ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52384

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 12, 7, 7, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.015, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.015, 0.022, 0.030, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.022, 0.032, 0.041, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.030, 0.040, 0.050, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.040 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.031, 0.042, 0.053, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.042 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.022, 0.034, 0.046, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.034 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.022, 0.035, 0.047, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.035 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.033, 0.045, 0.057, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.045 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.046, 0.063, 0.081, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.063 std_dev=0.017
N7 A 0, 0.040, 0.057, 0.075, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.057 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.041, 0.060, 0.078, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.060 std_dev=0.019
C2' B 0, 0.515, 0.726, 0.936, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.726 std_dev=0.210
O2' B 0, 0.884, 1.120, 1.356, 1.493 max_d=1.493 avg_d=1.120 std_dev=0.236
O4' A 0, -0.146, 0.250, 0.645, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.250 std_dev=0.396
C2' A 0, -0.179, 0.241, 0.661, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.241 std_dev=0.420
O2' A 0, -0.070, 0.372, 0.814, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.372 std_dev=0.442
C1' B 0, 0.500, 0.960, 1.419, 2.385 max_d=2.385 avg_d=0.960 std_dev=0.460
C3' B 0, 0.343, 0.842, 1.341, 2.659 max_d=2.659 avg_d=0.842 std_dev=0.499
C4' A 0, -0.206, 0.354, 0.915, 2.300 max_d=2.300 avg_d=0.354 std_dev=0.560
O4' B 0, 0.488, 1.087, 1.686, 3.198 max_d=3.198 avg_d=1.087 std_dev=0.599
C4' B 0, 0.569, 1.201, 1.834, 3.295 max_d=3.295 avg_d=1.201 std_dev=0.633
C3' A 0, -0.273, 0.373, 1.019, 2.662 max_d=2.662 avg_d=0.373 std_dev=0.646
OP2 B 0, 0.550, 1.319, 2.089, 4.844 max_d=4.844 avg_d=1.319 std_dev=0.769
O5' B 0, 0.680, 1.463, 2.246, 4.362 max_d=4.362 avg_d=1.463 std_dev=0.783
O3' A 0, -0.349, 0.540, 1.428, 3.661 max_d=3.661 avg_d=0.540 std_dev=0.888
N1 B 0, 0.088, 1.002, 1.916, 4.245 max_d=4.245 avg_d=1.002 std_dev=0.914
C6 B 0, -0.148, 0.800, 1.748, 4.310 max_d=4.310 avg_d=0.800 std_dev=0.948
C5' B 0, 0.490, 1.472, 2.455, 4.849 max_d=4.849 avg_d=1.472 std_dev=0.983
P B 0, 0.588, 1.601, 2.613, 5.181 max_d=5.181 avg_d=1.601 std_dev=1.013
C5' A 0, -0.412, 0.609, 1.629, 4.280 max_d=4.280 avg_d=0.609 std_dev=1.020
O3' B 0, 0.167, 1.222, 2.276, 4.996 max_d=4.996 avg_d=1.222 std_dev=1.055
OP1 A 0, 0.158, 1.353, 2.548, 6.652 max_d=6.652 avg_d=1.353 std_dev=1.195
O5' A 0, -0.627, 0.586, 1.798, 5.054 max_d=5.054 avg_d=0.586 std_dev=1.212
O2 B 0, 0.347, 1.688, 3.030, 6.125 max_d=6.125 avg_d=1.688 std_dev=1.341
OP1 B 0, 0.709, 2.110, 3.510, 7.203 max_d=7.203 avg_d=2.110 std_dev=1.401
C2 B 0, 0.043, 1.449, 2.856, 6.259 max_d=6.259 avg_d=1.449 std_dev=1.407
C5 B 0, -0.341, 1.107, 2.555, 6.260 max_d=6.260 avg_d=1.107 std_dev=1.448
P A 0, -0.414, 1.128, 2.669, 7.029 max_d=7.029 avg_d=1.128 std_dev=1.542
OP2 A 0, -0.231, 1.578, 3.387, 8.092 max_d=8.092 avg_d=1.578 std_dev=1.809
