ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52356

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.020, 0.038, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.008, 0.026, 0.045, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.030 std_dev=0.023
C4 A 0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C2 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C1' A 0, 0.011, 0.041, 0.070, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.041 std_dev=0.029
N3 A 0, 0.005, 0.037, 0.069, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.037 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.015, 0.092, 0.168, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.092 std_dev=0.076
O2' B 0, 0.129, 0.406, 0.683, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.406 std_dev=0.277
C2' B 0, 0.353, 0.770, 1.186, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.770 std_dev=0.417
O4' A 0, -0.158, 0.342, 0.842, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.342 std_dev=0.500
C2' A 0, -0.262, 0.350, 0.962, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.350 std_dev=0.612
C3' B 0, 0.500, 1.197, 1.895, 2.116 max_d=2.116 avg_d=1.197 std_dev=0.698
C1' B 0, 0.618, 1.341, 2.063, 2.168 max_d=2.168 avg_d=1.341 std_dev=0.722
C4' A 0, -0.150, 0.641, 1.432, 2.188 max_d=2.188 avg_d=0.641 std_dev=0.791
C3' A 0, -0.171, 0.624, 1.418, 2.178 max_d=2.178 avg_d=0.624 std_dev=0.795
O4' B 0, 0.538, 1.369, 2.200, 2.378 max_d=2.378 avg_d=1.369 std_dev=0.831
O2' A 0, -0.232, 0.603, 1.439, 2.228 max_d=2.228 avg_d=0.603 std_dev=0.835
C4' B 0, 0.576, 1.466, 2.357, 2.436 max_d=2.436 avg_d=1.466 std_dev=0.891
O3' A 0, -0.170, 0.839, 1.848, 2.735 max_d=2.735 avg_d=0.839 std_dev=1.009
O5' A 0, 0.931, 2.015, 3.099, 3.282 max_d=3.282 avg_d=2.015 std_dev=1.084
O3' B 0, 0.857, 1.959, 3.062, 3.228 max_d=3.228 avg_d=1.959 std_dev=1.102
C5' A 0, -0.160, 0.959, 2.077, 3.132 max_d=3.132 avg_d=0.959 std_dev=1.119
N9 B 0, 1.178, 2.465, 3.751, 3.773 max_d=3.773 avg_d=2.465 std_dev=1.287
C5' B 0, 0.994, 2.320, 3.646, 3.666 max_d=3.666 avg_d=2.320 std_dev=1.326
P A 0, 1.336, 2.782, 4.228, 4.204 max_d=4.204 avg_d=2.782 std_dev=1.446
O5' B 0, 1.372, 3.009, 4.647, 4.590 max_d=4.590 avg_d=3.009 std_dev=1.637
OP2 A 0, 1.628, 3.276, 4.923, 4.429 max_d=4.429 avg_d=3.276 std_dev=1.647
C8 B 0, 1.550, 3.214, 4.878, 4.743 max_d=4.743 avg_d=3.214 std_dev=1.664
C4 B 0, 1.615, 3.379, 5.143, 5.188 max_d=5.188 avg_d=3.379 std_dev=1.764
OP1 A 0, 1.291, 3.189, 5.087, 5.947 max_d=5.947 avg_d=3.189 std_dev=1.898
N3 B 0, 1.734, 3.654, 5.574, 5.694 max_d=5.694 avg_d=3.654 std_dev=1.920
P B 0, 1.668, 3.877, 6.085, 6.273 max_d=6.273 avg_d=3.877 std_dev=2.208
N7 B 0, 2.065, 4.275, 6.485, 6.318 max_d=6.318 avg_d=4.275 std_dev=2.210
C5 B 0, 2.097, 4.352, 6.608, 6.535 max_d=6.535 avg_d=4.352 std_dev=2.256
OP2 B 0, 1.840, 4.297, 6.753, 6.796 max_d=6.796 avg_d=4.297 std_dev=2.457
