ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52375

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C8 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O4' A 0, 0.000, 0.046, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O2' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C3' A 0, 0.000, 0.076, 0.151, 0.151 max_d=0.151 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O3' A 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C5' A 0, 0.000, 0.121, 0.243, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.121 std_dev=0.121
OP1 A 0, 0.000, 0.159, 0.318, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.159 std_dev=0.159
O5' A 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
N7 B 0, 0.000, 0.204, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.204 std_dev=0.204
P A 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C6 B 0, 0.000, 0.221, 0.442, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.221 std_dev=0.221
C8 B 0, 0.000, 0.228, 0.455, 0.455 max_d=0.455 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C4 B 0, 0.000, 0.231, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.231 std_dev=0.231
N1 B 0, 0.000, 0.235, 0.471, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.235 std_dev=0.235
O6 B 0, 0.000, 0.236, 0.472, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.236 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.000, 0.240, 0.480, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.240 std_dev=0.240
N3 B 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
N9 B 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
O3' B 0, 0.000, 0.256, 0.512, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.256 std_dev=0.256
N2 B 0, 0.000, 0.261, 0.522, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.261 std_dev=0.261
C4' B 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
OP2 A 0, 0.000, 0.282, 0.565, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.282 std_dev=0.282
C1' B 0, 0.000, 0.286, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.286 std_dev=0.286
C3' B 0, 0.000, 0.287, 0.575, 0.575 max_d=0.575 avg_d=0.287 std_dev=0.287
O4' B 0, 0.000, 0.291, 0.581, 0.581 max_d=0.581 avg_d=0.291 std_dev=0.291
C5' B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
O2' B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C2' B 0, 0.000, 0.297, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.297 std_dev=0.297
O5' B 0, 0.000, 0.297, 0.595, 0.595 max_d=0.595 avg_d=0.297 std_dev=0.297
P B 0, 0.000, 0.323, 0.645, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.323 std_dev=0.323
OP1 B 0, 0.000, 0.342, 0.684, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.342 std_dev=0.342
OP2 B 0, 0.000, 0.378, 0.755, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.378 std_dev=0.378

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.04
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.06 0.06
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.06
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
O5' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.04 0.01 0.07 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.07 0.04 0.05 0.01 0.09 0.05 0.01 0.07 0.04 0.13 0.11 0.10
C2 0.04 0.03 0.08 0.07 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.05 0.04 0.05 0.07 0.03 0.06 0.02 0.09 0.08 0.07
C2' 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04 0.01 0.08 0.05 0.00 0.07 0.03 0.12 0.11 0.09
C3' 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.12 0.04 0.01 0.07 0.05 0.13 0.11 0.10
C4 0.01 0.05 0.05 0.06 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.09 0.04 0.04 0.02 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.10 0.09 0.07
C4' 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.01 0.08 0.08 0.15 0.13 0.11
C5 0.01 0.07 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.05 0.02 0.04 0.05 0.11 0.06 0.03 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.08 0.07 0.06
C5' 0.04 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.03 0.08 0.06 0.05 0.01 0.01 0.09 0.02 0.14 0.00 0.02 0.09 0.11 0.16 0.14 0.13
C6 0.02 0.07 0.08 0.08 0.01 0.05 0.00 0.05 0.02 0.05 0.05 0.11 0.05 0.03 0.02 0.08 0.08 0.03 0.05 0.01 0.07 0.06 0.05
C8 0.04 0.08 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.05 0.12 0.08 0.03 0.01 0.08 0.08 0.02 0.06 0.00 0.11 0.08 0.08
N1 0.04 0.05 0.09 0.08 0.01 0.05 0.02 0.05 0.00 0.06 0.03 0.09 0.02 0.05 0.04 0.07 0.08 0.04 0.06 0.00 0.07 0.07 0.06
N3 0.02 0.03 0.07 0.07 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.02 0.10 0.09 0.08
N6 0.03 0.08 0.09 0.08 0.02 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.07 0.12 0.06 0.03 0.02 0.10 0.09 0.03 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04
N7 0.02 0.09 0.04 0.06 0.04 0.03 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.13 0.08 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.09 0.07 0.06
N9 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.03 0.09 0.05 0.04 0.01 0.06 0.06 0.00 0.06 0.02 0.11 0.09 0.08
O2' 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.05 0.00 0.07 0.04 0.13 0.12 0.10
O3' 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.11 0.04 0.01 0.07 0.06 0.12 0.11 0.09
O4' 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.03 0.05 0.05 0.02 0.05 0.03 0.07 0.01 0.12 0.03 0.02 0.07 0.07 0.14 0.12 0.11
O5' 0.03 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.04 0.09 0.08 0.06 0.01 0.00 0.10 0.03 0.14 0.00 0.01 0.09 0.11 0.15 0.13 0.12
OP1 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.03 0.07 0.07 0.04 0.02 0.01 0.09 0.03 0.08 0.00 0.01 0.07 0.10 0.13 0.10 0.10
OP2 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.05 0.11 0.09 0.12 0.12 0.08 0.02 0.03 0.14 0.06 0.06 0.00 0.04 0.14 0.14 0.22 0.17 0.18
P 0.01 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01 0.09 0.05 0.09 0.09 0.06 0.00 0.01 0.11 0.04 0.08 0.00 0.01 0.09 0.11 0.15 0.12 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.05 0.08 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.02 0.02 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.03 0.02 0.03
C4 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.07 0.05
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.09 0.11 0.08
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.07 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.10 0.13 0.09
C8 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07
N1 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.11 0.07
N2 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.07 0.03
N3 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.06 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.11 0.12 0.09
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.00 0.06 0.08 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.01 0.02 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.06 0.04 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02
O5' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.07 0.06 0.02 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.09 0.00 0.13 0.15 0.11
OP1 0.00 0.05 0.02 0.03 0.06 0.00 0.09 0.01 0.10 0.08 0.08 0.04 0.03 0.11 0.04 0.04 0.06 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.08 0.01 0.02 0.07 0.00 0.11 0.01 0.13 0.07 0.11 0.07 0.06 0.12 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.04 0.01 0.03 0.05 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.07 0.03 0.03 0.09 0.03 0.03 0.05 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00