ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52363

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.001, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.002, 0.014, 0.026, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.003, 0.018, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.003, 0.031, 0.060, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.031 std_dev=0.028
C2' A 0, 0.010, 0.056, 0.101, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.056 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.018, 0.127, 0.236, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.127 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.038, 0.174, 0.309, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.174 std_dev=0.135
C3' A 0, 0.028, 0.189, 0.349, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.189 std_dev=0.161
C5' A 0, 0.067, 0.272, 0.478, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.272 std_dev=0.205
O3' A 0, 0.067, 0.318, 0.568, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.318 std_dev=0.251
O4' B 0, 0.006, 0.356, 0.705, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.356 std_dev=0.349
C1' B 0, 0.062, 0.455, 0.848, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.455 std_dev=0.393
C4' B 0, 0.111, 0.565, 1.020, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.565 std_dev=0.454
O2' B 0, 0.074, 0.542, 1.010, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.542 std_dev=0.468
C2' B 0, 0.062, 0.538, 1.014, 1.143 max_d=1.143 avg_d=0.538 std_dev=0.476
O3' B 0, 0.095, 0.607, 1.118, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.607 std_dev=0.512
C3' B 0, 0.087, 0.602, 1.117, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.602 std_dev=0.515
C5' B 0, 0.224, 0.761, 1.298, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.761 std_dev=0.537
N9 B 0, 0.088, 0.632, 1.175, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.632 std_dev=0.543
C4 B 0, 0.090, 0.785, 1.480, 1.859 max_d=1.859 avg_d=0.785 std_dev=0.695
C8 B 0, 0.057, 0.761, 1.464, 1.857 max_d=1.857 avg_d=0.761 std_dev=0.704
N3 B 0, 0.105, 0.836, 1.566, 1.971 max_d=1.971 avg_d=0.836 std_dev=0.730
N7 B 0, 0.049, 0.942, 1.835, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.942 std_dev=0.893
C5 B 0, 0.057, 0.953, 1.849, 2.400 max_d=2.400 avg_d=0.953 std_dev=0.896
C2 B 0, 0.048, 1.028, 2.009, 2.634 max_d=2.634 avg_d=1.028 std_dev=0.980
P A 0, -0.162, 0.921, 2.005, 2.720 max_d=2.720 avg_d=0.921 std_dev=1.083
N2 B 0, 0.021, 1.141, 2.261, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.141 std_dev=1.120
C6 B 0, 0.026, 1.155, 2.284, 3.017 max_d=3.017 avg_d=1.155 std_dev=1.129
O5' A 0, -0.246, 0.884, 2.014, 2.809 max_d=2.809 avg_d=0.884 std_dev=1.130
N1 B 0, 0.013, 1.167, 2.321, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.167 std_dev=1.154
O6 B 0, 0.013, 1.343, 2.672, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.343 std_dev=1.329
O5' B 0, 0.053, 1.407, 2.760, 3.578 max_d=3.578 avg_d=1.407 std_dev=1.353
OP2 A 0, -0.223, 1.136, 2.496, 3.398 max_d=3.398 avg_d=1.136 std_dev=1.360
OP1 A 0, -0.225, 1.168, 2.562, 3.509 max_d=3.509 avg_d=1.168 std_dev=1.393
P B 0, 0.314, 2.046, 3.777, 4.579 max_d=4.579 avg_d=2.046 std_dev=1.732
OP2 B 0, 0.522, 2.289, 4.056, 4.448 max_d=4.448 avg_d=2.289 std_dev=1.767
OP1 B 0, 0.024, 2.310, 4.597, 6.030 max_d=6.030 avg_d=2.310 std_dev=2.287

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.07 0.09 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.01 0.50 0.25 0.56 0.34
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.27 0.23 0.11 0.13
