ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52358

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.008, 0.027, 0.045, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.027 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.010, 0.042, 0.074, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.042 std_dev=0.032
O4' A 0, -0.056, 0.171, 0.397, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.171 std_dev=0.227
C2' B 0, 0.126, 0.400, 0.674, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.400 std_dev=0.274
C2' A 0, -0.036, 0.245, 0.526, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.245 std_dev=0.281
O2' B 0, 0.119, 0.516, 0.913, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.516 std_dev=0.397
C4' A 0, -0.077, 0.341, 0.758, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.341 std_dev=0.417
O5' A 0, -0.027, 0.399, 0.825, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.399 std_dev=0.426
C3' A 0, -0.047, 0.380, 0.808, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.380 std_dev=0.428
O2' A 0, -0.025, 0.404, 0.833, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.404 std_dev=0.429
O3' A 0, -0.079, 0.602, 1.284, 1.729 max_d=1.729 avg_d=0.602 std_dev=0.682
C1' B 0, 0.176, 0.865, 1.555, 1.550 max_d=1.550 avg_d=0.865 std_dev=0.689
P A 0, -0.044, 0.650, 1.345, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.650 std_dev=0.694
C5' A 0, -0.144, 0.561, 1.266, 1.757 max_d=1.757 avg_d=0.561 std_dev=0.705
C3' B 0, 0.045, 0.760, 1.474, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.760 std_dev=0.714
O3' B 0, -0.022, 0.694, 1.410, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.694 std_dev=0.716
OP2 A 0, -0.017, 0.775, 1.566, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.775 std_dev=0.791
OP1 A 0, -0.091, 0.860, 1.810, 2.434 max_d=2.434 avg_d=0.860 std_dev=0.950
O4' B 0, 0.075, 1.061, 2.046, 2.559 max_d=2.559 avg_d=1.061 std_dev=0.985
C4' B 0, 0.145, 1.421, 2.697, 2.902 max_d=2.902 avg_d=1.421 std_dev=1.276
N9 B 0, 0.207, 1.566, 2.925, 3.001 max_d=3.001 avg_d=1.566 std_dev=1.359
N3 B 0, 0.188, 1.648, 3.109, 3.359 max_d=3.359 avg_d=1.648 std_dev=1.461
C4 B 0, 0.217, 1.919, 3.621, 3.749 max_d=3.749 avg_d=1.919 std_dev=1.702
C8 B 0, 0.238, 2.258, 4.277, 4.486 max_d=4.486 avg_d=2.258 std_dev=2.019
C2 B 0, 0.203, 2.258, 4.312, 4.627 max_d=4.627 avg_d=2.258 std_dev=2.054
N2 B 0, 0.088, 2.210, 4.332, 5.173 max_d=5.173 avg_d=2.210 std_dev=2.122
C5' B 0, 0.161, 2.317, 4.473, 4.541 max_d=4.541 avg_d=2.317 std_dev=2.156
O5' B 0, 0.322, 2.671, 5.020, 5.198 max_d=5.198 avg_d=2.671 std_dev=2.349
C5 B 0, 0.233, 2.755, 5.277, 5.728 max_d=5.728 avg_d=2.755 std_dev=2.522
N7 B 0, 0.244, 2.948, 5.651, 6.177 max_d=6.177 avg_d=2.948 std_dev=2.703
N1 B 0, 0.244, 3.032, 5.820, 5.950 max_d=5.950 avg_d=3.032 std_dev=2.788
