ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52361

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.010, 0.025, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.029 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.034 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.015, 0.039, 0.063, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.039 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.020, 0.049, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.049 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.021, 0.053, 0.085, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.053 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.020, 0.054, 0.088, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.054 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.028, 0.072, 0.116, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.072 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.110, 0.279, 0.449, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.279 std_dev=0.170
C2' A 0, 0.154, 0.368, 0.583, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.368 std_dev=0.215
C4' A 0, 0.177, 0.444, 0.712, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.444 std_dev=0.268
C3' A 0, 0.189, 0.470, 0.752, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.470 std_dev=0.282
O2' A 0, 0.230, 0.546, 0.862, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.546 std_dev=0.316
O3' A 0, 0.215, 0.547, 0.878, 0.879 max_d=0.879 avg_d=0.547 std_dev=0.332
C8 B 0, 0.209, 0.569, 0.928, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.569 std_dev=0.360
C2' B 0, 0.259, 0.623, 0.987, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.623 std_dev=0.364
OP1 A 0, 0.349, 0.854, 1.359, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.854 std_dev=0.505
C5' A 0, 0.363, 0.885, 1.407, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.885 std_dev=0.522
O2' B 0, 0.385, 0.915, 1.445, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.915 std_dev=0.530
N7 B 0, 0.420, 1.018, 1.615, 1.516 max_d=1.516 avg_d=1.018 std_dev=0.597
O5' A 0, 0.462, 1.111, 1.760, 1.564 max_d=1.564 avg_d=1.111 std_dev=0.649
P A 0, 0.488, 1.167, 1.847, 1.661 max_d=1.661 avg_d=1.167 std_dev=0.680
O3' B 0, 0.600, 1.423, 2.247, 1.980 max_d=1.980 avg_d=1.423 std_dev=0.824
OP2 A 0, 0.605, 1.439, 2.273, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.439 std_dev=0.834
N9 B 0, 0.677, 1.626, 2.575, 2.318 max_d=2.318 avg_d=1.626 std_dev=0.949
C3' B 0, 0.782, 1.851, 2.920, 2.509 max_d=2.509 avg_d=1.851 std_dev=1.069
C1' B 0, 0.819, 1.952, 3.086, 2.708 max_d=2.708 avg_d=1.952 std_dev=1.134
C5 B 0, 1.266, 3.005, 4.744, 4.166 max_d=4.166 avg_d=3.005 std_dev=1.739
O4' B 0, 1.358, 3.219, 5.079, 4.390 max_d=4.390 avg_d=3.219 std_dev=1.861
C4 B 0, 1.370, 3.250, 5.129, 4.471 max_d=4.471 avg_d=3.250 std_dev=1.880
C4' B 0, 1.486, 3.519, 5.551, 4.770 max_d=4.770 avg_d=3.519 std_dev=2.032
C6 B 0, 2.026, 4.798, 7.571, 6.559 max_d=6.559 avg_d=4.798 std_dev=2.773
C5' B 0, 2.088, 4.942, 7.795, 6.658 max_d=6.658 avg_d=4.942 std_dev=2.854
N3 B 0, 2.091, 4.950, 7.810, 6.708 max_d=6.708 avg_d=4.950 std_dev=2.860
O6 B 0, 2.130, 5.045, 7.960, 6.885 max_d=6.885 avg_d=5.045 std_dev=2.915
O5' B 0, 2.418, 5.724, 9.030, 7.719 max_d=7.719 avg_d=5.724 std_dev=3.306
N1 B 0, 2.740, 6.487, 10.235, 8.802 max_d=8.802 avg_d=6.487 std_dev=3.747
C2 B 0, 2.752, 6.514, 10.277, 8.808 max_d=8.808 avg_d=6.514 std_dev=3.762
P B 0, 2.902, 6.870, 10.838, 9.259 max_d=9.259 avg_d=6.870 std_dev=3.968
OP2 B 0, 3.135, 7.422, 11.710, 10.043 max_d=10.043 avg_d=7.422 std_dev=4.288
