 0.15 0.08 0.06
C5' 0.16 0.08 0.19 0.29 0.12 0.41 0.15 0.63 0.13 0.20 0.09 0.08 0.08 0.19 0.16 0.09 0.13 0.19 0.33 0.14 0.51 0.20 0.35
C6 0.10 0.06 0.08 0.06 0.07 0.10 0.07 0.10 0.07 0.09 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.12 0.07 0.14 0.12 0.07 0.16 0.12 0.07
C8 0.12 0.08 0.11 0.08 0.10 0.12 0.10 0.15 0.09 0.12 0.08 0.07 0.09 0.11 0.11 0.16 0.07 0.14 0.08 0.10 0.11 0.05 0.06
N1 0.09 0.07 0.07 0.07 0.07 0.12 0.07 0.14 0.07 0.09 0.07 0.09 0.06 0.08 0.08 0.11 0.06 0.13 0.14 0.07 0.22 0.09 0.07
N3 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.17 0.08 0.25 0.08 0.10 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.13 0.08 0.12 0.15 0.08 0.27 0.11 0.10
N6 0.12 0.08 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.06 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.16 0.12 0.08 0.13 0.19 0.09
N7 0.12 0.08 0.10 0.07 0.10 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.08 0.07 0.09 0.10 0.11 0.14 0.08 0.16 0.09 0.08 0.11 0.11 0.08
N9 0.12 0.08 0.12 0.11 0.09 0.16 0.10 0.23 0.09 0.12 0.08 0.08 0.09 0.11 0.11 0.16 0.09 0.12 0.11 0.09 0.18 0.10 0.07
O2' 0.15 0.11 0.17 0.19 0.13 0.27 0.13 0.46 0.12 0.15 0.11 0.11 0.12 0.14 0.14 0.17 0.15 0.14 0.17 0.13 0.24 0.32 0.13
O3' 0.17 0.14 0.21 0.25 0.15 0.31 0.15 0.52 0.14 0.17 0.14 0.13 0.14 0.16 0.16 0.18 0.18 0.12 0.16 0.14 0.13 0.28 0.07
O4' 0.17 0.16 0.18 0.19 0.16 0.28 0.15 0.42 0.15 0.15 0.16 0.17 0.17 0.15 0.16 0.19 0.17 0.12 0.14 0.14 0.13 0.20 0.07
O5' 0.03 0.10 0.04 0.04 0.05 0.06 0.04 0.13 0.05 0.06 0.08 0.13 0.08 0.05 0.03 0.10 0.01 0.08 0.23 0.05 0.05 0.42 0.21
OP1 0.08 0.12 0.09 0.03 0.11 0.07 0.10 0.14 0.10 0.08 0.11 0.13 0.12 0.09 0.09 0.18 0.01 0.05 0.14 0.10 0.54 0.19 0.19
OP2 0.10 0.09 0.12 0.05 0.11 0.03 0.12 0.05 0.12 0.12 0.10 0.09 0.10 0.13 0.11 0.19 0.02 0.14 0.04 0.13 0.28 0.16 0.14
P 0.05 0.04 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.09 0.05 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.11 0.00 0.09 0.11 0.05 0.24 0.13 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.21 0.02 0.15 0.49 0.24
C2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.25 0.00 0.15 0.69 0.28
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.13 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.03 0.33 0.48 0.28
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.19 0.12 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.23 0.01 0.16 0.70 0.29
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.10 0.15 0.06 0.04 0.02 0.15 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.13 0.02 0.05
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.11 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.02 0.23 0.01 0.20 0.80 0.32
C5' 0.13 0.21 0.13 0.01 0.27 0.01 0.35 0.00 0.35 0.40 0.28 0.16 0.18 0.42 0.28 0.11 0.04 0.02 0.01 0.39 0.06 0.02 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.10 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.24 0.00 0.21 0.82 0.32
C8 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.15 0.00 0.40 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.21 0.01 0.22 0.78 0.33
N1 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.03 0.25 0.00 0.18 0.77 0.30
N2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.25 0.01 0.13 0.65 0.26
N3 0.02 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.24 0.01 0.14 0.64 0.27
N7 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.15 0.00 0.42 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.03 0.03 0.21 0.01 0.23 0.85 0.34
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.22 0.01 0.17 0.66 0.29
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.11 0.08 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.05 0.00 0.04 0.01 0.11 0.09 0.41 0.52 0.31
O3' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.09 0.07 0.03 0.03 0.04 0.00 0.09 0.07 0.05 0.10 0.08 0.02
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.09 0.00 0.27 0.04 0.07 0.35 0.17
O5' 0.21 0.25 0.12 0.06 0.23 0.02 0.23 0.01 0.24 0.21 0.25 0.25 0.24 0.21 0.22 0.11 0.07 0.27 0.00 0.23 0.03 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.03 0.05 0.01 0.12 0.01 0.39 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.05 0.04 0.23 0.00 0.23 0.87 0.33
OP1 0.15 0.15 0.33 0.19 0.16 0.13 0.20 0.06 0.21 0.22 0.18 0.13 0.14 0.23 0.17 0.41 0.10 0.07 0.03 0.23 0.00 0.01 0.01
OP2 0.49 0.69 0.48 0.12 0.70 0.02 0.80 0.02 0.82 0.78 0.77 0.65 0.64 0.85 0.66 0.52 0.08 0.35 0.01 0.87 0.01 0.00 0.00
P 0.24 0.28 0.28 0.08 0.29 0.05 0.32 0.01 0.32 0.33 0.30 0.26 0.27 0.34 0.29 0.31 0.02 0.17 0.00 0.33 0.01 0.00 0.00