ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52364

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N6 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.007, 0.026, 0.045, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.002, 0.026, 0.051, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.025
O4' A 0, 0.020, 0.070, 0.119, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.070 std_dev=0.049
C4' A 0, 0.026, 0.106, 0.186, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.106 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.029, 0.117, 0.205, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.117 std_dev=0.088
C3' A 0, 0.046, 0.177, 0.308, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.177 std_dev=0.131
O2' A 0, 0.063, 0.218, 0.373, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.218 std_dev=0.155
C5' A 0, 0.069, 0.235, 0.401, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.235 std_dev=0.166
O3' A 0, 0.055, 0.261, 0.467, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.261 std_dev=0.206
O2' B 0, 0.086, 0.308, 0.529, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.308 std_dev=0.222
N3 B 0, 0.074, 0.326, 0.578, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.326 std_dev=0.252
C2' B 0, 0.033, 0.319, 0.606, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.319 std_dev=0.286
O5' A 0, 0.068, 0.385, 0.701, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.385 std_dev=0.317
C4 B 0, 0.060, 0.389, 0.718, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.389 std_dev=0.329
OP1 A 0, 0.132, 0.507, 0.883, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.507 std_dev=0.375
C2 B 0, 0.048, 0.452, 0.855, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.452 std_dev=0.403
C1' B 0, 0.088, 0.495, 0.902, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.495 std_dev=0.407
N9 B 0, 0.070, 0.478, 0.887, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.478 std_dev=0.408
P A 0, 0.110, 0.525, 0.940, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.525 std_dev=0.415
O3' B 0, 0.113, 0.542, 0.971, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.542 std_dev=0.429
C5 B 0, 0.027, 0.544, 1.061, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.544 std_dev=0.517
N2 B 0, 0.053, 0.578, 1.103, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.578 std_dev=0.525
C3' B 0, 0.131, 0.662, 1.193, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.662 std_dev=0.531
N1 B 0, 0.030, 0.575, 1.120, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.575 std_dev=0.545
OP2 A 0, 0.136, 0.702, 1.268, 1.386 max_d=1.386 avg_d=0.702 std_dev=0.566
C8 B 0, 0.053, 0.659, 1.266, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.659 std_dev=0.606
C6 B 0, 0.021, 0.631, 1.241, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.631 std_dev=0.610
N7 B 0, 0.028, 0.693, 1.359, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.693 std_dev=0.665
O4' B 0, 0.161, 0.840, 1.518, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.840 std_dev=0.679
C4' B 0, 0.208, 0.953, 1.697, 1.817 max_d=1.817 avg_d=0.953 std_dev=0.745
O6 B 0, 0.027, 0.815, 1.602, 1.880 max_d=1.880 avg_d=0.815 std_dev=0.788
O5' B 0, 0.322, 1.235, 2.149, 2.181 max_d=2.181 avg_d=1.235 std_dev=0.914
C5' B 0, 0.355, 1.503, 2.651, 2.785 max_d=2.785 avg_d=1.503 std_dev=1.148
OP1 B 0, 0.516, 1.969, 3.422, 3.464 max_d=3.464 avg_d=1.969 std_dev=1.453