C6 B 0, 0.243, 3.349, 6.455, 7.006 max_d=7.006 avg_d=3.349 std_dev=3.106
P B 0, 0.356, 3.625, 6.895, 7.216 max_d=7.216 avg_d=3.625 std_dev=3.270
OP2 B 0, 0.358, 3.884, 7.409, 7.772 max_d=7.772 avg_d=3.884 std_dev=3.526
O6 B 0, 0.248, 4.124, 7.999, 8.856 max_d=8.856 avg_d=4.124 std_dev=3.875
OP1 B 0, 0.371, 4.258, 8.145, 8.884 max_d=8.884 avg_d=4.258 std_dev=3.887

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.14 0.09 0.13
C2 0.02 0.00 0.21 0.13 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.23 0.03 0.14 0.15 0.40 0.18
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.11 0.00 0.08 0.02 0.12 0.07 0.18 0.20 0.11 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.19 0.06
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.06 0.20 0.09 0.13 0.08 0.16 0.07 0.01 0.01 0.02 0.20 0.20 0.26 0.18
C4 0.01 0.01 0.11 0.04 0.00 0.04 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.15 0.08 0.03 0.15 0.13 0.33 0.16
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.07 0.18 0.03 0.04 0.10 0.17 0.08 0.04 0.01 0.00 0.01 0.11 0.03 0.07
C5 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.10 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.11 0.07 0.03 0.24 0.30 0.47 0.30
C5' 0.04 0.11 0.02 0.02 0.17 0.01 0.26 0.00 0.24 0.32 0.18 0.08 0.29 0.34 0.18 0.03 0.01 0.02 0.00 0.12 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.12 0.06 0.01 0.07 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.10 0.03 0.25 0.35 0.54 0.34
C8 0.01 0.01 0.07 0.20 0.00 0.18 0.01 0.32 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.20 0.02 0.24 0.21 0.29 0.21
N1 0.02 0.00 0.18 0.09 0.01 0.03 0.01 0.18 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.18 0.03 0.20 0.27 0.50 0.28
N3 0.02 0.01 0.20 0.13 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.21 0.03 0.10 0.07 0.31 0.11
N6 0.02 0.01 0.11 0.08 0.02 0.10 0.02 0.29 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.10 0.03 0.29 0.46 0.63 0.43
N7 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.17 0.00 0.34 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.17 0.02 0.30 0.37 0.49 0.36
N9 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.12 0.06 0.21 0.08
O2' 0.02 0.29 0.00 0.01 0.15 0.04 0.11 0.03 0.17 0.06 0.25 0.26 0.16 0.02 0.03 0.00 0.01 0.09 0.09 0.03 0.14 0.07
O3' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.10 0.20 0.18 0.21 0.10 0.17 0.05 0.01 0.00 0.01 0.26 0.36 0.35 0.29
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.19 0.35 0.23 0.32
O5' 0.02 0.14 0.12 0.20 0.15 0.01 0.24 0.00 0.25 0.24 0.20 0.10 0.29 0.30 0.12 0.09 0.26 0.19 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.14 0.15 0.06 0.20 0.13 0.11 0.30 0.12 0.35 0.21 0.27 0.07 0.46 0.37 0.06 0.03 0.36 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.40 0.19 0.26 0.33 0.03 0.47 0.01 0.54 0.29 0.50 0.31 0.63 0.49 0.21 0.14 0.35 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.18 0.06 0.18 0.16 0.07 0.30 0.01 0.34 0.21 0.28 0.11 0.43 0.36 0.08 0.07 0.29 0.32 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.24 1.02 0.16 0.11 0.76 0.21 0.85 0.27 1.01 0.53 1.09 1.07 0.84 0.71 0.51 0.27 0.35 0.15 0.63 1.06 1.15 1.17 0.90
