ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52372

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
N7 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C4' A 0, 0.000, 0.055, 0.111, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.000, 0.062, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C3' A 0, 0.000, 0.096, 0.191, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O3' A 0, 0.000, 0.097, 0.195, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.000, 0.136, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.136 std_dev=0.136
O5' A 0, 0.000, 0.142, 0.284, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.142 std_dev=0.142
OP2 B 0, 0.000, 0.145, 0.289, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.000, 0.154, 0.308, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.154 std_dev=0.154
P A 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
P B 0, 0.000, 0.184, 0.369, 0.369 max_d=0.369 avg_d=0.184 std_dev=0.184
OP2 A 0, 0.000, 0.188, 0.377, 0.377 max_d=0.377 avg_d=0.188 std_dev=0.188
C3' B 0, 0.000, 0.232, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.232 std_dev=0.232
C2' B 0, 0.000, 0.245, 0.491, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O4' B 0, 0.000, 0.260, 0.520, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.260 std_dev=0.260
C8 B 0, 0.000, 0.263, 0.527, 0.527 max_d=0.527 avg_d=0.263 std_dev=0.263
OP1 B 0, 0.000, 0.270, 0.540, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.270 std_dev=0.270
N9 B 0, 0.000, 0.275, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.275 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.000, 0.278, 0.555, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.278 std_dev=0.278
N7 B 0, 0.000, 0.294, 0.587, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
N3 B 0, 0.000, 0.299, 0.598, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C4' B 0, 0.000, 0.299, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.299 std_dev=0.299
C5 B 0, 0.000, 0.309, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.309 std_dev=0.309
C6 B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
C2 B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
O6 B 0, 0.000, 0.320, 0.640, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.320 std_dev=0.320
N1 B 0, 0.000, 0.322, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.322 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.000, 0.334, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.334 std_dev=0.334
N2 B 0, 0.000, 0.343, 0.687, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.343 std_dev=0.343
O2' B 0, 0.000, 0.368, 0.735, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.368 std_dev=0.368
O3' B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C5' B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
OP1 A 0, 0.000, 0.479, 0.957, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.479 std_dev=0.479

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.07 0.05 0.06
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.10 0.18 0.07 0.09
C2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.10 0.18 0.07 0.10
C4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.07 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.23 0.05 0.10
C5' 0.03 0.06 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.08 0.08 0.05 0.09 0.09 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.15 0.15 0.02
C6 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.24 0.05 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.09 0.21 0.05 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.10 0.21 0.06 0.10
N3 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01 0.10 0.15 0.07 0.09
N6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.27 0.05 0.10
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.09 0.25 0.05 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.15 0.07 0.09
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02
O3' 0.05 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03 0.00 0.06 0.07 0.13 0.02 0.05
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.10 0.05 0.12 0.08
O5' 0.07 0.10 0.01 0.06 0.10 0.00 0.10 0.01 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.04 0.07 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.18 0.00 0.11 0.18 0.10 0.23 0.15 0.24 0.21 0.21 0.15 0.27 0.25 0.15 0.00 0.13 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.07 0.02 0.02 0.07 0.07 0.05 0.15 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.07 0.07 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.01 0.04 0.10 0.01 0.10 0.02 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.02 0.05 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.11 0.23 0.12 0.03 0.20 0.13 0.22 0.17 0.23 0.17 0.23 0.24 0.21 0.21 0.17 0.23 0.06 0.01 0.18 0.23 0.14 0.03 0.11