N3 B 0, -0.274, 1.685, 3.644, 8.369 max_d=8.369 avg_d=1.685 std_dev=1.959
C4 B 0, -0.439, 1.548, 3.536, 8.393 max_d=8.393 avg_d=1.548 std_dev=1.987
N4 B 0, -0.601, 1.925, 4.451, 10.520 max_d=10.520 avg_d=1.925 std_dev=2.526

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.11 0.05
C2 0.02 0.00 0.12 0.41 0.01 0.31 0.01 0.47 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.45 0.17 0.63 0.69 0.69 0.79
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.13 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.14 0.17 0.06
C3' 0.01 0.41 0.00 0.00 0.19 0.00 0.08 0.01 0.16 0.17 0.31 0.41 0.10 0.11 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.20 0.23 0.06
C4 0.01 0.01 0.06 0.19 0.00 0.14 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.18 0.09 0.31 0.36 0.22 0.36
C4' 0.00 0.31 0.01 0.00 0.14 0.00 0.06 0.00 0.13 0.17 0.24 0.30 0.08 0.11 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.10 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.03 0.08 0.00 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.04 0.18 0.30 0.20 0.22
C5' 0.01 0.47 0.01 0.01 0.21 0.00 0.10 0.00 0.21 0.26 0.37 0.43 0.14 0.17 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.08 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.16 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.18 0.08 0.31 0.46 0.20 0.41
C8 0.01 0.01 0.06 0.17 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.17 0.10 0.29 0.16 0.59 0.31
N1 0.02 0.00 0.09 0.31 0.01 0.24 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.34 0.13 0.52 0.65 0.48 0.67
N3 0.02 0.00 0.13 0.41 0.00 0.30 0.00 0.43 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.42 0.16 0.57 0.58 0.61 0.67
N6 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.08 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.06 0.23 0.42 0.23 0.31
N7 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.11 0.05 0.19 0.13 0.57 0.21
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.13 0.17 0.07
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.07 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.05 0.03 0.03 0.17 0.23 0.06
O3' 0.01 0.45 0.02 0.01 0.18 0.01 0.08 0.03 0.18 0.17 0.34 0.42 0.12 0.11 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.32 0.38 0.08
O4' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.10 0.13 0.16 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.13 0.11 0.06
O5' 0.05 0.63 0.03 0.04 0.31 0.01 0.18 0.01 0.31 0.29 0.52 0.57 0.23 0.19 0.07 0.03 0.06 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.69 0.14 0.20 0.36 0.10 0.30 0.08 0.46 0.16 0.65 0.58 0.42 0.13 0.13 0.17 0.32 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.69 0.17 0.23 0.22 0.20 0.20 0.21 0.20 0.59 0.48 0.61 0.23 0.57 0.17 0.23 0.38 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.79 0.06 0.06 0.36 0.03 0.22 0.01 0.41 0.31 0.67 0.67 0.31 0.21 0.07 0.06 0.08 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.14 0.13 0.10 0.09 0.27 0.14 0.23 0.20 0.21 0.09 0.08 0.14 0.22 0.09 0.38 0.29 0.22 0.46 0.33
C2 0.25 0.52 0.13 0.19 0.62 0.56 0.38 0.66 0.22 0.26 0.71 0.78 0.60 0.22 0.26 0.51 0.54 0.68 0.60 0.59
C2' 0.22 0.13 0.17 0.20 0.13 0.13 0.13 0.09 0.14 0.15 0.12 0.15 0.15 0.19 0.31 0.26 0.15 0.12 0.42 0.26
C3' 0.22 0.16 0.49 0.64 0.24 0.37 0.30 0.44 0.30 0.22 0.17 0.25 0.12 0.40 0.86 0.20 0.41 0.51 0.63 0.51
C4 0.25 0.44 0.13 0.18 0.49 0.51 0.29 0.58 0.18 0.23 0.57 0.60 0.52 0.23 0.24 0.48 0.48 0.58 0.58 0.53
C4' 0.13 0.17 0.42 0.64 0.10 0.44 0.09 0.53 0.13 0.09 0.18 0.12 0.29 0.40 0.94 0.18 0.47 0.62 0.61 0.57