N2 B 0, 3.520, 8.331, 13.142, 11.205 max_d=11.205 avg_d=8.331 std_dev=4.811
OP1 B 0, 3.529, 8.352, 13.175, 11.261 max_d=11.261 avg_d=8.352 std_dev=4.823

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.15 0.07 0.18 0.17
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.13 0.04 0.04
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.04 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.11 0.05 0.10 0.12
C4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.10 0.06 0.10 0.13
C5' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.10 0.07 0.11 0.09 0.10 0.07 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.12 0.08 0.14 0.16
C8 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.08 0.11 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.15 0.08 0.18 0.18
N3 0.02 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.01 0.14 0.05 0.15 0.14
N6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.12 0.09 0.14 0.16
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.07 0.09 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.06 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.13 0.04 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.18 0.04 0.07
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.02
O5' 0.03 0.15 0.03 0.02 0.11 0.00 0.10 0.00 0.12 0.08 0.15 0.14 0.12 0.07 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.07 0.13 0.15 0.05 0.05 0.06 0.01 0.08 0.08 0.08 0.05 0.09 0.07 0.06 0.13 0.18 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.18 0.04 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.14 0.11 0.18 0.15 0.14 0.09 0.06 0.04 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.17 0.04 0.05 0.12 0.01 0.13 0.00 0.16 0.08 0.18 0.14 0.16 0.09 0.07 0.04 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.49 0.09 0.19 0.27 0.05 0.21 0.22 0.29 0.02 0.41 0.61 0.43 0.06 0.14 0.23 0.12 0.09 0.36 0.26 0.33 0.74 0.44
C2 0.10 1.12 0.03 0.41 0.56 0.45 0.50 0.82 0.74 0.03 1.03 1.44 0.89 0.17 0.22 0.23 0.29 0.17 1.01 0.72 1.19 1.56 1.21
C2' 0.12 0.46 0.14 0.13 0.28 0.05 0.24 0.18 0.32 0.07 0.42 0.57 0.40 0.12 0.16 0.27 0.06 0.07 0.30 0.31 0.30 0.72 0.41
C3' 0.09 0.29 0.17 0.06 0.20 0.02 0.19 0.06 0.24 0.10 0.28 0.32 0.25 0.14 0.13 0.28 0.01 0.06 0.15 0.24 0.13 0.52 0.23
C4 0.12 0.91 0.05 0.35 0.48 0.33 0.40 0.62 0.59 0.02 0.82 1.15 0.76 0.14 0.20 0.24 0.25 0.09 0.81 0.55 0.88 1.25 0.95
C4' 0.06 0.08 0.11 0.06 0.06 0.10 0.05 0.06 0.06 0.04 0.07 0.09 0.08 0.04 0.05 0.21 0.03 0.10 0.06 0.06 0.06 0.34 0.07
C5 0.11 1.07 0.03 0.40 0.56 0.43 0.47 0.77 0.69 0.03 0.96 1.34 0.88 0.16 0.22 0.21 0.29 0.15 1.00 0.65 1.10 1.41 1.14
C5' 0.03 0.07 0.12 0.02 0.03 0.13 0.04 0.14 0.04 0.06 0.05 0.10 0.06 0.06 0.03 0.20 0.01 0.08 0.11 0.05 0.15 0.19 0.06
C6 0.09 1.26 0.02 0.45 0.63 0.54 0.56 0.95 0.83 0.04 1.15 1.60 1.01 0.19 0.24 0.19 0.32 0.23 1.19 0.80 1.39 1.70 1.39
C8 0.15 0.70 0.08 0.28 0.39 0.19 0.31 0.41 0.43 0.03 0.61 0.86 0.62 0.11 0.19 0.24 0.21 0.05 0.62 0.40 0.61 0.89 0.68
N1 0.09 1.26 0.02 0.44 0.63 0.54 0.56 0.95 0.84 0.04 1.17 1.61 0.99 0.19 0.23 0.21 0.31 0.23 1.17 0.82 1.40 1.73 1.39
N3 0.11 0.95 0.05 0.36 0.49 0.35 0.42 0.66 0.62 0.02 0.87 1.22 0.78 0.14 0.20 0.24 0.25 0.10 0.83 0.59 0.94 1.33 1.00
N6 0.08 1.41 0.05 0.47 0.70 0.63 0.63 1.08 0.95 0.05 1.31 1.79 1.11 0.21 0.25 0.15 0.33 0.30 1.36 0.91 1.63 1.89 1.60
N7 0.13 0.95 0.04 0.38 0.52 0.36 0.43 0.66 0.61 0.03 0.84 1.17 0.82 0.15 0.22 0.20 0.27 0.11 0.91 0.56 0.94 1.19 0.99
N9 0.14 0.70 0.08 0.27 0.38 0.18 0.31 0.41 0.44 0.03 0.61 0.87 0.60 0.11 0.18 0.25 0.19 0.04 0.58 0.40 0.59 0.95 0.68