OP1 B 0, 1.833, 4.316, 6.799, 6.996 max_d=6.996 avg_d=4.316 std_dev=2.483
C2 B 0, 2.314, 4.839, 7.364, 7.425 max_d=7.425 avg_d=4.839 std_dev=2.525
C6 B 0, 2.653, 5.502, 8.351, 8.246 max_d=8.246 avg_d=5.502 std_dev=2.849
N2 B 0, 2.666, 5.571, 8.476, 8.536 max_d=8.536 avg_d=5.571 std_dev=2.905
N1 B 0, 2.689, 5.596, 8.502, 8.472 max_d=8.472 avg_d=5.596 std_dev=2.906
O6 B 0, 3.166, 6.545, 9.924, 9.708 max_d=9.708 avg_d=6.545 std_dev=3.379

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.04 0.07 0.04 0.02 0.01 0.03 0.23 0.00 0.20 0.37 0.37 0.25
C2 0.07 0.00 0.43 0.41 0.01 0.11 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.22 0.15 0.09 0.34 0.64 0.76 0.50
C2' 0.00 0.43 0.00 0.00 0.21 0.02 0.09 0.14 0.17 0.19 0.33 0.43 0.08 0.10 0.01 0.01 0.03 0.02 0.46 0.53 0.74 0.55
C3' 0.01 0.41 0.00 0.00 0.31 0.01 0.31 0.02 0.36 0.16 0.41 0.37 0.33 0.24 0.19 0.03 0.01 0.03 0.29 0.49 0.62 0.42
C4 0.02 0.01 0.21 0.31 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.11 0.08 0.06 0.35 0.60 0.74 0.48
C4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.08 0.00 0.09 0.01 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.10 0.07 0.28 0.03 0.01 0.02 0.22 0.27 0.10
C5 0.02 0.00 0.09 0.31 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.22 0.14 0.06 0.41 0.67 0.92 0.56
C5' 0.05 0.08 0.14 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.10 0.08 0.09 0.07 0.14 0.10 0.05 0.15 0.20 0.02 0.01 0.19 0.26 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.36 0.01 0.09 0.01 0.10 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.18 0.19 0.09 0.41 0.70 0.95 0.57
C8 0.03 0.01 0.19 0.16 0.01 0.09 0.02 0.08 0.04 0.00 0.02 0.02 0.09 0.00 0.00 0.35 0.09 0.09 0.41 0.60 0.86 0.54
N1 0.04 0.00 0.33 0.41 0.01 0.11 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.13 0.19 0.09 0.38 0.69 0.88 0.55
N3 0.07 0.00 0.43 0.37 0.01 0.10 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.23 0.07 0.09 0.31 0.59 0.67 0.45
N6 0.04 0.03 0.08 0.33 0.02 0.10 0.04 0.14 0.00 0.09 0.03 0.01 0.00 0.10 0.06 0.27 0.20 0.12 0.43 0.70 1.01 0.57
N7 0.02 0.01 0.10 0.24 0.02 0.10 0.00 0.10 0.03 0.00 0.02 0.02 0.10 0.00 0.01 0.34 0.15 0.06 0.44 0.68 1.02 0.61
N9 0.01 0.02 0.01 0.19 0.01 0.07 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.02 0.06 0.01 0.00 0.17 0.06 0.02 0.33 0.53 0.64 0.44
O2' 0.03 0.22 0.01 0.03 0.11 0.28 0.22 0.15 0.18 0.35 0.13 0.23 0.27 0.34 0.17 0.00 0.06 0.19 0.34 0.45 0.88 0.53
O3' 0.23 0.15 0.03 0.01 0.08 0.03 0.14 0.20 0.19 0.09 0.19 0.07 0.20 0.15 0.06 0.06 0.00 0.15 0.26 0.52 0.66 0.40
O4' 0.00 0.09 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.06 0.02 0.19 0.15 0.00 0.24 0.29 0.37 0.28
