ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52373

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O4' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
O5' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.000, 0.045, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.045 std_dev=0.045
O2' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
P A 0, 0.000, 0.053, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.053 std_dev=0.053
OP2 A 0, 0.000, 0.063, 0.126, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.063 std_dev=0.063
C4' A 0, 0.000, 0.064, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.064 std_dev=0.064
C3' A 0, 0.000, 0.070, 0.141, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.070 std_dev=0.070
C5' A 0, 0.000, 0.082, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O3' B 0, 0.000, 0.120, 0.240, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O2' B 0, 0.000, 0.128, 0.256, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.128 std_dev=0.128
C3' B 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O3' A 0, 0.000, 0.134, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.134 std_dev=0.134
C2' B 0, 0.000, 0.139, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.139 std_dev=0.139
OP1 A 0, 0.000, 0.144, 0.288, 0.288 max_d=0.288 avg_d=0.144 std_dev=0.144
C4' B 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C5' B 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O5' B 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C1' B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
OP1 B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
O4' B 0, 0.000, 0.180, 0.359, 0.359 max_d=0.359 avg_d=0.180 std_dev=0.180
P B 0, 0.000, 0.183, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.183 std_dev=0.183
N9 B 0, 0.000, 0.197, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C8 B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.000, 0.212, 0.423, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.212 std_dev=0.212
N3 B 0, 0.000, 0.212, 0.425, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.212 std_dev=0.212
N7 B 0, 0.000, 0.224, 0.449, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.224 std_dev=0.224
C5 B 0, 0.000, 0.228, 0.455, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C2 B 0, 0.000, 0.230, 0.460, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.230 std_dev=0.230
N2 B 0, 0.000, 0.242, 0.484, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.242 std_dev=0.242
N1 B 0, 0.000, 0.243, 0.486, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.243 std_dev=0.243
C6 B 0, 0.000, 0.245, 0.489, 0.489 max_d=0.489 avg_d=0.245 std_dev=0.245
O6 B 0, 0.000, 0.264, 0.528, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.264 std_dev=0.264
OP2 B 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.05
C4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03
C8 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.07 0.03 0.03
N3 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02
N6 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04
O3' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.02 0.05 0.05 0.05 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.04 0.08 0.07 0.04 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.01 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03
C2 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02
C2' 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.07 0.07 0.06 0.08 0.07
C3' 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.00 0.02 0.06 0.05 0.05 0.08 0.04 0.07 0.05 0.08 0.10 0.08
C4 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.06
C5 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C5' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.08 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.09 0.08 0.07
C6 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02
C8 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02
N1 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02
N3 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
N6 0.04 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.03
N7 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02
O2' 0.08 0.07 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.04 0.08 0.08 0.08 0.06 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.07 0.08 0.05 0.08 0.07
O3' 0.05 0.03 0.06 0.08 0.05 0.05 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.00 0.03 0.08 0.06 0.05 0.09 0.05 0.09 0.07 0.09 0.12 0.10
O4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03
O5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.06 0.06
OP1 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.06 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.04 0.15 0.09 0.11
OP2 0.03 0.09 0.04 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.07 0.11 0.08 0.01 0.03 0.05 0.01 0.02 0.06 0.04 0.12 0.12 0.10
P 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.05 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.10 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01
C6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01
N1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01
N2 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02
O5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01
OP1 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00