ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52357

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.001, 0.013, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.002, 0.017, 0.033, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.002, 0.019, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.002, 0.022, 0.041, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.026 std_dev=0.023
C2' A 0, 0.028, 0.126, 0.224, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.126 std_dev=0.098
O4' A 0, 0.032, 0.130, 0.229, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.130 std_dev=0.098
C4' B 0, 0.107, 0.257, 0.406, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.257 std_dev=0.150
O4' B 0, 0.132, 0.320, 0.508, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.320 std_dev=0.188
O5' B 0, 0.124, 0.351, 0.577, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.351 std_dev=0.227
C4' A 0, 0.043, 0.270, 0.497, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.270 std_dev=0.227
C5' B 0, 0.103, 0.331, 0.559, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.331 std_dev=0.228
C3' B 0, 0.081, 0.310, 0.538, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.310 std_dev=0.229
C3' A 0, 0.056, 0.291, 0.526, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.291 std_dev=0.235
O2' A 0, 0.036, 0.288, 0.540, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.288 std_dev=0.252
C1' B 0, 0.113, 0.374, 0.636, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.374 std_dev=0.261
O5' A 0, 0.074, 0.352, 0.629, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.352 std_dev=0.277
C8 B 0, 0.165, 0.447, 0.729, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.447 std_dev=0.282
O3' B 0, 0.028, 0.311, 0.594, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.311 std_dev=0.283
P A 0, 0.072, 0.365, 0.658, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.365 std_dev=0.293
C2' B 0, 0.071, 0.379, 0.687, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.379 std_dev=0.308
C5' A 0, 0.102, 0.416, 0.730, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.416 std_dev=0.314
N9 B 0, 0.127, 0.443, 0.759, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.443 std_dev=0.316
P B 0, 0.197, 0.515, 0.833, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.515 std_dev=0.318
O2' B 0, 0.069, 0.406, 0.742, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.406 std_dev=0.337
OP2 A 0, 0.067, 0.404, 0.741, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.404 std_dev=0.337
OP1 A 0, 0.112, 0.471, 0.830, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.471 std_dev=0.359
OP2 B 0, 0.210, 0.579, 0.948, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.579 std_dev=0.369
N7 B 0, 0.179, 0.559, 0.939, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.559 std_dev=0.380
O3' A 0, 0.068, 0.457, 0.846, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.457 std_dev=0.389
OP1 B 0, 0.194, 0.645, 1.095, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.645 std_dev=0.451
C4 B 0, 0.097, 0.568, 1.038, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.568 std_dev=0.471
C5 B 0, 0.153, 0.638, 1.123, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.638 std_dev=0.485
N3 B 0, 0.017, 0.637, 1.258, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.637 std_dev=0.621
C6 B 0, 0.160, 0.798, 1.435, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.798 std_dev=0.638
O6 B 0, 0.204, 0.891, 1.579, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.891 std_dev=0.688
N1 B 0, 0.104, 0.867, 1.630, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.867 std_dev=0.763
