ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52348

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.024, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.012, 0.023, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.005, 0.023, 0.042, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.009, 0.029, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.002, 0.023, 0.044, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.022, 0.066, 0.110, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.066 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.042, 0.089, 0.135, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.089 std_dev=0.047
C4' A 0, 0.044, 0.121, 0.197, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.121 std_dev=0.077
C3' A 0, 0.055, 0.135, 0.215, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.135 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.026, 0.117, 0.208, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.117 std_dev=0.091
O5' A 0, 0.101, 0.223, 0.345, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.223 std_dev=0.122
C5' A 0, 0.053, 0.180, 0.308, 0.389 max_d=0.389 avg_d=0.180 std_dev=0.128
O3' A 0, 0.063, 0.205, 0.347, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.205 std_dev=0.142
P A 0, 0.106, 0.248, 0.390, 0.401 max_d=0.401 avg_d=0.248 std_dev=0.142
C2' B 0, 0.143, 0.291, 0.438, 0.502 max_d=0.502 avg_d=0.291 std_dev=0.148
OP2 A 0, 0.136, 0.288, 0.439, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.288 std_dev=0.151
C3' B 0, 0.126, 0.289, 0.453, 0.584 max_d=0.584 avg_d=0.289 std_dev=0.163
OP1 A 0, 0.146, 0.313, 0.479, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.313 std_dev=0.166
O3' B 0, 0.113, 0.292, 0.472, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.292 std_dev=0.179
O2' B 0, 0.161, 0.348, 0.536, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.348 std_dev=0.187
O5' B 0, 0.126, 0.373, 0.621, 0.931 max_d=0.931 avg_d=0.373 std_dev=0.247
C1' B 0, 0.096, 0.365, 0.633, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.365 std_dev=0.269
C4' B 0, 0.027, 0.347, 0.668, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.347 std_dev=0.321
O4' B 0, 0.055, 0.383, 0.711, 1.136 max_d=1.136 avg_d=0.383 std_dev=0.328
N3 B 0, 0.076, 0.426, 0.776, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.426 std_dev=0.350
N2 B 0, 0.082, 0.465, 0.849, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.465 std_dev=0.384
C5' B 0, -0.006, 0.385, 0.777, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.385 std_dev=0.392
N9 B 0, 0.046, 0.450, 0.853, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.450 std_dev=0.404
OP2 B 0, 0.332, 0.758, 1.185, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.758 std_dev=0.427
C2 B 0, 0.039, 0.488, 0.937, 1.412 max_d=1.412 avg_d=0.488 std_dev=0.449
C4 B 0, 0.027, 0.486, 0.944, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.486 std_dev=0.458
P B 0, 0.159, 0.632, 1.104, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.632 std_dev=0.473
C8 B 0, -0.015, 0.556, 1.127, 1.769 max_d=1.769 avg_d=0.556 std_dev=0.571
N1 B 0, -0.037, 0.601, 1.238, 1.936 max_d=1.936 avg_d=0.601 std_dev=0.638
C5 B 0, -0.045, 0.600, 1.246, 1.977 max_d=1.977 avg_d=0.600 std_dev=0.646
N7 B 0, -0.064, 0.645, 1.355, 2.163 max_d=2.163 avg_d=0.645 std_dev=0.710
OP1 B 0, 0.054, 0.783, 1.512, 2.483 max_d=2.483 avg_d=0.783 std_dev=0.729
C6 B 0, -0.083, 0.666, 1.414, 2.257 max_d=2.257 avg_d=0.666 std_dev=0.748
O6 B 0, -0.136, 0.779, 1.695, 2.730 max_d=2.730 avg_d=0.779 std_dev=0.916

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.05 0.03
C2 0.04 0.00 0.09 0.10 0.01 0.07 0.02 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.12 0.03 0.08 0.10 0.15 0.11