P B 0, 0.592, 2.084, 3.577, 3.414 max_d=3.414 avg_d=2.084 std_dev=1.492
OP2 B 0, 0.784, 2.686, 4.588, 4.158 max_d=4.158 avg_d=2.686 std_dev=1.902

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.09 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.09 0.07 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.06 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03 0.03 0.00 0.00 0.08 0.02 0.08 0.07
C4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.06 0.09 0.07 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.09 0.08 0.06
C5' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.06 0.09 0.08 0.06
C8 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.09 0.09 0.11 0.07
N1 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.09 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.06 0.09 0.07 0.06
N6 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.07 0.10 0.09 0.06
N7 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.07 0.09 0.11 0.06
N9 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.09 0.09 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.02 0.05 0.05 0.03 0.03 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.05 0.03 0.01
O3' 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.03 0.04 0.07 0.03 0.06 0.00 0.01 0.17 0.09 0.17 0.15
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.10 0.09 0.09 0.08
O5' 0.07 0.06 0.04 0.08 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.07 0.08 0.01 0.17 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.09 0.09 0.04 0.02 0.09 0.04 0.09 0.05 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.05 0.09 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.07 0.05 0.08 0.07 0.00 0.08 0.01 0.08 0.11 0.07 0.07 0.09 0.11 0.09 0.03 0.17 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.04 0.07 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.01 0.15 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.25 0.11 0.14 0.22 0.09 0.30 0.15 0.34 0.23 0.32 0.21 0.17 0.29 0.18 0.10 0.05 0.09 0.32 0.38 0.40 0.33 0.29
C2 0.14 0.10 0.12 0.20 0.24 0.19 0.41 0.31 0.47 0.38 0.31 0.17 0.08 0.48 0.25 0.09 0.10 0.19 0.47 0.60 0.55 0.57 0.47
C2' 0.12 0.24 0.13 0.18 0.23 0.13 0.32 0.20 0.37 0.26 0.33 0.20 0.17 0.33 0.20 0.11 0.09 0.13 0.30 0.42 0.40 0.36 0.28
C3' 0.14 0.19 0.15 0.19 0.20 0.16 0.27 0.22 0.30 0.24 0.26 0.17 0.14 0.29 0.19 0.13 0.11 0.15 0.24 0.33 0.37 0.34 0.23
C4 0.15 0.14 0.13 0.20 0.25 0.18 0.38 0.28 0.42 0.35 0.30 0.13 0.11 0.43 0.25 0.10 0.09 0.19 0.44 0.48 0.51 0.50 0.43
C4' 0.10 0.21 0.12 0.13 0.17 0.11 0.22 0.14 0.25 0.17 0.25 0.21 0.16 0.22 0.15 0.11 0.06 0.10 0.19 0.28 0.30 0.24 0.16
C5 0.19 0.08 0.14 0.22 0.24 0.24 0.39 0.35 0.38 0.41 0.18 0.25 0.08 0.47 0.28 0.10 0.11 0.25 0.48 0.45 0.56 0.58 0.49
C5' 0.10 0.14 0.10 0.13 0.12 0.12 0.15 0.15 0.17 0.13 0.16 0.15 0.11 0.16 0.11 0.10 0.07 0.10 0.15 0.18 0.28 0.23 0.13
C6 0.19 0.09 0.14 0.22 0.22 0.26 0.41 0.39 0.41 0.44 0.15 0.31 0.06 0.52 0.28 0.09 0.11 0.27 0.51 0.53 0.60 0.64 0.53
C8 0.18 0.08 0.15 0.20 0.20 0.21 0.27 0.29 0.24 0.30 0.14 0.13 0.10 0.32 0.24 0.10 0.09 0.21 0.43 0.25 0.49 0.46 0.40
N1 0.17 0.06 0.13 0.21 0.22 0.23 0.41 0.36 0.45 0.42 0.22 0.26 0.06 0.51 0.27 0.09 0.11 0.23 0.50 0.60 0.59 0.63 0.52
N3 0.13 0.17 0.12 0.19 0.25 0.16 0.40 0.26 0.46 0.35 0.35 0.10 0.11 0.44 0.24 0.10 0.09 0.16 0.43 0.55 0.51 0.50 0.42
