ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52345

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.001, 0.015, 0.029, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.015 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.001, 0.023, 0.044, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.023 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.002, 0.032, 0.062, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.032 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.001, 0.039, 0.076, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.039 std_dev=0.037
O4' A 0, 0.068, 0.146, 0.223, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.146 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.104, 0.249, 0.394, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.249 std_dev=0.145
C4' A 0, 0.171, 0.340, 0.509, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.340 std_dev=0.169
C3' A 0, 0.166, 0.423, 0.680, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.423 std_dev=0.257
O2' A 0, 0.173, 0.440, 0.707, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.440 std_dev=0.267
OP1 A 0, 0.311, 0.586, 0.861, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.586 std_dev=0.275
C5' A 0, 0.310, 0.593, 0.876, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.593 std_dev=0.283
O2' B 0, 0.366, 0.706, 1.046, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.706 std_dev=0.340
O5' A 0, 0.305, 0.663, 1.021, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.663 std_dev=0.358
C4' B 0, 0.521, 0.953, 1.386, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.953 std_dev=0.433
C2' B 0, 0.325, 0.774, 1.224, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.774 std_dev=0.450
O3' A 0, 0.256, 0.713, 1.169, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.713 std_dev=0.456
P A 0, 0.243, 0.701, 1.159, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.701 std_dev=0.458
C5' B 0, 0.835, 1.457, 2.078, 1.974 max_d=1.974 avg_d=1.457 std_dev=0.622
O4' B 0, 0.681, 1.346, 2.011, 2.517 max_d=2.517 avg_d=1.346 std_dev=0.665
C3' B 0, 0.178, 0.897, 1.617, 2.416 max_d=2.416 avg_d=0.897 std_dev=0.719
C1' B 0, 0.326, 1.223, 2.120, 3.267 max_d=3.267 avg_d=1.223 std_dev=0.897
O5' B 0, 0.883, 1.879, 2.874, 3.201 max_d=3.201 avg_d=1.879 std_dev=0.995
OP2 A 0, -0.110, 0.947, 2.004, 3.665 max_d=3.665 avg_d=0.947 std_dev=1.057
O3' B 0, 0.043, 1.213, 2.383, 4.141 max_d=4.141 avg_d=1.213 std_dev=1.170
P B 0, 1.038, 2.539, 4.041, 4.531 max_d=4.531 avg_d=2.539 std_dev=1.501
N9 B 0, 0.396, 1.999, 3.601, 5.802 max_d=5.802 avg_d=1.999 std_dev=1.603
OP2 B 0, 1.127, 2.763, 4.400, 4.848 max_d=4.848 avg_d=2.763 std_dev=1.637
N3 B 0, 0.199, 2.104, 4.010, 6.781 max_d=6.781 avg_d=2.104 std_dev=1.906
OP1 B 0, 0.849, 2.813, 4.778, 5.808 max_d=5.808 avg_d=2.813 std_dev=1.964
C8 B 0, 0.651, 2.653, 4.655, 7.273 max_d=7.273 avg_d=2.653 std_dev=2.002
C4 B 0, 0.277, 2.353, 4.429, 7.426 max_d=7.426 avg_d=2.353 std_dev=2.076
N2 B 0, 0.443, 2.795, 5.147, 8.494 max_d=8.494 avg_d=2.795 std_dev=2.352
C2 B 0, 0.288, 2.744, 5.200, 8.790 max_d=8.790 avg_d=2.744 std_dev=2.456
N7 B 0, 0.627, 3.329, 6.031, 9.737 max_d=9.737 avg_d=3.329 std_dev=2.702
C5 B 0, 0.417, 3.165, 5.914, 9.856 max_d=9.856 avg_d=3.165 std_dev=2.749
N1 B 0, 0.333, 3.488, 6.643, 11.284 max_d=11.284 avg_d=3.488 std_dev=3.155
C6 B 0, 0.400, 3.765, 7.131, 12.035 max_d=12.035 avg_d=3.765 std_dev=3.365
O6 B 0, 0.495, 4.520, 8.544, 14.385 max_d=14.385 avg_d=4.520 std_dev=4.025

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.17 0.08
