ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52353

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.005, 0.022, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.004, 0.022, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.002, 0.021, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.006, 0.013, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.013 std_dev=0.019
C1' A 0, -0.003, 0.019, 0.041, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.019 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.002, 0.027, 0.051, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.027 std_dev=0.025
N6 A 0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.001, 0.032, 0.062, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.032 std_dev=0.031
O2' B 0, 0.161, 0.470, 0.779, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.470 std_dev=0.309
C2' B 0, 0.200, 0.598, 0.997, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.598 std_dev=0.399
O4' A 0, -0.072, 0.417, 0.905, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.417 std_dev=0.488
C2' A 0, -0.116, 0.414, 0.943, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.414 std_dev=0.530
C3' B 0, 0.244, 0.975, 1.706, 1.969 max_d=1.969 avg_d=0.975 std_dev=0.731
C3' A 0, -0.132, 0.646, 1.425, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.646 std_dev=0.778
C4' A 0, -0.106, 0.673, 1.452, 1.877 max_d=1.877 avg_d=0.673 std_dev=0.779
O3' B 0, 0.208, 1.041, 1.875, 2.151 max_d=2.151 avg_d=1.041 std_dev=0.834
C4' B 0, 0.285, 1.167, 2.049, 2.286 max_d=2.286 avg_d=1.167 std_dev=0.882
C1' B 0, 0.167, 1.060, 1.953, 2.329 max_d=2.329 avg_d=1.060 std_dev=0.893
O5' A 0, -0.014, 0.905, 1.824, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.905 std_dev=0.919
O2' A 0, -0.230, 0.726, 1.682, 2.288 max_d=2.288 avg_d=0.726 std_dev=0.956
C5' A 0, -0.070, 0.932, 1.934, 2.600 max_d=2.600 avg_d=0.932 std_dev=1.002
P A 0, 0.091, 1.179, 2.267, 3.054 max_d=3.054 avg_d=1.179 std_dev=1.088
O4' B 0, 0.208, 1.315, 2.423, 2.900 max_d=2.900 avg_d=1.315 std_dev=1.107
OP2 A 0, 0.180, 1.316, 2.451, 3.382 max_d=3.382 avg_d=1.316 std_dev=1.136
O3' A 0, -0.223, 0.913, 2.049, 2.683 max_d=2.683 avg_d=0.913 std_dev=1.136
C5' B 0, 0.386, 1.608, 2.829, 2.994 max_d=2.994 avg_d=1.608 std_dev=1.222
N9 B 0, 0.340, 1.645, 2.951, 3.310 max_d=3.310 avg_d=1.645 std_dev=1.306
O5' B 0, 0.452, 1.914, 3.377, 3.498 max_d=3.498 avg_d=1.914 std_dev=1.462
C8 B 0, 0.509, 2.079, 3.649, 3.774 max_d=3.774 avg_d=2.079 std_dev=1.570
OP1 A 0, 0.093, 1.744, 3.396, 4.653 max_d=4.653 avg_d=1.744 std_dev=1.652
C4 B 0, 0.381, 2.039, 3.697, 4.151 max_d=4.151 avg_d=2.039 std_dev=1.658
N3 B 0, 0.345, 2.106, 3.867, 4.402 max_d=4.402 avg_d=2.106 std_dev=1.761
N7 B 0, 0.609, 2.598, 4.586, 4.711 max_d=4.711 avg_d=2.598 std_dev=1.988
C5 B 0, 0.556, 2.564, 4.571, 4.887 max_d=4.887 avg_d=2.564 std_dev=2.008
P B 0, 0.556, 2.630, 4.704, 4.807 max_d=4.807 avg_d=2.630 std_dev=2.074
