ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52347

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N6 A 0, 0.015, 0.032, 0.049, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.029 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.015, 0.040, 0.065, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.325, 0.543, 0.761, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.543 std_dev=0.218
C2' A 0, 0.338, 0.572, 0.806, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.572 std_dev=0.234
O2' A 0, 0.335, 0.591, 0.847, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.591 std_dev=0.256
C4' A 0, 0.520, 0.859, 1.198, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.859 std_dev=0.339
C2' B 0, 0.396, 0.742, 1.089, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.742 std_dev=0.347
C3' A 0, 0.549, 0.922, 1.295, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.922 std_dev=0.373
O2' B 0, 0.495, 0.922, 1.350, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.922 std_dev=0.428
O3' A 0, 0.736, 1.258, 1.779, 1.744 max_d=1.744 avg_d=1.258 std_dev=0.522
O5' A 0, 0.859, 1.403, 1.948, 1.848 max_d=1.848 avg_d=1.403 std_dev=0.544
C5' A 0, 0.903, 1.493, 2.083, 1.995 max_d=1.995 avg_d=1.493 std_dev=0.590
C3' B 0, 1.046, 1.702, 2.359, 2.152 max_d=2.152 avg_d=1.702 std_dev=0.656
P A 0, 1.235, 2.026, 2.817, 2.680 max_d=2.680 avg_d=2.026 std_dev=0.791
C1' B 0, 1.243, 2.053, 2.863, 2.831 max_d=2.831 avg_d=2.053 std_dev=0.810
OP2 A 0, 1.322, 2.176, 3.030, 2.970 max_d=2.970 avg_d=2.176 std_dev=0.854
O3' B 0, 1.256, 2.152, 3.048, 3.393 max_d=3.393 avg_d=2.152 std_dev=0.896
C4' B 0, 1.343, 2.254, 3.166, 3.322 max_d=3.322 avg_d=2.254 std_dev=0.912
O4' B 0, 1.529, 2.532, 3.536, 3.636 max_d=3.636 avg_d=2.532 std_dev=1.003
OP1 A 0, 1.413, 2.536, 3.659, 3.455 max_d=3.455 avg_d=2.536 std_dev=1.123
C5' B 0, 1.895, 3.108, 4.321, 4.061 max_d=4.061 avg_d=3.108 std_dev=1.213
N9 B 0, 1.951, 3.194, 4.438, 4.142 max_d=4.142 avg_d=3.194 std_dev=1.244
O5' B 0, 2.043, 3.355, 4.667, 4.331 max_d=4.331 avg_d=3.355 std_dev=1.312
P B 0, 1.955, 3.276, 4.597, 4.451 max_d=4.451 avg_d=3.276 std_dev=1.321
OP1 B 0, 2.044, 3.368, 4.693, 4.420 max_d=4.420 avg_d=3.368 std_dev=1.325
OP2 B 0, 2.119, 3.534, 4.949, 4.816 max_d=4.816 avg_d=3.534 std_dev=1.415
C8 B 0, 2.269, 3.713, 5.157, 4.837 max_d=4.837 avg_d=3.713 std_dev=1.444
C4 B 0, 2.461, 4.206, 5.951, 6.470 max_d=6.470 avg_d=4.206 std_dev=1.745
N7 B 0, 2.940, 4.818, 6.696, 6.045 max_d=6.045 avg_d=4.818 std_dev=1.878
N3 B 0, 2.519, 4.514, 6.509, 7.678 max_d=7.678 avg_d=4.514 std_dev=1.995
C5 B 0, 3.013, 5.082, 7.151, 7.443 max_d=7.443 avg_d=5.082 std_dev=2.069
C2 B 0, 3.104, 5.663, 8.221, 9.884 max_d=9.884 avg_d=5.663 std_dev=2.559
C6 B 0, 3.591, 6.241, 8.891, 9.893 max_d=9.893 avg_d=6.241 std_dev=2.650
N1 B 0, 3.560, 6.412, 9.264, 10.931 max_d=10.931 avg_d=6.412 std_dev=2.852
N2 B 0, 3.369, 6.292, 9.215, 11.359 max_d=11.359 avg_d=6.292 std_dev=2.923
O6 B 0, 4.131, 7.158, 10.184, 11.213 max_d=11.213 avg_d=7.158 std_dev=3.027

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.10 0.16 0.22 0.10
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.12 0.03 0.18 0.22 0.48 0.22
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.05 0.08 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.14 0.16 0.07
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.22 0.12 0.10
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.17 0.22 0.44 0.20
