ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52354

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N6 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
O4' A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.031, 0.066, 0.101, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.066 std_dev=0.035
C4' A 0, 0.038, 0.090, 0.143, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.090 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.052, 0.120, 0.189, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.120 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.050, 0.119, 0.187, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.119 std_dev=0.068
C5' A 0, 0.071, 0.156, 0.240, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.156 std_dev=0.085
O3' A 0, 0.087, 0.200, 0.312, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.200 std_dev=0.112
O5' A 0, 0.108, 0.225, 0.342, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.225 std_dev=0.117
OP1 A 0, 0.090, 0.222, 0.355, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.222 std_dev=0.132
P A 0, 0.099, 0.233, 0.367, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.233 std_dev=0.134
O5' B 0, 0.116, 0.251, 0.387, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.251 std_dev=0.135
C5' B 0, 0.131, 0.280, 0.430, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.280 std_dev=0.149
OP1 B 0, 0.116, 0.268, 0.419, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.268 std_dev=0.151
C3' B 0, 0.126, 0.283, 0.440, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.283 std_dev=0.157
P B 0, 0.135, 0.294, 0.454, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.294 std_dev=0.160
O3' B 0, 0.135, 0.296, 0.456, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.296 std_dev=0.161
C4' B 0, 0.125, 0.308, 0.490, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.308 std_dev=0.183
OP2 A 0, 0.130, 0.314, 0.497, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.314 std_dev=0.183
C2' B 0, 0.130, 0.332, 0.534, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.332 std_dev=0.202
N3 B 0, 0.094, 0.305, 0.515, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.305 std_dev=0.211
C2 B 0, 0.084, 0.298, 0.511, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.298 std_dev=0.214
N1 B 0, 0.077, 0.296, 0.514, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.296 std_dev=0.219
O2' B 0, 0.161, 0.386, 0.610, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.386 std_dev=0.224
OP2 B 0, 0.161, 0.388, 0.616, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.388 std_dev=0.228
C4 B 0, 0.064, 0.308, 0.552, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.308 std_dev=0.244
C6 B 0, 0.088, 0.340, 0.591, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.340 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.102, 0.355, 0.608, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.355 std_dev=0.253
N2 B 0, 0.078, 0.333, 0.588, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.333 std_dev=0.255
C1' B 0, 0.094, 0.349, 0.605, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.349 std_dev=0.255
O6 B 0, 0.114, 0.394, 0.673, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.394 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.067, 0.347, 0.627, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.347 std_dev=0.280
N9 B 0, 0.052, 0.336, 0.620, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.336 std_dev=0.284
C8 B 0, 0.050, 0.405, 0.761, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.405 std_dev=0.355
N7 B 0, 0.066, 0.423, 0.780, 1.052 max_d=1.052 avg_d=0.423 std_dev=0.357

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.08 0.06 0.09 0.04
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.08 0.04 0.02 0.07 0.09 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.05 0.08 0.04
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.03 0.01 0.06 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.08 0.11 0.06
C5' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.03 0.10 0.11 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.12 0.09 0.13 0.07
C8 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.13 0.05 0.07 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.10 0.08 0.12 0.06
N3 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.01 0.06 0.04 0.07 0.04
N6 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.13 0.11 0.15 0.10
N7 0.00 0.00 0.03 0.09 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.14 0.08 0.11 0.07
N9 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.10 0.04 0.03 0.09 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.07 0.04
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.08
