ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52383

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 3, 10, 21, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.016, 0.024, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.024 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.022, 0.034, 0.045, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.028, 0.042, 0.056, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.042 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.027, 0.043, 0.060, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.043 std_dev=0.017
C5 A 0, 0.022, 0.039, 0.056, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.039 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.033, 0.056, 0.079, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.056 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.041, 0.067, 0.094, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.067 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.040, 0.069, 0.098, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.069 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.053, 0.092, 0.131, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.092 std_dev=0.039
C8 A 0, 0.067, 0.116, 0.165, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.116 std_dev=0.049
C2' B 0, 0.396, 0.556, 0.716, 0.920 max_d=0.920 avg_d=0.556 std_dev=0.160
O4' A 0, 0.092, 0.270, 0.447, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.270 std_dev=0.177
C2' A 0, 0.271, 0.469, 0.667, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.469 std_dev=0.198
O2' B 0, 0.563, 0.791, 1.020, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.791 std_dev=0.229
C3' B 0, 0.584, 0.827, 1.070, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.827 std_dev=0.243
C3' A 0, 0.510, 0.799, 1.088, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.799 std_dev=0.289
C4' A 0, 0.286, 0.582, 0.879, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.582 std_dev=0.297
O3' B 0, 0.768, 1.099, 1.430, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.099 std_dev=0.331
O5' A 0, 0.711, 1.083, 1.455, 2.509 max_d=2.509 avg_d=1.083 std_dev=0.372
O2' A 0, 0.349, 0.726, 1.104, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.726 std_dev=0.377
C5' A 0, 0.527, 0.913, 1.298, 2.785 max_d=2.785 avg_d=0.913 std_dev=0.386
O3' A 0, 0.814, 1.236, 1.658, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.236 std_dev=0.422
P A 0, 0.559, 0.998, 1.437, 3.096 max_d=3.096 avg_d=0.998 std_dev=0.439
C4' B 0, 0.873, 1.317, 1.761, 2.102 max_d=2.102 avg_d=1.317 std_dev=0.444
OP2 A 0, 0.769, 1.229, 1.690, 3.246 max_d=3.246 avg_d=1.229 std_dev=0.461
C5' B 0, 1.052, 1.536, 2.019, 2.456 max_d=2.456 avg_d=1.536 std_dev=0.483
O5' B 0, 0.963, 1.553, 2.143, 2.831 max_d=2.831 avg_d=1.553 std_dev=0.590
C1' B 0, 1.224, 1.896, 2.568, 2.805 max_d=2.805 avg_d=1.896 std_dev=0.672
O4' B 0, 1.129, 1.833, 2.537, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.833 std_dev=0.704
P B 0, 2.097, 2.896, 3.695, 4.005 max_d=4.005 avg_d=2.896 std_dev=0.799
OP1 A 0, 0.020, 0.832, 1.643, 4.646 max_d=4.646 avg_d=0.832 std_dev=0.811
OP1 B 0, 2.313, 3.311, 4.310, 4.766 max_d=4.766 avg_d=3.311 std_dev=0.998
OP2 B 0, 2.423, 3.491, 4.559, 4.587 max_d=4.587 avg_d=3.491 std_dev=1.068
C6 B 0, 1.990, 3.122, 4.253, 4.284 max_d=4.284 avg_d=3.122 std_dev=1.132
N1 B 0, 1.886, 3.031, 4.177, 4.315 max_d=4.315 avg_d=3.031 std_dev=1.146
C5 B 0, 2.711, 4.465, 6.219, 6.071 max_d=6.071 avg_d=4.465 std_dev=1.754
C2 B 0, 2.561, 4.352, 6.142, 6.284 max_d=6.284 avg_d=4.352 std_dev=1.790
O2 B 0, 2.624, 4.468, 6.313, 6.650 max_d=6.650 avg_d=4.468 std_dev=1.845
