Doublet Group distance statistics: 52359

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3	A	0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4	A	0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N9	A	0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N6	A	0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C8	A	0, 0.014, 0.039, 0.064, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.039 std_dev=0.025
O3'	A	0, 0.071, 0.226, 0.382, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.226 std_dev=0.155
O5'	A	0, 0.154, 0.375, 0.597, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.375 std_dev=0.221
C2'	A	0, 0.166, 0.392, 0.618, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.392 std_dev=0.226
C3'	A	0, 0.163, 0.395, 0.627, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.395 std_dev=0.232
C4'	A	0, 0.188, 0.447, 0.707, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.447 std_dev=0.259
O4'	A	0, 0.192, 0.455, 0.718, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.455 std_dev=0.263
O3'	B	0, 0.178, 0.469, 0.759, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.469 std_dev=0.290
C2'	B	0, 0.064, 0.368, 0.673, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.368 std_dev=0.304
O2'	A	0, 0.273, 0.650, 1.028, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.650 std_dev=0.378
P	A	0, 0.232, 0.647, 1.061, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.647 std_dev=0.414
C3'	B	0, 0.230, 0.646, 1.062, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.646 std_dev=0.416
C5'	A	0, 0.353, 0.838, 1.323, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.838 std_dev=0.485
C1'	B	0, 0.219, 0.855, 1.491, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.855 std_dev=0.636
O2'	B	0, 0.454, 1.204, 1.954, 2.042 max_d=2.042 avg_d=1.204 std_dev=0.750
OP2	A	0, 0.506, 1.340, 2.174, 2.043 max_d=2.043 avg_d=1.340 std_dev=0.834
OP1	A	0, 0.527, 1.395, 2.263, 2.185 max_d=2.185 avg_d=1.395 std_dev=0.868
N9	B	0, 0.598, 1.718, 2.837, 2.757 max_d=2.757 avg_d=1.718 std_dev=1.119
N3	B	0, 0.727, 1.872, 3.016, 2.880 max_d=2.880 avg_d=1.872 std_dev=1.144
C4'	B	0, 0.564, 1.725, 2.886, 3.009 max_d=3.009 avg_d=1.725 std_dev=1.161
O4'	B	0, 0.573, 1.895, 3.217, 3.468 max_d=3.468 avg_d=1.895 std_dev=1.322
C4	B	0, 0.775, 2.118, 3.461, 3.306 max_d=3.306 avg_d=2.118 std_dev=1.343
C2	B	0, 1.076, 2.832, 4.587, 4.350 max_d=4.350 avg_d=2.832 std_dev=1.756
C5'	B	0, 0.977, 2.768, 4.560, 4.703 max_d=4.703 avg_d=2.768 std_dev=1.791
C8	B	0, 1.011, 2.816, 4.622, 4.485 max_d=4.485 avg_d=2.816 std_dev=1.806
O5'	B	0, 1.147, 3.060, 4.973, 4.906 max_d=4.906 avg_d=3.060 std_dev=1.913
N2	B	0, 1.234, 3.169, 5.104, 4.755 max_d=4.755 avg_d=3.169 std_dev=1.935
C5	B	0, 1.207, 3.305, 5.402, 5.124 max_d=5.124 avg_d=3.305 std_dev=2.098
OP1	B	0, 1.449, 3.562, 5.675, 5.499 max_d=5.499 avg_d=3.562 std_dev=2.113