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.03 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.08 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.03 0.21 0.26 0.55 0.26
C5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.13 0.09 0.06 0.13 0.14 0.07 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.04 0.21 0.28 0.59 0.27
C8 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.09 0.04 0.21 0.26 0.46 0.23
N1 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.12 0.03 0.19 0.25 0.55 0.25
N3 0.02 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02 0.16 0.19 0.42 0.19
N6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.11 0.04 0.22 0.31 0.64 0.30
N7 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.04 0.23 0.29 0.58 0.28
N9 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.16 0.20 0.37 0.17
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.03 0.11 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.05 0.13 0.11 0.06
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.03 0.04 0.00 0.02 0.11 0.35 0.19 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.05 0.02 0.00 0.09 0.23 0.13 0.10
O5' 0.10 0.18 0.05 0.07 0.17 0.02 0.21 0.01 0.21 0.21 0.19 0.16 0.22 0.23 0.16 0.05 0.11 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.22 0.14 0.22 0.22 0.08 0.26 0.05 0.28 0.26 0.25 0.19 0.31 0.29 0.20 0.13 0.35 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.48 0.16 0.12 0.44 0.04 0.55 0.12 0.59 0.46 0.55 0.42 0.64 0.58 0.37 0.11 0.19 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.22 0.07 0.10 0.20 0.01 0.26 0.01 0.27 0.23 0.25 0.19 0.30 0.28 0.17 0.06 0.15 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.21 0.99 0.10 0.17 0.54 0.15 0.52 0.21 0.65 0.45 0.87 1.27 0.84 0.49 0.33 0.07 0.19 0.18 0.37 0.65 0.54 0.65 0.65
C2 0.42 2.12 0.18 0.28 1.14 0.19 1.07 0.56 1.49 0.51 1.98 2.69 1.70 0.69 0.60 0.15 0.34 0.27 0.82 1.47 1.25 1.20 1.28
C2' 0.23 0.97 0.14 0.09 0.55 0.14 0.54 0.15 0.70 0.41 0.89 1.22 0.80 0.46 0.34 0.13 0.11 0.17 0.32 0.70 0.42 0.62 0.58
C3' 0.26 0.78 0.23 0.07 0.50 0.17 0.51 0.15 0.63 0.36 0.76 0.93 0.65 0.42 0.35 0.23 0.07 0.17 0.20 0.65 0.28 0.48 0.40
C4 0.37 1.83 0.17 0.26 1.02 0.16 0.93 0.47 1.26 0.45 1.67 2.28 1.51 0.59 0.54 0.15 0.33 0.23 0.70 1.21 1.02 1.01 1.09
C4' 0.26 0.56 0.17 0.10 0.41 0.18 0.44 0.17 0.49 0.39 0.55 0.64 0.49 0.42 0.34 0.18 0.14 0.16 0.13 0.51 0.22 0.37 0.28
C5 0.47 2.20 0.23 0.31 1.27 0.24 1.19 0.60 1.59 0.50 2.05 2.69 1.81 0.74 0.69 0.22 0.42 0.24 0.85 1.55 1.22 1.17 1.27
C5' 0.33 0.47 0.26 0.16 0.38 0.19 0.37 0.24 0.42 0.30 0.47 0.51 0.44 0.32 0.33 0.28 0.22 0.18 0.07 0.41 0.31 0.26 0.15
C6 0.53 2.52 0.26 0.34 1.44 0.28 1.39 0.70 1.88 0.57 2.41 3.12 2.02 0.86 0.79 0.23 0.45 0.28 0.96 1.87 1.43 1.34 1.45
C8 0.35 1.57 0.20 0.26 0.95 0.18 0.86 0.43 1.12 0.38 1.43 1.87 1.36 0.53 0.52 0.20 0.36 0.17 0.62 1.07 0.85 0.85 0.93
N1 0.50 2.43 0.23 0.32 1.35 0.25 1.29 0.67 1.78 0.54 2.32 3.05 1.94 0.80 0.72 0.20 0.41 0.29 0.93 1.78 1.42 1.34 1.43
N3 0.36 1.82 0.15 0.24 0.97 0.14 0.89 0.45 1.23 0.49 1.66 2.32 1.48 0.61 0.51 0.12 0.29 0.25 0.69 1.20 1.04 1.04 1.10
N6 0.60 2.84 0.31 0.38 1.65 0.35 1.64 0.80 2.22 0.67 2.78 3.47 2.25 1.05 0.93 0.27 0.51 0.31 1.08 2.24 1.62 1.49 1.60
N7 0.47 2.10 0.26 0.33 1.28 0.26 1.20 0.60 1.56 0.50 1.96 2.48 1.77 0.75 0.72 0.25 0.45 0.22 0.83 1.51 1.14 1.08 1.20
N9 0.30 1.44 0.14 0.22 0.81 0.14 0.72 0.35 0.96 0.40 1.29 1.78 1.22 0.49 0.43 0.12 0.27 0.19 0.55 0.92 0.79 0.82 0.88
O2' 0.21 0.77 0.10 0.13 0.46 0.17 0.51 0.16 0.61 0.51 0.72 1.00 0.63 0.56 0.35 0.10 0.11 0.18 0.27 0.65 0.35 0.57 0.52