C2 B 0, 0.030, 0.794, 1.557, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.794 std_dev=0.763
N2 B 0, 0.060, 0.949, 1.838, 2.075 max_d=2.075 avg_d=0.949 std_dev=0.889

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.19 0.03 0.11
C2 0.03 0.00 0.13 0.17 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.20 0.04 0.17 0.20 0.17 0.18
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.01 0.08 0.02 0.11 0.13 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.09 0.03
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.01 0.17 0.09 0.18 0.15 0.17 0.12 0.08 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02
C4 0.02 0.00 0.08 0.14 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.14 0.02 0.16 0.20 0.15 0.18
C4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.08 0.04 0.09 0.01 0.00 0.01 0.12 0.02 0.05
C5 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.02 0.21 0.23 0.22 0.22
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.12 0.10 0.06 0.15 0.14 0.07 0.09 0.01 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.17 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.20 0.03 0.22 0.24 0.25 0.23
C8 0.01 0.00 0.02 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.02 0.18 0.21 0.14 0.19
N1 0.02 0.00 0.11 0.18 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.21 0.03 0.20 0.22 0.22 0.21
N3 0.03 0.00 0.13 0.15 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.16 0.04 0.14 0.20 0.13 0.16
N6 0.01 0.00 0.07 0.17 0.00 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.21 0.02 0.24 0.26 0.29 0.26
N7 0.00 0.00 0.03 0.12 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.14 0.02 0.22 0.24 0.23 0.23
N9 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.13 0.20 0.09 0.15
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.13 0.09 0.11 0.09 0.15 0.02 0.19 0.19 0.13 0.06 0.05 0.00 0.04 0.09 0.06 0.14 0.07 0.08
O3' 0.02 0.20 0.01 0.01 0.14 0.01 0.16 0.01 0.20 0.09 0.21 0.16 0.21 0.14 0.07 0.04 0.00 0.01 0.05 0.05 0.09 0.04
O4' 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.06 0.23 0.03 0.13
O5' 0.05 0.17 0.02 0.04 0.16 0.01 0.21 0.01 0.22 0.18 0.20 0.14 0.24 0.22 0.13 0.06 0.05 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.19 0.20 0.08 0.01 0.20 0.12 0.23 0.08 0.24 0.21 0.22 0.20 0.26 0.24 0.20 0.14 0.05 0.23 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.17 0.09 0.09 0.15 0.02 0.22 0.01 0.25 0.14 0.22 0.13 0.29 0.23 0.09 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.18 0.03 0.02 0.18 0.05 0.22 0.01 0.23 0.19 0.21 0.16 0.26 0.23 0.15 0.08 0.04 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 0.37 0.24 0.23 0.30 0.20 0.33 0.20 0.37 0.29 0.38 0.40 0.33 0.32 0.27 0.26 0.25 0.21 0.14 0.39 0.20 0.19 0.17
C2 0.23 0.49 0.24 0.26 0.38 0.18 0.44 0.19 0.51 0.35 0.52 0.54 0.40 0.42 0.31 0.18 0.28 0.19 0.21 0.56 0.26 0.30 0.23
C2' 0.21 0.41 0.21 0.16 0.30 0.14 0.32 0.14 0.38 0.24 0.42 0.46 0.35 0.29 0.24 0.25 0.17 0.16 0.11 0.40 0.20 0.17 0.15
C3' 0.13 0.30 0.13 0.07 0.19 0.06 0.21 0.08 0.26 0.14 0.30 0.35 0.25 0.19 0.13 0.21 0.08 0.08 0.18 0.29 0.25 0.25 0.22
C4 0.24 0.45 0.24 0.26 0.36 0.19 0.41 0.21 0.46 0.34 0.47 0.49 0.38 0.40 0.30 0.21 0.29 0.20 0.20 0.49 0.26 0.28 0.23
C4' 0.12 0.25 0.12 0.06 0.16 0.05 0.16 0.08 0.20 0.11 0.24 0.31 0.22 0.15 0.11 0.20 0.07 0.07 0.17 0.22 0.23 0.22 0.20
C5 0.21 0.46 0.20 0.26 0.35 0.18 0.42 0.23 0.47 0.34 0.48 0.52 0.39 0.41 0.29 0.18 0.29 0.18 0.24 0.51 0.31 0.33 0.27
C5' 0.13 0.19 0.14 0.09 0.10 0.08 0.04 0.11 0.08 0.05 0.14 0.25 0.18 0.06 0.07 0.20 0.08 0.09 0.28 0.09 0.30 0.31 0.29