C5 0.24 0.71 0.15 0.24 0.77 0.61 0.48 0.74 0.29 0.37 0.90 0.91 0.84 0.21 0.38 0.49 0.59 0.77 0.63 0.64
C5' 0.34 0.11 0.80 1.13 0.13 0.85 0.29 0.96 0.37 0.24 0.14 0.12 0.25 0.76 1.52 0.43 0.87 1.05 0.94 0.94
C6 0.24 0.85 0.16 0.26 0.95 0.67 0.60 0.85 0.36 0.44 1.09 1.14 0.98 0.21 0.43 0.51 0.66 0.91 0.66 0.73
C8 0.24 0.48 0.14 0.21 0.48 0.49 0.29 0.55 0.20 0.26 0.58 0.56 0.59 0.22 0.30 0.43 0.47 0.56 0.57 0.51
N1 0.24 0.73 0.15 0.23 0.85 0.64 0.53 0.80 0.31 0.37 0.97 1.04 0.83 0.22 0.36 0.52 0.62 0.84 0.65 0.69
N3 0.27 0.36 0.12 0.16 0.43 0.48 0.25 0.54 0.16 0.19 0.49 0.54 0.42 0.23 0.19 0.49 0.46 0.54 0.57 0.51
N6 0.25 1.07 0.18 0.29 1.21 0.74 0.78 0.98 0.48 0.58 1.37 1.44 1.21 0.19 0.52 0.50 0.74 1.08 0.70 0.83
N7 0.25 0.79 0.16 0.26 0.80 0.63 0.51 0.75 0.33 0.43 0.95 0.92 0.95 0.20 0.44 0.46 0.59 0.78 0.63 0.64
N9 0.26 0.28 0.12 0.16 0.30 0.42 0.18 0.44 0.15 0.17 0.36 0.37 0.34 0.23 0.17 0.44 0.40 0.44 0.54 0.45
O2' 0.32 0.29 0.16 0.08 0.23 0.15 0.22 0.08 0.25 0.28 0.26 0.21 0.33 0.24 0.17 0.31 0.17 0.11 0.36 0.21
O3' 0.23 0.13 0.54 0.77 0.22 0.50 0.33 0.62 0.33 0.23 0.13 0.22 0.15 0.43 1.04 0.24 0.57 0.74 0.74 0.67
O4' 0.20 0.21 0.15 0.25 0.16 0.15 0.13 0.17 0.14 0.18 0.20 0.17 0.27 0.17 0.45 0.24 0.21 0.24 0.45 0.33
O5' 0.55 0.36 1.07 1.33 0.49 0.89 0.64 0.95 0.67 0.54 0.36 0.46 0.21 0.93 1.67 0.52 0.90 1.00 1.04 0.95
OP1 0.39 0.16 1.00 1.49 0.22 1.00 0.46 1.18 0.54 0.32 0.19 0.20 0.33 0.80 2.02 0.44 1.10 1.32 1.19 1.12
OP2 1.29 1.13 1.81 2.18 1.40 1.61 1.63 1.72 1.64 1.40 1.17 1.37 0.82 1.39 2.36 1.26 1.72 1.77 1.92 1.74
P 0.87 0.59 1.44 1.86 0.78 1.33 1.01 1.43 1.06 0.86 0.58 0.73 0.34 1.16 2.26 0.86 1.38 1.48 1.51 1.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.10 0.10 0.37 0.16
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.10 0.04 0.18 0.19 0.42 0.22
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.12 0.00 0.02 0.01 0.17 0.17 0.30 0.14
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.08 0.06 0.11 0.02 0.00 0.02 0.21 0.26 0.24 0.17
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.27 0.27 0.42 0.28
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.08 0.26 0.10
C5 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.30 0.27 0.39 0.29
C5' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.11 0.01 0.12 0.00 0.11 0.07 0.09 0.12 0.04 0.06 0.03 0.02 0.00 0.13 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.27 0.21 0.35 0.23
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.19 0.16 0.38 0.19
N3 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.11 0.03 0.23 0.24 0.43 0.25
N4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.29 0.30 0.43 0.31
O2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.14 0.05 0.14 0.17 0.42 0.22
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.06 0.03 0.02 0.06 0.04 0.11 0.00 0.05 0.03 0.08 0.13 0.29 0.11
O3' 0.02 0.10 0.02 0.00 0.08 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.11 0.09 0.14 0.05 0.00 0.01 0.18 0.34 0.22 0.19
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.07 0.14 0.41 0.22
O5' 0.10 0.18 0.17 0.21 0.27 0.02 0.30 0.00 0.27 0.19 0.23 0.29 0.14 0.08 0.18 0.07 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.10 0.19 0.17 0.26 0.27 0.08 0.27 0.13 0.21 0.16 0.24 0.30 0.17 0.13 0.34 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.42 0.30 0.24 0.42 0.26 0.39 0.17 0.35 0.38 0.43 0.43 0.42 0.29 0.22 0.41 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.22 0.14 0.17 0.28 0.10 0.29 0.01 0.23 0.19 0.25 0.31 0.22 0.11 0.19 0.22 0.01 0.00 0.00 0.00