ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52346

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C5 A 0, 0.005, 0.029, 0.054, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.029 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.002, 0.027, 0.051, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.005, 0.034, 0.064, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.034 std_dev=0.029
N9 A 0, 0.005, 0.041, 0.077, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.041 std_dev=0.036
N6 A 0, 0.011, 0.050, 0.088, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.050 std_dev=0.039
N7 A 0, 0.005, 0.057, 0.109, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.057 std_dev=0.052
C8 A 0, 0.006, 0.063, 0.120, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.063 std_dev=0.057
O2' B 0, 0.123, 0.569, 1.014, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.569 std_dev=0.446
C2' B 0, 0.192, 0.818, 1.445, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.818 std_dev=0.627
O4' A 0, -0.078, 0.831, 1.740, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.831 std_dev=0.909
C1' B 0, 0.303, 1.284, 2.264, 2.496 max_d=2.496 avg_d=1.284 std_dev=0.980
C2' A 0, -0.063, 0.975, 2.012, 2.386 max_d=2.386 avg_d=0.975 std_dev=1.037
O2' A 0, 0.111, 1.383, 2.656, 3.207 max_d=3.207 avg_d=1.383 std_dev=1.273
N9 B 0, 0.185, 1.503, 2.822, 4.229 max_d=4.229 avg_d=1.503 std_dev=1.318
C4' A 0, 0.083, 1.409, 2.736, 3.151 max_d=3.151 avg_d=1.409 std_dev=1.327
C3' A 0, 0.037, 1.591, 3.145, 3.697 max_d=3.697 avg_d=1.591 std_dev=1.554
C3' B 0, 0.266, 1.983, 3.700, 4.181 max_d=4.181 avg_d=1.983 std_dev=1.717
C8 B 0, -0.037, 1.689, 3.415, 5.831 max_d=5.831 avg_d=1.689 std_dev=1.726
O4' B 0, 0.349, 2.215, 4.081, 4.453 max_d=4.453 avg_d=2.215 std_dev=1.866
C4 B 0, 0.471, 2.350, 4.229, 5.122 max_d=5.122 avg_d=2.350 std_dev=1.879
N7 B 0, -0.300, 1.859, 4.018, 7.244 max_d=7.244 avg_d=1.859 std_dev=2.159
C5 B 0, 0.358, 2.579, 4.799, 6.856 max_d=6.856 avg_d=2.579 std_dev=2.221
C4' B 0, 0.355, 2.583, 4.812, 5.284 max_d=5.284 avg_d=2.583 std_dev=2.228
C5' A 0, 0.158, 2.413, 4.668, 5.340 max_d=5.340 avg_d=2.413 std_dev=2.255
O3' A 0, 0.103, 2.391, 4.678, 5.517 max_d=5.517 avg_d=2.391 std_dev=2.288
O3' B 0, 0.241, 2.723, 5.204, 6.179 max_d=6.179 avg_d=2.723 std_dev=2.481
N3 B 0, 0.626, 3.113, 5.600, 6.230 max_d=6.230 avg_d=3.113 std_dev=2.487
O5' B 0, 0.536, 3.578, 6.620, 7.079 max_d=7.079 avg_d=3.578 std_dev=3.042
C6 B 0, 0.654, 3.700, 6.746, 8.300 max_d=8.300 avg_d=3.700 std_dev=3.046
O5' A 0, 0.011, 3.139, 6.268, 7.183 max_d=7.183 avg_d=3.139 std_dev=3.128
C5' B 0, 0.501, 3.823, 7.146, 7.745 max_d=7.745 avg_d=3.823 std_dev=3.323
C2 B 0, 0.769, 4.214, 7.658, 8.338 max_d=8.338 avg_d=4.214 std_dev=3.444
O6 B 0, 0.655, 4.100, 7.546, 9.899 max_d=9.899 avg_d=4.100 std_dev=3.446
N1 B 0, 0.829, 4.488, 8.147, 8.557 max_d=8.557 avg_d=4.488 std_dev=3.659
OP2 B 0, 0.717, 4.425, 8.134, 8.924 max_d=8.924 avg_d=4.425 std_dev=3.708