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.09 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.10 0.05 0.11 0.09 0.10 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02
C4 0.03 0.01 0.06 0.08 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.09 0.09 0.14 0.09
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01
C5 0.03 0.02 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.02 0.11 0.12 0.18 0.13
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.09 0.10 0.08 0.06 0.10 0.11 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01
C6 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.02 0.11 0.14 0.20 0.14
C8 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.13 0.11 0.14 0.11
N1 0.04 0.00 0.09 0.11 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.13 0.02 0.10 0.13 0.18 0.13
N3 0.05 0.00 0.09 0.09 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.03 0.07 0.08 0.13 0.09
N6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.13 0.02 0.12 0.16 0.22 0.16
N7 0.02 0.02 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.13 0.14 0.19 0.14
N9 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.07 0.11 0.07
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04 0.08 0.01 0.10 0.11 0.08 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.08 0.01 0.10 0.03 0.12 0.07 0.13 0.10 0.13 0.08 0.05 0.04 0.00 0.01 0.04 0.07 0.07 0.04
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.07 0.05 0.05
O5' 0.05 0.08 0.03 0.02 0.09 0.02 0.11 0.01 0.11 0.13 0.10 0.07 0.12 0.13 0.08 0.03 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.10 0.04 0.04 0.09 0.05 0.12 0.05 0.14 0.11 0.13 0.08 0.16 0.14 0.07 0.06 0.07 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.15 0.05 0.04 0.14 0.03 0.18 0.03 0.20 0.14 0.18 0.13 0.22 0.19 0.11 0.05 0.07 0.05 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.03 0.11 0.04 0.02 0.09 0.01 0.13 0.01 0.14 0.11 0.13 0.09 0.16 0.14 0.07 0.03 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.15 0.09 0.13 0.10 0.18 0.11 0.29 0.12 0.09 0.15 0.18 0.13 0.10 0.10 0.13 0.08 0.12 0.27 0.12 0.34 0.23 0.30
C2 0.11 0.26 0.08 0.15 0.20 0.25 0.24 0.31 0.29 0.17 0.30 0.27 0.20 0.22 0.15 0.12 0.14 0.17 0.21 0.31 0.27 0.15 0.21
C2' 0.08 0.15 0.09 0.12 0.10 0.16 0.10 0.25 0.12 0.08 0.15 0.18 0.12 0.09 0.08 0.11 0.08 0.11 0.27 0.12 0.33 0.23 0.28
C3' 0.07 0.14 0.07 0.09 0.08 0.11 0.09 0.20 0.11 0.06 0.13 0.17 0.11 0.07 0.07 0.11 0.06 0.09 0.26 0.10 0.32 0.23 0.25
C4 0.08 0.20 0.08 0.14 0.14 0.23 0.16 0.29 0.19 0.11 0.21 0.22 0.15 0.14 0.10 0.13 0.11 0.14 0.21 0.20 0.28 0.16 0.22
C4' 0.07 0.10 0.09 0.11 0.06 0.12 0.05 0.23 0.07 0.07 0.09 0.14 0.08 0.06 0.07 0.11 0.08 0.11 0.30 0.06 0.35 0.27 0.30
C5 0.11 0.22 0.08 0.15 0.18 0.26 0.21 0.30 0.24 0.16 0.25 0.23 0.18 0.19 0.14 0.14 0.15 0.18 0.19 0.25 0.25 0.14 0.18
C5' 0.06 0.08 0.10 0.11 0.04 0.10 0.04 0.19 0.04 0.07 0.07 0.11 0.06 0.05 0.05 0.11 0.08 0.10 0.29 0.04 0.32 0.26 0.26
C6 0.15 0.29 0.09 0.17 0.24 0.28 0.29 0.31 0.33 0.23 0.34 0.28 0.23 0.28 0.19 0.14 0.17 0.21 0.18 0.36 0.24 0.13 0.16
C8 0.08 0.15 0.08 0.14 0.11 0.23 0.12 0.29 0.14 0.08 0.16 0.18 0.13 0.10 0.08 0.14 0.11 0.13 0.21 0.14 0.27 0.16 0.21
N1 0.14 0.29 0.09 0.16 0.24 0.28 0.29 0.32 0.34 0.22 0.35 0.29 0.23 0.27 0.19 0.13 0.16 0.20 0.19 0.37 0.25 0.13 0.18
N3 0.09 0.22 0.08 0.13 0.15 0.22 0.18 0.30 0.22 0.12 0.24 0.24 0.17 0.15 0.10 0.13 0.11 0.14 0.22 0.23 0.29 0.17 0.23
N6 0.18 0.33 0.11 0.18 0.29 0.31 0.36 0.31 0.40 0.29 0.40 0.31 0.27 0.35 0.24 0.15 0.20 0.25 0.16 0.43 0.23 0.14 0.13
N7 0.10 0.19 0.08 0.16 0.15 0.27 0.18 0.30 0.20 0.14 0.21 0.20 0.16 0.17 0.12 0.15 0.16 0.18 0.18 0.21 0.24 0.14 0.17
N9 0.08 0.16 0.08 0.13 0.10 0.21 0.11 0.28 0.13 0.08 0.16 0.19 0.13 0.09 0.08 0.14 0.09 0.13 0.22 0.14 0.29 0.18 0.24