N6 0.21 0.15 0.14 0.23 0.19 0.30 0.38 0.44 0.33 0.47 0.04 0.36 0.07 0.55 0.29 0.10 0.12 0.31 0.53 0.48 0.63 0.70 0.58
N7 0.21 0.11 0.15 0.23 0.21 0.26 0.32 0.37 0.24 0.39 0.07 0.24 0.10 0.42 0.28 0.10 0.11 0.28 0.48 0.27 0.55 0.56 0.48
N9 0.14 0.17 0.13 0.17 0.23 0.15 0.32 0.23 0.34 0.29 0.27 0.10 0.13 0.35 0.22 0.10 0.07 0.16 0.40 0.38 0.47 0.43 0.37
O2' 0.05 0.28 0.07 0.11 0.21 0.06 0.31 0.11 0.39 0.22 0.38 0.28 0.18 0.31 0.15 0.09 0.03 0.04 0.30 0.46 0.39 0.31 0.26
O3' 0.14 0.20 0.16 0.22 0.20 0.18 0.27 0.26 0.30 0.24 0.26 0.19 0.15 0.29 0.19 0.12 0.16 0.16 0.17 0.34 0.31 0.34 0.17
O4' 0.08 0.23 0.09 0.10 0.18 0.07 0.23 0.10 0.26 0.17 0.26 0.22 0.17 0.22 0.14 0.10 0.02 0.07 0.26 0.28 0.34 0.24 0.22
O5' 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.03 0.02 0.12 0.01 0.04 0.04 0.11 0.11 0.05 0.05 0.11 0.01 0.01 0.35 0.03 0.46 0.30 0.31
OP1 0.04 0.09 0.06 0.02 0.09 0.04 0.10 0.13 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.08 0.05 0.01 0.01 0.23 0.10 0.41 0.29 0.22
OP2 0.11 0.24 0.14 0.03 0.22 0.05 0.20 0.21 0.21 0.15 0.23 0.25 0.24 0.17 0.17 0.13 0.02 0.02 0.53 0.20 0.66 0.43 0.48
P 0.06 0.12 0.08 0.00 0.11 0.04 0.10 0.14 0.10 0.09 0.10 0.13 0.13 0.10 0.09 0.09 0.00 0.01 0.35 0.09 0.49 0.31 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.20 0.01 0.22 0.01 0.14
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.01 0.48 0.01 0.49 0.47 0.45
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.29 0.05 0.33 0.10 0.21
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.34 0.01 0.40 0.14 0.24
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.01 0.49 0.01 0.48 0.40 0.43
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.14 0.28 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.61 0.01 0.59 0.56 0.56
C5' 0.03 0.07 0.02 0.04 0.09 0.00 0.11 0.00 0.11 0.12 0.09 0.06 0.06 0.13 0.08 0.01 0.08 0.03 0.01 0.12 0.20 0.43 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.09 0.03 0.02 0.64 0.00 0.65 0.65 0.61
C8 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.56 0.01 0.51 0.37 0.47
N1 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.10 0.03 0.01 0.58 0.00 0.59 0.59 0.56
N2 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.02 0.44 0.02 0.46 0.45 0.42
N3 0.02 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.01 0.42 0.01 0.42 0.36 0.37
N7 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.03 0.64 0.00 0.62 0.56 0.59
N9 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.43 0.01 0.40 0.25 0.35
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.09 0.03 0.10 0.11 0.08 0.05 0.03 0.00 0.03 0.02 0.12 0.09 0.19 0.11 0.09
O3' 0.02 0.04 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.08 0.03 0.06 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.21 0.03 0.35 0.23 0.17
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.20 0.06
O5' 0.20 0.48 0.29 0.34 0.49 0.01 0.61 0.01 0.64 0.56 0.58 0.44 0.42 0.64 0.43 0.12 0.21 0.01 0.00 0.69 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.03 0.03 0.69 0.00 0.72 0.74 0.69
OP1 0.22 0.49 0.33 0.40 0.48 0.14 0.59 0.20 0.65 0.51 0.59 0.46 0.42 0.62 0.40 0.19 0.35 0.08 0.00 0.72 0.00 0.02 0.01
OP2 0.01 0.47 0.10 0.14 0.40 0.28 0.56 0.43 0.65 0.37 0.59 0.45 0.36 0.56 0.25 0.11 0.23 0.20 0.01 0.74 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.45 0.21 0.24 0.43 0.02 0.56 0.02 0.61 0.47 0.56 0.42 0.37 0.59 0.35 0.09 0.17 0.06 0.00 0.69 0.01 0.01 0.00