P	B	0, 1.530, 3.823, 6.115, 5.799 max_d=5.799 avg_d=3.823 std_dev=2.292
N7	B	0, 1.346, 3.680, 6.014, 5.760 max_d=5.760 avg_d=3.680 std_dev=2.334
N1	B	0, 1.401, 3.792, 6.184, 5.871 max_d=5.871 avg_d=3.792 std_dev=2.391
OP2	B	0, 1.710, 4.235, 6.760, 6.456 max_d=6.456 avg_d=4.235 std_dev=2.525
C6	B	0, 1.518, 4.143, 6.768, 6.421 max_d=6.421 avg_d=4.143 std_dev=2.625
O6	B	0, 1.919, 5.234, 8.548, 8.095 max_d=8.095 avg_d=5.234 std_dev=3.315

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.03	0.03	0.00	0.10	0.33	0.06	0.10
C2	0.02	0.00	0.07	0.05	0.01	0.02	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.06	0.06	0.09	0.45	0.12	0.18
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.05	0.00	0.04	0.04	0.05	0.04	0.06	0.07	0.04	0.04	0.03	0.00	0.01	0.01	0.21	0.29	0.11	0.11
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.03	0.00	0.03	0.03	0.03	0.04	0.04	0.04	0.04	0.04	0.02	0.01	0.01	0.00	0.18	0.22	0.20	0.07
C4	0.01	0.01	0.05	0.03	0.00	0.02	0.01	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.07	0.04	0.03	0.09	0.43	0.12	0.18
C4'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.04	0.04	0.03	0.02	0.04	0.04	0.02	0.02	0.02	0.00	0.03	0.22	0.14	0.03
C5	0.01	0.01	0.04	0.03	0.01	0.03	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.03	0.02	0.09	0.45	0.19	0.21
C5'	0.03	0.06	0.04	0.03	0.06	0.01	0.07	0.00	0.08	0.07	0.07	0.05	0.09	0.08	0.05	0.03	0.04	0.01	0.01	0.18	0.15	0.01
C6	0.02	0.01	0.05	0.03	0.01	0.04	0.01	0.08	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.04	0.04	0.09	0.46	0.21	0.22
C8	0.02	0.01	0.04	0.04	0.01	0.04	0.01	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.05	0.03	0.05	0.08	0.42	0.18	0.21
N1	0.02	0.00	0.06	0.04	0.01	0.03	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.05	0.05	0.09	0.46	0.17	0.21
N3	0.01	0.00	0.07	0.04	0.00	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.06	0.05	0.10	0.43	0.09	0.16
N6	0.02	0.01	0.04	0.04	0.01	0.04	0.01	0.09	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.04	0.04	0.09	0.46	0.26	0.24
N7	0.02	0.01	0.04	0.04	0.01	0.04	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.03	0.04	0.08	0.44	0.24	0.23
N9	0.01	0.01	0.03	0.02	0.00	0.02	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.03	0.01	0.09	0.40	0.09	0.16
O2'	0.03	0.13	0.00	0.01	0.07	0.02	0.05	0.03	0.07	0.05	0.10	0.13	0.06	0.04	0.04	0.00	0.02	0.02	0.24	0.30	0.14	0.13
O3'	0.03	0.06	0.01	0.01	0.04	0.02	0.03	0.04	0.04	0.03	0.05	0.06	0.04	0.03	0.03	0.02	0.00	0.03	0.14	0.22	0.23	0.06
O4'	0.00	0.06	0.01	0.00	0.03	0.00	0.02	0.01	0.04	0.05	0.05	0.05	0.04	0.04	0.01	0.02	0.03	0.00	0.10	0.29	0.11	0.11
O5'	0.10	0.09	0.21	0.18	0.09	0.03	0.09	0.01	0.09	0.08	0.09	0.10	0.09	0.08	0.09	0.24	0.14	0.10	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.33	0.45	0.29	0.22	0.43	0.22	0.45	0.18	0.46	0.42	0.46	0.43	0.46	0.44	0.40	0.30	0.22	0.29	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.06	0.12	0.11	0.20	0.12	0.14	0.19	0.15	0.21	0.18	0.17	0.09	0.26	0.24	0.09	0.14	0.23	0.11	0.02	0.01	0.00	0.00