P A 0, 0.027, 4.052, 8.077, 9.335 max_d=9.335 avg_d=4.052 std_dev=4.025
OP1 A 0, 0.268, 4.296, 8.325, 9.436 max_d=9.436 avg_d=4.296 std_dev=4.028
P B 0, 0.651, 4.746, 8.840, 9.320 max_d=9.320 avg_d=4.746 std_dev=4.095
N2 B 0, 0.863, 5.223, 9.583, 10.487 max_d=10.487 avg_d=5.223 std_dev=4.360
OP2 A 0, 0.136, 5.002, 9.868, 11.324 max_d=11.324 avg_d=5.002 std_dev=4.866
OP1 B 0, 0.639, 5.808, 10.977, 11.877 max_d=11.877 avg_d=5.808 std_dev=5.169

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.10 0.30 0.58 0.22
C2 0.04 0.00 0.10 0.52 0.01 0.60 0.01 0.96 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.48 0.44 1.67 1.67 2.76 2.05
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.04 0.08 0.10 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.30 0.35 0.62 0.23
C3' 0.02 0.52 0.01 0.00 0.19 0.00 0.13 0.01 0.17 0.38 0.35 0.52 0.15 0.32 0.13 0.02 0.01 0.02 0.45 0.29 0.57 0.27
C4 0.02 0.01 0.05 0.19 0.00 0.24 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.14 0.22 0.74 0.64 1.55 1.01
C4' 0.02 0.60 0.02 0.00 0.24 0.00 0.12 0.01 0.20 0.45 0.42 0.60 0.15 0.35 0.11 0.08 0.03 0.01 0.01 0.52 0.16 0.21
C5 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.12 0.00 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.14 0.08 0.44 0.62 1.49 0.90
C5' 0.04 0.96 0.02 0.01 0.35 0.01 0.24 0.00 0.34 0.74 0.68 0.89 0.30 0.62 0.20 0.07 0.02 0.02 0.00 0.20 0.10 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.17 0.01 0.20 0.01 0.34 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.17 0.18 0.77 0.96 1.94 1.28
C8 0.02 0.01 0.04 0.38 0.00 0.45 0.01 0.74 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.17 0.36 0.30 0.75 0.92 1.23 0.89
N1 0.03 0.00 0.08 0.35 0.01 0.42 0.02 0.68 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.32 0.33 1.32 1.45 2.55 1.81
N3 0.04 0.01 0.10 0.52 0.00 0.60 0.01 0.89 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.34 0.44 0.45 1.50 1.33 2.28 1.71
N6 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.15 0.01 0.30 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.18 0.11 0.58 0.95 1.84 1.19
N7 0.02 0.01 0.04 0.32 0.00 0.35 0.00 0.62 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.15 0.32 0.18 0.56 0.85 1.32 0.84
N9 0.01 0.01 0.01 0.13 0.01 0.11 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.04 0.21 0.29 0.94 0.47
O2' 0.03 0.33 0.00 0.02 0.14 0.08 0.09 0.07 0.13 0.17 0.24 0.34 0.11 0.15 0.03 0.00 0.07 0.12 0.15 0.68 0.34 0.23
O3' 0.04 0.48 0.03 0.01 0.14 0.03 0.14 0.02 0.17 0.36 0.32 0.44 0.18 0.32 0.12 0.07 0.00 0.05 0.45 0.51 0.42 0.22
O4' 0.00 0.44 0.02 0.02 0.22 0.01 0.08 0.02 0.18 0.30 0.33 0.45 0.11 0.18 0.04 0.12 0.05 0.00 0.15 0.37 0.35 0.20