O5' 0.20 0.34 0.46 0.29 0.35 0.02 0.41 0.01 0.41 0.41 0.38 0.31 0.43 0.44 0.33 0.34 0.26 0.24 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.37 0.64 0.53 0.49 0.60 0.22 0.67 0.19 0.70 0.60 0.69 0.59 0.70 0.68 0.53 0.45 0.52 0.29 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.76 0.74 0.62 0.74 0.27 0.92 0.26 0.95 0.86 0.88 0.67 1.01 1.02 0.64 0.88 0.66 0.37 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.25 0.50 0.55 0.42 0.48 0.10 0.56 0.01 0.57 0.54 0.55 0.45 0.57 0.61 0.44 0.53 0.40 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.32 0.91 0.13 0.11 0.69 0.23 0.78 0.23 0.93 0.53 0.98 0.93 0.75 0.68 0.49 0.15 0.14 0.28 0.21 0.97 0.15 0.68 0.34
C2 0.32 0.86 0.06 0.08 0.72 0.18 0.98 0.22 1.20 0.72 1.13 0.82 0.63 0.95 0.56 0.04 0.23 0.36 0.37 1.39 0.35 0.90 0.54
C2' 0.60 0.94 0.46 0.54 0.76 0.67 0.84 0.68 0.97 0.65 1.02 0.96 0.80 0.76 0.63 0.51 0.54 0.63 0.66 1.03 0.53 1.09 0.75
C3' 0.39 0.72 0.19 0.35 0.53 0.60 0.59 0.66 0.72 0.38 0.78 0.77 0.60 0.50 0.39 0.21 0.38 0.52 0.60 0.77 0.55 0.87 0.65
C4 0.30 0.79 0.06 0.08 0.68 0.17 0.89 0.19 1.05 0.65 0.99 0.74 0.61 0.85 0.52 0.05 0.21 0.32 0.31 1.16 0.29 0.82 0.47
C4' 0.37 0.79 0.18 0.20 0.57 0.46 0.58 0.52 0.70 0.36 0.79 0.87 0.69 0.46 0.41 0.21 0.25 0.47 0.40 0.71 0.39 0.69 0.48
C5 0.33 0.62 0.04 0.07 0.62 0.20 0.86 0.23 0.97 0.70 0.83 0.57 0.50 0.89 0.52 0.09 0.22 0.37 0.39 1.10 0.41 0.93 0.57
C5' 0.52 0.74 0.22 0.31 0.56 0.73 0.52 0.79 0.60 0.35 0.70 0.81 0.70 0.40 0.45 0.17 0.35 0.74 0.65 0.58 0.64 0.88 0.73
C6 0.37 0.65 0.04 0.07 0.64 0.23 0.91 0.28 1.05 0.76 0.88 0.63 0.51 0.97 0.55 0.12 0.22 0.42 0.45 1.24 0.50 1.02 0.66
C8 0.28 0.53 0.05 0.08 0.53 0.16 0.68 0.15 0.73 0.56 0.65 0.47 0.45 0.68 0.44 0.07 0.21 0.28 0.29 0.78 0.28 0.79 0.44
N1 0.35 0.74 0.03 0.06 0.68 0.22 0.96 0.27 1.16 0.76 1.02 0.71 0.56 0.99 0.56 0.07 0.23 0.40 0.43 1.38 0.45 1.00 0.63
N3 0.30 0.91 0.08 0.08 0.72 0.16 0.94 0.19 1.16 0.67 1.14 0.89 0.68 0.89 0.54 0.06 0.22 0.31 0.30 1.30 0.27 0.81 0.45
N6 0.44 0.63 0.11 0.08 0.64 0.30 0.90 0.36 0.99 0.81 0.81 0.67 0.53 1.01 0.59 0.21 0.21 0.50 0.52 1.19 0.64 1.16 0.79
N7 0.33 0.47 0.06 0.10 0.52 0.19 0.72 0.21 0.76 0.65 0.61 0.44 0.41 0.79 0.47 0.13 0.24 0.35 0.38 0.85 0.41 0.91 0.56
N9 0.28 0.77 0.08 0.07 0.65 0.17 0.79 0.17 0.92 0.57 0.90 0.73 0.62 0.74 0.48 0.06 0.19 0.27 0.25 0.98 0.22 0.74 0.39
O2' 0.52 1.07 0.45 0.48 0.81 0.49 0.89 0.50 1.06 0.64 1.14 1.15 0.88 0.78 0.63 0.48 0.51 0.45 0.52 1.12 0.45 0.97 0.60
O3' 0.33 0.75 0.14 0.26 0.51 0.50 0.56 0.58 0.70 0.31 0.79 0.84 0.62 0.44 0.34 0.16 0.33 0.45 0.51 0.75 0.59 0.74 0.55
O4' 0.29 0.83 0.31 0.25 0.61 0.18 0.65 0.19 0.76 0.43 0.84 0.89 0.71 0.55 0.43 0.38 0.38 0.23 0.11 0.78 0.20 0.51 0.22
O5' 0.51 0.37 0.45 0.50 0.32 0.79 0.28 0.77 0.29 0.34 0.34 0.42 0.37 0.27 0.38 0.39 0.47 0.72 0.72 0.27 0.65 0.93 0.77
OP1 0.66 0.40 0.61 0.78 0.46 1.15 0.47 1.30 0.44 0.60 0.41 0.41 0.42 0.54 0.57 0.42 0.83 0.99 1.24 0.46 1.08 1.20 1.20
OP2 0.79 0.99 0.93 0.86 0.98 0.82 1.06 0.81 1.10 0.99 1.07 0.97 0.93 1.05 0.94 0.61 0.82 0.76 0.74 1.15 0.71 0.66 0.71
P 0.56 0.37 0.64 0.74 0.44 0.90 0.47 0.92 0.45 0.56 0.41 0.36 0.37 0.52 0.52 0.44 0.83 0.75 0.87 0.48 0.79 0.92 0.87