C6 0.19 0.49 0.19 0.26 0.36 0.16 0.44 0.21 0.51 0.35 0.53 0.58 0.40 0.43 0.28 0.15 0.29 0.16 0.25 0.57 0.32 0.36 0.28
C8 0.21 0.38 0.22 0.27 0.31 0.21 0.35 0.25 0.38 0.32 0.38 0.42 0.34 0.36 0.27 0.22 0.30 0.20 0.21 0.41 0.29 0.28 0.24
N1 0.21 0.50 0.21 0.26 0.37 0.16 0.45 0.20 0.53 0.35 0.54 0.57 0.40 0.43 0.30 0.15 0.28 0.17 0.23 0.58 0.29 0.35 0.26
N3 0.25 0.46 0.25 0.26 0.37 0.19 0.42 0.20 0.48 0.34 0.49 0.50 0.39 0.41 0.31 0.21 0.28 0.20 0.19 0.52 0.23 0.27 0.21
N6 0.16 0.50 0.14 0.25 0.34 0.15 0.44 0.22 0.53 0.34 0.54 0.63 0.39 0.44 0.26 0.14 0.28 0.14 0.27 0.60 0.36 0.41 0.31
N7 0.19 0.42 0.18 0.26 0.32 0.19 0.38 0.25 0.43 0.33 0.43 0.49 0.37 0.40 0.27 0.19 0.30 0.17 0.25 0.46 0.33 0.34 0.28
N9 0.24 0.40 0.25 0.26 0.33 0.21 0.37 0.22 0.41 0.32 0.41 0.43 0.35 0.37 0.29 0.24 0.29 0.21 0.18 0.43 0.24 0.25 0.21
O2' 0.23 0.44 0.22 0.19 0.32 0.19 0.34 0.21 0.40 0.26 0.45 0.50 0.38 0.31 0.26 0.26 0.20 0.20 0.18 0.42 0.28 0.24 0.22
O3' 0.12 0.29 0.12 0.05 0.17 0.03 0.18 0.07 0.24 0.11 0.29 0.36 0.25 0.16 0.11 0.21 0.04 0.06 0.24 0.27 0.32 0.32 0.28
O4' 0.17 0.29 0.17 0.17 0.22 0.14 0.24 0.15 0.27 0.20 0.29 0.32 0.26 0.24 0.19 0.21 0.20 0.14 0.11 0.29 0.18 0.16 0.14
O5' 0.07 0.15 0.10 0.02 0.05 0.03 0.07 0.10 0.09 0.09 0.11 0.20 0.14 0.11 0.01 0.17 0.00 0.01 0.23 0.13 0.26 0.28 0.25
OP1 0.05 0.07 0.02 0.02 0.08 0.16 0.11 0.23 0.10 0.16 0.07 0.09 0.06 0.16 0.10 0.09 0.01 0.13 0.29 0.12 0.31 0.37 0.32
OP2 0.10 0.21 0.19 0.04 0.12 0.11 0.03 0.23 0.03 0.10 0.13 0.28 0.22 0.11 0.06 0.23 0.01 0.05 0.15 0.04 0.26 0.25 0.21
P 0.03 0.10 0.09 0.01 0.04 0.08 0.04 0.15 0.03 0.11 0.05 0.15 0.10 0.11 0.04 0.12 0.00 0.04 0.22 0.07 0.23 0.28 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.15 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.07 0.04 0.10 0.08
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.08 0.08 0.06 0.02 0.02 0.09 0.04 0.01 0.01 0.00 0.13 0.10 0.08 0.14 0.13
C4 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.09 0.00 0.09 0.15 0.10
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.01 0.11 0.01 0.13 0.18 0.13
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.02 0.02 0.07 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.12 0.00 0.14 0.20 0.15
C8 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02 0.12 0.02 0.11 0.15 0.11
N1 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.09 0.01 0.10 0.00 0.11 0.18 0.12
N2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.07 0.02 0.07 0.01 0.07 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.13 0.08
N7 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.13 0.01 0.14 0.20 0.15
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.12 0.08
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.08 0.10 0.08 0.04 0.02 0.00 0.07 0.04 0.06 0.07 0.03 0.08 0.05
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.04 0.10 0.08 0.09 0.07 0.05 0.10 0.04 0.07 0.00 0.01 0.20 0.12 0.16 0.20 0.19
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.10 0.01 0.08 0.07 0.07
O5' 0.05 0.08 0.07 0.13 0.09 0.01 0.11 0.01 0.12 0.12 0.10 0.07 0.07 0.13 0.09 0.06 0.20 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.13 0.00 0.17 0.23 0.17
OP1 0.04 0.08 0.04 0.08 0.09 0.03 0.13 0.05 0.14 0.11 0.11 0.07 0.07 0.14 0.08 0.03 0.16 0.08 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.15 0.10 0.14 0.15 0.02 0.18 0.02 0.20 0.15 0.18 0.15 0.13 0.20 0.12 0.08 0.20 0.07 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.08 0.13 0.10 0.01 0.13 0.00 0.15 0.11 0.12 0.09 0.08 0.15 0.08 0.05 0.19 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00