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.06 0.01 0.07 0.24 0.50 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.14 0.08 0.04 0.13 0.15 0.08 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.12 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.01 0.07 0.24 0.48 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.02 0.06 0.08 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.14 0.01 0.12 0.28 0.65 0.16
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.03 0.10 0.11 0.05 0.04 0.04 0.01 0.01 0.14 0.25 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.12 0.30 0.71 0.17
C8 0.00 0.00 0.05 0.14 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.16 0.01 0.13 0.26 0.56 0.16
N1 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.09 0.28 0.63 0.14
N3 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.01 0.05 0.22 0.41 0.09
N6 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01 0.14 0.32 0.82 0.20
N7 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.01 0.15 0.30 0.73 0.20
N9 0.00 0.00 0.02 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.07 0.21 0.39 0.11
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.09 0.11 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03 0.02 0.07 0.06 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.01 0.14 0.04 0.14 0.16 0.09 0.05 0.18 0.19 0.08 0.06 0.00 0.01 0.08 0.22 0.27 0.10
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.11 0.11 0.11
O5' 0.02 0.07 0.02 0.04 0.07 0.01 0.12 0.01 0.12 0.13 0.09 0.05 0.14 0.15 0.07 0.02 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.24 0.05 0.08 0.24 0.07 0.28 0.14 0.30 0.26 0.28 0.22 0.32 0.30 0.21 0.07 0.22 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.17 0.50 0.05 0.12 0.48 0.13 0.65 0.25 0.71 0.56 0.63 0.41 0.82 0.73 0.39 0.06 0.27 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.03 0.05 0.12 0.03 0.16 0.02 0.17 0.16 0.14 0.09 0.20 0.20 0.11 0.03 0.10 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.94 1.58 0.20 0.36 1.64 0.77 2.05 1.15 2.16 1.89 1.91 1.40 1.38 2.20 1.50 0.35 0.95 1.07 1.45 2.37 2.17 1.52 1.75
C2 0.99 2.51 0.29 0.25 2.21 0.75 2.85 1.04 3.34 2.13 3.11 2.38 2.02 2.77 1.76 0.34 0.92 1.00 1.41 3.81 2.08 1.25 1.65
C2' 0.89 1.51 0.13 0.43 1.53 0.72 1.91 1.12 2.05 1.72 1.83 1.36 1.31 2.03 1.38 0.32 1.07 1.03 1.41 2.29 2.21 1.63 1.78
C3' 0.78 1.16 0.09 0.55 1.20 0.62 1.46 1.00 1.54 1.35 1.38 1.04 1.03 1.55 1.11 0.26 1.19 0.93 1.18 1.70 1.84 1.48 1.50
C4 1.00 2.18 0.25 0.30 2.05 0.72 2.56 1.01 2.85 2.02 2.62 2.01 1.84 2.53 1.69 0.34 0.99 1.00 1.30 3.12 1.89 1.15 1.50
C4' 0.74 0.98 0.12 0.50 1.07 0.61 1.29 1.05 1.33 1.28 1.17 0.86 0.90 1.41 1.04 0.27 1.05 0.93 1.21 1.45 1.86 1.55 1.54
C5 1.00 2.35 0.29 0.28 2.11 0.64 2.55 0.86 2.88 1.90 2.76 2.20 1.97 2.39 1.67 0.31 1.01 0.91 1.11 3.10 1.56 0.84 1.22
C5' 0.57 0.68 0.18 0.63 0.72 0.45 0.82 0.83 0.84 0.80 0.77 0.63 0.64 0.86 0.71 0.21 1.15 0.75 0.85 0.90 1.20 1.25 1.08
C6 0.98 2.62 0.33 0.23 2.21 0.63 2.72 0.84 3.21 1.93 3.13 2.52 2.12 2.50 1.70 0.29 0.95 0.88 1.11 3.51 1.58 0.79 1.22
C8 0.98 1.73 0.23 0.38 1.72 0.61 1.98 0.84 2.10 1.66 1.97 1.58 1.56 1.93 1.50 0.32 1.13 0.93 1.01 2.20 1.39 0.83 1.09
N1 0.98 2.67 0.31 0.22 2.26 0.69 2.86 0.94 3.41 2.05 3.26 2.57 2.13 2.69 1.74 0.31 0.92 0.93 1.27 3.84 1.84 1.01 1.44
N3 0.99 2.27 0.26 0.28 2.10 0.77 2.70 1.09 3.08 2.12 2.81 2.11 1.87 2.71 1.72 0.35 0.94 1.03 1.45 3.47 2.16 1.36 1.72
N6 0.96 2.74 0.36 0.21 2.19 0.55 2.63 0.72 3.16 1.82 3.20 2.71 2.18 2.36 1.64 0.26 0.92 0.80 0.97 3.43 1.34 0.54 1.01
N7 0.99 2.07 0.29 0.33 1.91 0.55 2.18 0.73 2.40 1.67 2.33 1.93 1.81 2.02 1.55 0.30 1.09 0.85 0.91 2.51 1.24 0.62 0.95
