ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52367

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C1' A 0, -0.005, 0.020, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.025
N1 A 0, -0.001, 0.025, 0.052, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.027
C5 A 0, -0.002, 0.029, 0.060, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.029 std_dev=0.031
C4 A 0, -0.008, 0.030, 0.068, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.030 std_dev=0.038
N9 A 0, 0.001, 0.040, 0.078, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.040 std_dev=0.039
N6 A 0, 0.007, 0.050, 0.094, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.050 std_dev=0.044
N7 A 0, -0.003, 0.056, 0.116, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.056 std_dev=0.059
C8 A 0, -0.009, 0.065, 0.138, 0.167 max_d=0.167 avg_d=0.065 std_dev=0.073
C2' B 0, 0.122, 0.450, 0.779, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.450 std_dev=0.329
O2' A 0, -0.066, 0.500, 1.066, 1.291 max_d=1.291 avg_d=0.500 std_dev=0.566
O2' B 0, 0.176, 0.791, 1.406, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.791 std_dev=0.615
C1' B 0, 0.118, 0.742, 1.367, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.742 std_dev=0.624
C2' A 0, -0.122, 0.560, 1.242, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.560 std_dev=0.682
O4' A 0, -0.157, 0.598, 1.353, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.598 std_dev=0.755
C3' B 0, 0.042, 0.950, 1.857, 2.173 max_d=2.173 avg_d=0.950 std_dev=0.908
C4' A 0, -0.249, 0.913, 2.074, 2.552 max_d=2.552 avg_d=0.913 std_dev=1.161
C3' A 0, -0.234, 0.941, 2.115, 2.596 max_d=2.596 avg_d=0.941 std_dev=1.174
O3' B 0, -0.052, 1.195, 2.443, 2.917 max_d=2.917 avg_d=1.195 std_dev=1.247
O4' B 0, -0.158, 1.143, 2.444, 2.963 max_d=2.963 avg_d=1.143 std_dev=1.301
O5' A 0, -0.171, 1.267, 2.704, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.267 std_dev=1.437
OP2 B 0, -0.191, 1.295, 2.781, 3.375 max_d=3.375 avg_d=1.295 std_dev=1.486
C4' B 0, -0.201, 1.328, 2.858, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.328 std_dev=1.529
N9 B 0, -0.070, 1.527, 3.123, 3.731 max_d=3.731 avg_d=1.527 std_dev=1.597
O3' A 0, -0.343, 1.394, 3.132, 3.844 max_d=3.844 avg_d=1.394 std_dev=1.738
C5' A 0, -0.398, 1.462, 3.321, 4.086 max_d=4.086 avg_d=1.462 std_dev=1.860
P A 0, -0.285, 1.611, 3.507, 4.273 max_d=4.273 avg_d=1.611 std_dev=1.896
P B 0, -0.265, 1.823, 3.910, 4.746 max_d=4.746 avg_d=1.823 std_dev=2.088
O5' B 0, -0.178, 1.941, 4.059, 4.888 max_d=4.888 avg_d=1.941 std_dev=2.118
C5' B 0, -0.346, 1.782, 3.909, 4.772 max_d=4.772 avg_d=1.782 std_dev=2.128
C4 B 0, -0.195, 2.029, 4.252, 5.123 max_d=5.123 avg_d=2.029 std_dev=2.223
OP1 B 0, -0.264, 2.030, 4.323, 5.235 max_d=5.235 avg_d=2.030 std_dev=2.293
OP2 A 0, -0.394, 1.934, 4.263, 5.209 max_d=5.209 avg_d=1.934 std_dev=2.329
N3 B 0, -0.232, 2.163, 4.558, 5.502 max_d=5.502 avg_d=2.163 std_dev=2.395