C2 B 0, 0.512, 2.674, 4.837, 5.335 max_d=5.335 avg_d=2.674 std_dev=2.162
OP1 B 0, 0.535, 2.746, 4.958, 5.169 max_d=5.169 avg_d=2.746 std_dev=2.212
N2 B 0, 0.606, 3.004, 5.401, 5.861 max_d=5.861 avg_d=3.004 std_dev=2.397
C6 B 0, 0.676, 3.094, 5.513, 5.841 max_d=5.841 avg_d=3.094 std_dev=2.418
N1 B 0, 0.648, 3.083, 5.518, 5.948 max_d=5.948 avg_d=3.083 std_dev=2.435
OP2 B 0, 0.621, 3.117, 5.613, 5.858 max_d=5.858 avg_d=3.117 std_dev=2.496
O6 B 0, 0.824, 3.620, 6.416, 6.647 max_d=6.647 avg_d=3.620 std_dev=2.796

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.01 0.14 0.15 0.32 0.23
C2 0.04 0.00 0.30 0.20 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.29 0.21 0.10 0.18 0.58 0.27
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.16 0.01 0.07 0.20 0.13 0.16 0.23 0.31 0.09 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.45 0.38 0.56 0.49
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.23 0.00 0.30 0.01 0.31 0.28 0.26 0.16 0.35 0.32 0.20 0.02 0.01 0.02 0.06 0.19 0.08 0.06
C4 0.02 0.01 0.16 0.23 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.15 0.18 0.11 0.10 0.16 0.53 0.27
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.18 0.03 0.08 0.10 0.16 0.07 0.31 0.01 0.01 0.01 0.13 0.10 0.05
C5 0.01 0.01 0.07 0.30 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.30 0.05 0.04 0.19 0.25 0.68 0.33
C5' 0.06 0.10 0.20 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.07 0.14 0.06 0.11 0.12 0.15 0.03 0.10 0.22 0.02 0.01 0.14 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.13 0.31 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.08 0.08 0.21 0.29 0.75 0.36
C8 0.01 0.01 0.16 0.28 0.00 0.18 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.40 0.07 0.14 0.18 0.21 0.55 0.30
N1 0.04 0.00 0.23 0.26 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.19 0.16 0.16 0.23 0.68 0.32
N3 0.05 0.00 0.31 0.16 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.33 0.21 0.07 0.15 0.49 0.24
N6 0.01 0.01 0.09 0.35 0.01 0.10 0.02 0.12 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.33 0.02 0.05 0.28 0.39 0.85 0.43
N7 0.01 0.01 0.09 0.32 0.00 0.16 0.00 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.42 0.08 0.08 0.25 0.30 0.71 0.36
N9 0.01 0.01 0.01 0.20 0.00 0.07 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.13 0.00 0.08 0.14 0.44 0.24
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.15 0.31 0.30 0.10 0.27 0.40 0.15 0.09 0.33 0.42 0.21 0.00 0.04 0.20 0.33 0.26 0.64 0.40
O3' 0.33 0.29 0.02 0.01 0.18 0.01 0.05 0.22 0.08 0.07 0.19 0.33 0.02 0.08 0.13 0.04 0.00 0.22 0.25 0.55 0.30 0.32
O4' 0.01 0.21 0.02 0.02 0.11 0.01 0.04 0.02 0.08 0.14 0.16 0.21 0.05 0.08 0.00 0.20 0.22 0.00 0.05 0.06 0.29 0.17