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.05 0.05 0.02 0.08 0.11 0.10 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.20 0.04 0.16 0.56 0.26
C2 0.09 0.00 0.15 0.14 0.01 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.16 0.31 0.25 0.33 0.02 0.31 0.56 0.36
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.10 0.10 0.08 0.13 0.17 0.15 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.19 0.09 0.21 0.72 0.35
C3' 0.02 0.14 0.01 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.20 0.17 0.17 0.13 0.12 0.21 0.12 0.02 0.01 0.01 0.18 0.23 0.15 0.65 0.34
C4 0.05 0.01 0.10 0.14 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.21 0.13 0.32 0.01 0.21 0.51 0.25
C4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.19 0.07 0.20 0.14 0.17 0.06 0.13 0.02 0.00 0.01 0.09 0.15 0.37 0.13
C5 0.03 0.01 0.06 0.19 0.00 0.07 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.22 0.06 0.38 0.01 0.20 0.42 0.17
C5' 0.05 0.17 0.10 0.01 0.09 0.01 0.15 0.00 0.15 0.27 0.13 0.24 0.16 0.27 0.10 0.08 0.08 0.02 0.00 0.20 0.24 0.11 0.01
C6 0.05 0.01 0.10 0.20 0.01 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.26 0.11 0.40 0.00 0.24 0.42 0.21
C8 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.19 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.13 0.13 0.39 0.02 0.17 0.49 0.19
N1 0.08 0.00 0.13 0.17 0.02 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.19 0.29 0.20 0.37 0.02 0.29 0.50 0.30
N2 0.11 0.01 0.17 0.13 0.01 0.20 0.02 0.24 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.16 0.35 0.31 0.34 0.02 0.37 0.60 0.43
N3 0.10 0.01 0.15 0.12 0.00 0.14 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.14 0.29 0.25 0.29 0.01 0.28 0.57 0.35
N7 0.01 0.02 0.04 0.21 0.01 0.17 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.19 0.07 0.44 0.02 0.19 0.36 0.15
N9 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.10 0.13 0.01 0.28 0.02 0.16 0.54 0.23
O2' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.13 0.13 0.17 0.08 0.19 0.17 0.19 0.16 0.14 0.19 0.10 0.00 0.05 0.11 0.15 0.20 0.17 0.64 0.25
O3' 0.15 0.31 0.04 0.01 0.21 0.02 0.22 0.08 0.26 0.13 0.29 0.35 0.29 0.19 0.13 0.05 0.00 0.10 0.34 0.28 0.33 0.68 0.40
O4' 0.00 0.25 0.02 0.01 0.13 0.00 0.06 0.02 0.11 0.13 0.20 0.31 0.25 0.07 0.01 0.11 0.10 0.00 0.24 0.07 0.24 0.45 0.27
O5' 0.20 0.33 0.19 0.18 0.32 0.01 0.38 0.00 0.40 0.39 0.37 0.34 0.29 0.44 0.28 0.15 0.34 0.24 0.00 0.44 0.01 0.02 0.01
O6 0.04 0.02 0.09 0.23 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.20 0.28 0.07 0.44 0.00 0.26 0.38 0.20
OP1 0.16 0.31 0.21 0.15 0.21 0.15 0.20 0.24 0.24 0.17 0.29 0.37 0.28 0.19 0.16 0.17 0.33 0.24 0.01 0.26 0.00 0.01 0.01
OP2 0.56 0.56 0.72 0.65 0.51 0.37 0.42 0.11 0.42 0.49 0.50 0.60 0.57 0.36 0.54 0.64 0.68 0.45 0.02 0.38 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.36 0.35 0.34 0.25 0.13 0.17 0.01 0.21 0.19 0.30 0.43 0.35 0.15 0.23 0.25 0.40 0.27 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00