ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 52385

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 9, 7, 9, 4, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.009, 0.024, 0.040, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.024 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.014, 0.035, 0.055, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.035 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.034, 0.073, 0.113, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.073 std_dev=0.039
C2' A 0, 0.053, 0.104, 0.156, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.104 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.051, 0.111, 0.171, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.111 std_dev=0.060
C3' A 0, 0.075, 0.142, 0.208, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.142 std_dev=0.066
O2' A 0, 0.081, 0.167, 0.253, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.167 std_dev=0.086
O3' A 0, 0.096, 0.201, 0.306, 0.479 max_d=0.479 avg_d=0.201 std_dev=0.105
C5' A 0, 0.092, 0.207, 0.322, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.207 std_dev=0.115
O3' B 0, 0.137, 0.291, 0.445, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.291 std_dev=0.154
C3' B 0, 0.140, 0.298, 0.455, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.298 std_dev=0.158
C2' B 0, 0.130, 0.288, 0.446, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.288 std_dev=0.158
O5' A 0, 0.101, 0.265, 0.428, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.265 std_dev=0.164
O2' B 0, 0.144, 0.315, 0.486, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.315 std_dev=0.171
P A 0, 0.059, 0.240, 0.420, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.240 std_dev=0.180
OP1 A 0, 0.057, 0.260, 0.463, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.260 std_dev=0.203
C1' B 0, 0.090, 0.333, 0.576, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.333 std_dev=0.243
C4' B 0, 0.081, 0.338, 0.595, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.338 std_dev=0.257
OP2 A 0, -0.001, 0.294, 0.588, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O4' B 0, 0.045, 0.365, 0.686, 1.924 max_d=1.924 avg_d=0.365 std_dev=0.320
C5' B 0, 0.055, 0.390, 0.724, 2.069 max_d=2.069 avg_d=0.390 std_dev=0.335
N1 B 0, -0.001, 0.383, 0.766, 2.268 max_d=2.268 avg_d=0.383 std_dev=0.384
C6 B 0, 0.017, 0.426, 0.835, 2.372 max_d=2.372 avg_d=0.426 std_dev=0.409
C5 B 0, -0.072, 0.482, 1.036, 3.281 max_d=3.281 avg_d=0.482 std_dev=0.554
C2 B 0, -0.151, 0.413, 0.978, 3.411 max_d=3.411 avg_d=0.413 std_dev=0.564
O2 B 0, -0.174, 0.404, 0.981, 3.519 max_d=3.519 avg_d=0.404 std_dev=0.578
O5' B 0, -0.197, 0.494, 1.184, 4.240 max_d=4.240 avg_d=0.494 std_dev=0.690
C4 B 0, -0.225, 0.506, 1.237, 4.404 max_d=4.404 avg_d=0.506 std_dev=0.731
N3 B 0, -0.271, 0.477, 1.225, 4.519 max_d=4.519 avg_d=0.477 std_dev=0.748
P B 0, -0.336, 0.483, 1.302, 4.962 max_d=4.962 avg_d=0.483 std_dev=0.819
OP1 B 0, -0.325, 0.500, 1.325, 5.047 max_d=5.047 avg_d=0.500 std_dev=0.825
OP2 B 0, -0.294, 0.615, 1.525, 5.566 max_d=5.566 avg_d=0.615 std_dev=0.910
N4 B 0, -0.347, 0.572, 1.490, 5.534 max_d=5.534 avg_d=0.572 std_dev=0.919

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.10 0.03
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.12 0.05 0.23 0.10
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.10 0.03
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.12 0.05 0.20 0.09
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.14 0.06 0.24 0.12
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.07 0.05 0.09 0.09 0.06 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.14 0.06 0.26 0.13
C8 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.15 0.07 0.19 0.11
N1 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.01 0.13 0.06 0.25 0.12
N3 0.02 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.11 0.05 0.20 0.09
N6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02 0.15 0.07 0.28 0.14
N7 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.16 0.07 0.24 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.11 0.06 0.16 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.01 0.07 0.06 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.08 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.06 0.05 0.07 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.09 0.05 0.04