C2 0.09 0.21 0.08 0.05 0.18 0.16 0.19 0.26 0.21 0.14 0.22 0.23 0.18 0.18 0.14 0.19 0.02 0.03 0.23 0.22 0.14 0.03 0.13
C2' 0.12 0.22 0.15 0.01 0.21 0.09 0.23 0.10 0.23 0.19 0.22 0.21 0.21 0.22 0.18 0.25 0.08 0.01 0.12 0.23 0.06 0.01 0.05
C3' 0.13 0.20 0.16 0.02 0.20 0.05 0.22 0.05 0.22 0.20 0.21 0.19 0.20 0.22 0.18 0.26 0.05 0.04 0.08 0.22 0.06 0.02 0.03
C4 0.10 0.21 0.09 0.05 0.18 0.16 0.19 0.25 0.21 0.14 0.21 0.22 0.19 0.18 0.15 0.19 0.03 0.03 0.23 0.21 0.14 0.04 0.13
C4' 0.13 0.20 0.15 0.02 0.19 0.06 0.21 0.10 0.21 0.18 0.20 0.20 0.19 0.20 0.17 0.25 0.01 0.04 0.12 0.21 0.12 0.00 0.07
C5 0.12 0.21 0.09 0.04 0.19 0.15 0.20 0.26 0.21 0.15 0.22 0.22 0.19 0.18 0.16 0.19 0.00 0.01 0.23 0.22 0.13 0.03 0.13
C5' 0.15 0.17 0.15 0.04 0.18 0.02 0.19 0.07 0.19 0.17 0.18 0.17 0.17 0.19 0.17 0.22 0.05 0.08 0.11 0.19 0.09 0.01 0.05
C6 0.12 0.21 0.09 0.03 0.19 0.14 0.20 0.26 0.22 0.15 0.22 0.22 0.19 0.19 0.16 0.18 0.02 0.00 0.23 0.22 0.12 0.03 0.13
C8 0.12 0.20 0.10 0.05 0.18 0.16 0.19 0.23 0.20 0.15 0.20 0.20 0.19 0.18 0.16 0.20 0.02 0.01 0.22 0.20 0.13 0.04 0.13
N1 0.11 0.21 0.09 0.04 0.18 0.15 0.20 0.26 0.22 0.15 0.22 0.23 0.19 0.18 0.15 0.19 0.00 0.02 0.23 0.22 0.13 0.03 0.13
N3 0.09 0.20 0.08 0.05 0.17 0.17 0.19 0.25 0.20 0.14 0.21 0.22 0.18 0.17 0.14 0.19 0.04 0.04 0.23 0.20 0.15 0.04 0.13
N6 0.13 0.21 0.09 0.02 0.19 0.12 0.21 0.26 0.22 0.16 0.22 0.22 0.19 0.19 0.17 0.18 0.05 0.02 0.22 0.23 0.09 0.02 0.12
N7 0.13 0.20 0.09 0.03 0.19 0.15 0.20 0.26 0.20 0.15 0.20 0.20 0.19 0.18 0.16 0.19 0.02 0.00 0.23 0.21 0.12 0.03 0.13
N9 0.10 0.21 0.09 0.05 0.18 0.16 0.20 0.22 0.21 0.15 0.21 0.22 0.19 0.18 0.15 0.20 0.05 0.03 0.22 0.21 0.14 0.04 0.13
O2' 0.13 0.26 0.16 0.00 0.24 0.08 0.27 0.06 0.27 0.22 0.27 0.26 0.24 0.26 0.20 0.26 0.09 0.02 0.09 0.27 0.03 0.03 0.02
O3' 0.13 0.23 0.16 0.02 0.22 0.05 0.24 0.04 0.24 0.21 0.24 0.23 0.21 0.24 0.19 0.25 0.05 0.04 0.08 0.24 0.06 0.02 0.03
O4' 0.09 0.20 0.10 0.05 0.17 0.15 0.19 0.21 0.20 0.14 0.20 0.22 0.18 0.17 0.14 0.21 0.05 0.02 0.22 0.20 0.20 0.07 0.15
O5' 0.14 0.19 0.18 0.03 0.20 0.07 0.21 0.11 0.21 0.19 0.20 0.18 0.18 0.21 0.18 0.31 0.00 0.03 0.13 0.22 0.14 0.01 0.09
OP1 0.04 0.00 0.01 0.09 0.01 0.24 0.00 0.32 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.15 0.02 0.15 0.30 0.02 0.37 0.07 0.25
OP2 0.19 0.22 0.24 0.10 0.25 0.05 0.28 0.05 0.28 0.26 0.25 0.20 0.21 0.29 0.23 0.32 0.01 0.12 0.03 0.29 0.11 0.06 0.06
P 0.07 0.08 0.11 0.00 0.10 0.09 0.12 0.12 0.12 0.10 0.10 0.07 0.08 0.12 0.09 0.21 0.00 0.01 0.15 0.13 0.14 0.02 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.18 0.05 0.07
C2 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.10 0.06 0.05 0.00 0.13 0.02 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.03 0.11 0.01 0.02
C3' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.11 0.07 0.06
C4 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.17 0.03 0.06
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.08 0.03 0.08 0.06 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.18 0.12 0.11
C5 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.20 0.04 0.08
C5' 0.03 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.11 0.15 0.06 0.02 0.00 0.16 0.07 0.04 0.01 0.01 0.01 0.16 0.04 0.03 0.02
C6 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.20 0.05 0.09
C8 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.22 0.04 0.09
N1 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.09 0.04 0.02 0.00 0.16 0.03 0.05
N2 0.04 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.12 0.07 0.07 0.00 0.10 0.02 0.02
N3 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.10 0.06 0.07 0.02 0.12 0.02 0.03
N7 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.16 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.23 0.05 0.10
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.18 0.03 0.07
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10 0.00 0.02
O3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.09 0.12 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.15 0.15 0.11
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.21 0.09 0.09
O5' 0.04 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.07 0.07 0.06 0.02 0.06 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01
O6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.07 0.00 0.23 0.06 0.11
OP1 0.18 0.13 0.11 0.11 0.17 0.18 0.20 0.04 0.20 0.22 0.16 0.10 0.12 0.23 0.18 0.10 0.15 0.21 0.01 0.23 0.00 0.02 0.01
OP2 0.05 0.02 0.01 0.07 0.03 0.12 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.15 0.09 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01
P 0.07 0.03 0.02 0.06 0.06 0.11 0.08 0.02 0.09 0.09 0.05 0.02 0.03 0.10 0.07 0.02 0.11 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00