P	0.10	0.18	0.11	0.07	0.18	0.03	0.21	0.01	0.22	0.21	0.21	0.16	0.24	0.23	0.16	0.13	0.06	0.11	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.62	0.19	0.13	0.49	0.16	0.67	0.41	0.82	0.42	0.79	0.58	0.45	0.61	0.32	0.50	0.19	0.05	0.12	0.94	0.14	0.40	0.16
C2	0.23	0.87	0.21	0.17	0.52	0.37	0.72	0.41	1.00	0.30	1.07	0.95	0.57	0.57	0.25	0.56	0.27	0.34	0.30	1.16	0.39	0.40	0.32
C2'	0.18	0.56	0.17	0.22	0.55	0.19	0.74	0.49	0.84	0.58	0.74	0.46	0.43	0.75	0.43	0.43	0.11	0.18	0.28	0.95	0.15	0.53	0.29
C3'	0.20	0.41	0.11	0.25	0.48	0.36	0.70	0.73	0.76	0.63	0.60	0.30	0.33	0.78	0.43	0.37	0.07	0.36	0.41	0.89	0.25	0.61	0.40
C4	0.21	0.74	0.22	0.17	0.45	0.34	0.60	0.39	0.82	0.24	0.88	0.79	0.51	0.46	0.22	0.56	0.27	0.29	0.29	0.93	0.37	0.39	0.30
C4'	0.08	0.34	0.13	0.14	0.32	0.29	0.48	0.64	0.56	0.38	0.47	0.29	0.25	0.51	0.25	0.40	0.14	0.24	0.22	0.66	0.12	0.42	0.22
C5	0.29	0.68	0.24	0.22	0.35	0.47	0.44	0.49	0.67	0.12	0.77	0.79	0.46	0.27	0.14	0.56	0.30	0.45	0.45	0.75	0.51	0.45	0.45
C5'	0.09	0.21	0.14	0.12	0.16	0.31	0.21	0.65	0.25	0.18	0.23	0.24	0.18	0.23	0.12	0.32	0.10	0.26	0.21	0.30	0.17	0.36	0.22
C6	0.33	0.73	0.24	0.23	0.35	0.53	0.46	0.56	0.71	0.11	0.83	0.87	0.48	0.27	0.14	0.55	0.30	0.53	0.51	0.80	0.57	0.50	0.51
C8	0.22	0.53	0.23	0.21	0.29	0.37	0.36	0.40	0.51	0.13	0.59	0.61	0.38	0.22	0.14	0.50	0.29	0.31	0.37	0.57	0.42	0.39	0.37
N1	0.29	0.83	0.23	0.20	0.44	0.47	0.59	0.49	0.87	0.18	0.98	0.95	0.54	0.42	0.18	0.55	0.29	0.46	0.43	1.00	0.50	0.45	0.44
N3	0.18	0.84	0.20	0.15	0.54	0.30	0.75	0.37	1.00	0.35	1.04	0.87	0.56	0.61	0.28	0.56	0.26	0.24	0.21	1.15	0.31	0.38	0.24
N6	0.39	0.67	0.25	0.27	0.27	0.62	0.33	0.67	0.58	0.16	0.73	0.85	0.43	0.14	0.16	0.52	0.30	0.64	0.63	0.65	0.68	0.59	0.64
N7	0.30	0.56	0.25	0.25	0.25	0.51	0.29	0.54	0.48	0.14	0.59	0.67	0.38	0.13	0.13	0.52	0.31	0.48	0.52	0.52	0.56	0.49	0.51
N9	0.17	0.64	0.22	0.16	0.42	0.26	0.55	0.35	0.73	0.26	0.76	0.66	0.45	0.44	0.23	0.53	0.26	0.20	0.23	0.82	0.30	0.36	0.25
O2'	0.30	0.78	0.26	0.26	0.77	0.17	1.03	0.45	1.16	0.79	1.03	0.63	0.62	1.01	0.61	0.44	0.11	0.23	0.37	1.30	0.21	0.66	0.39
O3'	0.25	0.52	0.12	0.27	0.61	0.39	0.90	0.79	0.99	0.78	0.79	0.36	0.41	1.00	0.54	0.38	0.07	0.41	0.49	1.18	0.28	0.68	0.46
O4'	0.06	0.44	0.17	0.11	0.32	0.23	0.47	0.48	0.61	0.26	0.57	0.42	0.30	0.43	0.18	0.48	0.25	0.13	0.07	0.71	0.21	0.33	0.16
O5'	0.20	0.31	0.18	0.22	0.28	0.32	0.32	0.59	0.34	0.29	0.33	0.30	0.28	0.32	0.26	0.20	0.02	0.29	0.24	0.35	0.18	0.34	0.22
OP1	0.11	0.32	0.04	0.11	0.22	0.16	0.25	0.26	0.27	0.33	0.30	0.41	0.28	0.33	0.20	0.06	0.02	0.15	0.48	0.29	0.56	0.66	0.57
OP2	0.12	0.40	0.22	0.09	0.34	0.24	0.40	0.45	0.44	0.37	0.43	0.42	0.35	0.43	0.27	0.15	0.02	0.11	0.40	0.47	0.42	0.42	0.41
P	0.03	0.20	0.08	0.02	0.11	0.15	0.12	0.27	0.13	0.19	0.16	0.26	0.17	0.19	0.09	0.07	0.01	0.09	0.25	0.13	0.13	0.37	0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.01	0.05	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.10	0.02	0.30	0.21	0.14
