ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52371

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.016
P A 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
O4' A 0, 0.000, 0.127, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O3' A 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C4' A 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C2' A 0, 0.000, 0.168, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.168 std_dev=0.168
O5' B 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C3' B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
O3' B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
P B 0, 0.000, 0.223, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C5' A 0, 0.000, 0.256, 0.511, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.256 std_dev=0.256
C4' B 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
OP2 B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
C5' B 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
C2' B 0, 0.000, 0.266, 0.531, 0.531 max_d=0.531 avg_d=0.266 std_dev=0.266
N9 B 0, 0.000, 0.275, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.275 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.000, 0.276, 0.552, 0.552 max_d=0.552 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C4 B 0, 0.000, 0.280, 0.559, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.280 std_dev=0.280
C5 B 0, 0.000, 0.280, 0.561, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.280 std_dev=0.280
O4' B 0, 0.000, 0.287, 0.574, 0.574 max_d=0.574 avg_d=0.287 std_dev=0.287
N7 B 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C8 B 0, 0.000, 0.291, 0.583, 0.583 max_d=0.583 avg_d=0.291 std_dev=0.291
OP1 B 0, 0.000, 0.321, 0.641, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.321 std_dev=0.321
O2' A 0, 0.000, 0.322, 0.644, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.322 std_dev=0.322
N3 B 0, 0.000, 0.323, 0.647, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.323 std_dev=0.323
C6 B 0, 0.000, 0.325, 0.649, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.325 std_dev=0.325
O6 B 0, 0.000, 0.350, 0.699, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.350 std_dev=0.350
N1 B 0, 0.000, 0.385, 0.769, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.385 std_dev=0.385
O2' B 0, 0.000, 0.386, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.386 std_dev=0.386
C2 B 0, 0.000, 0.392, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.392 std_dev=0.392
N2 B 0, 0.000, 0.491, 0.981, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.491 std_dev=0.491
O5' A 0, 0.000, 0.493, 0.985, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.493 std_dev=0.493
OP2 A 0, 0.000, 0.494, 0.988, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.494 std_dev=0.494
OP1 A 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.08 0.29 0.23 0.01
C2 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.05 0.04 0.15 0.30 0.16 0.00
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.10 0.40 0.14
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.14 0.36 0.09
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.02 0.15 0.28 0.16 0.01
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.21 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.17 0.24 0.12 0.01
C5' 0.03 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.07 0.04 0.09 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.16 0.13 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.02 0.19 0.23 0.12 0.01
C8 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.07 0.03 0.15 0.23 0.12 0.01
N1 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.05 0.03 0.17 0.27 0.13 0.01
N3 0.02 0.00 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.05 0.03 0.13 0.31 0.18 0.00
N6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.20 0.19 0.09 0.02
N7 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.07 0.01 0.17 0.20 0.09 0.01
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.13 0.28 0.17 0.01
O2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.07 0.09 0.13 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.06 0.49 0.20
O3' 0.08 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.07 0.02 0.00 0.07 0.06 0.17 0.34 0.07
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.39 0.10 0.09
O5' 0.08 0.15 0.04 0.06 0.15 0.01 0.17 0.00 0.19 0.15 0.17 0.13 0.20 0.17 0.13 0.04 0.06 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.29 0.30 0.10 0.14 0.28 0.25 0.24 0.16 0.23 0.23 0.27 0.31 0.19 0.20 0.28 0.06 0.17 0.39 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.23 0.16 0.40 0.36 0.16 0.21 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.18 0.09 0.09 0.17 0.49 0.34 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.14 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.20 0.07 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.01 0.12 0.02 0.08 0.04 0.10 0.00 0.07 0.15 0.02 0.05 0.02 0.14 0.13 0.14 0.03 0.09 0.00 0.09 0.11 0.00 0.05
