ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52374

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N6 A 0, 0.000, 0.025, 0.050, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.000, 0.075, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.075 std_dev=0.075
C4' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.000, 0.142, 0.285, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.142
O4' B 0, 0.000, 0.161, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.161 std_dev=0.161
C3' A 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C5' A 0, 0.000, 0.199, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C1' B 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
O2' A 0, 0.000, 0.218, 0.435, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.218 std_dev=0.218
C4' B 0, 0.000, 0.241, 0.482, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.241 std_dev=0.241
O3' B 0, 0.000, 0.269, 0.537, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.269 std_dev=0.269
C3' B 0, 0.000, 0.281, 0.562, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.281 std_dev=0.281
C5' B 0, 0.000, 0.286, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.286 std_dev=0.286
O5' A 0, 0.000, 0.305, 0.609, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.305 std_dev=0.305
C2' B 0, 0.000, 0.308, 0.616, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.308 std_dev=0.308
N9 B 0, 0.000, 0.319, 0.638, 0.638 max_d=0.638 avg_d=0.319 std_dev=0.319
O3' A 0, 0.000, 0.322, 0.643, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.322 std_dev=0.322
P A 0, 0.000, 0.359, 0.718, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.359 std_dev=0.359
O2' B 0, 0.000, 0.370, 0.739, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.370 std_dev=0.370
N3 B 0, 0.000, 0.382, 0.764, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.382 std_dev=0.382
C4 B 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
C8 B 0, 0.000, 0.393, 0.785, 0.785 max_d=0.785 avg_d=0.393 std_dev=0.393
OP2 A 0, 0.000, 0.447, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.447 std_dev=0.447
OP1 A 0, 0.000, 0.449, 0.897, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.449 std_dev=0.449
C2 B 0, 0.000, 0.480, 0.961, 0.961 max_d=0.961 avg_d=0.480 std_dev=0.480
C5 B 0, 0.000, 0.483, 0.965, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.483 std_dev=0.483
N7 B 0, 0.000, 0.486, 0.971, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.486 std_dev=0.486
N2 B 0, 0.000, 0.514, 1.028, 1.028 max_d=1.028 avg_d=0.514 std_dev=0.514
N1 B 0, 0.000, 0.568, 1.135, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.568 std_dev=0.568
C6 B 0, 0.000, 0.580, 1.160, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.580 std_dev=0.580
O5' B 0, 0.000, 0.583, 1.166, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.583 std_dev=0.583
O6 B 0, 0.000, 0.676, 1.351, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.676 std_dev=0.676
P B 0, 0.000, 1.037, 2.075, 2.075 max_d=2.075 avg_d=1.037 std_dev=1.037
OP1 B 0, 0.000, 1.198, 2.395, 2.395 max_d=2.395 avg_d=1.198 std_dev=1.198
OP2 B 0, 0.000, 1.443, 2.886, 2.886 max_d=2.886 avg_d=1.443 std_dev=1.443

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.07 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.09 0.02
C8 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03 0.00
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.11 0.06
N6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.05 0.07 0.00
N7 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.07 0.06 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.03 0.06 0.07 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.05
O5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.11 0.02 0.02 0.09 0.02 0.07 0.04 0.09 0.03 0.11 0.11 0.07 0.04 0.06 0.00 0.08 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.24 0.14 0.12 0.20 0.12 0.21 0.13 0.23 0.16 0.24 0.24 0.21 0.19 0.16 0.16 0.10 0.05 0.08 0.23 0.21 0.20 0.11
C2 0.14 0.32 0.17 0.12 0.27 0.10 0.32 0.08 0.36 0.25 0.37 0.31 0.25 0.30 0.22 0.21 0.07 0.05 0.15 0.38 0.25 0.01 0.02
C2' 0.06 0.20 0.08 0.06 0.14 0.06 0.15 0.08 0.18 0.10 0.20 0.23 0.16 0.13 0.10 0.10 0.06 0.00 0.04 0.19 0.18 0.19 0.11
C3' 0.01 0.14 0.02 0.02 0.07 0.02 0.08 0.04 0.11 0.02 0.14 0.18 0.10 0.05 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.11 0.14 0.23 0.13