C8 B 0, -0.324, 2.186, 4.697, 5.702 max_d=5.702 avg_d=2.186 std_dev=2.511
OP1 A 0, -0.495, 2.107, 4.708, 5.772 max_d=5.772 avg_d=2.107 std_dev=2.602
C5 B 0, -0.430, 2.710, 5.850, 7.112 max_d=7.112 avg_d=2.710 std_dev=3.140
N7 B 0, -0.505, 2.802, 6.109, 7.445 max_d=7.445 avg_d=2.802 std_dev=3.307
C2 B 0, -0.479, 2.924, 6.327, 7.697 max_d=7.697 avg_d=2.924 std_dev=3.403
N2 B 0, -0.655, 3.388, 7.431, 9.071 max_d=9.071 avg_d=3.388 std_dev=4.043
C6 B 0, -0.646, 3.401, 7.449, 9.089 max_d=9.089 avg_d=3.401 std_dev=4.047
N1 B 0, -0.642, 3.424, 7.489, 9.136 max_d=9.136 avg_d=3.424 std_dev=4.066
O6 B 0, -0.878, 4.064, 9.006, 11.021 max_d=11.021 avg_d=4.064 std_dev=4.942

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.24 0.27 0.21 0.24
C2 0.02 0.00 0.45 0.48 0.02 0.06 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.25 0.67 0.23 0.56 0.97 0.31 0.60
C2' 0.00 0.45 0.00 0.00 0.24 0.03 0.12 0.01 0.22 0.18 0.35 0.44 0.17 0.07 0.02 0.01 0.05 0.02 0.33 0.33 0.34 0.39
C3' 0.01 0.48 0.00 0.00 0.26 0.00 0.17 0.02 0.28 0.16 0.41 0.44 0.23 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.40 0.41 0.40 0.45
C4 0.02 0.02 0.24 0.26 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.34 0.13 0.56 0.87 0.37 0.60
C4' 0.01 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01
C5 0.02 0.04 0.12 0.17 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.23 0.08 0.69 1.14 0.50 0.78
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.06 0.04 0.11 0.02 0.01 0.02 0.14 0.02 0.03
C6 0.02 0.02 0.22 0.28 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.38 0.13 0.72 1.28 0.50 0.83
C8 0.02 0.04 0.18 0.16 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.14 0.19 0.15 0.63 0.88 0.53 0.70
N1 0.03 0.00 0.35 0.41 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.18 0.57 0.20 0.67 1.19 0.42 0.75
N3 0.02 0.00 0.44 0.44 0.01 0.06 0.03 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.24 0.59 0.21 0.48 0.79 0.27 0.51
N6 0.01 0.03 0.17 0.23 0.00 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.32 0.10 0.78 1.46 0.58 0.93
N7 0.01 0.05 0.07 0.04 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.06 0.72 1.17 0.59 0.84
N9 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.50 0.68 0.37 0.52
O2' 0.01 0.25 0.01 0.04 0.09 0.11 0.03 0.11 0.09 0.14 0.18 0.24 0.06 0.08 0.03 0.00 0.10 0.06 0.03 0.11 0.07 0.05
O3' 0.03 0.67 0.05 0.01 0.34 0.01 0.23 0.02 0.38 0.19 0.57 0.59 0.32 0.05 0.07 0.10 0.00 0.02 0.33 0.33 0.44 0.44
O4' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.13 0.00 0.08 0.01 0.13 0.15 0.20 0.21 0.10 0.06 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03
O5' 0.24 0.56 0.33 0.40 0.56 0.01 0.69 0.02 0.72 0.63 0.67 0.48 0.78 0.72 0.50 0.03 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.27 0.97 0.33 0.41 0.87 0.03 1.14 0.14 1.28 0.88 1.19 0.79 1.46 1.17 0.68 0.11 0.33 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.31 0.34 0.40 0.37 0.05 0.50 0.02 0.50 0.53 0.42 0.27 0.58 0.59 0.37 0.07 0.44 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.60 0.39 0.45 0.60 0.01 0.78 0.03 0.83 0.70 0.75 0.51 0.93 0.84 0.52 0.05 0.44 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.37 1.15 0.13 0.23 0.11 0.89 0.30 1.23 0.05 1.20 0.74 1.82 0.92 1.04 0.48 0.37 0.28 1.03 1.58 0.19 1.07 1.00 1.43
