ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52362

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.004, 0.020, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.013, 0.032, 0.050, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.007, 0.029, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.007, 0.035, 0.062, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.035 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.008, 0.045, 0.082, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.045 std_dev=0.037
N7 A 0, 0.002, 0.040, 0.079, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.040 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.033, 0.137, 0.242, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.137 std_dev=0.104
O4' A 0, 0.066, 0.175, 0.284, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.175 std_dev=0.109
C2' A 0, 0.079, 0.203, 0.327, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.203 std_dev=0.124
O5' A 0, 0.137, 0.329, 0.521, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.329 std_dev=0.192
C4' A 0, 0.137, 0.360, 0.583, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.360 std_dev=0.223
C3' A 0, 0.164, 0.432, 0.699, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.432 std_dev=0.267
C5' A 0, 0.173, 0.447, 0.721, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.447 std_dev=0.274
P A 0, 0.141, 0.445, 0.748, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.445 std_dev=0.304
O3' B 0, 0.181, 0.530, 0.879, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.530 std_dev=0.349
OP1 A 0, 0.293, 0.729, 1.165, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.729 std_dev=0.436
OP2 A 0, 0.080, 0.530, 0.981, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.530 std_dev=0.450
O3' A 0, 0.290, 0.752, 1.213, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.752 std_dev=0.462
O2' B 0, 0.394, 0.943, 1.492, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.943 std_dev=0.549
C3' B 0, 0.384, 0.969, 1.554, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.969 std_dev=0.585
C2' B 0, 0.424, 1.057, 1.690, 1.590 max_d=1.590 avg_d=1.057 std_dev=0.633
C4' B 0, 0.556, 1.345, 2.134, 1.950 max_d=1.950 avg_d=1.345 std_dev=0.789
C1' B 0, 0.741, 1.774, 2.807, 2.577 max_d=2.577 avg_d=1.774 std_dev=1.033
O4' B 0, 0.804, 1.936, 3.068, 2.874 max_d=2.874 avg_d=1.936 std_dev=1.132
C5' B 0, 0.790, 1.934, 3.078, 2.955 max_d=2.955 avg_d=1.934 std_dev=1.144
N9 B 0, 1.028, 2.435, 3.843, 3.303 max_d=3.303 avg_d=2.435 std_dev=1.408
C4 B 0, 0.845, 2.405, 3.966, 3.811 max_d=3.811 avg_d=2.405 std_dev=1.561
O5' B 0, 0.966, 2.552, 4.137, 4.358 max_d=4.358 avg_d=2.552 std_dev=1.585
N3 B 0, 0.377, 2.058, 3.739, 3.826 max_d=3.826 avg_d=2.058 std_dev=1.681
N2 B 0, 1.308, 3.233, 5.157, 4.990 max_d=4.990 avg_d=3.233 std_dev=1.924
C5 B 0, 1.355, 3.280, 5.204, 4.695 max_d=4.695 avg_d=3.280 std_dev=1.924
C2 B 0, 0.586, 2.549, 4.512, 4.683 max_d=4.683 avg_d=2.549 std_dev=1.963
C8 B 0, 1.262, 3.349, 5.436, 5.744 max_d=5.744 avg_d=3.349 std_dev=2.087
OP1 B 0, 1.605, 3.822, 6.039, 5.295 max_d=5.295 avg_d=3.822 std_dev=2.217
P B 0, 1.582, 3.808, 6.034, 5.643 max_d=5.643 avg_d=3.808 std_dev=2.226
C6 B 0, 1.258, 3.495, 5.731, 5.585 max_d=5.585 avg_d=3.495 std_dev=2.236
N7 B 0, 1.572, 3.899, 6.225, 6.161 max_d=6.161 avg_d=3.899 std_dev=2.327
N1 B 0, 0.296, 2.767, 5.237, 5.461 max_d=5.461 avg_d=2.767 std_dev=2.470
O6 B 0, 1.688, 4.284, 6.881, 6.511 max_d=6.511 avg_d=4.284 std_dev=2.596
OP2 B 0, 2.320, 5.506, 8.693, 7.700 max_d=7.700 avg_d=5.506 std_dev=3.187

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.16 0.10
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01 0.15 0.19 0.32 0.21
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.04