C4 B 0, 3.303, 5.676, 8.048, 7.835 max_d=7.835 avg_d=5.676 std_dev=2.372
N3 B 0, 3.227, 5.603, 7.978, 7.930 max_d=7.930 avg_d=5.603 std_dev=2.376
N4 B 0, 4.029, 7.041, 10.054, 9.667 max_d=9.667 avg_d=7.041 std_dev=3.013

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.00 0.14 0.17 0.25 0.23
C2 0.03 0.00 0.19 0.23 0.01 0.08 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.23 0.06 0.33 0.36 0.59 0.45
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.06 0.07 0.12 0.14 0.20 0.05 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.17 0.18 0.14
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.15 0.00 0.13 0.01 0.16 0.14 0.20 0.22 0.15 0.14 0.09 0.01 0.01 0.01 0.04 0.20 0.15 0.07
C4 0.01 0.01 0.09 0.15 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03 0.28 0.33 0.52 0.41
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.04 0.11 0.01 0.00 0.01 0.11 0.10 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.13 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.07 0.02 0.30 0.40 0.60 0.46
C5' 0.03 0.13 0.06 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.14 0.14 0.14 0.11 0.15 0.15 0.09 0.05 0.08 0.01 0.01 0.13 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.11 0.03 0.33 0.44 0.66 0.49
C8 0.01 0.00 0.12 0.14 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.13 0.05 0.23 0.33 0.45 0.39
N1 0.03 0.00 0.14 0.20 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.09 0.18 0.05 0.34 0.42 0.65 0.49
N3 0.03 0.00 0.20 0.22 0.00 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.22 0.07 0.29 0.31 0.51 0.40
N6 0.02 0.01 0.05 0.15 0.01 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.10 0.03 0.33 0.48 0.69 0.51
N7 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.11 0.03 0.27 0.41 0.58 0.45
N9 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.05 0.01 0.22 0.27 0.40 0.35
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.08 0.11 0.14 0.05 0.13 0.17 0.09 0.09 0.16 0.18 0.09 0.00 0.03 0.08 0.09 0.18 0.20 0.10
O3' 0.11 0.23 0.02 0.01 0.11 0.01 0.07 0.08 0.11 0.13 0.18 0.22 0.10 0.11 0.05 0.03 0.00 0.07 0.14 0.38 0.29 0.23
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.07 0.03 0.03 0.01 0.08 0.07 0.00 0.13 0.21 0.23 0.24
O5' 0.14 0.33 0.14 0.04 0.28 0.01 0.30 0.01 0.33 0.23 0.34 0.29 0.33 0.27 0.22 0.09 0.14 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.17 0.36 0.17 0.20 0.33 0.11 0.40 0.13 0.44 0.33 0.42 0.31 0.48 0.41 0.27 0.18 0.38 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.59 0.18 0.15 0.52 0.10 0.60 0.10 0.66 0.45 0.65 0.51 0.69 0.58 0.40 0.20 0.29 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.23 0.45 0.14 0.07 0.41 0.05 0.46 0.01 0.49 0.39 0.49 0.40 0.51 0.45 0.35 0.10 0.23 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.61 0.94 0.19 0.33 0.91 0.36 0.74 0.39 0.65 0.73 1.00 0.97 1.06 0.16 0.46 0.54 0.39 0.42 0.87 0.50
C2 0.40 0.74 0.16 0.37 1.02 0.26 0.92 0.30 0.73 0.62 0.95 1.19 0.65 0.22 0.56 0.32 0.54 0.49 1.18 0.76
C2' 0.53 0.81 0.20 0.21 0.74 0.27 0.59 0.31 0.52 0.61 0.85 0.79 0.96 0.32 0.30 0.48 0.27 0.42 0.74 0.33
C3' 0.39 0.57 0.22 0.07 0.43 0.18 0.32 0.28 0.28 0.39 0.55 0.45 0.74 0.41 0.14 0.36 0.22 0.50 0.65 0.25
C4 0.41 0.68 0.16 0.37 0.87 0.28 0.78 0.31 0.65 0.58 0.83 0.97 0.64 0.19 0.55 0.34 0.51 0.45 1.12 0.71
C4' 0.51 0.74 0.13 0.14 0.58 0.28 0.41 0.37 0.37 0.53 0.73 0.60 0.93 0.36 0.21 0.49 0.30 0.58 0.68 0.37
C5 0.33 0.60 0.15 0.39 0.87 0.25 0.82 0.32 0.66 0.53 0.79 0.99 0.52 0.27 0.58 0.28 0.62 0.61 1.26 0.87
C5' 0.38 0.50 0.27 0.10 0.32 0.19 0.23 0.34 0.21 0.34 0.45 0.32 0.68 0.52 0.09 0.36 0.32 0.64 0.63 0.37
C6 0.32 0.66 0.15 0.39 1.01 0.24 0.94 0.33 0.74 0.56 0.90 1.17 0.58 0.31 0.58 0.27 0.68 0.71 1.36 0.97