O5' 0.07 0.12 0.04 0.03 0.12 0.01 0.14 0.00 0.14 0.15 0.13 0.11 0.15 0.16 0.11 0.04 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.05 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.04 0.05 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.23 0.10 0.07 0.20 0.02 0.24 0.02 0.26 0.19 0.25 0.20 0.28 0.24 0.16 0.08 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.10 0.03 0.03 0.09 0.01 0.12 0.01 0.13 0.11 0.12 0.09 0.14 0.13 0.07 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.11 0.06 0.05 0.06 0.06 0.21 0.10 0.25 0.12 0.07 0.08 0.07 0.11 0.06 0.05 0.22 0.34 0.12 0.27 0.21
C2 0.08 0.16 0.11 0.07 0.15 0.14 0.09 0.17 0.08 0.08 0.19 0.18 0.20 0.10 0.08 0.16 0.28 0.12 0.31 0.22
C2' 0.11 0.11 0.05 0.07 0.10 0.21 0.09 0.24 0.11 0.06 0.14 0.13 0.17 0.08 0.07 0.21 0.27 0.15 0.19 0.13
C3' 0.10 0.14 0.05 0.08 0.12 0.20 0.08 0.22 0.10 0.05 0.17 0.16 0.20 0.09 0.08 0.18 0.20 0.22 0.13 0.09
C4 0.08 0.10 0.08 0.05 0.09 0.16 0.07 0.19 0.08 0.06 0.13 0.12 0.15 0.08 0.07 0.18 0.29 0.11 0.30 0.21
C4' 0.09 0.09 0.04 0.06 0.07 0.19 0.08 0.23 0.11 0.05 0.12 0.09 0.16 0.06 0.04 0.18 0.23 0.16 0.13 0.09
C5 0.07 0.10 0.10 0.07 0.09 0.13 0.07 0.14 0.07 0.06 0.12 0.11 0.14 0.10 0.09 0.15 0.25 0.11 0.30 0.19
C5' 0.05 0.13 0.05 0.04 0.09 0.14 0.07 0.19 0.09 0.05 0.15 0.12 0.20 0.06 0.04 0.12 0.14 0.24 0.10 0.11
C6 0.08 0.14 0.12 0.08 0.13 0.10 0.09 0.11 0.08 0.09 0.16 0.15 0.17 0.12 0.10 0.13 0.22 0.11 0.30 0.19
C8 0.11 0.06 0.05 0.05 0.05 0.18 0.08 0.19 0.11 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.20 0.28 0.11 0.28 0.19
N1 0.08 0.16 0.12 0.08 0.16 0.11 0.10 0.13 0.08 0.10 0.19 0.18 0.20 0.11 0.09 0.13 0.25 0.11 0.30 0.21
N3 0.08 0.13 0.09 0.06 0.12 0.16 0.08 0.20 0.08 0.07 0.16 0.15 0.18 0.08 0.07 0.18 0.31 0.12 0.30 0.23
N6 0.09 0.15 0.14 0.10 0.14 0.08 0.11 0.08 0.10 0.11 0.16 0.15 0.17 0.13 0.11 0.10 0.17 0.12 0.29 0.17
N7 0.08 0.07 0.08 0.06 0.07 0.13 0.07 0.13 0.08 0.06 0.08 0.07 0.10 0.09 0.10 0.16 0.23 0.11 0.29 0.17
N9 0.10 0.07 0.05 0.05 0.06 0.19 0.08 0.22 0.10 0.06 0.09 0.08 0.12 0.06 0.06 0.21 0.31 0.11 0.29 0.21
O2' 0.11 0.10 0.05 0.07 0.09 0.21 0.08 0.24 0.11 0.06 0.14 0.13 0.16 0.07 0.06 0.21 0.30 0.12 0.19 0.15
O3' 0.09 0.17 0.06 0.09 0.16 0.19 0.09 0.21 0.10 0.07 0.22 0.21 0.24 0.11 0.10 0.17 0.16 0.30 0.14 0.14
O4' 0.13 0.05 0.05 0.08 0.07 0.22 0.13 0.27 0.15 0.09 0.06 0.07 0.09 0.06 0.05 0.23 0.34 0.12 0.26 0.20
O5' 0.03 0.19 0.07 0.01 0.14 0.09 0.07 0.13 0.06 0.07 0.21 0.16 0.26 0.07 0.01 0.06 0.08 0.32 0.12 0.17
OP1 0.07 0.10 0.04 0.05 0.08 0.16 0.09 0.22 0.11 0.06 0.11 0.09 0.14 0.04 0.02 0.13 0.12 0.36 0.14 0.21
OP2 0.15 0.35 0.16 0.07 0.28 0.03 0.15 0.08 0.12 0.21 0.37 0.30 0.43 0.13 0.01 0.09 0.27 0.47 0.28 0.35
P 0.03 0.18 0.06 0.01 0.13 0.07 0.07 0.11 0.07 0.07 0.19 0.15 0.25 0.05 0.00 0.03 0.15 0.39 0.16 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.10 0.20 0.05
C2 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.10 0.04 0.10 0.12 0.25 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.14 0.00 0.01 0.00 0.11 0.22 0.10 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.04 0.12 0.01 0.01 0.01 0.16 0.27 0.05 0.16
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.19 0.13 0.16 0.08
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.02
C5 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.24 0.14 0.11 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.11 0.01
C6 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.04 0.22 0.13 0.10 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.13 0.11 0.19 0.06
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.04 0.14 0.13 0.22 0.08
N4 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.20 0.13 0.15 0.09
O2 0.01 0.00 0.14 0.12 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.15 0.07 0.07 0.13 0.29 0.12
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.03 0.12 0.00 0.03 0.02 0.04 0.20 0.13 0.05
O3' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.09 0.06 0.15 0.03 0.00 0.01 0.14 0.36 0.10 0.22
O4' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.00 0.04 0.07 0.25 0.11
O5' 0.06 0.10 0.11 0.16 0.19 0.01 0.24 0.00 0.22 0.13 0.14 0.20 0.07 0.04 0.14 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.12 0.22 0.27 0.13 0.08 0.14 0.05 0.13 0.11 0.13 0.13 0.13 0.20 0.36 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.25 0.10 0.05 0.16 0.15 0.11 0.11 0.10 0.19 0.22 0.15 0.29 0.13 0.10 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.09 0.16 0.08 0.02 0.12 0.01 0.10 0.06 0.08 0.09 0.12 0.05 0.22 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00