O5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.13 0.10 0.06 0.13 0.14 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.02 0.06 0.03 0.06 0.05 0.02 0.08 0.03 0.09 0.05 0.08 0.04 0.11 0.08 0.03 0.04 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.02 0.03 0.08 0.00 0.11 0.01 0.13 0.07 0.12 0.07 0.15 0.11 0.05 0.02 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.04 0.06 0.04 0.10 0.07 0.03 0.02 0.04 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.16 0.20 0.18 0.15 0.17 0.14 0.15 0.07 0.17 0.13 0.19 0.23 0.20 0.13 0.15 0.21 0.19 0.14 0.09 0.16 0.07 0.04 0.05
C2 0.21 0.26 0.20 0.14 0.22 0.14 0.20 0.07 0.21 0.16 0.24 0.28 0.25 0.17 0.19 0.25 0.13 0.18 0.08 0.20 0.06 0.05 0.05
C2' 0.11 0.16 0.13 0.11 0.12 0.09 0.10 0.05 0.12 0.09 0.15 0.20 0.15 0.09 0.09 0.17 0.15 0.10 0.09 0.12 0.09 0.05 0.07
C3' 0.05 0.13 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.07 0.09 0.10 0.12 0.17 0.11 0.09 0.05 0.09 0.10 0.05 0.12 0.10 0.11 0.07 0.09
C4 0.19 0.25 0.20 0.14 0.20 0.13 0.18 0.07 0.20 0.15 0.23 0.27 0.24 0.15 0.18 0.25 0.14 0.17 0.10 0.19 0.06 0.06 0.06
C4' 0.04 0.12 0.06 0.06 0.07 0.04 0.08 0.06 0.09 0.09 0.11 0.15 0.10 0.09 0.05 0.08 0.11 0.05 0.12 0.10 0.11 0.07 0.09
C5 0.19 0.26 0.19 0.12 0.21 0.12 0.19 0.09 0.21 0.15 0.24 0.30 0.25 0.16 0.18 0.25 0.11 0.17 0.11 0.20 0.07 0.09 0.08
C5' 0.08 0.10 0.05 0.05 0.07 0.09 0.08 0.13 0.09 0.14 0.10 0.13 0.08 0.12 0.08 0.04 0.04 0.10 0.17 0.10 0.13 0.10 0.12
C6 0.20 0.28 0.20 0.12 0.22 0.12 0.20 0.09 0.22 0.16 0.26 0.31 0.26 0.17 0.19 0.25 0.09 0.17 0.11 0.21 0.06 0.09 0.08
C8 0.17 0.24 0.19 0.13 0.19 0.12 0.17 0.10 0.19 0.14 0.22 0.27 0.23 0.14 0.16 0.23 0.14 0.14 0.13 0.18 0.08 0.10 0.10
N1 0.21 0.27 0.20 0.13 0.22 0.13 0.20 0.08 0.22 0.17 0.25 0.30 0.26 0.17 0.20 0.25 0.11 0.18 0.10 0.21 0.06 0.07 0.06
N3 0.20 0.24 0.20 0.14 0.20 0.14 0.19 0.07 0.20 0.16 0.23 0.27 0.24 0.16 0.18 0.25 0.15 0.18 0.08 0.19 0.06 0.04 0.04
N6 0.20 0.29 0.19 0.11 0.23 0.12 0.21 0.10 0.23 0.16 0.27 0.33 0.27 0.17 0.19 0.24 0.07 0.17 0.12 0.22 0.07 0.10 0.09
N7 0.18 0.26 0.19 0.11 0.20 0.11 0.18 0.10 0.21 0.14 0.24 0.30 0.25 0.15 0.17 0.24 0.10 0.15 0.13 0.20 0.08 0.11 0.10
N9 0.18 0.23 0.19 0.14 0.19 0.13 0.17 0.07 0.19 0.14 0.21 0.26 0.22 0.14 0.16 0.23 0.16 0.15 0.11 0.18 0.07 0.07 0.07
O2' 0.09 0.13 0.12 0.09 0.09 0.08 0.08 0.04 0.09 0.07 0.12 0.16 0.13 0.08 0.07 0.16 0.14 0.08 0.08 0.10 0.09 0.06 0.07
O3' 0.03 0.11 0.03 0.03 0.06 0.03 0.08 0.08 0.09 0.13 0.11 0.15 0.09 0.13 0.06 0.05 0.06 0.04 0.11 0.11 0.12 0.08 0.09
O4' 0.13 0.18 0.16 0.15 0.14 0.12 0.13 0.06 0.15 0.11 0.17 0.20 0.17 0.12 0.12 0.17 0.20 0.11 0.11 0.15 0.08 0.05 0.08
O5' 0.08 0.14 0.04 0.05 0.08 0.12 0.09 0.15 0.11 0.12 0.14 0.17 0.11 0.10 0.08 0.05 0.00 0.12 0.18 0.11 0.13 0.11 0.13
OP1 0.01 0.22 0.03 0.01 0.12 0.05 0.11 0.10 0.17 0.06 0.21 0.26 0.18 0.06 0.04 0.03 0.01 0.04 0.11 0.17 0.16 0.13 0.13
OP2 0.04 0.24 0.06 0.02 0.13 0.03 0.11 0.07 0.17 0.05 0.23 0.29 0.20 0.06 0.05 0.07 0.00 0.01 0.09 0.17 0.12 0.09 0.09
P 0.01 0.19 0.02 0.01 0.09 0.05 0.09 0.08 0.13 0.06 0.18 0.23 0.15 0.05 0.03 0.03 0.00 0.04 0.09 0.13 0.12 0.09 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.16 0.08
C2 0.01 0.00 0.08 0.12 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.07 0.00 0.08 0.15 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.06 0.09 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.12 0.05
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.08 0.05 0.11 0.14 0.11 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.08 0.03
C4 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.07 0.00 0.08 0.16 0.10
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.09 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.09 0.00 0.11 0.17 0.11
C5' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.09 0.04 0.10 0.10 0.08 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.04 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.12 0.17 0.11
C8 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.12 0.20 0.12
N1 0.00 0.00 0.06 0.11 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01 0.08 0.00 0.11 0.16 0.10
N2 0.01 0.00 0.09 0.14 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.16 0.01 0.06 0.00 0.08 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.06 0.00 0.07 0.15 0.08
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.14 0.19 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.07 0.17 0.09
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.06
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.09 0.05 0.12 0.16 0.11 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.09 0.10 0.05 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.16 0.08
O5' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.10 0.08 0.08 0.06 0.06 0.10 0.06 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.00 0.14 0.17 0.12
OP1 0.03 0.08 0.02 0.05 0.08 0.04 0.11 0.04 0.12 0.12 0.11 0.08 0.07 0.14 0.07 0.02 0.10 0.03 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.15 0.12 0.08 0.16 0.09 0.17 0.03 0.17 0.20 0.16 0.15 0.15 0.19 0.17 0.13 0.05 0.16 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.09 0.05 0.03 0.10 0.03 0.11 0.01 0.11 0.12 0.10 0.09 0.08 0.13 0.09 0.06 0.02 0.08 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00