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.14 0.11 0.07 0.14 0.15 0.10 0.01 0.00 0.01 0.32 0.39 0.07 0.19
C4 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.53 0.27 0.52 0.35
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.09 0.04 0.02 0.07 0.09 0.05 0.02 0.02 0.00 0.00 0.16 0.21 0.06
C5 0.00 0.01 0.04 0.14 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.17 0.00 0.68 0.39 0.73 0.50
C5' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.08 0.01 0.13 0.00 0.12 0.14 0.10 0.05 0.15 0.16 0.08 0.01 0.04 0.01 0.01 0.37 0.36 0.02
C6 0.00 0.01 0.04 0.13 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.69 0.41 0.80 0.53
C8 0.01 0.01 0.05 0.14 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.15 0.01 0.67 0.39 0.60 0.47
N1 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.61 0.34 0.71 0.45
N3 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.42 0.19 0.43 0.27
N6 0.00 0.01 0.04 0.14 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.19 0.00 0.76 0.48 0.93 0.62
N7 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.01 0.76 0.47 0.80 0.59
N9 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.49 0.25 0.39 0.30
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.08 0.04 0.02
O3' 0.01 0.11 0.03 0.00 0.13 0.02 0.17 0.04 0.17 0.15 0.15 0.09 0.19 0.18 0.10 0.01 0.00 0.01 0.18 0.41 0.06 0.13
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.01 0.11 0.07
O5' 0.21 0.50 0.27 0.32 0.53 0.00 0.68 0.01 0.69 0.67 0.61 0.42 0.76 0.76 0.49 0.06 0.18 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.25 0.23 0.39 0.27 0.16 0.39 0.37 0.41 0.39 0.34 0.19 0.48 0.47 0.25 0.08 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.56 0.11 0.07 0.52 0.21 0.73 0.36 0.80 0.60 0.71 0.43 0.93 0.80 0.39 0.04 0.06 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.34 0.13 0.19 0.35 0.06 0.50 0.02 0.53 0.47 0.45 0.27 0.62 0.59 0.30 0.02 0.13 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 0.86 0.18 0.11 0.74 0.10 0.80 0.09 0.88 0.61 0.90 0.85 0.78 0.73 0.58 0.08 0.19 0.14 0.10 0.90 0.14 0.48 0.38
C2 0.29 0.79 0.26 0.12 0.74 0.05 0.99 0.13 1.15 0.79 1.07 0.60 0.58 0.99 0.60 0.22 0.16 0.10 0.57 1.28 0.72 0.86 0.87
C2' 0.32 0.86 0.13 0.07 0.70 0.07 0.78 0.06 0.88 0.57 0.91 0.88 0.74 0.70 0.53 0.04 0.13 0.11 0.08 0.91 0.19 0.56 0.42
C3' 0.26 0.69 0.08 0.03 0.56 0.04 0.60 0.05 0.68 0.43 0.72 0.72 0.61 0.53 0.42 0.06 0.06 0.08 0.04 0.71 0.19 0.62 0.40
C4 0.29 0.73 0.23 0.11 0.72 0.05 0.89 0.11 0.98 0.72 0.90 0.54 0.61 0.88 0.59 0.17 0.16 0.10 0.48 1.04 0.61 0.82 0.79
C4' 0.30 0.70 0.14 0.14 0.57 0.12 0.58 0.14 0.65 0.42 0.70 0.73 0.63 0.51 0.43 0.11 0.16 0.11 0.21 0.66 0.10 0.47 0.21
C5 0.26 0.35 0.30 0.21 0.57 0.15 0.80 0.22 0.84 0.71 0.63 0.09 0.31 0.86 0.52 0.27 0.21 0.13 0.70 0.92 0.88 1.03 1.02
C5' 0.22 0.52 0.09 0.08 0.41 0.06 0.41 0.11 0.47 0.28 0.51 0.56 0.48 0.34 0.31 0.10 0.07 0.06 0.24 0.47 0.12 0.55 0.19
C6 0.25 0.22 0.34 0.24 0.52 0.17 0.82 0.27 0.89 0.75 0.60 0.27 0.21 0.92 0.50 0.31 0.22 0.14 0.82 1.04 1.05 1.13 1.15
C8 0.26 0.34 0.22 0.15 0.52 0.13 0.64 0.16 0.62 0.59 0.49 0.16 0.34 0.68 0.48 0.13 0.20 0.12 0.49 0.67 0.62 0.89 0.81
N1 0.26 0.49 0.31 0.19 0.62 0.12 0.92 0.21 1.05 0.78 0.86 0.16 0.36 0.98 0.55 0.28 0.19 0.11 0.74 1.22 0.95 1.04 1.06
N3 0.31 0.91 0.23 0.08 0.79 0.03 0.98 0.08 1.12 0.76 1.10 0.83 0.71 0.94 0.62 0.15 0.16 0.11 0.42 1.20 0.54 0.74 0.73
N6 0.25 0.23 0.39 0.31 0.33 0.24 0.66 0.36 0.66 0.71 0.22 0.75 0.21 0.87 0.42 0.37 0.27 0.18 0.99 0.88 1.30 1.31 1.34
