ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 5235

back

Distances from reference structure (by RMSD)

51, 10, 6, 3, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 3, 1, 16, 12, 6, 2, 57,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 B 0, 0.052, 0.728, 1.404, 2.256 max_d=2.256 avg_d=0.728 std_dev=0.676
N3 A 0, 0.153, 0.860, 1.567, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.860 std_dev=0.707
C2 A 0, 0.080, 0.819, 1.559, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.819 std_dev=0.740
C4 A 0, 0.183, 1.050, 1.918, 2.923 max_d=2.923 avg_d=1.050 std_dev=0.867
C5 A 0, 0.027, 0.916, 1.805, 3.028 max_d=3.028 avg_d=0.916 std_dev=0.889
N1 A 0, 0.030, 0.920, 1.811, 2.739 max_d=2.739 avg_d=0.920 std_dev=0.890
C6 A 0, -0.105, 0.835, 1.775, 3.305 max_d=3.305 avg_d=0.835 std_dev=0.940
C1' B 0, 0.274, 1.252, 2.231, 3.171 max_d=3.171 avg_d=1.252 std_dev=0.978
N9 B 0, 0.187, 1.178, 2.169, 2.557 max_d=2.557 avg_d=1.178 std_dev=0.991
N3 B 0, 0.149, 1.220, 2.290, 3.089 max_d=3.089 avg_d=1.220 std_dev=1.071
O2 A 0, 0.082, 1.170, 2.258, 3.426 max_d=3.426 avg_d=1.170 std_dev=1.088
C5 B 0, 0.161, 1.411, 2.660, 3.832 max_d=3.832 avg_d=1.411 std_dev=1.249
O4 A 0, 0.383, 1.711, 3.039, 4.495 max_d=4.495 avg_d=1.711 std_dev=1.328
C1' A 0, 0.161, 1.552, 2.943, 3.911 max_d=3.911 avg_d=1.552 std_dev=1.391
N1 B 0, 0.103, 1.522, 2.942, 5.345 max_d=5.345 avg_d=1.522 std_dev=1.420
C6 B 0, 0.019, 1.471, 2.923, 5.106 max_d=5.106 avg_d=1.471 std_dev=1.452
C2 B 0, 0.194, 1.707, 3.220, 4.757 max_d=4.757 avg_d=1.707 std_dev=1.513
O4' B 0, 0.204, 1.959, 3.715, 5.269 max_d=5.269 avg_d=1.959 std_dev=1.756
O4' A 0, 0.178, 1.937, 3.697, 5.491 max_d=5.491 avg_d=1.937 std_dev=1.760
C2' B 0, 0.319, 2.137, 3.955, 4.635 max_d=4.635 avg_d=2.137 std_dev=1.818
C2' A 0, 0.151, 2.019, 3.887, 5.542 max_d=5.542 avg_d=2.019 std_dev=1.868
C8 B 0, 0.194, 2.153, 4.112, 4.952 max_d=4.952 avg_d=2.153 std_dev=1.959
O6 B 0, 0.126, 2.139, 4.152, 6.852 max_d=6.852 avg_d=2.139 std_dev=2.013
N7 B 0, 0.255, 2.343, 4.431, 5.511 max_d=5.511 avg_d=2.343 std_dev=2.088
O2' B 0, 0.325, 2.468, 4.611, 5.945 max_d=5.945 avg_d=2.468 std_dev=2.143
O2' A 0, 0.276, 2.530, 4.784, 6.800 max_d=6.800 avg_d=2.530 std_dev=2.254
C3' A 0, 0.227, 2.545, 4.863, 7.089 max_d=7.089 avg_d=2.545 std_dev=2.318
C4' A 0, 0.223, 2.582, 4.940, 7.331 max_d=7.331 avg_d=2.582 std_dev=2.358
N2 B 0, 0.371, 2.797, 5.223, 6.896 max_d=6.896 avg_d=2.797 std_dev=2.426
C4' B 0, 0.316, 2.760, 5.203, 6.011 max_d=6.011 avg_d=2.760 std_dev=2.444
O5' A 0, 0.114, 2.620, 5.126, 8.866 max_d=8.866 avg_d=2.620 std_dev=2.506
C3' B 0, 0.353, 2.977, 5.601, 6.518 max_d=6.518 avg_d=2.977 std_dev=2.624
C5' A 0, 0.187, 2.918, 5.649, 9.413 max_d=9.413 avg_d=2.918 std_dev=2.731
O3' A 0, 0.355, 3.264, 6.172, 8.622 max_d=8.622 avg_d=3.264 std_dev=2.908