O5' 0.14 0.10 0.45 0.06 0.10 0.01 0.19 0.01 0.21 0.18 0.16 0.07 0.28 0.25 0.08 0.33 0.25 0.05 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.15 0.18 0.38 0.19 0.16 0.13 0.25 0.14 0.29 0.21 0.23 0.15 0.39 0.30 0.14 0.26 0.55 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.58 0.56 0.08 0.53 0.10 0.68 0.02 0.75 0.55 0.68 0.49 0.85 0.71 0.44 0.64 0.30 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.27 0.49 0.06 0.27 0.05 0.33 0.01 0.36 0.30 0.32 0.24 0.43 0.36 0.24 0.40 0.32 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.67 1.46 0.15 0.30 1.04 0.44 0.96 0.77 1.14 0.58 1.36 1.68 1.32 0.70 0.76 0.22 0.40 0.52 0.65 1.09 1.21 0.73 0.84
C2 0.91 2.40 0.25 0.35 1.75 0.48 1.86 0.65 2.22 1.23 2.47 2.70 2.01 1.54 1.29 0.11 0.48 0.79 0.68 2.29 0.91 1.02 0.81
C2' 0.94 1.43 0.53 0.54 1.16 0.46 1.08 0.60 1.19 0.80 1.36 1.59 1.35 0.87 0.97 0.59 0.59 0.73 0.61 1.14 0.98 0.74 0.73
C3' 0.38 0.77 0.21 0.11 0.47 0.24 0.34 0.59 0.43 0.12 0.63 0.97 0.72 0.16 0.31 0.32 0.16 0.26 0.50 0.37 1.13 0.62 0.74
C4 0.86 2.01 0.24 0.33 1.52 0.45 1.55 0.63 1.80 1.05 2.01 2.21 1.76 1.28 1.15 0.14 0.46 0.70 0.62 1.82 0.87 0.87 0.73
C4' 0.36 0.86 0.16 0.22 0.48 0.33 0.29 0.74 0.40 0.13 0.67 1.11 0.80 0.11 0.28 0.33 0.22 0.31 0.71 0.29 1.38 0.87 0.97
C5 0.87 2.08 0.25 0.32 1.64 0.43 1.74 0.57 1.99 1.23 2.14 2.19 1.81 1.50 1.26 0.08 0.46 0.72 0.67 2.04 0.74 1.07 0.78
C5' 0.26 0.51 0.20 0.17 0.22 0.17 0.09 0.55 0.10 0.25 0.30 0.73 0.51 0.28 0.09 0.32 0.15 0.22 0.61 0.12 1.18 0.83 0.84
C6 0.89 2.37 0.26 0.33 1.82 0.45 2.00 0.59 2.35 1.40 2.51 2.53 1.97 1.74 1.38 0.05 0.47 0.77 0.75 2.44 0.79 1.26 0.90
C8 0.76 1.43 0.22 0.29 1.20 0.38 1.20 0.54 1.33 0.88 1.43 1.49 1.32 1.02 0.97 0.16 0.43 0.56 0.53 1.33 0.69 0.77 0.61
N1 0.91 2.49 0.26 0.34 1.85 0.47 2.03 0.62 2.42 1.38 2.63 2.75 2.05 1.73 1.38 0.07 0.48 0.80 0.73 2.53 0.83 1.20 0.88
N3 0.87 2.18 0.24 0.34 1.59 0.46 1.63 0.67 1.94 1.06 2.19 2.46 1.87 1.32 1.18 0.15 0.46 0.74 0.64 1.96 0.98 0.88 0.77
N6 0.86 2.42 0.25 0.33 1.88 0.45 2.18 0.59 2.56 1.55 2.67 2.49 1.95 1.95 1.43 0.09 0.47 0.76 0.85 2.71 0.85 1.49 1.05
N7 0.83 1.70 0.24 0.29 1.46 0.38 1.54 0.50 1.70 1.16 1.77 1.69 1.54 1.37 1.18 0.08 0.43 0.63 0.64 1.73 0.65 1.04 0.74
N9 0.78 1.64 0.21 0.31 1.26 0.42 1.23 0.64 1.42 0.83 1.60 1.81 1.48 0.99 0.96 0.19 0.43 0.60 0.56 1.40 0.90 0.72 0.68
O2' 0.96 1.70 0.60 0.48 1.32 0.41 1.27 0.70 1.44 0.91 1.64 1.89 1.55 1.03 1.07 0.73 0.46 0.65 0.66 1.41 1.24 0.84 0.87
O3' 0.35 0.89 0.29 0.21 0.47 0.27 0.30 0.71 0.42 0.16 0.69 1.18 0.81 0.18 0.26 0.35 0.20 0.20 0.66 0.34 1.43 0.85 0.96
O4' 0.45 1.18 0.13 0.31 0.74 0.47 0.60 0.87 0.76 0.28 1.02 1.44 1.06 0.34 0.47 0.37 0.33 0.40 0.75 0.68 1.38 0.81 0.97
O5' 0.25 0.19 0.26 0.06 0.13 0.05 0.21 0.27 0.20 0.28 0.11 0.30 0.23 0.33 0.15 0.30 0.01 0.18 0.25 0.30 0.65 0.38 0.41
OP1 0.29 0.74 0.34 0.17 0.62 0.31 0.76 0.15 0.86 0.61 0.82 0.77 0.64 0.80 0.46 0.27 0.01 0.31 0.17 0.97 0.45 0.54 0.33
OP2 0.21 0.75 0.30 0.11 0.64 0.08 0.80 0.16 0.89 0.66 0.85 0.77 0.64 0.82 0.50 0.38 0.02 0.09 0.26 0.99 0.27 0.38 0.28