N7 0.25 0.07 0.32 0.26 0.40 0.21 0.62 0.27 0.58 0.63 0.34 0.24 0.12 0.73 0.44 0.29 0.26 0.17 0.74 0.66 0.92 1.11 1.07
N9 0.30 0.69 0.19 0.07 0.69 0.03 0.79 0.07 0.84 0.64 0.79 0.57 0.64 0.77 0.56 0.08 0.14 0.10 0.34 0.87 0.44 0.72 0.65
O2' 0.36 1.02 0.16 0.13 0.79 0.15 0.86 0.15 1.00 0.61 1.07 1.10 0.86 0.76 0.59 0.05 0.19 0.17 0.12 1.04 0.11 0.42 0.29
O3' 0.26 0.74 0.07 0.05 0.57 0.07 0.61 0.09 0.71 0.41 0.77 0.80 0.64 0.52 0.42 0.08 0.08 0.08 0.12 0.73 0.11 0.61 0.33
O4' 0.35 0.71 0.21 0.18 0.63 0.13 0.65 0.14 0.71 0.51 0.73 0.71 0.67 0.59 0.50 0.18 0.23 0.13 0.11 0.72 0.07 0.40 0.23
O5' 0.17 0.32 0.27 0.05 0.26 0.11 0.25 0.13 0.27 0.19 0.30 0.35 0.31 0.21 0.22 0.52 0.02 0.07 0.31 0.26 0.07 0.71 0.29
OP1 0.26 0.34 0.04 0.17 0.26 0.49 0.20 0.52 0.21 0.14 0.28 0.39 0.35 0.14 0.21 0.28 0.02 0.43 0.96 0.19 0.68 1.03 0.64
OP2 0.31 0.40 0.47 0.12 0.43 0.01 0.49 0.02 0.50 0.47 0.46 0.37 0.37 0.51 0.42 0.63 0.02 0.16 0.15 0.53 0.40 0.88 0.42
P 0.09 0.16 0.21 0.01 0.12 0.17 0.11 0.17 0.11 0.11 0.13 0.20 0.16 0.12 0.10 0.41 0.00 0.11 0.41 0.11 0.14 0.78 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.23 0.00 0.51 0.03 0.44 0.70 0.57
C2 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.32 0.07 0.61 0.01 0.61 0.85 0.68
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.09 0.06 0.05 0.01 0.00 0.07 0.03 0.43 0.02 0.57 0.81 0.68
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.19 0.68 0.38
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.28 0.03 0.76 0.01 0.77 0.97 0.81
C4' 0.01 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.05 0.09 0.07 0.05 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.18 0.39 0.13
C5 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.25 0.03 0.93 0.01 1.03 1.19 0.99
C5' 0.04 0.05 0.05 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.10 0.19 0.06 0.07 0.05 0.18 0.11 0.04 0.04 0.00 0.02 0.11 0.32 0.39 0.03
C6 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.27 0.04 0.91 0.00 1.02 1.21 0.98
C8 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.07 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.15 0.04 1.07 0.03 1.15 1.25 1.10
N1 0.02 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.30 0.05 0.76 0.01 0.81 1.04 0.83
N2 0.03 0.01 0.09 0.04 0.01 0.09 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.21 0.34 0.08 0.49 0.01 0.46 0.73 0.57
N3 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.32 0.06 0.57 0.01 0.54 0.78 0.63
N7 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.05 0.00 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.18 0.18 0.03 1.09 0.03 1.26 1.36 1.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.22 0.01 0.81 0.03 0.78 0.97 0.83
O2' 0.05 0.14 0.00 0.01 0.02 0.03 0.08 0.04 0.04 0.20 0.07 0.21 0.14 0.18 0.06 0.00 0.02 0.06 0.38 0.08 0.67 0.90 0.77
O3' 0.23 0.32 0.07 0.01 0.28 0.03 0.25 0.04 0.27 0.15 0.30 0.34 0.32 0.18 0.22 0.02 0.00 0.13 0.12 0.26 0.10 0.60 0.26
O4' 0.00 0.07 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.06 0.13 0.00 0.34 0.04 0.02 0.54 0.30
O5' 0.51 0.61 0.43 0.06 0.76 0.01 0.93 0.02 0.91 1.07 0.76 0.49 0.57 1.09 0.81 0.38 0.12 0.34 0.00 0.98 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.08 0.26 0.04 0.98 0.00 1.15 1.33 1.06
OP1 0.44 0.61 0.57 0.19 0.77 0.18 1.03 0.32 1.02 1.15 0.81 0.46 0.54 1.26 0.78 0.67 0.10 0.02 0.02 1.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.70 0.85 0.81 0.68 0.97 0.39 1.19 0.39 1.21 1.25 1.04 0.73 0.78 1.36 0.97 0.90 0.60 0.54 0.02 1.33 0.02 0.00 0.01
P 0.57 0.68 0.68 0.38 0.81 0.13 0.99 0.03 0.98 1.10 0.83 0.57 0.63 1.15 0.83 0.77 0.26 0.30 0.01 1.06 0.01 0.01 0.00