O2' 0.08 0.15 0.08 0.10 0.10 0.13 0.10 0.25 0.12 0.08 0.15 0.18 0.13 0.09 0.09 0.11 0.07 0.10 0.29 0.12 0.35 0.25 0.32
O3' 0.06 0.15 0.06 0.06 0.08 0.08 0.08 0.17 0.11 0.05 0.14 0.18 0.12 0.06 0.06 0.10 0.06 0.10 0.26 0.10 0.32 0.24 0.24
O4' 0.11 0.14 0.11 0.13 0.11 0.16 0.11 0.27 0.12 0.11 0.14 0.17 0.13 0.11 0.11 0.13 0.10 0.13 0.29 0.12 0.35 0.26 0.32
O5' 0.04 0.15 0.02 0.04 0.09 0.06 0.10 0.12 0.12 0.06 0.14 0.18 0.13 0.08 0.05 0.07 0.01 0.04 0.19 0.11 0.27 0.17 0.13
OP1 0.08 0.10 0.11 0.05 0.10 0.05 0.13 0.09 0.13 0.15 0.11 0.09 0.09 0.15 0.10 0.17 0.02 0.03 0.23 0.14 0.35 0.23 0.15
OP2 0.06 0.07 0.09 0.04 0.06 0.02 0.09 0.04 0.09 0.12 0.07 0.11 0.07 0.13 0.07 0.13 0.03 0.06 0.07 0.11 0.47 0.35 0.24
P 0.03 0.08 0.05 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05 0.09 0.08 0.09 0.10 0.07 0.09 0.04 0.09 0.00 0.04 0.11 0.09 0.37 0.23 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.16 0.01 0.31 0.21 0.16
C2 0.03 0.00 0.06 0.06 0.01 0.12 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.14 0.12 0.10 0.23 0.02 0.29 0.34 0.20
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.08 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.40 0.25 0.20
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.35 0.16 0.12
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.09 0.05 0.30 0.00 0.37 0.38 0.28
C4' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.12 0.07 0.15 0.12 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.20 0.03 0.02
C5 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.08 0.09 0.01 0.39 0.01 0.44 0.48 0.39
C5' 0.04 0.06 0.04 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.13 0.28 0.05 0.11 0.07 0.27 0.12 0.03 0.02 0.01 0.01 0.18 0.10 0.03 0.03
C6 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.03 0.39 0.01 0.43 0.49 0.38
C8 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.12 0.00 0.28 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.18 0.05 0.08 0.48 0.01 0.52 0.50 0.48
N1 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.07 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.07 0.31 0.01 0.36 0.42 0.29
N2 0.03 0.01 0.08 0.06 0.01 0.15 0.03 0.11 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.20 0.12 0.12 0.18 0.03 0.25 0.31 0.15
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.01 0.12 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.14 0.11 0.11 0.20 0.01 0.28 0.30 0.18
N7 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.10 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.16 0.07 0.06 0.49 0.01 0.54 0.56 0.50
N9 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.32 0.01 0.40 0.35 0.30
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.06 0.01 0.08 0.03 0.07 0.18 0.09 0.20 0.14 0.16 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.08 0.45 0.32 0.24
O3' 0.03 0.12 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.02 0.10 0.05 0.12 0.12 0.11 0.07 0.05 0.03 0.00 0.04 0.05 0.09 0.34 0.17 0.11
O4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.07 0.12 0.11 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.02 0.16 0.07 0.06
O5' 0.16 0.23 0.07 0.06 0.30 0.01 0.39 0.01 0.39 0.48 0.31 0.18 0.20 0.49 0.32 0.06 0.05 0.10 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.44 0.00 0.48 0.54 0.44
OP1 0.31 0.29 0.40 0.35 0.37 0.20 0.44 0.10 0.43 0.52 0.36 0.25 0.28 0.54 0.40 0.45 0.34 0.16 0.01 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.34 0.25 0.16 0.38 0.03 0.48 0.03 0.49 0.50 0.42 0.31 0.30 0.56 0.35 0.32 0.17 0.07 0.01 0.54 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.20 0.20 0.12 0.28 0.02 0.39 0.03 0.38 0.48 0.29 0.15 0.18 0.50 0.30 0.24 0.11 0.06 0.01 0.44 0.01 0.00 0.00