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.02 0.12 0.09 0.12 0.10 0.13 0.10 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.01 0.14 0.18 0.32 0.21
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.06 0.05 0.07 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.07 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.01 0.17 0.26 0.42 0.27
C5' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.11 0.09 0.10 0.07 0.13 0.11 0.06 0.04 0.05 0.01 0.01 0.08 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.19 0.30 0.44 0.29
C8 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.14 0.21 0.38 0.25
N1 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.17 0.26 0.39 0.26
N3 0.02 0.00 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.12 0.01 0.12 0.14 0.27 0.18
N6 0.01 0.00 0.06 0.13 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.01 0.21 0.36 0.51 0.33
N7 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.12 0.01 0.17 0.29 0.48 0.30
N9 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.11 0.13 0.28 0.18
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.08 0.03 0.02
O3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.11 0.02 0.13 0.05 0.16 0.10 0.16 0.12 0.17 0.12 0.07 0.03 0.00 0.02 0.09 0.15 0.15 0.11
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.04 0.05 0.12 0.07
O5' 0.06 0.15 0.04 0.04 0.14 0.00 0.17 0.01 0.19 0.14 0.17 0.12 0.21 0.17 0.11 0.03 0.09 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.19 0.03 0.06 0.18 0.07 0.26 0.08 0.30 0.21 0.26 0.14 0.36 0.29 0.13 0.08 0.15 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.32 0.07 0.06 0.32 0.01 0.42 0.01 0.44 0.38 0.39 0.27 0.51 0.48 0.28 0.03 0.15 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.21 0.04 0.03 0.21 0.00 0.27 0.01 0.29 0.25 0.26 0.18 0.33 0.30 0.18 0.02 0.11 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 1.21 0.27 0.15 0.47 0.30 0.43 0.28 0.43 1.00 0.84 1.73 1.06 0.91 0.44 0.26 0.15 0.37 0.36 0.43 0.45 0.87 0.41
C2 0.45 1.61 0.31 0.21 0.56 0.26 0.69 0.23 0.60 1.50 1.11 2.45 1.32 1.49 0.65 0.29 0.17 0.40 0.31 0.72 0.30 0.87 0.39
C2' 0.33 1.09 0.28 0.12 0.39 0.25 0.42 0.22 0.36 1.04 0.72 1.63 0.95 0.97 0.44 0.27 0.10 0.32 0.31 0.42 0.45 0.79 0.34
C3' 0.27 0.81 0.25 0.09 0.28 0.21 0.35 0.18 0.26 0.87 0.51 1.23 0.72 0.81 0.37 0.27 0.07 0.25 0.29 0.35 0.43 0.72 0.26
C4 0.43 1.42 0.31 0.21 0.51 0.26 0.60 0.23 0.51 1.39 0.95 2.10 1.21 1.31 0.60 0.29 0.18 0.38 0.29 0.59 0.31 0.86 0.37
C4' 0.27 0.79 0.21 0.08 0.32 0.30 0.27 0.31 0.27 0.65 0.54 1.12 0.71 0.58 0.29 0.26 0.13 0.32 0.41 0.27 0.47 0.81 0.37
C5 0.45 1.36 0.31 0.24 0.49 0.27 0.67 0.27 0.51 1.52 0.88 2.03 1.16 1.46 0.67 0.29 0.19 0.41 0.36 0.65 0.25 0.87 0.39
C5' 0.21 0.49 0.17 0.07 0.22 0.27 0.17 0.28 0.17 0.39 0.34 0.69 0.46 0.34 0.19 0.25 0.13 0.27 0.39 0.17 0.46 0.75 0.31
C6 0.47 1.45 0.31 0.25 0.51 0.28 0.76 0.30 0.58 1.60 0.96 2.22 1.19 1.62 0.71 0.29 0.19 0.43 0.42 0.77 0.23 0.89 0.43
C8 0.41 1.04 0.30 0.22 0.41 0.25 0.49 0.24 0.37 1.22 0.67 1.50 0.95 1.07 0.56 0.29 0.19 0.36 0.28 0.45 0.28 0.84 0.34
N1 0.46 1.57 0.31 0.24 0.54 0.27 0.75 0.27 0.61 1.58 1.07 2.41 1.27 1.60 0.69 0.29 0.18 0.42 0.38 0.79 0.25 0.88 0.42
N3 0.42 1.55 0.30 0.20 0.55 0.26 0.62 0.22 0.56 1.40 1.07 2.32 1.29 1.35 0.60 0.28 0.16 0.39 0.29 0.64 0.35 0.86 0.39
N6 0.47 1.34 0.29 0.26 0.49 0.31 0.84 0.37 0.62 1.64 0.87 2.08 1.07 1.73 0.74 0.28 0.20 0.47 0.54 0.88 0.26 0.92 0.50
N7 0.46 1.10 0.31 0.25 0.42 0.27 0.63 0.29 0.43 1.48 0.68 1.62 0.98 1.35 0.67 0.29 0.20 0.41 0.38 0.57 0.24 0.86 0.39
N9 0.39 1.25 0.29 0.19 0.47 0.26 0.50 0.23 0.44 1.20 0.83 1.81 1.10 1.09 0.53 0.28 0.17 0.36 0.28 0.48 0.35 0.85 0.36
