ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52369

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4 B 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
N9 B 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
N3 B 0, 0.000, 0.065, 0.131, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.065 std_dev=0.065
N1 B 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
C2 B 0, 0.000, 0.068, 0.135, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.068 std_dev=0.068
O4' A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C8 B 0, 0.000, 0.077, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.077 std_dev=0.077
C5 B 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
C1' B 0, 0.000, 0.086, 0.172, 0.172 max_d=0.172 avg_d=0.086 std_dev=0.086
O4' B 0, 0.000, 0.090, 0.181, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.090 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.000, 0.100, 0.201, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.100 std_dev=0.100
C6 B 0, 0.000, 0.101, 0.202, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.101 std_dev=0.101
N2 B 0, 0.000, 0.112, 0.225, 0.225 max_d=0.225 avg_d=0.112 std_dev=0.112
N7 B 0, 0.000, 0.118, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
O2' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C3' A 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
O6 B 0, 0.000, 0.152, 0.304, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.152 std_dev=0.152
O3' A 0, 0.000, 0.202, 0.404, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.202 std_dev=0.202
C5' A 0, 0.000, 0.205, 0.411, 0.411 max_d=0.411 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C2' B 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
O5' A 0, 0.000, 0.249, 0.499, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.249 std_dev=0.249
P B 0, 0.000, 0.254, 0.509, 0.509 max_d=0.509 avg_d=0.254 std_dev=0.254
C3' B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
OP1 A 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C4' B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
P A 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
OP2 A 0, 0.000, 0.298, 0.596, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.298 std_dev=0.298
O2' B 0, 0.000, 0.317, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.317 std_dev=0.317
OP2 B 0, 0.000, 0.320, 0.639, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.320 std_dev=0.320
O3' B 0, 0.000, 0.403, 0.806, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.403 std_dev=0.403
C5' B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
O5' B 0, 0.000, 0.488, 0.976, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.488 std_dev=0.488
OP1 B 0, 0.000, 0.602, 1.203, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.602 std_dev=0.602

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.03 0.10 0.10 0.11 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.06 0.08 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C4 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.05 0.04 0.05
C5' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.09 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.07 0.07 0.07 0.07
C8 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
N1 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.09 0.09 0.10 0.10
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.03 0.08 0.08 0.10 0.09
N6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.07 0.06 0.07
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.07 0.08 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03
O5' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.09 0.08 0.07 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.10 0.00 0.00 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.01 0.09 0.08 0.07 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.11 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01 0.07 0.00 0.10 0.10 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.10 0.09 0.07 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.04 0.03 0.10 0.07 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.02 0.01 0.15 0.09 0.01 0.30 0.03 0.19 0.20 0.09
C2 0.04 0.03 0.08 0.02 0.01 0.03 0.03 0.14 0.05 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.13 0.03 0.03 0.26 0.08 0.13 0.22 0.05
C2' 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.12 0.07 0.04 0.22 0.05 0.19 0.24 0.06
C3' 0.01 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.11 0.05 0.06 0.19 0.03 0.19 0.24 0.05
C4 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.02 0.03 0.11 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.12 0.03 0.02 0.28 0.06 0.15 0.21 0.07
C4' 0.01 0.04 0.08 0.06 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.07 0.02 0.02 0.00 0.13 0.09 0.03 0.25 0.00 0.19 0.22 0.08
C5 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.04 0.16 0.05 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.08 0.01 0.04 0.26 0.07 0.12 0.21 0.05
C5' 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.13 0.08 0.03 0.25 0.02 0.20 0.20 0.08
C6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.07 0.05 0.19 0.06 0.04 0.03 0.03 0.02 0.07 0.00 0.07 0.03 0.05 0.23 0.09 0.09 0.22 0.03
C8 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.11 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.03 0.29 0.04 0.16 0.20 0.08
N1 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.06 0.04 0.17 0.05 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.10 0.01 0.04 0.24 0.09 0.10 0.22 0.03
N3 0.05 0.04 0.09 0.04 0.01 0.00 0.03 0.10 0.04 0.02 0.00 0.06 0.05 0.04 0.02 0.15 0.06 0.02 0.28 0.06 0.16 0.21 0.07
N6 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.05 0.22 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.08 0.01 0.04 0.07 0.05 0.20 0.09 0.05 0.21 0.00
N7 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.08 0.05 0.17 0.05 0.05 0.03 0.00 0.00 0.07 0.01 0.04 0.04 0.05 0.26 0.07 0.12 0.21 0.05
N9 0.04 0.02 0.08 0.04 0.01 0.00 0.02 0.08 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.12 0.05 0.01 0.30 0.04 0.17 0.20 0.09
O2' 0.01 0.03 0.09 0.08 0.05 0.07 0.05 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.16 0.12 0.01 0.22 0.06 0.21 0.22 0.08
O3' 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.08 0.05 0.07 0.14 0.03 0.19 0.25 0.04
O4' 0.04 0.06 0.11 0.08 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.09 0.05 0.00 0.02 0.15 0.10 0.01 0.30 0.01 0.19 0.19 0.10
O5' 0.02 0.06 0.08 0.07 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.13 0.09 0.03 0.27 0.04 0.19 0.20 0.09
OP1 0.02 0.07 0.09 0.09 0.03 0.05 0.05 0.00 0.07 0.02 0.08 0.10 0.04 0.04 0.02 0.13 0.12 0.01 0.27 0.08 0.20 0.18 0.10
OP2 0.00 0.06 0.07 0.07 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.10 0.03 0.01 0.00 0.12 0.10 0.04 0.21 0.04 0.21 0.21 0.07
P 0.01 0.07 0.08 0.07 0.02 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.09 0.03 0.02 0.01 0.12 0.10 0.03 0.25 0.06 0.20 0.20 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.23 0.01 0.19 0.21 0.07
C2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.00 0.32 0.01 0.11 0.21 0.06
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.03 0.14 0.26 0.00
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.14 0.27 0.04
C4 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.33 0.00 0.13 0.20 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.09 0.01 0.04 0.02 0.09 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.19 0.26 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.35 0.00 0.08 0.19 0.06
C5' 0.03 0.07 0.00 0.01 0.09 0.00 0.14 0.00 0.15 0.17 0.11 0.04 0.05 0.19 0.09 0.02 0.05 0.00 0.00 0.17 0.25 0.27 0.00
C6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.35 0.00 0.06 0.19 0.05
C8 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.35 0.00 0.12 0.20 0.08
N1 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.34 0.01 0.08 0.20 0.06
N2 0.03 0.00 0.09 0.07 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.11 0.01 0.31 0.02 0.13 0.21 0.06
N3 0.03 0.00 0.07 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.01 0.31 0.00 0.15 0.21 0.08
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.36 0.00 0.07 0.18 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.00 0.15 0.21 0.08
O2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.09 0.14 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.13 0.27 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.11 0.07 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.02 0.11 0.26 0.09
O4' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.02 0.25 0.17 0.11
O5' 0.23 0.32 0.10 0.00 0.33 0.01 0.35 0.00 0.35 0.35 0.34 0.31 0.31 0.36 0.32 0.01 0.17 0.23 0.00 0.35 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.35 0.00 0.02 0.17 0.04
OP1 0.19 0.11 0.14 0.14 0.13 0.19 0.08 0.25 0.06 0.12 0.08 0.13 0.15 0.07 0.15 0.13 0.11 0.25 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.21 0.21 0.26 0.27 0.20 0.26 0.19 0.27 0.19 0.20 0.20 0.21 0.21 0.18 0.21 0.27 0.26 0.17 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.06 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.05 0.08 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.03 0.09 0.11 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00