C2	0.00	0.00	0.16	0.19	0.00	0.07	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.21	0.04	0.26	0.01	0.28	0.68	0.35
C2'	0.00	0.16	0.00	0.01	0.07	0.01	0.04	0.04	0.07	0.10	0.12	0.20	0.17	0.08	0.02	0.01	0.02	0.01	0.19	0.07	0.16	0.34	0.09
C3'	0.02	0.19	0.01	0.00	0.10	0.01	0.07	0.05	0.10	0.14	0.15	0.23	0.18	0.10	0.06	0.02	0.00	0.00	0.29	0.08	0.06	0.38	0.20
C4	0.01	0.00	0.07	0.10	0.00	0.05	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.09	0.09	0.02	0.27	0.01	0.27	0.64	0.35
C4'	0.00	0.07	0.01	0.01	0.05	0.00	0.07	0.01	0.08	0.09	0.07	0.07	0.06	0.08	0.05	0.06	0.03	0.00	0.01	0.09	0.36	0.05	0.16
C5	0.01	0.01	0.04	0.07	0.00	0.07	0.00	0.21	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.09	0.06	0.02	0.34	0.02	0.41	0.84	0.50
C5'	0.05	0.16	0.04	0.05	0.16	0.01	0.21	0.00	0.22	0.21	0.20	0.14	0.13	0.23	0.14	0.05	0.06	0.02	0.00	0.25	0.12	0.11	0.00
C6	0.01	0.00	0.07	0.10	0.01	0.08	0.01	0.22	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.12	0.09	0.03	0.35	0.01	0.44	0.91	0.54
C8	0.01	0.01	0.10	0.14	0.00	0.09	0.00	0.21	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.07	0.16	0.06	0.35	0.02	0.38	0.70	0.46
N1	0.01	0.00	0.12	0.15	0.01	0.07	0.01	0.20	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.16	0.03	0.31	0.01	0.35	0.82	0.46
N2	0.01	0.01	0.20	0.23	0.01	0.07	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.19	0.28	0.06	0.24	0.01	0.27	0.65	0.31
N3	0.00	0.00	0.17	0.18	0.00	0.06	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.19	0.05	0.22	0.01	0.25	0.57	0.27
N7	0.01	0.01	0.08	0.10	0.00	0.08	0.00	0.23	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.08	0.12	0.05	0.38	0.02	0.51	0.91	0.60
N9	0.01	0.01	0.02	0.06	0.00	0.05	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.06	0.01	0.24	0.02	0.24	0.51	0.28
O2'	0.01	0.16	0.01	0.02	0.09	0.06	0.09	0.05	0.12	0.07	0.15	0.19	0.15	0.08	0.03	0.00	0.01	0.07	0.09	0.13	0.39	0.14	0.14
O3'	0.01	0.21	0.02	0.00	0.09	0.03	0.06	0.06	0.09	0.16	0.16	0.28	0.19	0.12	0.06	0.01	0.00	0.02	0.28	0.08	0.10	0.33	0.18
O4'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.02	0.03	0.06	0.03	0.06	0.05	0.05	0.01	0.07	0.02	0.00	0.15	0.04	0.43	0.10	0.27
O5'	0.10	0.26	0.19	0.29	0.27	0.01	0.34	0.00	0.35	0.35	0.31	0.24	0.22	0.38	0.24	0.09	0.28	0.15	0.00	0.37	0.02	0.02	0.00
O6	0.02	0.01	0.07	0.08	0.01	0.09	0.02	0.25	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.13	0.08	0.04	0.37	0.00	0.54	1.02	0.63
OP1	0.30	0.28	0.16	0.06	0.27	0.36	0.41	0.12	0.44	0.38	0.35	0.27	0.25	0.51	0.24	0.39	0.10	0.43	0.02	0.54	0.00	0.01	0.01
OP2	0.21	0.68	0.34	0.38	0.64	0.05	0.84	0.11	0.91	0.70	0.82	0.65	0.57	0.91	0.51	0.14	0.33	0.10	0.02	1.02	0.01	0.00	0.00
P	0.14	0.35	0.09	0.20	0.35	0.16	0.50	0.00	0.54	0.46	0.46	0.31	0.27	0.60	0.28	0.14	0.18	0.27	0.00	0.63	0.01	0.00	0.00