O2' 0.10 0.36 0.10 0.14 0.20 0.03 0.15 0.13 0.22 0.03 0.31 0.45 0.31 0.06 0.10 0.21 0.07 0.09 0.24 0.20 0.21 0.67 0.35
O3' 0.07 0.15 0.18 0.02 0.13 0.06 0.15 0.05 0.17 0.11 0.17 0.16 0.14 0.13 0.11 0.26 0.05 0.07 0.08 0.18 0.01 0.40 0.11
O4' 0.12 0.25 0.10 0.11 0.15 0.09 0.10 0.03 0.13 0.02 0.20 0.32 0.24 0.03 0.09 0.21 0.09 0.16 0.14 0.11 0.07 0.46 0.19
O5' 0.10 0.23 0.22 0.02 0.20 0.02 0.21 0.03 0.23 0.15 0.24 0.23 0.21 0.18 0.16 0.35 0.01 0.06 0.12 0.24 0.09 0.34 0.13
OP1 0.21 0.22 0.08 0.01 0.13 0.17 0.06 0.03 0.07 0.04 0.14 0.29 0.23 0.06 0.10 0.12 0.00 0.27 0.06 0.06 0.10 0.18 0.08
OP2 0.10 0.52 0.31 0.03 0.41 0.29 0.45 0.36 0.53 0.27 0.55 0.53 0.44 0.37 0.28 0.38 0.01 0.15 0.42 0.55 0.49 0.54 0.43
P 0.05 0.11 0.17 0.01 0.11 0.14 0.16 0.09 0.18 0.13 0.16 0.08 0.08 0.17 0.08 0.24 0.00 0.14 0.17 0.21 0.19 0.29 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.00 0.20 0.01 0.09 0.25 0.09
C2 0.01 0.00 0.15 0.09 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.10 0.23 0.00 0.15 0.42 0.11
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.08 0.00 0.03 0.11 0.07 0.08 0.11 0.18 0.14 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.39 0.05 0.32 0.21 0.26
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.15 0.13 0.13 0.07 0.07 0.16 0.09 0.01 0.00 0.00 0.19 0.17 0.16 0.16 0.12
C4 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.11 0.05 0.23 0.01 0.17 0.43 0.10
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.03 0.09 0.04 0.13 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.12 0.10
C5 0.00 0.00 0.03 0.14 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.05 0.02 0.24 0.01 0.21 0.52 0.10
C5' 0.04 0.03 0.11 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.09 0.02 0.05 0.03 0.10 0.03 0.02 0.11 0.02 0.00 0.07 0.12 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.15 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.05 0.24 0.00 0.21 0.54 0.11
C8 0.00 0.01 0.08 0.13 0.00 0.10 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.18 0.02 0.06 0.23 0.01 0.22 0.49 0.09
N1 0.01 0.00 0.11 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.08 0.24 0.00 0.18 0.49 0.11
N2 0.01 0.00 0.18 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.22 0.12 0.23 0.00 0.13 0.39 0.12
N3 0.01 0.00 0.14 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.19 0.09 0.22 0.00 0.14 0.37 0.11
N7 0.00 0.00 0.04 0.16 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.03 0.03 0.23 0.01 0.25 0.56 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.09 0.00 0.23 0.01 0.16 0.39 0.10
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.13 0.02 0.12 0.18 0.06 0.06 0.02 0.19 0.10 0.00 0.03 0.10 0.23 0.15 0.16 0.19 0.15
O3' 0.18 0.18 0.03 0.00 0.11 0.01 0.05 0.11 0.06 0.02 0.12 0.22 0.19 0.03 0.09 0.03 0.00 0.13 0.02 0.04 0.03 0.12 0.04
O4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.08 0.12 0.09 0.03 0.00 0.10 0.13 0.00 0.06 0.04 0.08 0.36 0.25
O5' 0.20 0.23 0.39 0.19 0.23 0.01 0.24 0.00 0.24 0.23 0.24 0.23 0.22 0.23 0.23 0.23 0.02 0.06 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.17 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.04 0.04 0.23 0.00 0.23 0.59 0.10
OP1 0.09 0.15 0.32 0.16 0.17 0.04 0.21 0.12 0.21 0.22 0.18 0.13 0.14 0.25 0.16 0.16 0.03 0.08 0.01 0.23 0.00 0.00 0.00
OP2 0.25 0.42 0.21 0.16 0.43 0.12 0.52 0.06 0.54 0.49 0.49 0.39 0.37 0.56 0.39 0.19 0.12 0.36 0.01 0.59 0.00 0.00 0.00
P 0.09 0.11 0.26 0.12 0.10 0.10 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11 0.12 0.11 0.09 0.10 0.15 0.04 0.25 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00