C2 0.31 0.84 0.06 0.15 0.15 0.23 0.71 0.50 0.45 1.45 0.32 1.54 0.68 1.48 0.62 0.18 0.59 0.59 1.24 0.81 0.47 1.03 1.16
C2' 0.23 2.00 0.46 0.22 0.89 0.44 0.53 0.74 0.94 0.43 1.63 2.69 1.70 0.22 0.23 0.99 0.59 0.50 1.02 0.73 0.67 0.45 0.92
C3' 0.23 1.73 0.54 0.31 0.81 0.34 0.54 0.52 0.87 0.28 1.43 2.27 1.48 0.09 0.26 1.05 0.58 0.46 0.60 0.71 0.17 0.13 0.39
C4 0.31 0.87 0.06 0.11 0.10 0.35 0.62 0.65 0.34 1.40 0.38 1.53 0.72 1.36 0.59 0.25 0.59 0.69 1.30 0.65 0.56 0.99 1.19
C4' 0.48 0.85 0.18 0.35 0.02 1.01 0.25 1.15 0.06 0.96 0.57 1.36 0.63 0.79 0.47 0.33 0.05 1.12 1.10 0.10 0.51 0.21 0.75
C5 0.27 0.56 0.01 0.29 0.26 0.03 0.82 0.30 0.62 1.46 0.06 1.15 0.50 1.52 0.66 0.18 0.74 0.47 1.06 0.96 0.20 0.89 0.95
C5' 0.67 0.28 0.34 0.43 0.31 0.97 0.49 0.94 0.27 0.98 0.09 0.64 0.13 0.85 0.66 0.05 0.25 1.16 0.70 0.37 0.13 0.34 0.20
C6 0.26 0.41 0.01 0.36 0.37 0.14 0.96 0.08 0.81 1.50 0.13 0.99 0.38 1.64 0.69 0.10 0.77 0.33 0.92 1.19 0.06 0.87 0.82
C8 0.30 0.70 0.02 0.15 0.14 0.35 0.61 0.66 0.37 1.35 0.25 1.24 0.62 1.27 0.60 0.29 0.68 0.74 1.25 0.63 0.46 0.88 1.08
N1 0.27 0.59 0.02 0.29 0.28 0.02 0.87 0.21 0.68 1.48 0.05 1.23 0.51 1.59 0.66 0.13 0.70 0.41 1.03 1.07 0.16 0.94 0.95
N3 0.32 1.00 0.08 0.06 0.05 0.41 0.57 0.72 0.26 1.39 0.50 1.72 0.80 1.35 0.58 0.25 0.51 0.72 1.37 0.59 0.68 1.05 1.28
N6 0.21 0.09 0.03 0.50 0.53 0.41 1.15 0.25 1.10 1.50 0.47 0.60 0.15 1.75 0.73 0.04 0.86 0.11 0.66 1.51 0.35 0.75 0.56
N7 0.26 0.42 0.01 0.34 0.32 0.04 0.85 0.24 0.67 1.46 0.06 0.93 0.40 1.50 0.68 0.19 0.81 0.44 0.99 0.97 0.13 0.82 0.85
N9 0.32 0.96 0.06 0.01 0.01 0.55 0.48 0.87 0.18 1.30 0.50 1.59 0.79 1.21 0.54 0.32 0.52 0.84 1.40 0.45 0.72 0.96 1.26
O2' 0.11 2.15 0.29 0.08 0.90 0.75 0.58 1.11 1.06 0.48 1.80 2.91 1.75 0.22 0.18 0.89 0.31 0.68 1.32 0.87 1.14 0.76 1.28
O3' 0.57 2.19 0.91 0.54 1.28 0.13 1.08 0.26 1.44 0.25 1.96 2.70 1.89 0.49 0.71 1.48 0.67 0.17 0.24 1.33 0.12 0.55 0.04
O4' 0.83 0.50 0.56 0.64 0.41 1.33 0.76 1.57 0.46 1.53 0.14 1.08 0.30 1.38 0.93 0.06 0.14 1.48 1.71 0.65 1.04 0.91 1.39
O5' 0.29 0.48 0.15 0.30 0.06 0.74 0.17 0.77 0.05 0.58 0.31 0.76 0.38 0.47 0.29 0.17 0.02 0.74 0.47 0.10 0.23 0.41 0.05
OP1 0.02 0.02 0.07 0.08 0.05 0.10 0.10 0.08 0.10 0.12 0.04 0.07 0.02 0.14 0.06 0.05 0.00 0.11 0.58 0.14 1.33 1.46 1.14
OP2 0.14 0.42 0.39 0.26 0.31 0.04 0.33 0.10 0.40 0.22 0.44 0.46 0.36 0.28 0.23 0.54 0.01 0.13 0.73 0.41 1.24 1.73 1.19
P 0.01 0.28 0.08 0.01 0.10 0.22 0.05 0.17 0.12 0.09 0.22 0.37 0.23 0.05 0.01 0.20 0.01 0.25 0.36 0.08 0.99 1.20 0.82

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.11 0.01 0.03 0.05 0.08 0.07 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.33 0.01 0.09 0.38 0.28