O5' 0.10 1.67 0.30 0.45 0.74 0.01 0.44 0.00 0.77 0.75 1.32 1.50 0.58 0.56 0.21 0.15 0.45 0.15 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.30 1.67 0.35 0.29 0.64 0.52 0.62 0.20 0.96 0.92 1.45 1.33 0.95 0.85 0.29 0.68 0.51 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.58 2.76 0.62 0.57 1.55 0.16 1.49 0.10 1.94 1.23 2.55 2.28 1.84 1.32 0.94 0.34 0.42 0.35 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.22 2.05 0.23 0.27 1.01 0.21 0.90 0.02 1.28 0.89 1.81 1.71 1.19 0.84 0.47 0.23 0.22 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.58 0.99 0.42 0.52 0.89 0.76 1.08 0.81 1.21 0.85 1.18 0.92 0.82 1.03 0.74 0.28 0.55 0.81 0.74 1.31 0.75 1.05 0.84
C2 0.68 2.10 0.50 0.91 1.56 1.41 2.04 1.78 2.54 1.46 2.55 2.20 1.54 1.90 1.14 0.31 0.94 1.16 1.56 2.86 1.99 1.91 1.84
C2' 0.74 0.99 0.56 0.68 0.89 0.95 1.07 0.97 1.22 0.87 1.18 0.93 0.83 1.03 0.78 0.65 0.69 0.94 0.88 1.33 0.80 1.04 0.90
C3' 0.31 0.72 0.43 0.55 0.70 0.33 0.93 0.38 1.04 0.76 0.93 0.63 0.58 0.95 0.57 0.10 0.75 0.37 0.60 1.18 0.98 1.15 0.85
C4 0.67 1.69 0.48 0.85 1.35 1.37 1.74 1.66 2.06 1.33 2.02 1.73 1.28 1.67 1.03 0.28 0.81 1.19 1.44 2.26 1.77 1.76 1.68
C4' 0.46 0.60 0.94 1.17 0.70 0.66 0.88 0.75 0.90 0.90 0.76 0.52 0.54 0.99 0.69 0.64 1.52 0.35 1.00 1.00 1.42 1.45 1.20
C5 0.71 1.85 0.48 1.01 1.42 1.67 1.91 2.11 2.25 1.51 2.18 2.04 1.39 1.88 1.10 0.28 0.97 1.42 1.82 2.50 2.33 2.15 2.15
C5' 1.04 0.91 1.65 1.98 1.21 1.31 1.43 1.42 1.39 1.56 1.14 0.67 0.91 1.63 1.28 1.24 2.38 0.90 1.82 1.51 2.28 2.31 2.04
C6 0.72 2.15 0.50 1.09 1.57 1.76 2.13 2.31 2.62 1.62 2.56 2.40 1.58 2.08 1.17 0.30 1.10 1.45 2.00 2.99 2.68 2.37 2.41
C8 0.68 1.19 0.43 0.86 0.98 1.47 1.30 1.73 1.42 1.22 1.36 1.35 0.91 1.38 0.87 0.25 0.74 1.38 1.50 1.54 1.80 1.78 1.74
N1 0.71 2.23 0.51 1.04 1.63 1.63 2.17 2.13 2.73 1.59 2.71 2.41 1.63 2.07 1.19 0.31 1.07 1.33 1.85 3.12 2.47 2.23 2.23
N3 0.65 1.85 0.48 0.80 1.42 1.23 1.82 1.51 2.22 1.31 2.23 1.89 1.38 1.69 1.05 0.29 0.80 1.06 1.32 2.45 1.60 1.65 1.54
N6 0.73 2.30 0.49 1.20 1.58 1.94 2.18 2.62 2.71 1.70 2.67 2.71 1.68 2.19 1.17 0.30 1.22 1.57 2.29 3.17 3.15 2.69 2.79
N7 0.70 1.65 0.44 1.02 1.22 1.75 1.65 2.20 1.87 1.46 1.83 1.95 1.24 1.74 1.00 0.26 0.92 1.54 1.90 2.05 2.40 2.21 2.23
N9 0.65 1.25 0.45 0.73 1.09 1.19 1.38 1.37 1.56 1.13 1.49 1.23 0.97 1.35 0.89 0.25 0.66 1.12 1.20 1.68 1.41 1.51 1.39
O2' 1.05 1.37 0.99 0.99 1.19 1.09 1.25 1.06 1.39 1.02 1.45 1.40 1.24 1.14 1.06 1.11 1.01 1.08 1.01 1.45 0.64 0.96 0.87
O3' 0.29 0.68 0.29 0.49 0.57 0.38 0.75 0.47 0.87 0.60 0.81 0.70 0.56 0.78 0.44 0.22 0.74 0.35 0.63 1.00 1.04 1.08 0.86
O4' 0.49 0.82 0.98 1.03 0.85 0.46 0.99 0.46 1.05 0.88 0.96 0.72 0.74 1.00 0.75 0.78 1.27 0.27 0.68 1.12 0.98 1.20 0.87
O5' 1.74 1.74 2.35 2.62 2.04 1.83 2.29 1.91 2.27 2.35 2.01 1.45 1.72 2.47 2.06 1.83 2.91 1.49 2.39 2.41 2.78 2.96 2.61
OP1 2.20 1.67 2.79 3.52 2.27 2.87 2.63 3.23 2.48 2.99 2.03 1.22 1.75 3.04 2.50 2.17 4.05 2.24 3.77 2.68 4.52 4.36 4.14
OP2 2.53 2.70 3.05 3.56 3.11 2.63 3.55 2.85 3.54 3.61 3.14 2.28 2.62 3.83 3.12 2.17 3.63 2.28 3.54 3.77 3.89 4.45 3.86
P 2.29 2.03 2.92 3.53 2.52 2.68 2.85 2.89 2.76 3.07 2.37 1.62 2.05 3.16 2.66 2.23 3.94 2.17 3.42 2.93 3.86 4.03 3.67