P A 0, 0.009, 2.972, 5.934, 10.557 max_d=10.557 avg_d=2.972 std_dev=2.963
OP1 A 0, 0.304, 3.349, 6.394, 9.805 max_d=9.805 avg_d=3.349 std_dev=3.045
O3' B 0, 0.337, 3.722, 7.107, 8.589 max_d=8.589 avg_d=3.722 std_dev=3.385
OP2 A 0, -0.123, 3.286, 6.695, 13.214 max_d=13.214 avg_d=3.286 std_dev=3.409
C5' B 0, 0.365, 3.889, 7.413, 8.777 max_d=8.777 avg_d=3.889 std_dev=3.524
O5' B 0, 0.442, 4.253, 8.063, 10.760 max_d=10.760 avg_d=4.253 std_dev=3.810
P B 0, 0.485, 5.413, 10.340, 13.467 max_d=13.467 avg_d=5.413 std_dev=4.927
OP2 B 0, 0.694, 5.999, 11.303, 14.619 max_d=14.619 avg_d=5.999 std_dev=5.305
OP1 B 0, 0.634, 6.245, 11.857, 14.228 max_d=14.228 avg_d=6.245 std_dev=5.611

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.08 0.03 0.01 0.03 0.06 0.03 0.25 0.03 0.01 0.20 0.56 0.37 0.22
C2 0.03 0.00 0.20 0.22 0.02 0.07 0.02 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.17 0.03 0.15 0.27 0.85 0.63 0.28
C2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.10 0.02 0.20 0.18 0.23 0.04 0.15 0.37 0.01 0.02 0.12 0.02 0.34 0.50 0.44 0.39
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.30 0.01 0.31 0.02 0.27 0.18 0.26 0.22 0.03 0.01 0.33 0.02 0.09 0.22 0.19 0.11
C4 0.03 0.02 0.10 0.30 0.00 0.11 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.30 0.21 0.01 0.04 0.36 1.13 0.85 0.37
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.11 0.00 0.18 0.01 0.18 0.07 0.07 0.14 0.27 0.02 0.12 0.01 0.02 0.19 0.27 0.06
C5 0.03 0.02 0.20 0.31 0.01 0.18 0.00 0.23 0.01 0.02 0.01 0.03 0.42 0.25 0.02 0.14 0.40 1.15 0.85 0.43
C5' 0.08 0.18 0.18 0.02 0.20 0.01 0.23 0.00 0.21 0.12 0.19 0.24 0.11 0.19 0.22 0.02 0.01 0.28 0.43 0.02
C6 0.03 0.01 0.23 0.27 0.01 0.18 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.02 0.40 0.21 0.02 0.18 0.37 0.99 0.67 0.37
N1 0.01 0.01 0.04 0.18 0.02 0.07 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.12 0.02 0.02 0.26 0.81 0.54 0.27
N3 0.03 0.01 0.15 0.26 0.01 0.07 0.01 0.19 0.02 0.01 0.00 0.02 0.19 0.16 0.02 0.11 0.31 1.00 0.75 0.32
O2 0.06 0.01 0.37 0.22 0.03 0.14 0.03 0.24 0.02 0.02 0.02 0.00 0.36 0.28 0.04 0.27 0.27 0.75 0.60 0.29
O2' 0.03 0.17 0.01 0.03 0.30 0.27 0.42 0.11 0.40 0.16 0.19 0.36 0.00 0.05 0.32 0.18 0.23 0.44 0.39 0.31
O3' 0.25 0.17 0.02 0.01 0.21 0.02 0.25 0.19 0.21 0.12 0.16 0.28 0.05 0.00 0.25 0.18 0.22 0.49 0.42 0.26
O4 0.03 0.03 0.12 0.33 0.01 0.12 0.02 0.22 0.02 0.02 0.02 0.04 0.32 0.25 0.00 0.05 0.38 1.20 0.94 0.40
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.04 0.01 0.14 0.02 0.18 0.02 0.11 0.27 0.18 0.18 0.05 0.00 0.18 0.53 0.32 0.20