C2 0.06 0.00 0.38 0.20 0.01 0.06 0.02 0.42 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.39 0.16 0.16 0.79 0.01 0.46 1.42 0.97
C2' 0.00 0.38 0.00 0.00 0.21 0.01 0.09 0.08 0.16 0.17 0.28 0.45 0.38 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.12 0.35 0.19 0.19
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.12 0.01 0.11 0.03 0.14 0.02 0.18 0.22 0.17 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.40 0.14 0.68 0.63 0.56
C4 0.03 0.01 0.21 0.12 0.00 0.09 0.00 0.38 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.09 0.07 0.81 0.01 0.53 1.33 0.98
C4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.16 0.16 0.10 0.06 0.05 0.18 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.20 0.35 0.13 0.13
C5 0.00 0.02 0.09 0.11 0.00 0.15 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 1.02 0.02 0.90 1.77 1.34
C5' 0.11 0.42 0.08 0.03 0.38 0.01 0.46 0.00 0.52 0.32 0.49 0.40 0.35 0.42 0.28 0.07 0.00 0.03 0.01 0.57 0.09 0.20 0.01
C6 0.01 0.02 0.16 0.14 0.00 0.16 0.01 0.52 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.09 0.01 1.08 0.00 1.01 1.99 1.47
C8 0.03 0.02 0.17 0.02 0.01 0.16 0.01 0.32 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.28 0.03 0.15 0.91 0.04 0.81 1.40 1.17
N1 0.05 0.00 0.28 0.18 0.01 0.10 0.01 0.49 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.21 0.14 0.10 0.96 0.01 0.77 1.77 1.26
N2 0.08 0.00 0.45 0.22 0.02 0.06 0.03 0.40 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.54 0.20 0.21 0.71 0.02 0.30 1.28 0.84
N3 0.07 0.00 0.38 0.17 0.01 0.05 0.01 0.35 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.42 0.15 0.17 0.67 0.01 0.29 1.14 0.77
N7 0.02 0.03 0.09 0.03 0.00 0.18 0.01 0.42 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.25 0.04 0.11 1.07 0.05 1.08 1.84 1.47
N9 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.28 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.70 0.02 0.42 1.04 0.80
O2' 0.00 0.39 0.00 0.01 0.13 0.02 0.05 0.07 0.03 0.28 0.21 0.54 0.42 0.25 0.06 0.00 0.03 0.02 0.26 0.05 0.51 0.42 0.35
O3' 0.06 0.16 0.01 0.00 0.09 0.00 0.07 0.00 0.09 0.03 0.14 0.20 0.15 0.04 0.06 0.03 0.00 0.04 0.35 0.08 0.90 0.82 0.66
O4' 0.00 0.16 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.15 0.10 0.21 0.17 0.11 0.01 0.02 0.04 0.00 0.44 0.04 0.10 0.43 0.35
O5' 0.33 0.79 0.17 0.40 0.81 0.01 1.02 0.01 1.08 0.91 0.96 0.71 0.67 1.07 0.70 0.26 0.35 0.44 0.00 1.19 0.01 0.03 0.00
O6 0.01 0.01 0.12 0.14 0.01 0.20 0.02 0.57 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.08 0.04 1.19 0.00 1.25 2.25 1.69
OP1 0.09 0.46 0.35 0.68 0.53 0.35 0.90 0.09 1.01 0.81 0.77 0.30 0.29 1.08 0.42 0.51 0.90 0.10 0.01 1.25 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 1.42 0.19 0.63 1.33 0.13 1.77 0.20 1.99 1.40 1.77 1.28 1.14 1.84 1.04 0.42 0.82 0.43 0.03 2.25 0.01 0.00 0.01
P 0.28 0.97 0.19 0.56 0.98 0.13 1.34 0.01 1.47 1.17 1.26 0.84 0.77 1.47 0.80 0.35 0.66 0.35 0.00 1.69 0.00 0.01 0.00