C2 0.76 1.69 0.34 0.28 1.53 0.24 1.95 0.69 2.27 1.53 2.17 1.43 1.32 1.89 1.26 0.38 0.14 0.55 1.23 2.49 2.13 2.15 1.79
C2' 0.26 1.03 0.23 0.10 0.79 0.10 0.92 0.18 1.09 0.60 1.14 1.07 0.83 0.80 0.56 0.15 0.20 0.14 0.57 1.17 1.13 1.12 0.86
C3' 0.35 0.94 0.36 0.23 0.78 0.10 0.88 0.10 1.01 0.63 1.04 0.95 0.80 0.79 0.59 0.11 0.10 0.22 0.40 1.08 0.86 0.80 0.61
C4 0.62 1.32 0.32 0.24 1.28 0.18 1.55 0.58 1.71 1.25 1.60 1.08 1.11 1.51 1.06 0.34 0.13 0.41 1.06 1.82 1.83 1.78 1.51
C4' 0.31 0.87 0.35 0.09 0.64 0.14 0.65 0.20 0.77 0.39 0.87 0.96 0.76 0.51 0.46 0.23 0.17 0.13 0.25 0.78 0.64 0.57 0.40
C5 0.74 1.19 0.38 0.40 1.41 0.42 1.80 0.88 1.90 1.58 1.61 0.77 1.04 1.86 1.27 0.31 0.16 0.56 1.29 2.05 2.17 1.98 1.78
C5' 0.50 0.81 0.56 0.30 0.66 0.23 0.64 0.25 0.71 0.44 0.79 0.87 0.76 0.52 0.54 0.56 0.18 0.33 0.07 0.70 0.40 0.19 0.15
C6 0.86 1.37 0.40 0.45 1.62 0.52 2.17 1.05 2.37 1.88 1.96 0.88 1.15 2.26 1.45 0.34 0.19 0.68 1.48 2.62 2.50 2.30 2.07
C8 0.43 0.71 0.28 0.28 0.87 0.26 1.08 0.60 1.11 0.99 0.94 0.47 0.63 1.14 0.79 0.22 0.08 0.28 0.92 1.21 1.55 1.34 1.24
N1 0.86 1.59 0.38 0.39 1.65 0.41 2.19 0.92 2.51 1.80 2.23 1.15 1.28 2.21 1.43 0.37 0.14 0.66 1.43 2.80 2.43 2.35 2.04
N3 0.64 1.58 0.30 0.19 1.35 0.11 1.65 0.50 1.91 1.25 1.89 1.45 1.26 1.55 1.07 0.37 0.18 0.43 1.04 2.05 1.84 1.88 1.52
N6 0.92 1.28 0.41 0.55 1.66 0.69 2.35 1.29 2.51 2.13 1.94 0.89 1.08 2.58 1.56 0.32 0.29 0.80 1.67 2.88 2.81 2.48 2.32
N7 0.64 0.83 0.36 0.45 1.16 0.50 1.51 0.95 1.51 1.45 1.20 0.47 0.75 1.65 1.13 0.24 0.22 0.52 1.25 1.65 2.05 1.71 1.66
N9 0.43 1.02 0.25 0.15 0.96 0.05 1.13 0.41 1.24 0.89 1.19 0.89 0.87 1.08 0.78 0.29 0.18 0.25 0.84 1.31 1.47 1.42 1.18
O2' 0.21 1.05 0.21 0.05 0.71 0.30 0.81 0.27 1.01 0.45 1.12 1.18 0.83 0.65 0.45 0.17 0.30 0.21 0.48 1.07 1.01 1.06 0.75
O3' 0.37 0.93 0.40 0.28 0.75 0.15 0.86 0.12 1.00 0.60 1.03 0.96 0.79 0.77 0.58 0.19 0.17 0.25 0.30 1.07 0.72 0.68 0.49
O4' 0.16 0.87 0.15 0.18 0.58 0.29 0.59 0.36 0.73 0.29 0.85 0.97 0.74 0.43 0.36 0.10 0.44 0.10 0.51 0.73 0.91 0.86 0.67
O5' 0.25 0.49 0.25 0.16 0.43 0.13 0.54 0.02 0.61 0.41 0.57 0.48 0.42 0.54 0.33 0.21 0.02 0.19 0.16 0.68 0.51 0.31 0.28
OP1 0.36 0.06 0.02 0.13 0.05 0.18 0.17 0.59 0.21 0.22 0.11 0.15 0.12 0.28 0.14 0.14 0.01 0.29 0.77 0.30 1.07 0.90 0.93
OP2 0.07 0.39 0.24 0.03 0.56 0.31 0.90 0.19 0.93 0.90 0.69 0.17 0.26 1.08 0.54 0.11 0.02 0.14 0.17 1.10 0.29 0.36 0.18
P 0.18 0.16 0.09 0.01 0.20 0.12 0.39 0.16 0.44 0.37 0.31 0.13 0.10 0.49 0.15 0.06 0.00 0.19 0.30 0.54 0.42 0.38 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.31 0.00 0.10 0.01 0.13 0.09 0.12