O5' 0.20 0.27 0.34 0.09 0.36 0.02 0.40 0.01 0.37 0.26 0.31 0.27 0.23 0.22 0.38 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.56 0.85 0.50 0.22 1.13 0.19 1.15 0.28 0.99 0.81 1.00 0.75 0.44 0.49 1.20 0.53 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.37 0.63 0.44 0.19 0.85 0.27 0.85 0.43 0.67 0.54 0.75 0.60 0.39 0.42 0.94 0.32 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.28 0.39 0.11 0.37 0.06 0.43 0.02 0.37 0.27 0.32 0.29 0.31 0.26 0.40 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.81 2.29 0.29 0.66 1.73 0.72 1.99 0.94 2.31 1.57 2.42 2.52 1.90 1.91 1.33 0.71 1.29 0.80 1.16 2.48 1.58 1.58 1.34
C2 0.67 1.66 0.31 0.56 1.36 0.62 1.56 0.75 1.73 1.33 1.75 1.74 1.45 1.55 1.10 0.94 1.16 0.81 0.94 1.83 1.16 1.35 1.09
C2' 0.89 2.52 0.57 0.75 1.81 0.94 2.04 1.31 2.42 1.54 2.62 2.85 2.07 1.90 1.36 0.83 1.10 0.87 1.59 2.58 2.17 1.89 1.82
C3' 0.85 2.58 0.49 0.62 1.83 0.79 2.10 1.13 2.54 1.57 2.74 2.94 2.08 1.96 1.35 0.74 0.97 0.80 1.46 2.75 1.98 1.95 1.71
C4 0.53 1.55 0.56 0.42 1.23 0.67 1.52 0.92 1.72 1.27 1.69 1.65 1.29 1.55 0.93 1.30 0.89 0.93 1.13 1.86 1.37 1.99 1.47
C4' 0.95 2.73 0.37 0.64 1.99 0.66 2.28 0.87 2.72 1.70 2.90 3.08 2.22 2.12 1.49 0.54 1.24 0.84 1.14 2.95 1.62 1.71 1.36
C5 0.55 1.87 0.49 0.40 1.40 0.62 1.76 0.84 2.07 1.39 2.08 2.02 1.49 1.75 1.03 1.19 0.91 0.90 1.11 2.27 1.33 2.17 1.50
C5' 1.00 2.91 0.49 0.66 2.10 0.61 2.43 0.71 2.93 1.78 3.13 3.29 2.33 2.24 1.57 0.63 1.25 0.91 1.03 3.18 1.38 1.86 1.28
C6 0.60 2.02 0.36 0.41 1.50 0.51 1.84 0.65 2.16 1.44 2.21 2.19 1.62 1.80 1.12 1.03 1.00 0.84 0.95 2.36 1.12 1.91 1.26
N1 0.68 1.99 0.29 0.53 1.53 0.57 1.79 0.71 2.06 1.44 2.12 2.15 1.66 1.75 1.17 0.89 1.14 0.81 0.96 2.21 1.19 1.58 1.16
N3 0.52 1.32 0.45 0.40 1.12 0.51 1.34 0.66 1.46 1.19 1.42 1.35 1.15 1.38 0.91 1.21 0.96 0.87 0.85 1.56 1.01 1.45 1.07
O2 0.82 1.78 0.34 0.77 1.49 0.89 1.63 1.11 1.78 1.39 1.84 1.88 1.59 1.58 1.23 0.74 1.36 0.83 1.24 1.85 1.58 1.31 1.33
O2' 1.06 2.75 0.72 0.91 2.02 1.12 2.25 1.59 2.64 1.72 2.85 3.11 2.30 2.11 1.54 0.89 1.29 0.97 1.85 2.80 2.65 2.09 2.15
O3' 1.04 2.78 0.68 0.70 2.01 0.84 2.28 1.23 2.72 1.75 2.93 3.17 2.27 2.14 1.53 0.78 0.99 0.86 1.59 2.94 2.28 2.04 1.91
O4 0.63 1.58 0.72 0.59 1.20 0.95 1.48 1.32 1.68 1.28 1.67 1.76 1.34 1.55 0.92 1.42 0.94 1.02 1.50 1.81 1.89 2.32 1.89
O4' 0.99 2.53 0.45 0.73 1.92 0.69 2.20 0.77 2.56 1.71 2.68 2.81 2.11 2.09 1.49 0.69 1.41 0.93 0.98 2.76 1.34 1.57 1.16
O5' 0.79 2.65 0.45 0.58 1.87 0.53 2.24 0.66 2.76 1.64 2.93 3.00 2.05 2.09 1.36 0.79 1.11 0.79 1.02 3.04 1.27 2.05 1.32
OP1 0.82 2.51 1.07 1.12 1.72 0.87 2.15 0.81 2.74 1.51 2.88 2.84 1.89 2.00 1.22 1.50 1.66 0.75 1.10 3.12 1.34 2.06 1.34
OP2 1.43 3.23 0.93 0.92 2.48 1.05 2.92 1.25 3.48 2.30 3.63 3.53 2.58 2.78 2.00 0.85 1.07 1.46 1.53 3.82 1.65 2.94 1.99
P 0.79 2.74 0.50 0.56 1.92 0.52 2.34 0.66 2.92 1.69 3.10 3.09 2.09 2.18 1.38 0.86 1.10 0.82 1.05 3.26 1.26 2.29 1.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.26 0.01 0.32 0.02 0.36 0.50 0.29
C2 0.04 0.00 0.34 0.34 0.01 0.37 0.01 0.68 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.28 0.28 0.39 0.75 0.02 0.96 0.90 0.82