C2 0.16 0.06 0.16 0.04 0.13 0.08 0.14 0.02 0.12 0.17 0.08 0.03 0.08 0.17 0.16 0.21 0.01 0.14 0.00 0.13 0.16 0.04 0.08
C2' 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.07 0.02 0.11 0.00 0.05 0.04 0.09 0.05 0.04 0.03 0.02 0.17 0.01 0.11 0.01 0.21 0.09 0.15
C3' 0.07 0.03 0.05 0.04 0.05 0.02 0.07 0.05 0.04 0.11 0.00 0.07 0.01 0.11 0.08 0.04 0.10 0.03 0.04 0.06 0.14 0.01 0.08
C4 0.16 0.06 0.16 0.04 0.13 0.07 0.14 0.02 0.12 0.17 0.07 0.02 0.07 0.17 0.16 0.22 0.01 0.14 0.00 0.13 0.15 0.03 0.08
C4' 0.13 0.03 0.13 0.05 0.11 0.06 0.14 0.02 0.11 0.19 0.06 0.02 0.05 0.18 0.15 0.13 0.01 0.09 0.02 0.13 0.09 0.03 0.03
C5 0.18 0.09 0.18 0.05 0.15 0.09 0.16 0.03 0.14 0.18 0.11 0.06 0.10 0.18 0.18 0.25 0.00 0.16 0.00 0.15 0.16 0.05 0.09
C5' 0.15 0.09 0.15 0.06 0.16 0.05 0.19 0.01 0.18 0.22 0.13 0.05 0.10 0.23 0.18 0.14 0.00 0.09 0.01 0.20 0.11 0.03 0.04
C6 0.18 0.10 0.17 0.04 0.15 0.09 0.15 0.02 0.14 0.17 0.11 0.07 0.11 0.17 0.17 0.24 0.01 0.16 0.01 0.15 0.18 0.07 0.10
C8 0.17 0.07 0.18 0.06 0.14 0.09 0.15 0.03 0.14 0.19 0.10 0.04 0.09 0.18 0.18 0.25 0.00 0.15 0.00 0.15 0.14 0.02 0.07
N1 0.17 0.09 0.17 0.04 0.14 0.08 0.15 0.02 0.13 0.17 0.10 0.06 0.10 0.17 0.17 0.23 0.01 0.16 0.01 0.14 0.17 0.07 0.10
N3 0.15 0.05 0.16 0.04 0.12 0.07 0.13 0.02 0.11 0.17 0.06 0.01 0.07 0.16 0.16 0.20 0.01 0.13 0.00 0.12 0.14 0.03 0.07
N6 0.18 0.12 0.17 0.05 0.16 0.09 0.16 0.03 0.15 0.17 0.13 0.10 0.13 0.17 0.18 0.25 0.00 0.17 0.02 0.16 0.20 0.10 0.12
N7 0.19 0.10 0.19 0.06 0.16 0.11 0.17 0.04 0.15 0.19 0.12 0.08 0.12 0.19 0.19 0.27 0.01 0.18 0.00 0.17 0.16 0.05 0.08
N9 0.15 0.04 0.16 0.04 0.12 0.07 0.13 0.02 0.11 0.18 0.06 0.00 0.06 0.17 0.16 0.21 0.02 0.13 0.00 0.12 0.13 0.01 0.06
O2' 0.14 0.23 0.14 0.23 0.16 0.21 0.15 0.23 0.17 0.10 0.21 0.27 0.22 0.11 0.13 0.17 0.27 0.17 0.22 0.16 0.29 0.18 0.25
O3' 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.06 0.06 0.04 0.11 0.02 0.10 0.03 0.10 0.07 0.01 0.11 0.00 0.05 0.06 0.14 0.00 0.08
O4' 0.20 0.08 0.21 0.12 0.17 0.14 0.20 0.10 0.17 0.25 0.11 0.02 0.10 0.25 0.22 0.23 0.08 0.17 0.09 0.19 0.03 0.09 0.03
O5' 0.28 0.29 0.30 0.14 0.34 0.10 0.36 0.01 0.36 0.36 0.33 0.26 0.29 0.37 0.34 0.29 0.00 0.18 0.01 0.38 0.19 0.02 0.07
OP1 0.11 0.20 0.06 0.13 0.17 0.10 0.17 0.15 0.18 0.14 0.20 0.20 0.19 0.16 0.14 0.07 0.00 0.14 0.26 0.17 0.26 0.33 0.30
OP2 0.07 0.18 0.15 0.01 0.05 0.02 0.05 0.12 0.02 0.18 0.09 0.25 0.18 0.19 0.02 0.23 0.01 0.02 0.22 0.09 0.25 0.37 0.27
P 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.05 0.12 0.01 0.09 0.05 0.12 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.02
C2 0.04 0.00 0.10 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.18 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.19 0.11
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.08 0.12 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.05 0.12 0.01 0.06 0.03 0.11 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.01 0.07 0.02
C4 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.01 0.00 0.08 0.01 0.09 0.18 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.05 0.03 0.06 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00
C5 0.02 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.06 0.00 0.12 0.00 0.15 0.24 0.17
C5' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.08 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
C6 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.04 0.00 0.13 0.00 0.17 0.27 0.19
C8 0.00 0.01 0.03 0.12 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.13 0.01 0.12 0.01 0.14 0.18 0.14
N1 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.16 0.02 0.01 0.09 0.01 0.13 0.24 0.16
N2 0.05 0.00 0.12 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.22 0.10 0.02 0.04 0.01 0.05 0.17 0.09
N3 0.04 0.00 0.09 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.17 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.15 0.08
N7 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.14 0.02 0.19 0.25 0.19
N9 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.14 0.09
O2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.04 0.07 0.04 0.10 0.02 0.16 0.22 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.03 0.07 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.03 0.04 0.13 0.02 0.10 0.06 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.05 0.08 0.01 0.08 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00
O5' 0.02 0.06 0.01 0.03 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.09 0.04 0.04 0.14 0.07 0.04 0.05 0.01 0.00 0.16 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.08 0.00 0.16 0.00 0.23 0.32 0.24
OP1 0.01 0.07 0.00 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.17 0.14 0.13 0.05 0.04 0.19 0.08 0.03 0.01 0.00 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.19 0.06 0.07 0.18 0.03 0.24 0.01 0.27 0.18 0.24 0.17 0.15 0.25 0.14 0.07 0.08 0.02 0.02 0.32 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.11 0.01 0.02 0.11 0.00 0.17 0.00 0.19 0.14 0.16 0.09 0.08 0.19 0.09 0.03 0.03 0.00 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00