P 0.09 0.30 0.19 0.02 0.27 0.10 0.44 0.09 0.49 0.42 0.40 0.31 0.24 0.53 0.22 0.16 0.00 0.13 0.13 0.59 0.32 0.29 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.28 0.01 0.22 0.01 0.22 0.43 0.29
C2 0.01 0.00 0.28 0.18 0.00 0.13 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.28 0.26 0.23 0.01 0.35 0.54 0.43
C2' 0.00 0.28 0.00 0.00 0.14 0.01 0.06 0.23 0.12 0.17 0.22 0.33 0.27 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.51 0.10 0.49 0.69 0.56
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.21 0.01 0.30 0.01 0.31 0.32 0.25 0.14 0.14 0.35 0.20 0.01 0.00 0.02 0.04 0.35 0.06 0.04 0.03
C4 0.00 0.00 0.14 0.21 0.00 0.03 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.13 0.13 0.19 0.01 0.31 0.52 0.38
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.02 0.19 0.07 0.20 0.13 0.15 0.06 0.30 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.05 0.02
C5 0.00 0.00 0.06 0.30 0.01 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.07 0.06 0.13 0.01 0.31 0.51 0.36
C5' 0.10 0.25 0.23 0.01 0.16 0.01 0.11 0.00 0.15 0.07 0.21 0.31 0.24 0.07 0.09 0.07 0.24 0.01 0.01 0.12 0.10 0.01 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.31 0.01 0.02 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.07 0.11 0.13 0.00 0.34 0.51 0.38
C8 0.01 0.01 0.17 0.32 0.00 0.19 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.41 0.19 0.17 0.08 0.01 0.25 0.47 0.28
N1 0.01 0.00 0.22 0.25 0.00 0.07 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.14 0.20 0.18 0.01 0.35 0.53 0.41
N2 0.02 0.01 0.33 0.14 0.01 0.20 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.39 0.32 0.26 0.01 0.37 0.55 0.45
N3 0.01 0.00 0.27 0.14 0.00 0.13 0.01 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.31 0.25 0.24 0.02 0.33 0.53 0.41
N7 0.01 0.00 0.09 0.35 0.01 0.15 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.40 0.21 0.10 0.08 0.01 0.28 0.47 0.30
N9 0.00 0.01 0.01 0.20 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.07 0.01 0.17 0.01 0.26 0.48 0.33
O2' 0.02 0.14 0.00 0.01 0.08 0.30 0.24 0.07 0.19 0.41 0.05 0.26 0.17 0.40 0.19 0.00 0.03 0.20 0.38 0.25 0.37 0.75 0.46
O3' 0.28 0.28 0.02 0.00 0.13 0.01 0.07 0.24 0.07 0.19 0.14 0.39 0.31 0.21 0.07 0.03 0.00 0.20 0.21 0.13 0.49 0.25 0.30
O4' 0.01 0.26 0.01 0.02 0.13 0.01 0.06 0.01 0.11 0.17 0.20 0.32 0.25 0.10 0.01 0.20 0.20 0.00 0.01 0.08 0.04 0.15 0.06
O5' 0.22 0.23 0.51 0.04 0.19 0.01 0.13 0.01 0.13 0.08 0.18 0.26 0.24 0.08 0.17 0.38 0.21 0.01 0.00 0.11 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.10 0.35 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.13 0.08 0.11 0.00 0.34 0.48 0.36
OP1 0.22 0.35 0.49 0.06 0.31 0.08 0.31 0.10 0.34 0.25 0.35 0.37 0.33 0.28 0.26 0.37 0.49 0.04 0.02 0.34 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.54 0.69 0.04 0.52 0.05 0.51 0.01 0.51 0.47 0.53 0.55 0.53 0.47 0.48 0.75 0.25 0.15 0.01 0.48 0.01 0.00 0.01
P 0.29 0.43 0.56 0.03 0.38 0.02 0.36 0.02 0.38 0.28 0.41 0.45 0.41 0.30 0.33 0.46 0.30 0.06 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00