C2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.17 0.02 0.08 0.17 0.15 0.18 0.26 0.41 0.34 0.11 0.02 0.01 0.04 0.02 0.43 0.11 0.55 0.45 0.42
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.26 0.01 0.32 0.02 0.34 0.35 0.34 0.39 0.31 0.37 0.22 0.03 0.01 0.02 0.41 0.36 0.49 0.42 0.35
C4 0.02 0.01 0.17 0.26 0.00 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.20 0.55 0.02 0.60 0.88 0.56
C4' 0.01 0.37 0.02 0.01 0.14 0.00 0.10 0.01 0.13 0.32 0.25 0.50 0.36 0.26 0.10 0.28 0.03 0.01 0.02 0.12 0.28 0.33 0.11
C5 0.02 0.01 0.08 0.32 0.01 0.10 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.15 0.07 0.69 0.02 0.71 1.26 0.78
C5' 0.07 0.68 0.17 0.02 0.26 0.01 0.17 0.00 0.24 0.49 0.48 0.92 0.63 0.41 0.13 0.12 0.19 0.02 0.01 0.21 0.22 0.43 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.34 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.22 0.18 0.15 0.68 0.01 0.74 1.26 0.77
C8 0.02 0.02 0.18 0.35 0.01 0.32 0.01 0.49 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.43 0.22 0.24 0.95 0.03 0.91 1.50 1.08
N1 0.04 0.01 0.26 0.34 0.02 0.25 0.01 0.48 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.19 0.22 0.29 0.68 0.01 0.83 1.04 0.74
N2 0.05 0.01 0.41 0.39 0.02 0.50 0.02 0.92 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.41 0.37 0.47 0.95 0.03 1.27 1.05 1.11
N3 0.04 0.01 0.34 0.31 0.01 0.36 0.01 0.63 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.27 0.39 0.67 0.02 0.85 0.76 0.71
N7 0.02 0.02 0.11 0.37 0.01 0.26 0.01 0.41 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.42 0.23 0.14 0.94 0.03 0.97 1.66 1.12
N9 0.01 0.02 0.02 0.22 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.19 0.08 0.02 0.57 0.02 0.53 0.91 0.58
O2' 0.02 0.28 0.01 0.03 0.14 0.28 0.25 0.12 0.22 0.43 0.19 0.41 0.28 0.42 0.19 0.00 0.08 0.20 0.27 0.28 0.47 0.42 0.32
O3' 0.26 0.28 0.04 0.01 0.13 0.03 0.15 0.19 0.18 0.22 0.22 0.37 0.27 0.23 0.08 0.08 0.00 0.18 0.43 0.22 0.61 0.49 0.44
O4' 0.01 0.39 0.02 0.02 0.20 0.01 0.07 0.02 0.15 0.24 0.29 0.47 0.39 0.14 0.02 0.20 0.18 0.00 0.29 0.11 0.23 0.52 0.26
O5' 0.32 0.75 0.43 0.41 0.55 0.02 0.69 0.01 0.68 0.95 0.68 0.95 0.67 0.94 0.57 0.27 0.43 0.29 0.00 0.75 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.11 0.36 0.02 0.12 0.02 0.21 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.28 0.22 0.11 0.75 0.00 0.82 1.48 0.89
OP1 0.36 0.96 0.55 0.49 0.60 0.28 0.71 0.22 0.74 0.91 0.83 1.27 0.85 0.97 0.53 0.47 0.61 0.23 0.02 0.82 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 0.90 0.45 0.42 0.88 0.33 1.26 0.43 1.26 1.50 1.04 1.05 0.76 1.66 0.91 0.42 0.49 0.52 0.02 1.48 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.82 0.42 0.35 0.56 0.11 0.78 0.02 0.77 1.08 0.74 1.11 0.71 1.12 0.58 0.32 0.44 0.26 0.01 0.89 0.01 0.01 0.00