C4 0.14 0.28 0.16 0.11 0.24 0.10 0.27 0.09 0.29 0.22 0.29 0.26 0.25 0.25 0.20 0.19 0.07 0.05 0.13 0.29 0.24 0.07 0.05
C4' 0.05 0.17 0.07 0.06 0.11 0.07 0.11 0.10 0.14 0.06 0.16 0.19 0.14 0.09 0.07 0.08 0.06 0.00 0.00 0.14 0.16 0.30 0.15
C5 0.14 0.22 0.15 0.10 0.24 0.09 0.26 0.07 0.27 0.23 0.25 0.16 0.22 0.25 0.20 0.17 0.05 0.05 0.14 0.27 0.25 0.02 0.03
C5' 0.01 0.13 0.04 0.04 0.07 0.03 0.07 0.08 0.09 0.02 0.12 0.16 0.11 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.09 0.12 0.34 0.17
C6 0.13 0.22 0.14 0.09 0.24 0.08 0.30 0.05 0.31 0.25 0.28 0.12 0.19 0.29 0.21 0.17 0.04 0.05 0.16 0.32 0.25 0.04 0.01
C8 0.12 0.16 0.13 0.10 0.17 0.10 0.18 0.10 0.18 0.16 0.17 0.14 0.17 0.17 0.16 0.14 0.05 0.05 0.10 0.18 0.24 0.13 0.09
N1 0.13 0.28 0.16 0.10 0.26 0.09 0.32 0.06 0.36 0.26 0.35 0.21 0.21 0.31 0.21 0.19 0.05 0.05 0.16 0.38 0.25 0.04 0.00
N3 0.14 0.32 0.17 0.12 0.26 0.11 0.30 0.09 0.33 0.23 0.34 0.33 0.26 0.28 0.21 0.21 0.09 0.06 0.13 0.35 0.24 0.06 0.05
N6 0.10 0.09 0.12 0.07 0.20 0.06 0.28 0.03 0.28 0.25 0.19 0.04 0.09 0.29 0.19 0.14 0.01 0.04 0.17 0.29 0.25 0.08 0.01
N7 0.13 0.13 0.13 0.09 0.19 0.09 0.20 0.08 0.18 0.19 0.16 0.08 0.15 0.20 0.18 0.14 0.03 0.05 0.12 0.18 0.25 0.05 0.05
N9 0.13 0.23 0.15 0.11 0.21 0.11 0.22 0.11 0.23 0.18 0.24 0.22 0.22 0.20 0.18 0.17 0.08 0.05 0.10 0.24 0.24 0.14 0.09
O2' 0.07 0.21 0.08 0.07 0.15 0.08 0.17 0.10 0.20 0.11 0.22 0.24 0.17 0.14 0.11 0.09 0.07 0.02 0.04 0.21 0.18 0.23 0.12
O3' 0.05 0.11 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.07 0.03 0.10 0.16 0.07 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.05 0.07 0.12 0.27 0.15
O4' 0.13 0.22 0.15 0.13 0.19 0.13 0.19 0.16 0.21 0.15 0.22 0.23 0.21 0.17 0.16 0.16 0.12 0.07 0.07 0.21 0.20 0.26 0.13
O5' 0.03 0.10 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.09 0.13 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.05 0.06 0.11 0.25 0.14
OP1 0.03 0.07 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.10 0.05 0.03 0.02 0.04 0.00 0.07 0.11 0.01 0.10 0.42 0.22
OP2 0.02 0.14 0.05 0.01 0.09 0.00 0.08 0.03 0.11 0.02 0.13 0.17 0.13 0.05 0.05 0.07 0.00 0.00 0.01 0.10 0.11 0.09 0.00
P 0.01 0.10 0.02 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.08 0.13 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.25 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.11 0.08 0.03
C2 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.06 0.04 0.12 0.00 0.12 0.18 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.00 0.02 0.14 0.09
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.11 0.01 0.12 0.19 0.07
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.19 0.12 0.10
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.11 0.01 0.12 0.24 0.09
C5' 0.05 0.07 0.05 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.14 0.16 0.11 0.05 0.06 0.17 0.11 0.05 0.01 0.01 0.00 0.16 0.02 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.11 0.00 0.12 0.25 0.09
C8 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.12 0.22 0.08
N1 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.04 0.11 0.00 0.12 0.23 0.09
N2 0.00 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.08 0.05 0.12 0.00 0.11 0.16 0.07
N3 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.04 0.12 0.01 0.12 0.16 0.06
N7 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.11 0.25 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.12 0.17 0.07
O2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.05 0.05 0.02 0.08 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.04 0.05 0.14 0.10
O3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.12 0.19 0.12
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.03 0.19 0.03 0.00
O5' 0.10 0.12 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.00 0.11 0.09 0.11 0.12 0.12 0.09 0.11 0.08 0.03 0.11 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.10 0.00 0.12 0.28 0.10
OP1 0.11 0.12 0.02 0.03 0.12 0.19 0.12 0.02 0.12 0.12 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.05 0.12 0.19 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.18 0.14 0.05 0.19 0.12 0.24 0.02 0.25 0.22 0.23 0.16 0.16 0.25 0.17 0.14 0.19 0.03 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.09 0.02 0.07 0.10 0.09 0.00 0.09 0.08 0.09 0.07 0.06 0.10 0.07 0.10 0.12 0.00 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00