O2' 0.31 1.21 0.24 0.08 0.44 0.31 0.40 0.32 0.40 0.97 0.84 1.78 1.04 0.91 0.40 0.25 0.13 0.36 0.44 0.41 0.57 0.89 0.47
O3' 0.25 0.75 0.23 0.09 0.26 0.23 0.33 0.22 0.25 0.80 0.47 1.15 0.66 0.76 0.33 0.27 0.10 0.24 0.34 0.35 0.47 0.72 0.30
O4' 0.32 0.99 0.24 0.13 0.43 0.32 0.35 0.32 0.38 0.76 0.71 1.38 0.89 0.67 0.36 0.25 0.15 0.38 0.42 0.35 0.47 0.86 0.42
O5' 0.20 0.29 0.21 0.11 0.11 0.09 0.21 0.04 0.15 0.49 0.16 0.47 0.27 0.44 0.24 0.24 0.01 0.14 0.22 0.22 0.44 0.58 0.11
OP1 0.03 0.14 0.02 0.05 0.14 0.05 0.22 0.10 0.24 0.20 0.20 0.13 0.09 0.25 0.11 0.14 0.01 0.05 0.33 0.29 0.50 0.57 0.24
OP2 0.12 0.28 0.17 0.05 0.22 0.04 0.27 0.15 0.32 0.18 0.31 0.29 0.24 0.25 0.16 0.34 0.04 0.06 0.40 0.35 0.39 0.60 0.23
P 0.04 0.10 0.04 0.02 0.09 0.03 0.16 0.03 0.18 0.14 0.15 0.09 0.06 0.18 0.07 0.18 0.01 0.03 0.31 0.22 0.42 0.57 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.10 0.01 0.17 0.93 0.34
C2 0.02 0.00 0.17 0.40 0.01 0.69 0.01 1.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.51 0.27 0.65 1.65 0.00 1.45 1.61 1.53
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.09 0.01 0.06 0.03 0.08 0.11 0.13 0.21 0.16 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.25 0.07 0.16 0.85 0.26
C3' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.20 0.00 0.13 0.02 0.19 0.20 0.31 0.49 0.38 0.14 0.06 0.03 0.00 0.01 0.33 0.16 0.22 0.68 0.23
C4 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.30 0.00 0.47 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.23 0.14 0.32 0.70 0.01 0.50 0.93 0.58
C4' 0.00 0.69 0.01 0.00 0.30 0.00 0.11 0.01 0.25 0.36 0.50 0.87 0.66 0.23 0.04 0.04 0.04 0.00 0.01 0.17 0.34 0.54 0.11
C5 0.01 0.01 0.06 0.13 0.00 0.11 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.08 0.11 0.12 0.37 0.01 0.53 1.18 0.62
C5' 0.04 1.18 0.03 0.02 0.47 0.01 0.19 0.00 0.42 0.62 0.87 1.55 1.08 0.44 0.11 0.05 0.03 0.02 0.00 0.28 0.25 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.19 0.00 0.25 0.00 0.42 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.16 0.24 0.68 0.01 0.57 1.05 0.67
C8 0.00 0.01 0.11 0.20 0.00 0.36 0.00 0.62 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.28 0.12 0.33 0.68 0.01 1.11 1.97 1.26
N1 0.02 0.00 0.13 0.31 0.01 0.50 0.00 0.87 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.22 0.47 1.25 0.00 1.01 1.27 1.11
N2 0.03 0.01 0.21 0.49 0.02 0.87 0.02 1.55 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.66 0.33 0.78 2.14 0.01 2.10 2.37 2.18
N3 0.01 0.01 0.16 0.38 0.00 0.66 0.00 1.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.49 0.24 0.67 1.49 0.01 1.26 1.28 1.29
N7 0.00 0.01 0.08 0.14 0.00 0.23 0.00 0.44 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.18 0.11 0.20 0.47 0.01 1.10 1.85 1.16
N9 0.00 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.17 0.01 0.35 1.20 0.56
O2' 0.02 0.51 0.00 0.03 0.23 0.04 0.08 0.05 0.18 0.28 0.37 0.66 0.49 0.18 0.02 0.00 0.04 0.06 0.11 0.11 0.40 0.74 0.17
O3' 0.02 0.27 0.02 0.00 0.14 0.04 0.11 0.03 0.16 0.12 0.22 0.33 0.24 0.11 0.05 0.04 0.00 0.03 0.27 0.16 0.41 0.53 0.14
O4' 0.00 0.65 0.01 0.01 0.32 0.00 0.12 0.02 0.24 0.33 0.47 0.78 0.67 0.20 0.01 0.06 0.03 0.00 0.14 0.16 0.25 0.76 0.31
O5' 0.10 1.65 0.25 0.33 0.70 0.01 0.37 0.00 0.68 0.68 1.25 2.14 1.49 0.47 0.17 0.11 0.27 0.14 0.00 0.51 0.02 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.07 0.16 0.01 0.17 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.16 0.16 0.51 0.00 0.65 1.13 0.68
OP1 0.17 1.45 0.16 0.22 0.50 0.34 0.53 0.25 0.57 1.11 1.01 2.10 1.26 1.10 0.35 0.40 0.41 0.25 0.02 0.65 0.00 0.01 0.00
OP2 0.93 1.61 0.85 0.68 0.93 0.54 1.18 0.36 1.05 1.97 1.27 2.37 1.28 1.85 1.20 0.74 0.53 0.76 0.02 1.13 0.01 0.00 0.01
P 0.34 1.53 0.26 0.23 0.58 0.11 0.62 0.01 0.67 1.26 1.11 2.18 1.29 1.16 0.56 0.17 0.14 0.31 0.00 0.68 0.00 0.01 0.00