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.06 0.11 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.26 0.02 0.14 0.29 0.12
C2 0.08 0.00 0.18 0.17 0.01 0.09 0.02 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.27 0.20 0.06 0.34 0.02 0.11 0.23 0.10
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.08 0.01 0.05 0.01 0.07 0.10 0.13 0.23 0.17 0.08 0.03 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.17 0.35 0.15
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.14 0.00 0.20 0.02 0.19 0.27 0.16 0.21 0.16 0.27 0.15 0.02 0.01 0.01 0.14 0.22 0.25 0.41 0.23
C4 0.03 0.01 0.08 0.14 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.03 0.36 0.02 0.12 0.25 0.11
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.10 0.15 0.08 0.13 0.09 0.15 0.08 0.09 0.02 0.00 0.02 0.13 0.19 0.31 0.07
C5 0.02 0.02 0.05 0.20 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.24 0.03 0.43 0.01 0.16 0.22 0.14
C5' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.11 0.01 0.17 0.00 0.17 0.20 0.13 0.11 0.09 0.22 0.11 0.09 0.02 0.01 0.01 0.20 0.33 0.28 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.19 0.01 0.10 0.01 0.17 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.13 0.23 0.03 0.44 0.00 0.17 0.20 0.16
C8 0.02 0.01 0.10 0.27 0.01 0.15 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.32 0.05 0.45 0.02 0.18 0.27 0.15
N1 0.06 0.00 0.13 0.16 0.02 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.21 0.19 0.04 0.39 0.01 0.14 0.20 0.12
N2 0.11 0.01 0.23 0.21 0.02 0.13 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.36 0.28 0.09 0.31 0.03 0.10 0.24 0.10
N3 0.08 0.01 0.17 0.16 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.26 0.19 0.06 0.31 0.02 0.10 0.26 0.10
N7 0.02 0.02 0.08 0.27 0.01 0.15 0.00 0.22 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.34 0.04 0.48 0.02 0.19 0.23 0.18
N9 0.01 0.03 0.03 0.15 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.14 0.02 0.36 0.01 0.13 0.28 0.12
O2' 0.06 0.27 0.01 0.02 0.13 0.09 0.08 0.09 0.13 0.07 0.21 0.36 0.26 0.04 0.04 0.00 0.07 0.11 0.10 0.11 0.26 0.38 0.19
O3' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.14 0.02 0.24 0.02 0.23 0.32 0.19 0.28 0.19 0.34 0.14 0.07 0.00 0.02 0.33 0.28 0.52 0.55 0.46
O4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.04 0.09 0.06 0.04 0.02 0.11 0.02 0.00 0.28 0.03 0.27 0.25 0.19
O5' 0.26 0.34 0.12 0.14 0.36 0.02 0.43 0.01 0.44 0.45 0.39 0.31 0.31 0.48 0.36 0.10 0.33 0.28 0.00 0.47 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.06 0.22 0.02 0.13 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.11 0.28 0.03 0.47 0.00 0.20 0.19 0.20
OP1 0.14 0.11 0.17 0.25 0.12 0.19 0.16 0.33 0.17 0.18 0.14 0.10 0.10 0.19 0.13 0.26 0.52 0.27 0.02 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.23 0.35 0.41 0.25 0.31 0.22 0.28 0.20 0.27 0.20 0.24 0.26 0.23 0.28 0.38 0.55 0.25 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.10 0.15 0.23 0.11 0.07 0.14 0.01 0.16 0.15 0.12 0.10 0.10 0.18 0.12 0.19 0.46 0.19 0.00 0.20 0.00 0.01 0.00