C2 0.03 0.00 0.20 0.20 0.00 0.41 0.00 0.91 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.23 0.17 0.30 1.24 0.02 1.51 1.79 1.54
C2' 0.00 0.20 0.00 0.00 0.09 0.00 0.03 0.20 0.06 0.11 0.13 0.25 0.21 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01 0.46 0.04 0.52 0.59 0.47
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.06 0.01 0.24 0.01 0.17 0.47 0.05 0.36 0.23 0.44 0.21 0.01 0.01 0.02 0.14 0.24 0.27 0.19 0.15
C4 0.01 0.00 0.09 0.06 0.00 0.14 0.01 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.25 0.11 0.16 0.44 0.01 0.47 0.50 0.48
C4' 0.01 0.41 0.00 0.01 0.14 0.00 0.04 0.01 0.09 0.36 0.27 0.56 0.40 0.27 0.08 0.27 0.01 0.00 0.01 0.04 0.08 0.05 0.07
C5 0.01 0.00 0.03 0.24 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.02 0.07 0.14 0.01 0.14 0.19 0.17
C5' 0.07 0.91 0.20 0.01 0.37 0.01 0.12 0.00 0.30 0.55 0.66 1.20 0.85 0.41 0.06 0.07 0.21 0.01 0.01 0.19 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.09 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.33 0.02 0.13 0.31 0.00 0.35 0.39 0.40
C8 0.02 0.01 0.11 0.47 0.00 0.36 0.01 0.55 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.23 0.04 0.18 0.88 0.01 0.98 1.21 1.05
N1 0.03 0.01 0.13 0.05 0.01 0.27 0.00 0.66 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.07 0.23 0.84 0.01 1.05 1.23 1.09
N2 0.04 0.00 0.25 0.36 0.01 0.56 0.00 1.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.18 0.22 0.36 1.66 0.02 2.15 2.56 2.15
N3 0.03 0.01 0.21 0.23 0.00 0.40 0.01 0.85 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.21 0.29 1.16 0.02 1.31 1.49 1.33
N7 0.01 0.00 0.08 0.44 0.01 0.27 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.30 0.09 0.10 0.72 0.01 0.86 1.10 0.88
N9 0.01 0.01 0.02 0.21 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.19 0.10 0.02 0.15 0.01 0.18 0.26 0.23
O2' 0.02 0.23 0.00 0.01 0.25 0.27 0.30 0.07 0.33 0.23 0.30 0.18 0.19 0.30 0.19 0.00 0.04 0.19 0.36 0.36 0.43 0.65 0.39
O3' 0.31 0.17 0.02 0.01 0.11 0.01 0.02 0.21 0.02 0.04 0.07 0.22 0.21 0.09 0.10 0.04 0.00 0.20 0.15 0.07 0.19 0.16 0.16
O4' 0.00 0.30 0.01 0.02 0.16 0.00 0.07 0.01 0.13 0.18 0.23 0.36 0.29 0.10 0.02 0.19 0.20 0.00 0.14 0.10 0.22 0.28 0.28
O5' 0.10 1.24 0.46 0.14 0.44 0.01 0.14 0.01 0.31 0.88 0.84 1.66 1.16 0.72 0.15 0.36 0.15 0.14 0.00 0.18 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.04 0.24 0.01 0.04 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.36 0.07 0.10 0.18 0.00 0.17 0.20 0.22
OP1 0.13 1.51 0.52 0.27 0.47 0.08 0.14 0.07 0.35 0.98 1.05 2.15 1.31 0.86 0.18 0.43 0.19 0.22 0.02 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 1.79 0.59 0.19 0.50 0.05 0.19 0.02 0.39 1.21 1.23 2.56 1.49 1.10 0.26 0.65 0.16 0.28 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.12 1.54 0.47 0.15 0.48 0.07 0.17 0.01 0.40 1.05 1.09 2.15 1.33 0.88 0.23 0.39 0.16 0.28 0.01 0.22 0.01 0.00 0.00