ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52370

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2' A 0, 0.000, 0.028, 0.057, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O2' B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
C3' A 0, 0.000, 0.114, 0.228, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.114 std_dev=0.114
O3' B 0, 0.000, 0.118, 0.235, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.118 std_dev=0.118
C4' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C2' B 0, 0.000, 0.127, 0.255, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C3' B 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O2' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
N3 B 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
C2 B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C4' B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
C1' B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
N1 B 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C5' A 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C4 B 0, 0.000, 0.171, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C6 B 0, 0.000, 0.171, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.171 std_dev=0.171
O5' A 0, 0.000, 0.173, 0.346, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.173 std_dev=0.173
C5 B 0, 0.000, 0.177, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.177 std_dev=0.177
N2 B 0, 0.000, 0.177, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O6 B 0, 0.000, 0.181, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.181 std_dev=0.181
O4' B 0, 0.000, 0.181, 0.362, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.181 std_dev=0.181
N9 B 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
P A 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
N7 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C8 B 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
C5' B 0, 0.000, 0.220, 0.440, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.220 std_dev=0.220
O3' A 0, 0.000, 0.224, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.224 std_dev=0.224
OP1 A 0, 0.000, 0.244, 0.489, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.244 std_dev=0.244
OP2 A 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
O5' B 0, 0.000, 0.332, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.332 std_dev=0.332
P B 0, 0.000, 0.591, 1.181, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.591 std_dev=0.591
OP1 B 0, 0.000, 0.643, 1.285, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.643 std_dev=0.643
OP2 B 0, 0.000, 0.781, 1.562, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.781 std_dev=0.781

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04
C2 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.06 0.08 0.09 0.08
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.07 0.08 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02
C5 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.09 0.10 0.10 0.09
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.01 0.09 0.11 0.11 0.10
C8 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.09 0.08 0.08
N1 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.07 0.00 0.08 0.10 0.10 0.09
N3 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06
N6 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.11 0.13 0.13 0.11
N7 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.10 0.11 0.11 0.10
N9 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.04 0.06 0.04 0.06 0.06 0.00 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.00 0.04
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.05 0.07 0.04 0.09 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.06 0.05 0.06
O5' 0.02 0.06 0.02 0.04 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.08 0.05 0.11 0.10 0.05 0.02 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.03 0.08 0.02 0.04 0.07 0.02 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.06 0.13 0.11 0.06 0.03 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.09 0.04 0.05 0.08 0.00 0.10 0.01 0.11 0.08 0.10 0.07 0.13 0.11 0.06 0.00 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.01 0.03 0.07 0.02 0.09 0.00 0.10 0.08 0.09 0.06 0.11 0.10 0.06 0.04 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.04 0.01
C2 0.03 0.06 0.02 0.04 0.06 0.04 0.07 0.05 0.08 0.06 0.08 0.05 0.06 0.07 0.05 0.03 0.06 0.04 0.06 0.08 0.06 0.09 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.03 0.14 0.11 0.07
C3' 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.08 0.02 0.03 0.06 0.05 0.17 0.15 0.11
C4 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03
C4' 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.03 0.03 0.01 0.14 0.11 0.07
C5 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04
C5' 0.08 0.03 0.07 0.04 0.04 0.07 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.13 0.02 0.08 0.07 0.00 0.18 0.15 0.12
C6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.05 0.03 0.09 0.07 0.07
C8 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.07 0.03
N1 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.01 0.03 0.06 0.04 0.03 0.06 0.03 0.07 0.07 0.09 0.10 0.09
N3 0.03 0.06 0.02 0.03 0.06 0.03 0.06 0.05 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.05 0.05
N6 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.12 0.08 0.08
N7 0.04 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00
N9 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00
O2' 0.06 0.03 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.08 0.07 0.02 0.01 0.09 0.06 0.02
O3' 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.03 0.01 0.03 0.00 0.10 0.02 0.04 0.06 0.06 0.19 0.16 0.12
O4' 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.07 0.04 0.01
O5' 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.04 0.07 0.16 0.15 0.10
OP1 0.02 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.07 0.02 0.08 0.06 0.07 0.04 0.04 0.08 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.19 0.18 0.12
OP2 0.05 0.08 0.02 0.02 0.09 0.04 0.11 0.04 0.11 0.10 0.10 0.07 0.07 0.11 0.08 0.00 0.01 0.05 0.00 0.12 0.11 0.14 0.07
P 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.07 0.04 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.17 0.16 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.09 0.07
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.14 0.10
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.10 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.15 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.01 0.11 0.19 0.13
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.12 0.20 0.13
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.11 0.19 0.13
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.17 0.12
N2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.13 0.08
N3 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.13 0.08
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.15 0.23 0.15
N9 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.14 0.10
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.17 0.12 0.10
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.11 0.08
O5' 0.03 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.07 0.04 0.01 0.05 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.15 0.21 0.14
OP1 0.00 0.06 0.07 0.10 0.06 0.05 0.11 0.04 0.12 0.11 0.09 0.04 0.03 0.15 0.05 0.07 0.17 0.01 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.14 0.00 0.06 0.15 0.01 0.19 0.00 0.20 0.19 0.17 0.13 0.13 0.23 0.14 0.00 0.12 0.11 0.01 0.21 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.10 0.00 0.05 0.10 0.01 0.13 0.00 0.13 0.13 0.12 0.08 0.08 0.15 0.10 0.01 0.10 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00