N9 0.98 1.83 0.21 0.34 1.83 0.72 2.23 1.02 2.38 1.91 2.17 1.66 1.60 2.27 1.59 0.34 1.03 1.02 1.28 2.57 1.84 1.18 1.47
O2' 0.89 1.50 0.17 0.41 1.54 0.76 1.98 1.22 2.13 1.81 1.87 1.34 1.29 2.15 1.40 0.33 0.94 1.06 1.58 2.42 2.58 1.94 2.07
O3' 0.72 1.06 0.13 0.58 1.09 0.56 1.33 0.93 1.42 1.24 1.27 0.95 0.94 1.42 1.01 0.24 1.19 0.89 1.11 1.58 1.84 1.59 1.51
O4' 0.87 1.21 0.18 0.41 1.34 0.75 1.63 1.16 1.66 1.63 1.46 1.06 1.10 1.79 1.30 0.33 0.93 1.05 1.39 1.81 2.01 1.50 1.65
O5' 0.52 0.62 0.25 0.78 0.63 0.41 0.68 0.68 0.70 0.64 0.67 0.59 0.59 0.68 0.60 0.23 1.43 0.66 0.64 0.73 0.77 0.85 0.72
OP1 0.50 0.64 0.15 0.61 0.40 0.09 0.28 0.44 0.39 0.08 0.55 0.76 0.60 0.10 0.27 0.38 0.92 0.55 0.34 0.37 0.40 0.77 0.44
OP2 0.30 0.44 0.82 1.12 0.45 0.32 0.57 0.35 0.57 0.66 0.49 0.47 0.38 0.69 0.47 0.57 1.63 0.31 0.26 0.62 0.21 0.38 0.20
P 0.12 0.26 0.57 1.09 0.08 0.41 0.03 0.59 0.06 0.21 0.18 0.36 0.23 0.18 0.07 0.33 1.66 0.26 0.46 0.03 0.15 0.69 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.01 0.40 0.61 0.17
C2 0.01 0.00 0.16 0.20 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.12 0.24 0.05 0.24 0.01 0.61 0.79 0.26
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.05 0.10 0.11 0.19 0.16 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00 0.20 0.03 0.31 0.36 0.14
C3' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.09 0.00 0.03 0.02 0.08 0.14 0.15 0.25 0.19 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.27 0.05 0.22 0.13 0.15
C4 0.00 0.01 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.02 0.23 0.01 0.61 0.77 0.23
C4' 0.00 0.07 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.09 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.13 0.22 0.08
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.28 0.01 0.71 0.80 0.24
C5' 0.02 0.11 0.02 0.02 0.07 0.01 0.06 0.00 0.08 0.07 0.10 0.13 0.10 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.08 0.12 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.30 0.00 0.73 0.80 0.26
C8 0.01 0.00 0.10 0.14 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.16 0.03 0.25 0.01 0.69 0.75 0.19
N1 0.01 0.00 0.11 0.15 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.18 0.03 0.28 0.00 0.68 0.81 0.27
N2 0.02 0.00 0.19 0.25 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.32 0.06 0.22 0.01 0.57 0.79 0.27
N3 0.01 0.00 0.16 0.19 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.22 0.04 0.21 0.01 0.56 0.76 0.24
N7 0.01 0.00 0.07 0.09 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.29 0.01 0.76 0.78 0.23
N9 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.20 0.01 0.57 0.72 0.20
O2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.06 0.08 0.15 0.12 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03 0.21 0.37 0.12
O3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.09 0.01 0.03 0.03 0.08 0.16 0.18 0.32 0.22 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01 0.24 0.05 0.06 0.09 0.16
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.09 0.00 0.31 0.58 0.20
O5' 0.08 0.24 0.20 0.27 0.23 0.01 0.28 0.01 0.30 0.25 0.28 0.22 0.21 0.29 0.20 0.06 0.24 0.09 0.00 0.32 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.32 0.00 0.78 0.79 0.27
OP1 0.40 0.61 0.31 0.22 0.61 0.13 0.71 0.08 0.73 0.69 0.68 0.57 0.56 0.76 0.57 0.21 0.06 0.31 0.01 0.78 0.00 0.01 0.00
OP2 0.61 0.79 0.36 0.13 0.77 0.22 0.80 0.12 0.80 0.75 0.81 0.79 0.76 0.78 0.72 0.37 0.09 0.58 0.02 0.79 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.26 0.14 0.15 0.23 0.08 0.24 0.01 0.26 0.19 0.27 0.27 0.24 0.23 0.20 0.12 0.16 0.20 0.00 0.27 0.00 0.00 0.00