C8 0.38 0.50 0.15 0.38 0.62 0.30 0.59 0.33 0.51 0.46 0.58 0.67 0.46 0.19 0.57 0.33 0.53 0.48 1.12 0.73
N1 0.34 0.69 0.15 0.38 1.05 0.24 0.96 0.31 0.76 0.59 0.93 1.23 0.57 0.28 0.57 0.29 0.63 0.63 1.31 0.90
N3 0.44 0.78 0.16 0.36 0.97 0.28 0.86 0.31 0.69 0.64 0.95 1.11 0.75 0.18 0.54 0.36 0.47 0.41 1.08 0.66
N6 0.30 0.75 0.14 0.39 1.12 0.22 1.03 0.38 0.80 0.60 1.02 1.32 0.73 0.36 0.57 0.28 0.79 0.89 1.49 1.13
N7 0.29 0.54 0.14 0.39 0.75 0.26 0.72 0.34 0.60 0.47 0.69 0.84 0.49 0.29 0.58 0.25 0.65 0.65 1.28 0.91
N9 0.47 0.70 0.17 0.36 0.77 0.32 0.68 0.33 0.59 0.58 0.78 0.84 0.72 0.16 0.54 0.40 0.46 0.40 1.02 0.62
O2' 0.67 1.10 0.21 0.23 1.02 0.33 0.79 0.38 0.68 0.81 1.17 1.10 1.28 0.30 0.29 0.62 0.32 0.54 0.72 0.38
O3' 0.38 0.55 0.28 0.15 0.37 0.18 0.25 0.35 0.23 0.36 0.52 0.38 0.77 0.47 0.13 0.37 0.32 0.71 0.59 0.34
O4' 0.63 0.92 0.20 0.33 0.83 0.39 0.66 0.43 0.59 0.71 0.94 0.86 1.07 0.23 0.45 0.58 0.40 0.49 0.82 0.48
O5' 0.24 0.29 0.36 0.10 0.31 0.08 0.33 0.21 0.28 0.23 0.29 0.35 0.38 0.51 0.02 0.17 0.23 0.41 0.68 0.23
OP1 0.28 0.15 0.08 0.18 0.41 0.43 0.48 0.35 0.37 0.19 0.26 0.50 0.18 0.13 0.01 0.43 0.38 0.49 0.90 0.46
OP2 0.22 0.61 0.34 0.10 0.83 0.06 0.77 0.09 0.62 0.51 0.77 0.91 0.51 0.27 0.02 0.13 0.32 0.27 0.89 0.36
P 0.13 0.16 0.19 0.01 0.38 0.14 0.41 0.13 0.31 0.15 0.28 0.45 0.15 0.23 0.01 0.16 0.23 0.30 0.78 0.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.29 0.00 0.26 0.39 0.40 0.27
C2 0.02 0.00 0.15 0.17 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.20 0.07 0.33 0.55 0.43 0.32
C2' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.20 0.13 0.02 0.12 0.03 0.27 0.01 0.03 0.02 0.52 0.55 0.86 0.68
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.26 0.01 0.27 0.02 0.23 0.16 0.22 0.28 0.13 0.02 0.00 0.02 0.21 0.18 0.69 0.31
C4 0.02 0.01 0.03 0.26 0.00 0.09 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.07 0.04 0.43 0.72 0.66 0.40
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.06 0.06 0.10 0.06 0.24 0.02 0.00 0.02 0.18 0.39 0.06
C5 0.02 0.01 0.10 0.27 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.11 0.07 0.45 0.74 0.71 0.41
C5' 0.08 0.09 0.20 0.02 0.16 0.01 0.20 0.00 0.18 0.11 0.12 0.18 0.08 0.08 0.20 0.01 0.01 0.19 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.13 0.23 0.01 0.13 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.09 0.09 0.42 0.66 0.53 0.37
N1 0.01 0.01 0.02 0.16 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.13 0.02 0.35 0.54 0.40 0.31
N3 0.02 0.01 0.12 0.22 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.13 0.06 0.38 0.64 0.53 0.36
N4 0.02 0.01 0.03 0.28 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.08 0.04 0.45 0.77 0.76 0.43
O2 0.04 0.00 0.27 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.33 0.10 0.27 0.46 0.40 0.28
O2' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.30 0.24 0.35 0.08 0.31 0.18 0.20 0.32 0.15 0.00 0.04 0.14 0.37 0.40 0.97 0.63
O3' 0.29 0.20 0.03 0.00 0.07 0.02 0.11 0.20 0.09 0.13 0.13 0.08 0.33 0.04 0.00 0.20 0.17 0.31 0.63 0.19
O4' 0.00 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.07 0.01 0.09 0.02 0.06 0.04 0.10 0.14 0.20 0.00 0.11 0.30 0.34 0.10
O5' 0.26 0.33 0.52 0.21 0.43 0.02 0.45 0.01 0.42 0.35 0.38 0.45 0.27 0.37 0.17 0.11 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.39 0.55 0.55 0.18 0.72 0.18 0.74 0.19 0.66 0.54 0.64 0.77 0.46 0.40 0.31 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.40 0.43 0.86 0.69 0.66 0.39 0.71 0.30 0.53 0.40 0.53 0.76 0.40 0.97 0.63 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.32 0.68 0.31 0.40 0.06 0.41 0.02 0.37 0.31 0.36 0.43 0.28 0.63 0.19 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00