O3' 0.28 0.67 0.25 0.11 0.45 0.19 0.48 0.22 0.59 0.36 0.67 0.78 0.55 0.41 0.34 0.25 0.12 0.18 0.12 0.61 0.29 0.40 0.28
O4' 0.21 0.67 0.11 0.16 0.43 0.18 0.46 0.16 0.51 0.46 0.60 0.83 0.59 0.49 0.33 0.09 0.18 0.18 0.25 0.53 0.34 0.48 0.45
O5' 0.25 0.50 0.26 0.10 0.35 0.17 0.37 0.20 0.46 0.25 0.52 0.55 0.41 0.30 0.25 0.30 0.01 0.16 0.15 0.48 0.23 0.33 0.27
OP1 0.49 0.28 0.28 0.26 0.27 0.72 0.33 0.77 0.33 0.42 0.27 0.37 0.30 0.44 0.34 0.45 0.02 0.70 0.55 0.42 0.72 0.50 0.52
OP2 0.49 1.11 0.59 0.30 0.98 0.14 1.11 0.24 1.25 0.83 1.24 1.09 0.97 1.02 0.78 0.41 0.02 0.19 0.39 1.32 0.33 0.42 0.41
P 0.12 0.39 0.20 0.04 0.31 0.26 0.42 0.34 0.50 0.30 0.48 0.39 0.29 0.42 0.20 0.19 0.01 0.19 0.13 0.57 0.34 0.24 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.09 0.04 0.01 0.06 0.07 0.06 0.01 0.01 0.01 0.26 0.00 0.25 0.03 0.17 0.52 0.20
C2 0.06 0.00 0.32 0.31 0.01 0.15 0.00 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.16 0.32 0.30 0.40 0.01 0.23 0.93 0.40
C2' 0.00 0.32 0.00 0.00 0.17 0.01 0.07 0.20 0.14 0.17 0.24 0.38 0.31 0.10 0.02 0.01 0.03 0.01 0.23 0.10 0.45 0.33 0.30
C3' 0.02 0.31 0.00 0.00 0.28 0.00 0.31 0.01 0.35 0.22 0.34 0.31 0.27 0.28 0.19 0.01 0.01 0.01 0.26 0.37 0.35 0.20 0.20
C4 0.03 0.01 0.17 0.28 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.20 0.16 0.49 0.01 0.16 0.99 0.46
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.11 0.16 0.12 0.19 0.14 0.15 0.07 0.24 0.05 0.01 0.01 0.12 0.15 0.24 0.04
C5 0.03 0.00 0.07 0.31 0.01 0.10 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.20 0.08 0.64 0.01 0.19 1.30 0.65
C5' 0.09 0.24 0.20 0.01 0.17 0.00 0.19 0.00 0.21 0.15 0.23 0.27 0.22 0.19 0.11 0.06 0.16 0.02 0.01 0.23 0.15 0.27 0.01
C6 0.04 0.00 0.14 0.35 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.25 0.14 0.64 0.00 0.23 1.37 0.68
C8 0.01 0.01 0.17 0.22 0.00 0.16 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.10 0.14 0.72 0.01 0.14 1.23 0.66
N1 0.06 0.00 0.24 0.34 0.02 0.12 0.00 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.29 0.24 0.53 0.01 0.22 1.18 0.55
N2 0.07 0.00 0.38 0.31 0.01 0.19 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.27 0.37 0.35 0.33 0.01 0.27 0.82 0.32
N3 0.06 0.00 0.31 0.27 0.00 0.14 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.29 0.29 0.35 0.01 0.21 0.80 0.33
N7 0.01 0.00 0.10 0.28 0.01 0.15 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.35 0.17 0.06 0.77 0.01 0.22 1.47 0.78
N9 0.01 0.02 0.02 0.19 0.01 0.07 0.01 0.11 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.10 0.01 0.50 0.02 0.11 0.90 0.43
O2' 0.01 0.16 0.01 0.01 0.09 0.24 0.21 0.06 0.17 0.36 0.10 0.27 0.16 0.35 0.17 0.00 0.07 0.18 0.11 0.22 0.32 0.40 0.26
O3' 0.26 0.32 0.03 0.01 0.20 0.05 0.20 0.16 0.25 0.10 0.29 0.37 0.29 0.17 0.10 0.07 0.00 0.21 0.26 0.28 0.44 0.18 0.20
O4' 0.00 0.30 0.01 0.01 0.16 0.01 0.08 0.02 0.14 0.14 0.24 0.35 0.29 0.06 0.01 0.18 0.21 0.00 0.29 0.10 0.06 0.48 0.28
O5' 0.25 0.40 0.23 0.26 0.49 0.01 0.64 0.01 0.64 0.72 0.53 0.33 0.35 0.77 0.50 0.11 0.26 0.29 0.00 0.72 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.01 0.10 0.37 0.01 0.12 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.28 0.10 0.72 0.00 0.28 1.54 0.78
OP1 0.17 0.23 0.45 0.35 0.16 0.15 0.19 0.15 0.23 0.14 0.22 0.27 0.21 0.22 0.11 0.32 0.44 0.06 0.02 0.28 0.00 0.01 0.00
OP2 0.52 0.93 0.33 0.20 0.99 0.24 1.30 0.27 1.37 1.23 1.18 0.82 0.80 1.47 0.90 0.40 0.18 0.48 0.01 1.54 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.40 0.30 0.20 0.46 0.04 0.65 0.01 0.68 0.66 0.55 0.32 0.33 0.78 0.43 0.26 0.20 0.28 0.01 0.78 0.00 0.00 0.00